vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-20T17:53:24+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4196Scatterplots "plutôt carrés" ?2020-02-20T17:53:24+01:00Mathieu GiraudScatterplots "plutôt carrés" ?En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bo...En discutant sur #4195, on a refait le constat que nos vues ~"client-grid", ~"client-bar" (et ~"client-graph") sont plutôt pensées "rectangulaires". On a habituellement un ratio x:y de 4:1 à 3:1, rarement vers 2:1 (sauf quand on fait bouger le séparateur) ou moins. Le choix des axes V/J par défaut va dans ce sens (très peu de J).
Pourrait-on afficher des ~"client-grid" 1:1 (voire 1:1,5) ? A priori rien ne l'empêche (et @duez: "quand elle existe, la barre de locus pourrait être horizontale"). Certaines combinaisons d'axes devraient déjà faire quelque chose de joli (similarity, compare, ...).
À voir si il faudra trouver un joli `sp2` par défaut pour le panel C de #4195. Rien d'urgent pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4009Quelle devrait être la position par défaut du slider top ?2019-10-24T13:02:19+02:00Mathieu GiraudQuelle devrait être la position par défaut du slider top ?Évoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothoniÉvoqué hier: on montre depuis longtemps aux utilisateurs qu'ils peuvent avoir plus de clones avec le slider. Est-ce qu'il est encore pertinent d'avoir un slider top par défaut non au maximum ? Lien avec !515 ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3566Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?2018-10-24T16:27:47+02:00Mathieu GiraudSupprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA...On l'a peut-être oublié, nous disons sur stdout et dans la ~doc que le `.vdj.fa` est (l'un des) "main output file"(s).
Voir aussi http://www.vidjil.org/doc/vidjil-algo/#main-output-files
```
>clone-001--IGH--0000008--0.0608%--lcl|FLN1FA001CPAUQ.1|-[106,232]-#2 - 127 bp (54% of 232.0 bp) + VDJ 1 54 73 84 85 127 IGHV3-23*05 6/ACCCGGGAGGAACAATAT/9 IGHD6-13*01 0//5 IGHJ4*02 IGH SEG_+ 1.952469e-18 1.644625e-18/3.078448e-19 {52(45)96 p CTREEQYSSWYFDFW}
CTGTACCTGCAAATGAACAGCCTG ...
```
Une fois que l'on a #2828, on peut se demander ce qu'on doit conserver.
Est-ce que ces headers sont utiles ? Oui pour ~"dev\-tests\-curated\-vdj", mais qui pourrait utiliser autre chose #3567.
On garde bien sûr la sortie `.vdj.fa`... mais :
- cas extrême : on vire ce header, ou tout ce qui est après l'espace
- ou, après la partie sans espace, on met directement le ` .tsv` AIRR #2828 (problème: trop long)
- ou au moins le *début* du .tsv, à supposer qu'on ait un ordre intelligent - (!xxx essaie de faire cela)
Dans tout les cas, au minimum, mettre la génération de tout cela dans une sous-classe de `CloneOutput` #3592.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3178Ajout de samples : « specific set » est peu clair2018-04-17T14:58:48+02:00Mikaël SalsonAjout de samples : « specific set » est peu clairOn ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?On ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2928Un composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visibles2017-12-04T09:17:32+01:00Mathieu GiraudUn composant pour des infos login / serveur / uploads / ... toujours visiblesEssai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou p...Essai pour #2848 et #2927.
- regrouper toutes les interactions au serveur quelque part. Certes, `open patient` est aussi de l'interaction serveur, mais là on parle d'infos plutôt de connexion / debug / monitor
- réfléchir sur une ou plusieurs icônes. Avoir un moyen d'indiquer qu'on est connecté et que le serveur répond. Regroupe-t-on ce qui dépend de l'upload, de requêtes en cours au même endroit ?
- quelle intégration au menu ? Vidjil(beta) ne prend-il pas trop de place ? comment faire des menus propres alignés à droite ? Ou bien ne pas trop passer du temps sur ces questions, tout risquant d'être chamboulé bientôt par ~"vmi-responsive" (et on aura alors une vue "serveur" ?)
- mis aucune couleur ici, bien que ce soit très tentant sur plusieurs éléments... garder la couleur pour les clones ?
