vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-03-22T14:08:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5268Bug with sampling date not filled2024-03-22T14:08:34+01:00THONIER FlorianBug with sampling date not filledTested; At least we don't send sampling date in our request.Tested; At least we don't send sampling date in our request.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5217Update browser version before release.2024-02-14T15:21:40+01:00THONIER FlorianUpdate browser version before release.We need to make an update of our various versions of browser that we support before doing this release 2024.01.
I propose to use new cypress minimum versions as base.We need to make an update of our various versions of browser that we support before doing this release 2024.01.
I propose to use new cypress minimum versions as base.Web hotfix 2024.01THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5239Slow request to IMGT2024-02-14T15:20:43+01:00THONIER FlorianSlow request to IMGTSince some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Since some times, we got slow answer from imgt in our CI pipeline (probably the same in current usage).
It take from 4sec to 30sec.
We need to increase timeout in our cypress jobs that are usually of 4sec by default.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5255Add a direct download icon to config result on set page2024-02-13T12:48:37+01:00THONIER FlorianAdd a direct download icon to config result on set pageTo download result of fuse for a given configuration, add a down arrow to result button to easily download all conf results
![Screenshot_20240213_124613](/uploads/e3955fac8c275ad8c476f65a040a2fbe/Screenshot_20240213_124613.png)To download result of fuse for a given configuration, add a down arrow to result button to easily download all conf results
![Screenshot_20240213_124613](/uploads/e3955fac8c275ad8c476f65a040a2fbe/Screenshot_20240213_124613.png)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2728Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set2024-02-06T08:21:58+01:00Thonier FlorianPouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/setUne réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer...Une réflexion que je me suis faite sur le tache #2727.
Il pourrait être intéressant pour l'utilisateur de switcher d'un sample seul vers le patient auquel il est associé, ou bien son run, ou bien SES sets ( cf #2727).
On peux imaginer aussi pouvoir faire le switch directement depuis un patient, prendre un sample et visualiser le run/set associé par exemple.
*(Ci-dessous, pas forcément, pour l'instant on veut juste des liens)*
~~~Je n'ai pas encore d'idée clair sur la réalisation par contre. La méthode "simple" serait de pouvoir ouvrir un sample du point de vue DB et visualiser toutes ses informations :
* fichiers
* preprocess
* date d'échantillonnage
* ...
* les divers résultats en fonction de la configuration
* enfin une liste de ses implications dans les runs/set
En quelque sorte la vue d’édition d'un sample, avec quelques infos en plus, et sans les éditions.~~~
Web 2020.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5229Use gre as app front2024-01-31T14:28:36+01:00CHESNIN ClementUse gre as app frontNous avions un souci avec le front sur gre à cause des cors, nous avons donc fait le choix de faire pointer app vers vdb temporairement.
Il faudrait rétablir app sur greNous avions un souci avec le front sur gre à cause des cors, nous avons donc fait le choix de faire pointer app vers vdb temporairement.
Il faudrait rétablir app sur greWeb hotfix 2024.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1382top par système : fuse.py2024-01-22T15:24:43+01:00Vidjil Teamtop par système : fuse.pySuite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100...Suite à la réunion du CBP et la discussion dans le métro, ce serait bien de récupérer plus de séquences par systèmes.
- une solution serait d'avoir, dans fuse, un `--top-by-system`, par exemple à 30, qui laisse passer (en plus du top 100) les 30 tops par système *à condition* que le système apparaisse dans le top 100 normal.
- mais cela demande aussi, dans le c++, de faire en sorte que ce top 30 soit segmenté. Pas ultra-prévu pour, à voir.
- ~~ou bien on en profite pour chambouler l'ensemble et lancer une partie du c++ (FineSegmenter, et bientôt CDR3/AA) après le fuse.~~ non
Bref, ce n'est pas si facile. Aussi une crainte : que cela ramène des choses trop basses, de bruit comparables à d'autres clones qu'on affiche pas car caché par de plus gros clones.
