vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-25T16:20:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3416Le fenêtre info ne s'ouvre pas2018-07-25T16:20:32+02:00Mikaël SalsonLe fenêtre info ne s'ouvre pasMail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ou...Mail du 24/07/2018 11:38 :
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Nous avons un souci avec l'analyse de notre dernière série de patients : lorsqu'on clique sur le i permettant habituellement d'accéder aux infos des reads analysés pour l'échantillon considéré, rien ne s'ouvre, comme si le lien était cassé, il n'est d'ailleurs pas grisé (sceenshot en PJ).
ça fonctionne bien en revanche pour d'anciennes séries de patients précédemment analysées, donc ça ne peut pas venir de nos navigateurs.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3009Les séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer le...2018-09-01T16:35:50+02:00Mikaël SalsonLes séquences upstream ou downstream sont parfois trop courtes : récupérer les positions dans le génome, coller up/downCas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la sé...Cas remonté par V.C. (~"PAR-Debré") : http://app.vidjil.org/browser/?set=25751&config=25
On a une séquence DD2/DD3 qui n'est pas trouvée par Vidjil car il y a 28 délétions dans le D. Cela devrait normalement nous laisser 20nt dans la séquence (40 de upstream plus 8 de D, 48 en théorie moins les 28 délétions). Hors dans le fichier upstream la séquence ne fait que 42 nt, ce qui ne laisse que 14 nt et la jonction n'est pas détectée (e-valeur trop élevée).
Or nous n'avons que 42 nt car la séquence que nous récupérons est au début du locus de `M22153.1` et l'API du NCBI ne permet pas de récupérer les positions qui précèdent (avec des positions négatives, par exemple).Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3008Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ?2018-07-24T12:24:51+02:00Mikaël SalsonMettre les séquences downstream des J dans les germlines ?Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 ...Remonté par V.C. (~"PAR-Debré"), mail du 2018/01/24
Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.
Voici l'analyse de base
```
TRG -> 935 236.7 152 0.163
UNSEG only V/5' -> 34235 223.2
```
Il se trouve que le J (TRGJ2*01) est fortement grignoté (il n'en reste que 11nt, la graine s'étend sur 11 nucléotides…).
Si je mets les fichiers J_downstream dans les germlines, on trouve le clone sans problème :
```
TRG -> 31674 222.2 391 0.012
UNSEG only V/5' -> 3266 237.6
```
Ajouter les J downstream dans les germlines permettrait peut-être d'améliorer la situation pour #1971.
Est-ce que cela pourrait avoir des effets indésirables ? %"Algo 2017.11" ou %"Algo 2018.03" ?Algo 2018.08https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
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je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
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Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2767Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.2021-01-26T13:29:14+01:00Thonier FlorianVidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la ...Une séquence fournie par un utilisateur n'est pas correctement annotée par vidjil. Je met cette séquence dans le should-vdj.
J'ai fait un alignement entre les séquences `V4-39` (trouvé par vidjil, erroné), les `V4-59` (attendues) et la sequence brut. On voit bien qu'effectivement la séquence avec une identité la plus forte est le V4-59 (enfin les, mais les variations sont minimes). Cependant, l'algo ne les considère même pas. Pire, si on lui fournit un jeu de séquences dans lequel l'ensemble des IGHV ne contient que les V4-59, il trouve la séquence en `unseg`.
Pensant aux evaleurs qui pourraient être faussées par le nombre de séquences, j'ai laissé les autres séquences mais remplacé les A par des G pour fausser la détéction sur les autres segments (solution barbare) : idem, il ne retrouve pas les V4-59.
Dernier point : un caractère inadéquate dans le header des séquences v4-59. A priori non. (J'ai testé d'intervertir avec le header du v4-39)
Je n'ai pas d'explications...
@mikael-s @magiraudAlgo 2017.11Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2616Ordre des locus dans les graphes (preset 3)2021-11-23T14:00:00+01:00Thonier FlorianOrdre des locus dans les graphes (preset 3)Une remarque de ~"PAR-Debré"
Le preset 3 affiche maintenant les locus dnas un ordre aléatoire (ou semi-aléatoire) en fonction du fichier. Jusqu'à présent on avait un ordre alphaetique, maintenant non. Je n'ai pas encore regardé dans le ...Une remarque de ~"PAR-Debré"
Le preset 3 affiche maintenant les locus dnas un ordre aléatoire (ou semi-aléatoire) en fonction du fichier. Jusqu'à présent on avait un ordre alphaetique, maintenant non. Je n'ai pas encore regardé dans le code pourquoi, mais le comportement est genant; Par exemple, on trouve les IGH en tête de liste, et les IGH+ sortent en avant dernier de la liste.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2540Erreur taille de l'axe dans le preset 32017-10-06T13:59:17+02:00Thonier FlorianErreur taille de l'axe dans le preset 3Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus prè...Un mail nous préviens qu'il y a une erreur depuis peu sur la taille des axes en représentation du preset 3 (clone consensus length/locus).
Je viens de vérifier, et oui il y a en effet des erreur sur la taille.
Je regarde ça de plus près.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2205Color by clone2017-03-22T14:31:36+01:00Mathieu GiraudColor by cloneFaire une coloration par clone. Typiquement on aimerait distinguer les 100 premiers clones.
Demandé par nos collègues pour le "GeneScan arc-en-ciel".
cc @mikael-sFaire une coloration par clone. Typiquement on aimerait distinguer les 100 premiers clones.
Demandé par nos collègues pour le "GeneScan arc-en-ciel".
cc @mikael-sWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1362Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web2018-03-21T19:04:38+01:00Vidjil TeamUpload de plusieurs fichiers via des formulaires webTâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Tâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herbert