vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-26T11:42:42+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2040Ajout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapport2021-11-26T11:42:42+01:00Thonier FlorianAjout d'une fonction clipborad pour les graph pour exporter dans le rapportL'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur l...L'équipe de Debré souhaite pourvoir sauvegarder dans un clipborad différents graphiques qu'ils génèrent, et que ceux-ci soit automatiquement ajoutés aux rapports, avec si possible j'imagine un champs texte qu'ils peuvent renseigner sur le contenu et la signification du graphique.
A minima cela passerait par un boutton permettant d'enregistrer le graphique, et de l'exporter au format image non ?
Pour ma part, je pense qu'il faudrait en plus sauvegarder/exporter des informations permettant de regénérer la figure (type locus choisi, filtre, nb clones, ...) à inclure dans le rapport.
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1485BCL2 / JH2019-04-03T15:41:17+02:00Vidjil TeamBCL2 / JHmerci Nathalie !
Elle doit nous envoyer une ref, on peut parier que c'est http://www.nature.com/leu/journal/v14/n9/full/2401889a.html
Lymphomes
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BCL2.fa
MBR 1,2
MCR 1,2,3
5'MCR
***
- germlines mises sur rbx
- test de BCL2.fa ...merci Nathalie !
Elle doit nous envoyer une ref, on peut parier que c'est http://www.nature.com/leu/journal/v14/n9/full/2401889a.html
Lymphomes
***
BCL2.fa
MBR 1,2
MCR 1,2,3
5'MCR
***
- germlines mises sur rbx
- test de BCL2.fa (en gros les primers) négatif : après avoir tout relancé sur toutes les séquences du serveur, seulement 3 patients avec > 1% segmenté (BCL2/bcl2-more-than-1-percent.log), vérification manuelle, non, faux positifs, on reste sur Chr14 (mais recombinaisons bizarres dans locus IGH)
- mais... est-ce que BCL2.fa était la bonne germline ? prendre plutôt en amont/aval ? (essayé aussi avec BCL2-complete.fa, mais là trop gros, 200kb)
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- et est-ce qu'on est censé trouver du BCL2 sur les séquences du serveur ? J'imagine oui, au moins en capture
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Primers Biomed-2 : il y a plusieurs jeux de primers (dans l'exon 3 et en aval de celui-ci)
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On peut avoir BCL2/JH ou IGH/BCL2. Le point de cassure n'est pas à position fixe.
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Prendre les 6 séquences de Sarah et essayer de faire un .should-vdj avec...
Mais bon, pas si important que cela si on n'y arrive pas.
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Rando 2016: Florian s'y met (ou s'y mettra à Rennes). merci !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2825Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?2018-06-26T10:41:27+02:00Mikaël SalsonCoût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Il y a certains cas où le nombre de mismatches, proches d'une extrémité semble important par rapport au nombre de matches.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2864Doc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?2020-09-18T11:34:20+02:00Tatiana RocherDoc/Tuto : à partir de quel seuil apparaissent les warnings ?A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"A expliquer dans la doc et dans le tuto.
Question posée par ~"PAR-Debré"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3443ERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifique2018-08-30T17:47:05+02:00Thonier FlorianERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifiqueChloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non...Chloé Arfeuille m'a signalé une séquence aspécifique.
J'attends de l'obtenir.
On pourrait ensuite ajouter un warning sur celle-ci.
Je ne me suis âs encore penché sur la méthode mais je présume que c'est la même que pour le clone non recombiné DJ ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1726Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware2022-06-17T12:39:29+02:00Vidjil TeamÉvolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-awareEuh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Disc...Euh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Discuté au VW. Mail de Cristina ~"PAR-Debré" :
> voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
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Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity"
(Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
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- soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
- soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3165Ikaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garder2020-05-20T16:25:46+02:00Mikaël SalsonIkaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garderLa région 3'UTR communiquée par ~"PAR-Debré" est grande (près de 800nt) et il est impossible qu'un read couvre toute la région (plus un autre intron).
Cela pose des problèmes d'analyse (#3066), à cause du grand nombre de délétions, des ...La région 3'UTR communiquée par ~"PAR-Debré" est grande (près de 800nt) et il est impossible qu'un read couvre toute la région (plus un autre intron).
Cela pose des problèmes d'analyse (#3066), à cause du grand nombre de délétions, des séquences moins pertinentes peuvent-être préférées.
Même si idéalement ça serait mieux de garder toute la séquence on peut prévoir de n'en garder qu'une partie ou de la couper en plusieurs morceaux.