À réfléchir ensemble, attendre retour du CBP de début février. (En attendant, solution simple est de relancer sur autre config,)
***
Demandé aussi par Rennes : top 100 + top 10 par système ?
***
Mais attention, certains systèmes où on n'a pas grand chose on va ramener des clones très faibles…
***
On mettra des gros warnings pour les trop faibles globaux
***
Voir le mail à McGill d'aujourd'hui... En RNA-Seq, ils ont (peut-être) du TR, mais caché par un Ig beaucoup plus gros :
```
reads clones
IGH -> 49714 100.0 5930 0.119
IGK -> 214250 100.0 8250 0.039
IGL -> 67030 100.0 4375 0.065
TRA -> 796 100.0 442 0.555
TRB -> 1158 100.0 586 0.506
TRD -> 61 100.0 43 0.705
TRG -> 126 100.0 80 0.635
```
Mais il y a toujours la question du bruit.
***
Évoqué lors du VW16
***
Ping : on est peut-être sur le point de modifier le fuse, penser aussi au top par système (ou au top 1000 + 100 par système)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5141Read length distribution shows wrong sizes2024-01-22T15:22:21+01:00Mikaël SalsonRead length distribution shows wrong sizesOn these samples, I find that the read length distribution plot starts at -10% (!): https://app.vidjil.org/57056-25?plot=Reads%20length,Size,bar
It seems that the labels are not at their correct place. Even the main clone which is at 36...On these samples, I find that the read length distribution plot starts at -10% (!): https://app.vidjil.org/57056-25?plot=Reads%20length,Size,bar
It seems that the labels are not at their correct place. Even the main clone which is at 36%, only reaches 20% on the plot.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5149Replace vidjil (beta) by vidjil (version)2024-01-19T19:06:19+01:00THONIER FlorianReplace vidjil (beta) by vidjil (version)I think it time to change it.
We could also have a button in help menu with "À propos" properties; as a complete list of version of server, client, algo, external softwares ...
For the moment, we only show version of client in the con...I think it time to change it.
We could also have a button in help menu with "À propos" properties; as a complete list of version of server, client, algo, external softwares ...
For the moment, we only show version of client in the console, and server in the admin page.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3696Message d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement sup...2024-01-19T18:58:01+01:00Mathieu GiraudMessage d'avertissement si la version du browser n'est pas officiellement supportéeExtrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque...Extrait de #1077 (ouverte sur ce sujet il y a au moins 3 ans, mais qui a divergé en une réflexion)
Au tout démarrage, faire un test et afficher un message d'avertissement si le navigateur n'est pas supporté.
(avertissement, on ne bloque pas).
Ici on ne discute pas de la version que les utilisateurs devraient avoir : quoique soit cette décision, nous avons besoin d'avertir les utilisateurs quand il le faut
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2125Afficher l'organisme dans le client2024-01-19T18:49:19+01:00Mathieu GiraudAfficher l'organisme dans le clientAprès #1987, on pourra afficher l'organisme quelque part dans le client. Mais où donc ?
@mikael-sAprès #1987, on pourra afficher l'organisme quelque part dans le client. Mais où donc ?
@mikael-sWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2365axes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +2024-01-19T18:39:16+01:00Mathieu Giraudaxes: tailles des clones, avec deux valeurs particulières 0 et +Lorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbLorsqu'il y a 0 read ou peu de reads, ce sont des valeurs particulières (voir `sizeQ` dans `clone.js`).
Peut-être les afficher de manière particulière, comme pour #2363 et #2364.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2379Appels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humain2024-01-19T18:38:21+01:00Mathieu GiraudAppels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humainDepuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Depuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/888export html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json2024-01-19T18:35:17+01:00Vidjil Teamexport html : exporter les infos du modèle, mécanisme générique depuis json- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
***
Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions p...- mécanisme générique depuis json
- infos sur version Vidjil, runs, ... le plus possible doit être retraçable
- cela déborde quand beaucoup de points ?
