vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-06-03T20:11:09+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4318getProbabilityAtLeastOrAbove() d'avoir 3 k-mers parmi 2 devrait être 02020-06-03T20:11:09+02:00Mathieu GiraudgetProbabilityAtLeastOrAbove() d'avoir 3 k-mers parmi 2 devrait être 0Voir discussion sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/679#note_333596
A priori cela ne change rien pour nous, mais bon, on pourrait peut-être avoir un test explicite pour que cela vale 0 comme on l'attend.Voir discussion sur https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/679#note_333596
A priori cela ne change rien pour nous, mais bon, on pourrait peut-être avoir un test explicite pour que cela vale 0 comme on l'attend.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4316evalue D et autres dans .vidjil2020-06-03T19:51:25+02:00Mathieu Giraudevalue D et autres dans .vidjilAcutellement, on a `seg.evalue_{left,right}`.
1) Renomme-t-on cela en `seg.{5,3}.evalue` ? C'est un breaking change du format.
2) Ajoute-t-on un `seg.4.evalue` ? C'est un champ de AIRR #3569, pour l'instant on ne le sort pas. D'autant ...Acutellement, on a `seg.evalue_{left,right}`.
1) Renomme-t-on cela en `seg.{5,3}.evalue` ? C'est un breaking change du format.
2) Ajoute-t-on un `seg.4.evalue` ? C'est un champ de AIRR #3569, pour l'instant on ne le sort pas. D'autant que la e-valeur sur D peut-être informative #2002https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3229Nomenclature ERG2020-05-20T16:40:19+02:00Mathieu GiraudNomenclature ERGMême question que #3165 pour ERG: d'où vient la nomenclature `ERG-2F` ?
`ERG-R(3'5') ERG-Init-R` : il va s'arrêter à l'espace.
-> plutôt `ÈRG-Init-R`et `ERG-Seq-R` ? D'où viennent ces nomenclatures ?
Peut-on enlever les `(5'3')` parto...Même question que #3165 pour ERG: d'où vient la nomenclature `ERG-2F` ?
`ERG-R(3'5') ERG-Init-R` : il va s'arrêter à l'espace.
-> plutôt `ÈRG-Init-R`et `ERG-Seq-R` ? D'où viennent ces nomenclatures ?
Peut-on enlever les `(5'3')` partout : `ERG-2F`... ?
cc @flothoniAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4196Scatterplots "plutôt carrés" ?2020-02-20T17:53:24+01:00Mathieu GiraudScatterplots "plutôt carrés" ?En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bo...En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bouger le séparateur) ou moins. Le choix des axes V/J par défaut va dans ce sens (très peu de J).
Pourrait-on afficher des ~"client-grid" 1:1 (voire 1:1,5) ? A priori rien ne l'empêche (et @duez: "quand elle existe, la barre de locus pourrait être horizontale"). Certaines combinaisons d'axes devraient déjà faire quelque chose de joli (similarity, compare, ...).
À voir si il faudra trouver un joli `sp2` par défaut pour le panel C de #4195. Rien d'urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4177Courbes un peu plus angulées mais pas comme avant2020-02-12T16:40:31+01:00Mathieu GiraudCourbes un peu plus angulées mais pas comme avantVu avec @duez et @mikael-s: depuis !581, les courbes sont très smooth.
Possible qu'elles soient un tout petit plus anguleuses ?
Ou à terme, une préférence "smooth: off/on" ?Vu avec @duez et @mikael-s: depuis !581, les courbes sont très smooth.
Possible qu'elles soient un tout petit plus anguleuses ?
Ou à terme, une préférence "smooth: off/on" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4040Distributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?2020-01-08T15:59:52+01:00Mathieu GiraudDistributions : color by clone par défaut, autre mode de couleur ?Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on u...Avec les distributions, souhaite-t-on avoir par défaut "color by clone" ? C'est ce qui donne d'un coup d'oeil des infos sur le genescan.