D'après les documents de ~"PAR-Debré" il y a souvent un point de cassure pas très loin de la fin du 3'UTR (autour d'une centaine de nt) et les exemples qu'ils nous ont donné correspondent à ce point de cassure. Dans leur document il y a un autre point de cassure beaucoup plus lointain dans le 3'UTR qui ne peut jamais être atteint par un read en ayant une amorce à la fin du 3'UTR.
Et en fait la question se pose également pour l'intron 1 et l'intron 1 var (entre 600 et 700nt de long).
Ça serait bien de voir avec ~"PAR-Debré" ce qu'il en est : peut-on on couper en plusieurs morceaux ? ne garder qu'une partie des séquences ? y a-t-il d'autres points de cassure qui sont possibles ?Algo -- ImportantThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1963Les D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisatio...2019-11-23T05:22:51+01:00Vidjil TeamLes D multiples ne sont pas colorés dans les rapports, factoriser colorisation séquenceAssez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp,...Assez critique : cela peut induire en erreur des utilisateurs, pensant qu'ils sont au milieu du N alors qu'il s'agit d'un D.
Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2451&config=25
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b43890e
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ok pour la webapp, reste à faire pour les rapports, export.js:clone().
Mais c'est un peu dupliqué... ces fonctions ne pourraient-elle pas utiliser des choses de segmenter.js ?
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1971Plusieurs J à la suite : prendre le premier J2018-02-23T12:03:13+01:00Vidjil TeamPlusieurs J à la suite : prendre le premier Jcf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-scf. mail de Vincent ~"PAR-Debré" du 09/08/2016 15h13
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2818Pouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitraires2022-04-07T11:38:16+02:00Ryan HerbertPouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitrairesDebré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.Debré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3103Recombinaison avec ERG2018-08-30T14:51:55+02:00Thonier FlorianRecombinaison avec ERGWith the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Nee...With the same protocole than for IKZF1 (cf #2139), some data with ERG recombination have been send to us.
I created germlines data from raw gene sequence and try the algorithm on 10 sequences.
Now, I created some should-get tests. Need more examples to work correctly.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2891Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv2023-03-28T16:10:53+02:00Mathieu GiraudUpload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csvTâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, c...Tâche originelle dans #1362
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
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Oui, cela simplifierait beaucoup certains usages... mais ce n'est pas si évident à faire :
- le "sampling date" peut ne pas être le même (mais on pourrait faire une passe manuelle ensuite)
- et surtout, si on décompresse, il faut le faire dans environnement sécurisé pour que cela ne mette pas le bazar dans nos fichiers
- et éduquer les utilisateurs pour que le .zip soit uniquement des fichier fasta (pas un fichier .txt ou je ne sais quoi en plus)...
En mode production MRD, ce n'est pas forcément nécessaire (un point à la fois).
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Mentionné par nos amis du NHS.
Pour eux, ce serait même *différents patients* ? Au passage, c'est vrai que c'est plus réaliste. En production, on a le(s) run(s) de la semaine, avec du diag, et des MRDs de patients existants
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Vraiment pas facile...
Début de réflexion : on uploade une archive, cela ajoute les fichiers, on arrive sur un tableau avec la liste des fichiers et des controles pour ajouter au patient qu'on veut ?
On suppose par contre que producer / sequencer sont le même pour tous...
Mais primers, non.
Pb: tant que le .zip n'est pas arrivé, on ne peut pas afficher le tableau.
Bof / bof...
Il faudrait expliciter le scénario avec nos users pour voir ce qu'ils veulent vraiment.
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Est-ce vraiment un problème de ne pas voir le tableau ? De toute façon on voit l'upload en cours dans le widget.
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Remis au goût du jour pour Lyon ?
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Après le R1+R2, il faudra voir si on remet cela au goût du jour.
Heinrik a exactement le problème d'uploader régulièrement >20 fichiers, il faudrait un moyen de le faire plus rapidement.
À voir comment cela pourrait marcher avec le R1+R2.
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Discuté lors de la Rando 2016.
Pas prioritaire. L'idée pour les prochains mois est déjà d'utiliser les "runs", de voir si nos utilisateurs aiment cela.
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Ping.
Henrik est revenu à la charge. La solution la plus simple est un upload de plusieurs fichiers pour *un même* patient. À mon avis on peut bidouiller un truc côté Javascript, à voir si c'est souhaitable (récupère tous les fichiers et les envoie 1 par 1 ou 2 par 2 au contrôleur).
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@nobody
cc @RyanHerbWeb 2023.10