-copier-coller
***
Témoignage de Ludovic "On a souvent des réunions patients... et on discute uniquement sur papier"
***
Exporter toutes les infos... sauf celles qui sont déjà mises ailleurs ? (nom/prénom/birth/id)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2353segmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquence2024-01-19T18:33:56+01:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : pas qu’un seul VDJ par séquencePour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : cert...Pour #1925/#2137, on veut déjà afficher les V/D/J le plus proches.
Mais aussi :
- avec un clone sélectionné : pouvoir sélectionner d’autres V/D/J (typiquement les 2è/3è pour voir les différences)
- plusieurs clones sélectionnés : certains V/D/J peuvent être communs, et on peut vouloir ne les afficher qu’une seule foishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2358task.py: Mécanisme flexible pour lancer des traitements annexes non-bloquants2024-01-19T18:31:51+01:00Mathieu Giraudtask.py: Mécanisme flexible pour lancer des traitements annexes non-bloquants@mikael-s, à propos de #1744, pense que :
- Marc a fait un mécanisme plutôt générique pour lancer via `task.py` des traitements en utilisant les scheduler, avec retour asynchrone.
- Cela pourrait être utilisé pour #1469.
Et cela po...@mikael-s, à propos de #1744, pense que :
- Marc a fait un mécanisme plutôt générique pour lancer via `task.py` des traitements en utilisant les scheduler, avec retour asynchrone.
- Cela pourrait être utilisé pour #1469.
Et cela pourrait aussi servir à d'autres choses (Et pour "Compare patients", #1508, qu'est-ce qui avait été trouvé ?).
Bref, à partir des choses faites par Marc, pourrait-on avoir un mécanisme générique pour ce type de choses (avec un truc générique dans ~"server-task.py", et un autre dans ~client) ?
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4218Afficher les noms de fichiers lors de l'ouverture d'un run plutôt que les dates2024-01-19T18:30:04+01:00Thonier FlorianAfficher les noms de fichiers lors de l'ouverture d'un run plutôt que les datesSi le champs des dates est renseigné sur les samples, l'ouverture d'un patient ou d'un run affiche prioritairement ce champ plutôt que le nom du fichier.
Dans le cas d'un patient, c'est assez logique, le nom n'étant probablement pas le...Si le champs des dates est renseigné sur les samples, l'ouverture d'un patient ou d'un run affiche prioritairement ce champ plutôt que le nom du fichier.
Dans le cas d'un patient, c'est assez logique, le nom n'étant probablement pas le plus important. En revanche, si on ouvre par run, on souhaite très probablement avoir l'information du nom de fichier.
Version ultime: S'il y a un lien entre le sample et un patient, les informations nom/prénom du patient.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2328Clarifier ce que sont les clusters2024-01-19T18:26:06+01:00Mathieu GiraudClarifier ce que sont les clustershttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5191py4web; return that a server error occured when it is2024-01-15T09:39:47+01:00THONIER Florianpy4web; return that a server error occured when it isFor the moment, when an `internal server error` occur, a modal with text about ssl is open.
This is false and we should show a flash message to say that an error occured.
Maybe use code error 500 to detect it with ajax.
As with py4web ...For the moment, when an `internal server error` occur, a modal with text about ssl is open.
This is false and we should show a flash message to say that an error occured.
Maybe use code error 500 to detect it with ajax.
As with py4web migration these types of error can occure more than usual, it can be important to return a correct message to user and that they don't waste time to search about ssl error.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5201Include fontello in our docker image ?2023-12-20T14:38:12+01:00THONIER FlorianInclude fontello in our docker image ?Since some days, we have error dues to fontello curl request. Maybe are we launch to much test and are "partially" black listed.
Can we include directly these font in our docker image to only get it on by commit, even from another adre...Since some days, we have error dues to fontello curl request. Maybe are we launch to much test and are "partially" black listed.
Can we include directly these font in our docker image to only get it on by commit, even from another adress that don't fail ?
We also have sometimes somes problems with server that don't have a full access to internet.
Questions
* license allow it ?
* Where to easily store this file ?