vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-08T14:13:20+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2336Renommer « merge » ou « cluster »2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudRenommer « merge » ou « cluster »Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses si...Nous avons deux mots différents pour la même chose : « merge » (le bouton favori de nos utilisateurs) et « cluster » (le menu, changé par #2335).
Ce serait bien d’uniformiser, et cela aiderait à comprendre que le menu fait des choses similaires au bouton.
- remplacer « merge » par « cluster » : cohérent, mais risque de perturber les utilisateurs. Il faudra une notification.
- remplacer « cluster » par « merge » : un peu plus bizarre « merge by J’ », mais on peut s’y faire. Mvouais.
cc @mikael-s @flothoni @RyanHerb Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2683Liste initiale de tags2020-08-27T12:04:40+02:00Mathieu GiraudListe initiale de tagsSuite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
...Suite à #2624, et avec #2170 en tête, on doit préparer la liste de tags publics avant le déploiement de demain vendredi matin.
Attention à #2671 : on doit créer `#ALL` avant que d'autres gens ne mettent `#all` ou `#AlL``
cc @flothoni
```
=== oui ===
--> doc/tags.org
=== à discuter encore ===
#CDKN2 #CDKN2A #CDKN2B
#DNA #RNA #cDNA #cfDNA #ctDNA
SLL ? AML ?
=== plus tard ===
vaccine
mouse
dog
```Web 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2308Mise en production des sets génériques2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudMise en production des sets génériquesNous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] ...Nous mettrons en production les sets pour %"Web 2017.04".
Que reste-t-il ? Surtout de la vérification / ~bikeshedding des différentes pages / voir si tout fonctionne
* [x] page de création
* [x] page d'édition
* [x] url d'arrivée
* [x] info en haut à gauche
* [x] save analysis
Et la documentation `user.org` parle-t-elle bien aussi des sets ? Communique-t-on d'une manière particulière ?
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniWeb 2017.09Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4222Verrou sort: quand on change de point, -2020-03-24T12:14:28+01:00Mathieu GiraudVerrou sort: quand on change de point, -Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_291861 :
> Je n'ai pas remis dans la liste le sort "-" qui ne me semble plus utile maintenant que nous avons le verrou. Sa présence dupliquerai en quelque sorte la f...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_291861 :
> Je n'ai pas remis dans la liste le sort "-" qui ne me semble plus utile maintenant que nous avons le verrou. Sa présence dupliquerai en quelque sorte la fonction du verrou.
Ce qui me gène, c'est quand il y a le verrou et qu'on vient de changer d'échantillon, de voir toujours "size" alors que cela ne correspond plus à ce qu'on a sous les yeux. Même si on remet ce '-' , je pense que cela ne duplique pas, car on a deux situations différentes:
- "size" + verrou fermé : on voit un sample, c'est trié par size sur un autre sample, et c'est gelé
- "-" + verrou fermé: c'est trié par quelque chose d'autre que ce qu'on voit actuellement
Dit autrement, la dropdown "size" "-" permettrait toujours de comprendre si ce qu'on a sous les yeux est trié ou pas.Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4221Indication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample2020-03-25T17:35:19+01:00Mathieu GiraudIndication sur le graphe quand on affiche uniquement les clones d'un sample
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample co...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/564#note_311084, @mikael-s et @flothoni:
> > > ~bikeshedding on pourrait avoir une petite indication visuelle dans le graph pour indiquer qu'on ne voit que les clones du sample courant ?
> > Je ne sais pas ce qui est le mieux pour être parlant en fait. Un changement dans la coloration de la barre ou du label dans ce cas ? Je réfléchit à ce qui est le mieux dans ce cas, et ce qui ressort facilement visuellement.
> Tu remarqueras que je ne me suis pas avancé :)
> Si on reprend le principe du focus (c'est un peu le cas ici : un focus sur les clones du sample courant) il y a une indication dans la barre de recherche. Avantage : il y a une certaine cohérence. Inconvénients : on ne peut plus faire un focus en plus, et ce n'est pas très visuel.
![Screenshot_20200312_102137](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/uploads/2ec122445ae2047097875f069f1ef039/Screenshot_20200312_102137.png)
Je viens de tester une petite modif css. Quelque chose du genre serait-il parlant ? J'ai aussi voulu mettre une valeur `title`, mais ça n'a pas marché. Il faudrait probablement passer par d3js pour mettre un tooltip en place, mais ça me semble être compliqué. Un petit astérisque à la suite du nom ?
En tout cas, là on ne risque pas d'oublier que l'on a activé l'option. Comment ensuite lier la couleur à l'option ? Si on adopte cette méthode, y a-t-il d'autres options ou une coloration du genre serait pratique ?Déploiement 2020.06Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2859Terminologie des locus : documenter le +2023-03-28T16:48:53+02:00Mathieu GiraudTerminologie des locus : documenter le +@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorial@Cyanael, dans #2854 :
> A quoi sert le '+' de IGH+ ?
Notre doc doit déjà en parler, mais on pourrait mieux le détailler. En parler aussi dans le tutorialWeb 2021.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4587My Account et ailleurs : terme "job" → "process"2020-12-30T10:07:16+01:00Mathieu GiraudMy Account et ailleurs : terme "job" → "process"Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on p...Pour #4562
Est-ce que "job" est le bon terme ? (à la fois "my jobs" et "34 jobs last months")
- Dans la page d'un set, on dit "run the selected configuration"...