![server-menu](/uploads/70736279d6d690ab0f6b7bb008fc5590/server-menu.png)
![server-menu.svg](/uploads/5e558e6a9551d88616ec3ee3bb7b95e8/server-menu.svg)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2095Belles URL persistantes courtes : bikeshedding2018-02-23T10:04:51+01:00Mathieu GiraudBelles URL persistantes courtes : bikeshedding#1188 réfléchit à ce qu'on veut faire passer de nouveau dans l'URL.
Énorme bikeshedding, à discuter : redéfinissons les URLs actuelles ?
Actuellement :
http://app.vidjil.org/browser/?patient=1471&config=26
http://app.vidjil.org/browse...#1188 réfléchit à ce qu'on veut faire passer de nouveau dans l'URL.
Énorme bikeshedding, à discuter : redéfinissons les URLs actuelles ?
Actuellement :
http://app.vidjil.org/browser/?patient=1471&config=26
http://app.vidjil.org/browser/?custom=13580&custom=1200&custom=16466&
`custom` ne veut plus dire grand chose → `samples` ?
`patient` → maintenant c’est `sample_set`, mais pas très beau/court. `set` ?
Le `browser` qui traine n’est pas utile et ne fait plus référence à grand chose (si on a d’autre chose que `browser`, on peut les mettre dans un autre serveur que `app`).
Pour des sample sets :
`http://app.vidjil.org?set=1471` (doit fonctionner même sans `&config=26`)
voire `http://app.vidjil.org?set=1471,1457,1128` (si on peut comparer un jour des sample sets)
ou même `http://app.vidjil.org/1471` ? (qui ne serait qu’un raccourci nginx/apache vers `?set=` ?). Ce serait le lien principal pour parler d’un patient
Pour des samples :
`app.vidjil.org?samples=3452,3456,3475` voire `?s=3452,3456,3475`
@aurelBZH @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1227Trouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?2023-06-29T14:45:38+02:00Vidjil TeamTrouver des raccourcis claviers utiles, quelles touches ?Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
***
C'...Plus généralement, trouver d'autres raccourcis claviers utiles.
- Les flèches haut/bas pourraient se ballader dans les clones (par abondance en fonction du point ?)
- tab ?
- autres fonctions ?
Celui qui veut peut proposer...
***
C'était aussi une question de Yann : est-ce qu'on peut utiliser le clavier ?
Typiquement Ctrl+S pour enregistrer le fichier d'analyse, Ctrl+E (par ex.) pour exporter en PDF. On pourrait avoir des raccourcis pour changer de vue analysis.
Ctrl+1, Ctrl+2, etc pour aller au patient 1, 2, etc dans les derniers patients du menu patients
***
Pomme-S, tu veux dire ? Je sors.
***
Raccourci pour normaliser : Ctrl+N (bof). Il peut y avoir plusieurs normalisations : un raccourci par normalisation ou cycle ?
***
Normalisation : si pas Ctrl-N, Ctrl-Z ou je ne sais pas quoi.
On cycle entre les différentes normalisations s'il y en a plusieurs.
***
Ce n'est pas évident de trouver des touches disponibles.
Voir http://webmasters.stackexchange.com/questions/18041/best-modifier-key-combination-for-web-shortcuts
Une solution est de se limiter à des lettres simples. Mais chez nous, lettre simple = choix de système.
On pourrait avoir Shift-N & co.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4979Rapports: nom du clone2022-06-17T12:26:56+02:00Mathieu GiraudRapports: nom du clone![image](/uploads/b926128ea6dc603e6b7687286ccaa45d/image.png)
(Ligne LLC: on en discute déjà sur !1151)
Pourquoi y a-t-il deux fois le nom du clone ?
On pourrait de plus utiliser la forme réduite du nom (selon les settings), de toute ...![image](/uploads/b926128ea6dc603e6b7687286ccaa45d/image.png)
(Ligne LLC: on en discute déjà sur !1151)
Pourquoi y a-t-il deux fois le nom du clone ?
On pourrait de plus utiliser la forme réduite du nom (selon les settings), de toute manière on a la séquence en-dessous si on veut le CDR3 complet.
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4885Noms plus courts pour les stages2021-10-27T09:56:49+02:00Mathieu GiraudNoms plus courts pour les stages
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans f...
Depuis le merge des matrix, les stages ne sont plus nommés pareil, voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/1047
Les raccourcir pour qu'on puisse simplement... voir l'info pertinente dans la vue des pipelines sans faire le hover ? Avant nous avions `ff32-bla-bla`.