Ou reste-t-on au fonctionnement actuel, notamment pour profiter des tags ?
Ou bien... essaie-t-on un autre mode de couleur, ou on aurait à la fois un "color by clone" léger, toujours actif par défaut et qui permettrait quand même de voir les tags (quitte à avoir le "color by clone" actuel, plus visible, toujours possible)
vdj#921https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4041Sélection sur histogramme2019-11-08T09:54:32+01:00Mathieu GiraudSélection sur histogramme
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...
Je trouve que la sélection sur un ~"client-bar" type Genescan est peu élégante, surtout par rapport à la finesse des barres. Pas trop d'idées sur ce qu'on pourrait faire...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4021Distributions et noms des axes2019-10-31T18:41:52+01:00Mathieu GiraudDistributions et noms des axesÉvoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de défini...Évoqué il y a quelques jours puis hier avec @flothoni.
Comment nommer les axes ?
Actuellement `seg3` dans ~"server-fuse" est `v` dans le ~client.
On pourra avoir une réflexion globale sur les axes un jour, en attendant éviter de définir des nouvelles choses et mettre le minimum de choses hard-codées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4009Quelle devrait être la position par défaut du slider top ?2019-10-24T13:02:19+02:00Mathieu GiraudQuelle devrait être la position par défaut du slider top ?Évoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothoniÉvoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2862Tags et couleurs2019-10-21T15:05:46+02:00Tatiana RocherTags et couleursPourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.Pourquoi nommer les couleurs `clone 1`, `clone 2`, ... ?
Cela fait poser des questions lors du tuto.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3985axes.js: renommer "fct" en "get"2019-09-25T10:48:23+02:00Mathieu Giraudaxes.js: renommer "fct" en "get"Suggéré par @flothoni
À faire quand !515 sera un peu plus stabiliséSuggéré par @flothoni
À faire quand !515 sera un peu plus stabiliséhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3782Options courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?2019-03-20T18:20:05+01:00Mathieu GiraudOptions courtes -x/-X/-y/-z : supprimer, renommer ?Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être b...Extrait de !245 et de #3295 :
Les garder ?
> - systématisme x/X => y => z
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98391 : -x, -y et -z ont été les options les plus utilisées par un développeur a un moment (peut être biaisé par le moment / le dev en question)
Les supprimer ?
> - #3295: « est obscure toute option dont la lettre du nom court ne se retrouve pas dans le nom long » (par exemple `-z`, `-y`, `-x`, `-X`, `-Z`…).
>
> - !245: x et y sont (quasi ?) réservées au debug, bloquer un nom court pour elles me paraît un peu overkill
>
> - https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3295#note_98439 : Notre utilisation n'est pas représentative d'une utilisation normale. En routine je ne pense pas que grand monde utilise du `-x` par exemple.
Autre solution, renommer ?
> (mais au pire on doit pouvoir trouver un nom un peu plus parlant). Pour `-z` on pourrait imaginer un `-n` (le `-d` étant déjà pris).
Proposition : voir cela la prochaine fois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3286Nomenclature breakpoints Ikaros et vue sur le client2019-03-19T11:11:33+01:00Mathieu GiraudNomenclature breakpoints Ikaros et vue sur le clientSuite à #3102 et be3a4ada6.
Il faudra se questionner un jour encore sur la nomenclature, en particulier pour l'affichage dans le client.
On a en ce moment des clones `IKZF1-INTRON-3 1//3 IKZF1-3'UTR-breakpoint1`.
Mais `IKZF1-3'UTR-bre...Suite à #3102 et be3a4ada6.
Il faudra se questionner un jour encore sur la nomenclature, en particulier pour l'affichage dans le client.
On a en ce moment des clones `IKZF1-INTRON-3 1//3 IKZF1-3'UTR-breakpoint1`.
Mais `IKZF1-3'UTR-breakpoint1` est fort long, cela dépasse sur le ~"client\-grid", et même dans la ~"client\-cloneList" (même avec 8d80fbc), ce n'est pas facile à lire. `IKZF1-BP1` ? `IKZF1-INTRON-8-BP1` (hum, trop long aussi) ? On revient à `IKZF1-INTRON-8` ?
