vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-01-10T10:45:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1921Créer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)2018-01-10T10:45:58+01:00Vidjil TeamCréer un nouveau clone artificiel / ajouter une séquence (modèle)Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typi...Michaela voudrait parfois ajouter une séquence dans le browser, pour l'analyser VDJ/CDR3 (voir "Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones"), mais aussi pour pouvoir l'aligner avec les séquences de Vidjil. Typiquement une vérification Sanger ou une séquence qui vient d'ailleurs.
On pourrait avoir quelque part dans le browser un truc "add virtual clones", qui lance Vidjil sur un petit nombre de clones... et rajoute le résultat au sample courant (avec un flag type "virtual"). À voir si cela ne perturbe pas trop le reste (et serait-ce sauvé dans le .analysis ?)
Autre solution (mais pas dans le même sample) : créer un sample à partir d'une séquence copiée/collée, sans avoir à uploader un fichier.
À discuter.
***
Aurélie et Nathalie seraient aussi très contentes si on pouvait faire cela.
***
→ sujet projet Armand
* [ ] isQuantifiable()
* [ ] éventuellement nettoyer isVirtual()
* [ ] modifier les différentes vues (pas de graphe, scatterplot différent)
***
@nobodyWeb 2018.012017-08-27https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5151Exports tableur des patients/runs/sets2023-06-30T11:03:14+02:00Mathieu GiraudExports tableur des patients/runs/sets
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de perf...
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de performance s'il n'y pas de requêtes croisées"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5145Upload by network; merge create hard file and no symlink2024-01-19T19:03:58+01:00THONIER FlorianUpload by network; merge create hard file and no symlinkIf you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.If you use a network to load data and choose a preprocess with merge, the resulting file will be store as a real file and no as a symlink. In this case, it will take more space.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5094Report; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)2023-03-28T16:28:32+02:00Thonier FlorianReport; allow to set generic clone information (% locus; %locus+inc, ...)Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Asked by ~"LIL-Lille" : Use the same mechanism than clonotype settings ? Particular format as splitted by sample.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5065Warning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers2022-10-12T12:03:08+02:00Thonier FlorianWarning si deux clonotype sont similaire hors primers + Mieux afficher primers~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrai...~"LIL-Lille" nous montre un sample avec 2 clonotypes identiques à un nucléotide près. Ce nucléotide est en fait une divergence présente dans les primers JH et ne devrait donc pas mener a voir deux clonotypes différents.
* [x] Il faudrait déjà pouvoir les détecter et indiquer que les séquences sont extrêmement similaires. Probablement déjà la cas, mais nous n'avons pas accès aux données pour le moment. -> Il y a déjà bien le warning W53 (highly similar).
* [ ] Être plus spécifique en indiquant que la variation est située au niveau du primer. Pour ça, il faut être capable d'exploiter les données des primers.
* [ ] À terme, pouvoir en faire un merge automatique depuis l'algo, mais dans ce cas il faut trancher sur le nucléotide à privilégier. Dans le cas présent, les deux clonotypes sont présent dans la même proportion. S'appuyer sur la séquence germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4652Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-product...2021-01-19T10:41:05+01:00Mathieu GiraudWarning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productivesÉvoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"Évoqué hier avec ~"LIL-Lille" le merge de séquences, discuté avec @flothoni aujourd'hui.
- un ~"client-warning" habituel: jouable
- voire même... une confirmation "do you want really to merge?"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4584My Account/Usage: inclure les tags des sets ?2021-04-08T16:32:58+02:00Mathieu GiraudMy Account/Usage: inclure les tags des sets ?Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.Ne bloque pas #4562
Pour l'instant la page affiche uniquement les tags des samples.
Cela peut convenir à certains usagers, mais pas à d'autres qui utilisent les tags sur des sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4546vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones2020-11-02T09:48:05+01:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clonesActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothoniActuellement c'est `.fa-42`, ce qui n'est pas très clair.
`-42.fa` serait mieux, et même `-42.fastq` quand c'est le cas.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4373Prendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?2020-06-23T10:58:15+02:00Mathieu GiraudPrendre en compte l'ordre des gènes dans le locus, en particulier pour les DD ?
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi m...
Suggéré par A. ~"LIL-Lille" : prendre en compte les positions quand on met un deuxième (troisième) D.
On avait à un moment exclu cela (dans le contexte VkVk, pour ne pas chercher que des choses attendues). Mais bon, on pourrait aussi mettre un ~"client-warning".
Sur la position des gènes, voir aussi #3192 #4180https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4355"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même...2020-06-18T14:34:02+02:00Mathieu Giraud"Day after first sample" pas pertinent quand plusieurs échantillons à la même dateEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezEst-ce notre setting par défaut dans certains cas ?
Oui s'il y a des dates ?
En tout cas pas pertinent si on a 2+ échantillons de la même date, on voit des "+0" peu informatifs.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4115Vue des utilisateurs ayant accès à mes données2022-05-12T11:42:48+02:00Mathieu GiraudVue des utilisateurs ayant accès à mes donnéesDemande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.Demande de ~"LIL-Lille" : voir, à tout instant, quels utilisateurs ou groupes ont accès à leurs données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4050Warning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations ...2020-06-22T15:17:20+02:00Mathieu GiraudWarning (algo puis client) quand un clone peut avoir plusieurs dénominations prochesNotamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez Notamment pour #4048 ? Plus généralement quand deux scores proches ?
Mais #4049...
cc @duez https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3993Flash et docker2020-09-21T09:22:31+02:00Mathieu GiraudFlash et dockerSuite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.Suite à #3911.
Doit-on packager Flash ou pas ? Attention, même question que MiXCR...
Ou juste demander que Flash soit installé, puis `defs.DIR_FLASH`.
Voir #2759.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3937Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample2019-06-21T10:14:14+02:00Mikaël SalsonRapport monitor : mettre les informations de chaque sampleDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle veut avoir les infos de chaque sample sous les yeux. Il peut y avoir des informations pertinentes dans un sample pour le suivi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3936Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?2019-06-20T18:22:40+02:00Mikaël SalsonRapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça...Aller sur un sample set avec plusieurs samples ([exemple](http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32)) et faire un export monitor.
En tête du rapport on a deux graphs **identiques** côte à côte sous une en-tête « Normalization ». D'où ça vient ? Qu'est-ce que ça fait là ?
Au passage attention à #2944https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3935Compare samples : trier par ordre chronologique2019-06-20T18:17:48+02:00Mikaël SalsonCompare samples : trier par ordre chronologiqueDemandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?Demandé par NG ~"LIL-Lille" : elle fait un compare samples mais voudrait que les samples soient triés dans l'ordre chronologique (je pense que pour l'instant c'est fonction de l'ID).
Peut-être pas systématique ? Une case à cocher ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3906Stéréotypie CDR3, en général2020-11-20T17:04:06+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3, en généralExtrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques ave...Extrait de #3334 qui s'est spécialisée.
Avoir de meilleurs outils pour apprécier les séquences stéréotypiques.
Déjà #2056, #3334, et toutes les tâches %CLL-2018-septembre.
Pur ~client ? Et/ou une détection ~cpp des CDR3 identiques avec ~"client\-warning" ?
(Différent de #1726 !)