- Dans http://www.vidjil.org/doc/user/#samples-and-pre-processes, on parle de "task", de "processing"...Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3270Utiliser NO_LIMIT_VALUE plutôt que UINT_MAX dans filter.h/filter.cpp2018-06-13T15:45:33+02:00Mathieu GiraudUtiliser NO_LIMIT_VALUE plutôt que UINT_MAX dans filter.h/filter.cppUn détail : nous n'avons pas l'habitude d'utiliser des comparaisons avec `UINT_MAX`, mais plutôt de faire un test explicite avec `NO_LIMIT_VALUE` (voir les occurrences de `NO_LIMIT_VALUE` dans `core/*.cpp`).
(Cela simplifiera en plus #3...Un détail : nous n'avons pas l'habitude d'utiliser des comparaisons avec `UINT_MAX`, mais plutôt de faire un test explicite avec `NO_LIMIT_VALUE` (voir les occurrences de `NO_LIMIT_VALUE` dans `core/*.cpp`).
(Cela simplifiera en plus #3264.)merge-filterCyprien BoréeCyprien Boréehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2778Renommer `?sample_set_id=` en `?set=`2017-11-19T22:15:41+01:00Mathieu GiraudRenommer `?sample_set_id=` en `?set=`Voir #2095.Voir #2095.Web 2017.11Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3178Ajout de samples : « specific set » est peu clair2018-04-17T14:58:48+02:00Mikaël SalsonAjout de samples : « specific set » est peu clairOn ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?On ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1227Trouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?2023-06-29T14:45:38+02:00Vidjil TeamTrouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
***
C'...Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
***
C'était aussi une question de Yann : est-ce qu'on peut utiliser le clavier ?
Typiquement Ctrl+S pour enregistrer le fichier d'analyse, Ctrl+E (par ex.) pour exporter en PDF. On pourrait avoir des raccourcis pour changer de vue analysis.
Ctrl+1, Ctrl+2, etc pour aller au patient 1, 2, etc dans les derniers patients du menu patients
***
Pomme-S, tu veux dire ? Je sors.
***
Raccourci pour normaliser : Ctrl+N (bof). Il peut y avoir plusieurs normalisations : un raccourci par normalisation ou cycle ?
***
Normalisation : si pas Ctrl-N, Ctrl-Z ou je ne sais pas quoi.
On cycle entre les différentes normalisations s'il y en a plusieurs.
***
Ce n'est pas évident de trouver des touches disponibles.
Voir http://webmasters.stackexchange.com/questions/18041/best-modifier-key-combination-for-web-shortcuts
Une solution est de se limiter à des lettres simples. Mais chez nous, lettre simple = choix de système.
On pourrait avoir Shift-N & co.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4885Noms plus courts pour les stages2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu GiraudNoms plus courts pour les stages
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans f...
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans faire le hover ? Avant nous avions `ff32-bla-bla`.
![image](/uploads/515e52bc63dae69592c6f0cde1377f55/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4843Bikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...2021-11-22T13:46:36+01:00Mathieu GiraudBikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...Suite à !996.Suite à !996.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4758algo: -3 par défaut ?2021-04-19T18:40:00+02:00Mathieu Giraudalgo: -3 par défaut ?
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il re...
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il reste est négligeable.
Transformer cela en une option avancée `--no-cdr3` qui ferait l'inverse ? (ou bien même supprimer cela complètement et toujours le lancer ?)Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4698Renommer vidjil-algo-latest.tar.gz en vidjil-algo-stable.tar.gz ?2021-02-15T14:25:10+01:00Mathieu GiraudRenommer vidjil-algo-latest.tar.gz en vidjil-algo-stable.tar.gz ?`-latest` donne une impression de `-nighlty`/`-beta`, alors que tout au contraire c'est notre version stable. On peut avoir intérêt à mieux marquer la différence avec des versions `-alpha` ou `-beta` que l'on diffuserait par ailleurs.
R...`-latest` donne une impression de `-nighlty`/`-beta`, alors que tout au contraire c'est notre version stable. On peut avoir intérêt à mieux marquer la différence avec des versions `-alpha` ou `-beta` que l'on diffuserait par ailleurs.
Renommer cela en `vidjil-algo-stable.tar.gz` ? Si oui, maintenir des liens symboliques pour anciens liens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4562Mise en prod "My Account"2020-12-10T09:27:00+01:00Mathieu GiraudMise en prod "My Account"Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait p...Suite à !837
- [x] test live sur app après un premier deploy
- [x] ~bikeshedding : chaînes de texte (assign @magiraud)
- [x] ~doc
- [ ] ~com : préparer des news (sera déployé probablement avec !813)
@duez disait qu'il ne fallait pas traîner, tout à fait d'accord ;) On peut en parler pochainement !
cc @flothoniWeb 2020.12Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-12-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4338Chiffres significatifs : average_read_length, e-value2021-03-31T21:37:28+02:00Mathieu GiraudChiffres significatifs : average_read_length, e-value```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimal...```
"_average_read_length": [
333.6000061035156
],
```
Mettre seulement 2 (ou 1, ou 3) décimales. Pas tellement pour gagner 10 octets, mais juste parce que cela ne fait pas vraiment de sens.
Pendant qu'on y est, 2 décimales pour les e-valeurs sont probablement aussi largement suffisantes, surtout vu la précision de nos modèles ;-)