Au passage (et voir aussi #3249), d'où vient ce numéro de breakpoint ? Est-ce consensus dans les publis / autres documents de Ikaros ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3285Sortir IKZF1*fa et ERG*fa du git ?2019-03-14T16:14:47+01:00Mathieu GiraudSortir IKZF1*fa et ERG*fa du git ?Jusqu'à maintenant, on ne mettait pas des fichiers directement dans `germline/`.
Tout était :
- généré par `get-germline` (y compris KDE/INTRON, téléchargés depuis vidjil.org... hum).
- puis on incrémentait le `germline_id`
Pour que l...Jusqu'à maintenant, on ne mettait pas des fichiers directement dans `germline/`.
Tout était :
- généré par `get-germline` (y compris KDE/INTRON, téléchargés depuis vidjil.org... hum).
- puis on incrémentait le `germline_id`
Pour que la release passe, j'ai du faire XXXX mais cela ne me plaît pas.
À discuter pour la prochaine release, comment rendre cela plus propre... peut-être déjà mieux respecter la séparation `feature-g` (les germlines, nomenclature...) / `feature-a` (l'algo), faire cela à des moments différents.
Cela peut se faire naturellement avec une partie de #3249. Ou on peut mettre aussi ces fichiers sur le web.
En tout cas trouver une solution cohérente entre KDE/INTRON et IKZF1.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3324L'icône "run" n'est pas assez claire2019-02-28T12:39:27+01:00Mathieu GiraudL'icône "run" n'est pas assez claireJe me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte cl...Je me suis encore fait avoir en pensant que je n'avais pas accès au "run" alors que c'est juste le bouton qui a changé.
Le bouton engrenage fait plus penser à "paramètres". Un bouton "play" serait peut-être plus adapté, avec un texte clair ("go", "process" car on ne veut pas "run"...).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3680id des groupes, admin des configs2019-01-15T13:36:20+01:00Mathieu Giraudid des groupes, admin des configsLa colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)La colonne "id" dans la vue pour changer les permissions des configs est trompeuse : ce n'est pas l'id des users en question (voir par exemple user 62 sur app). Est-ce l'id des groupes ? (On n'affiche nulle part cet id.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3650How does the user see the normalized_reads field?2019-01-10T15:21:23+01:00Mathieu GiraudHow does the user see the normalized_reads field?Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that coul...Raised by @meidanis on #3645.
(We do not directly display `normalized_reads`, but ratios computed with this number, and depending on what is selected)
We could have something like `(17 reads (0.19%), 18.5 normalized (0.23%))` that could be shown on the detailed information window, but we definitely need a short version.
It could be (17 reads is the actual number of reads, 0.23% is the ratio computed with `normalized_reads`):
- `17 reads (0.23%)`
- `17 reads (0.23%N)`
- `17 reads (0.23)`
Note that most of the people that will use this feature will probabibly always have normalized reads (even with #3648). It's probably better not to disturb them with too many information and to show them something simple.
cc @mikael\-s @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1945Tooltips riches dans la webapp : implémentation2019-01-10T15:21:23+01:00Vidjil TeamTooltips riches dans la webapp : implémentationDescription un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
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Remarque de Marc duran...Description un peu complète et lien vers la doc. Si la tooltip apparaît plus rapidement qu'un "title" c'est mieux aussi. Exemple, sans bibliothèque JS (à part JQuery) : https://codepen.io/jamilhijjawi/pen/lIwbK
***
Remarque de Marc durant la rando : on crée beaucoup de contenu dynamiquement, bref cela impose de relancer le .js (soit sur tout, soit sur l'objet nouvellement créé).
Solution purement CSS dans features/tooltip (ce qu'avait fait François), simplification/re-travail en cours.
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@magiraud @mikael-sWeb 2018.01