![image](/uploads/515e52bc63dae69592c6f0cde1377f55/image.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4854Plusieurs -g avec des espèces différentes ?2021-09-21T08:28:54+02:00Mathieu GiraudPlusieurs -g avec des espèces différentes ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?Depuis !1010 :
> À voir, que se passe-t-il quand il y a plusieurs .g avec des infos contradictoires de species ou autre ? Ce n'était pas traité jusqu'à présent.
Est-ce qu'on refuserait cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4846"not analyzed" depuis le cpp2021-09-17T10:19:56+02:00Mathieu Giraud"not analyzed" depuis le cppDans `germline.h`:
```
#define PSEUDO_NOT_ANALYZED "not analyzed"
```
J'ai été tenté de mettre `not designated`, mais rien fait pour l'instant, vérifier dans quels cas c'est utilisé dans l'algo et ensuite les implications sur le ...Dans `germline.h`:
```
#define PSEUDO_NOT_ANALYZED "not analyzed"
```
J'ai été tenté de mettre `not designated`, mais rien fait pour l'instant, vérifier dans quels cas c'est utilisé dans l'algo et ensuite les implications sur le ~client.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4843Bikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...2021-11-22T13:46:36+01:00Mathieu GiraudBikeshedding menus couleurs, filtres, primers, axes...Suite à !996.Suite à !996.Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4840Clés obligatoires dans le .json d'un pre-process ?2022-04-26T11:36:02+02:00Mathieu GiraudClés obligatoires dans le .json d'un pre-process ?Following discussion from [!691](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/691#note_348535):
> > @magiraud : Il devrait y avoir une modification sur `doc/vidjil-format.md` pour spécifier les nouveaux champs (pas tous, il...Following discussion from [!691](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/691#note_348535):
> > @magiraud : Il devrait y avoir une modification sur `doc/vidjil-format.md` pour spécifier les nouveaux champs (pas tous, ils dépendent du pre-process, mais au moins le cadre général).
> @flothoni: La seule clef obligatoire est la `parameters` qui déclenche la conversion en `Preprocess` dans le fuse. (...)
> Doit-on rendre d'autres clefs indispensable ? Spécifier par exemple les champs `producer`, `run_timestamp`, `stats` et `warnings` ? Il faudrait mettre une mention dans le code pour vérifier la validité de ces clef dans les Preprocess.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4758algo: -3 par défaut ?2021-04-19T18:40:00+02:00Mathieu Giraudalgo: -3 par défaut ?
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il re...
Y aurait-il une raison autre qu'historique qui nous pousserait à ne pas avoir une détection de CDR3 par défaut, en tout cas incluse dans le `-z` ?
Une fois qu'une séquence est passée au `-z` (euh, au `--max-xxxxxx` ;), le temps qu'il reste est négligeable.
Transformer cela en une option avancée `--no-cdr3` qui ferait l'inverse ? (ou bien même supprimer cela complètement et toujours le lancer ?)Algo 2021.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4698Renommer vidjil-algo-latest.tar.gz en vidjil-algo-stable.tar.gz ?2021-02-15T14:25:10+01:00Mathieu GiraudRenommer vidjil-algo-latest.tar.gz en vidjil-algo-stable.tar.gz ?`-latest` donne une impression de `-nighlty`/`-beta`, alors que tout au contraire c'est notre version stable. On peut avoir intérêt à mieux marquer la différence avec des versions `-alpha` ou `-beta` que l'on diffuserait par ailleurs.
R...`-latest` donne une impression de `-nighlty`/`-beta`, alors que tout au contraire c'est notre version stable. On peut avoir intérêt à mieux marquer la différence avec des versions `-alpha` ou `-beta` que l'on diffuserait par ailleurs.
Renommer cela en `vidjil-algo-stable.tar.gz` ? Si oui, maintenir des liens symboliques pour anciens liens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4697Mieux afficher les ratios très faibles2021-02-12T18:30:41+01:00Mathieu GiraudMieux afficher les ratios très faibles- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?- ~cpp : `0.000644% of 126748894 reads`
- ~client, zone info: `0.00%` en rouge (pas très informatif)
Alors que dans le ~client, on affiche mieux les faibles pourcentages dans ~"client-cloneList" ?