vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-02T09:52:32+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5237Don't take into account upstream or downstream regions for the start/end posi...2024-02-02T09:52:32+01:00Mikaël SalsonDon't take into account upstream or downstream regions for the start/end positions of the geneWe use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the ge...We use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the gene (that don't have to take into account upstream or downstream sequence).
See an example of such an issue here #5235Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5235Problème de limite du JK et productivité2024-01-31T17:35:08+01:00Anne de SeptenvilleProblème de limite du JK et productivitéSur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple : ...Sur les analyses IGK, Vidjil semble continuer à considérer le JK après la fin de celui-ci (région non codante) et donne par conséquent certaines séquences comme non productives parce qu'il doit y voir des codons stop.
Par exemple :
https://app.vidjil.org/62056-46?
ou
https://app.vidjil.org/62057-46?clone=70
Nous avons aussi analysé des séquences de cDNA KAPPA et dans ce cas Vidjil s'arrête bien à la fin du J.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5200Make top by system the default.2023-12-13T18:02:45+01:00Mikaël SalsonMake top by system the default.See !1381See !1381https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5177Top by locus, refine criteria2023-10-20T11:57:05+02:00Mathieu GiraudTop by locus, refine criteriaThe following discussion from !1335 should be addressed:
* [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1335#note_852548 "algo: Add top by locus"): (+1 comment)
> There is no option to m...The following discussion from !1335 should be addressed:
* [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1335#note_852548 "algo: Add top by locus"): (+1 comment)
> There is no option to modify it (yet).
>
> Even the criterion itself is questionable: we are sure that we don't want to actually get the top 10 clones from **all** loci. However how can we determine the limit? What is a good enough locus?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5173Merge clonotype on exact VDJ sequence (excluding primers)2023-10-19T14:34:09+02:00THONIER FlorianMerge clonotype on exact VDJ sequence (excluding primers)In some case, user upload data with primers. We have in these cases mix of primer of various length able to be used for a same clonotype. And in some configuration (no-clustering), we saw 2 clonotypes or more that are an artefact.
As p...In some case, user upload data with primers. We have in these cases mix of primer of various length able to be used for a same clonotype. And in some configuration (no-clustering), we saw 2 clonotypes or more that are an artefact.
As position and size of primer can vary, we can't make only a trimming of it.
Can we make a merge based on sequence but limited to Vstart ?
See case here: [59910-50?clone=27,35,45,81](https://app.vidjil.org/59910-50?clone=27,35,45,81)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5172consensus sequence length: mix of sequence with a nucleotide mix at a positio...2023-10-18T17:56:11+02:00THONIER Florianconsensus sequence length: mix of sequence with a nucleotide mix at a position in the V geneSee sample 59910-50, with either configurations [IGH](https://app.vidjil.org/59910-2?clone=26) or [no-clusterign](https://app.vidjil.org/59910-50?).
We can see that in multi, top clonotype have a short consensus length for read that are...See sample 59910-50, with either configurations [IGH](https://app.vidjil.org/59910-2?clone=26) or [no-clusterign](https://app.vidjil.org/59910-50?).
We can see that in multi, top clonotype have a short consensus length for read that are able to get entire V gene. We can see in no clustering that top 2 clonotypes have a mix of C/T at this specific position that cut the consensus sequence.
In these case, maybe we can extend consensus but show (but how?) the mix of nucleotides.
* bypass mix with a color scale to represent variation. Can also be used to show variation in case of merge of clonotype.
* hover can show precise values variationhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5161Analysis with long reads (thousands of pb)2023-08-30T10:24:56+02:00THONIER FlorianAnalysis with long reads (thousands of pb)We have a user that load data with long reads (thousands of pb).
Results are here and are not very usefull : https://app.vidjil.org/59029-25?
We saw 20% of VDJ. Majority of "Possibly XXX".We have a user that load data with long reads (thousands of pb).
Results are here and are not very usefull : https://app.vidjil.org/59029-25?
We saw 20% of VDJ. Majority of "Possibly XXX".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5158Non-recombined sequences beyond D7-27/J12023-10-06T11:09:00+02:00Mathieu GiraudNon-recombined sequences beyond D7-27/J1
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend ...
As the sequencing lengths increase, some user reported us the following sequences that may be non-recombined as "IGHD7-27 - IGHJ1" (see #2232/!242)
- IGLV4-60 - IGLJ5
- TRBV6-9 - TRBJ2-2P
- TRBV6-1 - TRBJ2-2P
Todo !1345:
- [x] extend segment.cpp to handle other cases
- [ ] check these three cases, make tests such as `data/D7-27--J1.fa`
- [ ] fill the cases in segment.hhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5116Vidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germline2023-01-25T19:13:57+01:00THONIER FlorianVidjil-algo see a VDJ with very poor quality instead of 100% germlineThis [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K...This [clone](https://health.vidjil.org/9389-2?clone=8) is seen as `IGK V2D-29 /78/ J4` instead of `IGLV2`with 242 nt of match (100%).
In this case, we got from vidjil poor affect values :
"_________________________KKK?KKK____________K__________________K__K_____________K____________________________________________________kkkkkkkk_kk______________________________K___________________________________________________________________"
In this case, locus IGL is search too.
Algo should be stopped if their is a better evalue for any other locus ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5106Algo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the C...2022-12-20T13:38:41+01:00Thonier FlorianAlgo; sequence with mulitple J, find the last one and not the first (in the CDR3)A case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudA case of seq `V//J/n/J` seen as `V/n/d/n/J`. The found D is not concordant.
cc @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5031germlines/ et python32024-01-31T18:10:53+01:00Mathieu Giraudgermlines/ et python3Les scripts dans germline/ ne se lancent pas sur une machine récente, sans explicitement rajouter des python2 partout.
Voir aussi #2257.Les scripts dans germline/ ne se lancent pas sur une machine récente, sans explicitement rajouter des python2 partout.
Voir aussi #2257.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4985Mettre à jour vidjil-alpha2024-02-01T06:07:44+01:00Mathieu GiraudMettre à jour vidjil-alphavidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans...vidjil-alpha est notre solution pour le [pre-filtering](https://www.vidjil.org/doc/workflow/#pre-filtering-of-large-datasets), et on l'a maintenant releasé il y a plus d'un an, avec deux releases depuis de vijdil-algo.
J'ai vérifié dans le CHANGELOG, pour l'instant rien de critique n'a été mis depuis, mais bon, il y a eu du refactor (des germlines), d'autres sont à venir (!1129), bref cela vaudrait probablement le coup de ne pas trop diverger.
Rebaser ou remerger la bonne MR (c'est d'ailleurs !410 ou !881 ?) et republier un vidjil-alpha à jour ?
cc @mikael-sAlgo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4940Mettre à jour unbam ?2022-01-26T17:13:13+01:00Mathieu GiraudMettre à jour unbam ?
Ce qu'on utilise date d'il y a bientôt 5 ans. Pourquoi pas...
En attendant samtools a l'air plutôt actif, désormais sur git, mais je ne sais pas trop ce dont on aurait besoin: https://github.com/samtools/
Ce qu'on utilise date d'il y a bientôt 5 ans. Pourquoi pas...
En attendant samtools a l'air plutôt actif, désormais sur git, mais je ne sais pas trop ce dont on aurait besoin: https://github.com/samtools/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4938Use nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudUse nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?Suite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraitSuite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraithttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4930vidjil.cpp: refactor des appels de création des index2022-01-10T09:12:03+01:00Mathieu Giraudvidjil.cpp: refactor des appels de création des indexDepuis #4845, après !1010:
> Pour une remise à plat du bloc création index (et -2/-4/...) on verra plus tard
Voir le [bilan](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4845#note_568484) fait avant !1010.
Voir aussi (orthogonalement...Depuis #4845, après !1010:
> Pour une remise à plat du bloc création index (et -2/-4/...) on verra plus tard
Voir le [bilan](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4845#note_568484) fait avant !1010.
Voir aussi (orthogonalement ?) #2968 et #1169.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4896Distribution vidjil-algo ? Debian, dock ?2021-11-04T17:32:47+01:00Mathieu GiraudDistribution vidjil-algo ? Debian, dock ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?Évoqué avec @flothoni et @mikael-s
On avait cela il y a un certain temps...
Toujours en .deb ? en docker ? snap ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4880Report non-designated sequence outside of germline ?2021-10-16T13:01:10+02:00Mathieu GiraudReport non-designated sequence outside of germline ?Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.Discussion dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1010#note_579356
Voir ce qu'on souhaite côté bio, et aussi comment cela apparaît dans le ~client.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4858.gitlab-ci.yml: needs pour algo2021-09-22T16:38:58+02:00Mathieu Giraud.gitlab-ci.yml: needs pour algoAprès #4462 / !1015Après #4462 / !1015https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4777Rationaliser les appels à build_from_json2021-04-28T12:10:42+02:00Mathieu GiraudRationaliser les appels à build_from_jsonVu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?Vu à l'occasion de #4775: il y a deux fois `multigermline->build_from_json()` très semblables (dans les cas standard, le deuxième lance `homo-sapiens/homo-sapiens.g` et ne mène à rien).
Suite de #3293 ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4762Docker vidjil-algo2021-04-19T20:24:42+02:00Mathieu GiraudDocker vidjil-algoFaire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)Faire une image autonome et prête à l'emploi, avec germlines et séquences de démo.
(Pendant qu'on y est, mettre aussi `-alpha` dedans ?)