vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-18T10:14:37+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4821Passer nos tests locaux via le gitlab-runer2024-01-18T10:14:37+01:00Thonier FlorianPasser nos tests locaux via le gitlab-runerThe following discussion from !979 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/979#note_542898): (+3 comments)
> J'abandonne ce point tant que le gitlab-runner ne ...The following discussion from !979 should be addressed:
- [ ] @flothoni started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/979#note_542898): (+3 comments)
> J'abandonne ce point tant que le gitlab-runner ne fonctionnera pas mieux en local. Pour rappel, nous devons faire face à 3 problèmes rédhibitoire pour le moment avec cette approche:
>
>* Le runner est incapable de faire des includes
>* On ne peut pas faire de récupération sur les artefacts
>* Si on veut lancer un test, il faut que les changements soient comités. Ça oblige a jongler avec le git sur les moindre lignes que nous manipulons en cours de dev.
On pourra revenir dessus si on jour le runner local évolue, mais ça ne semble pas être une des priorités de gitlab.
CC @magiraud @mikael-s @duezDev-cihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4938Use nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?2022-01-26T17:14:11+01:00Mathieu GiraudUse nlohmann json "Extended diagnosis messages" for parsing .g ?Suite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraitSuite à !1123, une nouveauté de 3.10: https://json.nlohmann.me/home/exceptions/#extended-diagnostic-messages
Voir si `#define JSON_DIAGNOSTICS 1` suffirait et nous serviraithttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4669Warning sur certaines séquences en sortie des pre-process2021-01-27T18:45:13+01:00Mathieu GiraudWarning sur certaines séquences en sortie des pre-processEst-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans ...Est-ce qu'un pre-process pourrait transmettre des warnings sur certains reads ?
Hum, pas facile, il pourrait éventuellement mettre des choses dans les header, type `>!W91!blabla`, mais il faudrait ensuite du traitement particulier dans le ~cpp pour propager ces warnings aux clones. Bof-bof.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2324Bar plots en replicate2019-04-17T14:28:41+02:00Mathieu GiraudBar plots en replicateDans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause no...Dans Arrest ~"repseq-Nikos", on peut voir un bar plot de deux expériences (au lieu d'une barre, il y a deux barres côte à côte). On peut même soustraire, comme Nikos le montre à ~"ec-ngs".
Faire cela de notre côté remettrait en cause notre modèle "un sample sélectionné" (mais #2299 aussi), mais surtout, afficherait un clone à deux endroits dans la même vue, ce qui changerait encore plus notre manière de naviguer. Bref, je mettrais bien ~"wont-fix".
cc @flothoni @aurelBZH @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3724Supprimer KMER_INDEX ?2019-02-12T22:26:33+01:00Mathieu GiraudSupprimer KMER_INDEX ?Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3074Compilation des fichiers CSS : less dynamique ?2019-02-05T19:19:31+01:00Mikaël SalsonCompilation des fichiers CSS : less dynamique ?Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less...Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less`).
Dans ce cas, quand on développe on n'est pas obligé de toujours les commiter. Par contre au moment du merge, les fichiers CSS doivent être à jour (pourrait-on automatiser cela ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3664Deux réglages distincts de normalisation2019-01-08T13:29:48+01:00Mathieu GiraudDeux réglages distincts de normalisationEn poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet d...En poussant https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3645#note_141056, on pourrait avoir deux réglages distincts : l'un qui active ou non `normalized_reads` (un préprocess externe a normalisé certaines familles), l'autre qui permet de fixer un "expected".
Cela pourrait être en particulier utile si le préprocess n'a touché qu'à certains clones et qu'on souhaite re-normaliser derrière.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3391Stocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquences2018-07-17T20:38:47+02:00Mathieu GiraudStocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquencesDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3389#note_106473 :
> stocker directement les informations qui nous intéressent (comptages de k-mers pour l'instant pour la représentative,Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3389#note_106473 :
> stocker directement les informations qui nous intéressent (comptages de k-mers pour l'instant pour la représentative,https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3343Ne pas indiquer la première germline pour les séquences avec zéro kmers2018-07-06T12:39:42+02:00Mathieu GiraudNe pas indiquer la première germline pour les séquences avec zéro kmers@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3338#note_103270:
```
>H7P7O:01381:02138 ! @10 @1 IGH UNSEG too few V/J 9.649895e+06 9.465760e+06/1.841356e+05
TGGGACCAGGGTG
```
> je ne comprends pas comment on trouve de l'I...@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3338#note_103270:
```
>H7P7O:01381:02138 ! @10 @1 IGH UNSEG too few V/J 9.649895e+06 9.465760e+06/1.841356e+05
TGGGACCAGGGTG
```
> je ne comprends pas comment on trouve de l'IGH dedans
C'est "Always remember the first kseg" : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/algo/core/segment.cpp#L624 et f62ab84ahttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3300Ordre sur les flags de task.py2018-06-18T18:02:51+02:00Mathieu GiraudOrdre sur les flags de task.pyUne pensée après #3289 / !209 : on aurait pu avoir des flags avec des opérations d'ordre (comme ce qu'on met dans le mail) :
NO_JOB → QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED
Mais bon, c'est sûrement inutilement compliqué.Une pensée après #3289 / !209 : on aurait pu avoir des flags avec des opérations d'ordre (comme ce qu'on met dans le mail) :
NO_JOB → QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED
Mais bon, c'est sûrement inutilement compliqué.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2957Avoir un mysql.log2017-12-19T20:28:42+01:00Mathieu GiraudAvoir un mysql.logSera utile en post-mortem, mais aussi en ~"server-speed".
https://stackoverflow.com/questions/650238/how-to-show-the-last-queries-executed-on-mysql
https://stackoverflow.com/questions/303994/log-all-queries-in-mysqlSera utile en post-mortem, mais aussi en ~"server-speed".
https://stackoverflow.com/questions/650238/how-to-show-the-last-queries-executed-on-mysql
https://stackoverflow.com/questions/303994/log-all-queries-in-mysqlhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2938Stocker la config dans le .vidjil ?2017-12-06T15:17:10+01:00Mathieu GiraudStocker la config dans le .vidjil ?On stocke actuellement dans `producer` la ligne de commande complète du ~cpp, avec les fichiers. On peut "deviner" la config, mais ce n'est pas très explicite. Voudrait-on stocker la config dedans ? A priori non, cela dépend du serveur.On stocke actuellement dans `producer` la ligne de commande complète du ~cpp, avec les fichiers. On peut "deviner" la config, mais ce n'est pas très explicite. Voudrait-on stocker la config dedans ? A priori non, cela dépend du serveur.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2915Ne mettre que le upstream / amont, et pas le gène D, pour être sûr du IGH+2017-11-29T13:26:07+01:00Mathieu GiraudNe mettre que le upstream / amont, et pas le gène D, pour être sûr du IGH+Proposition baroque.Proposition baroque.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2195Inclure le .g dans le .vidjil2017-04-25T17:24:01+02:00Mathieu GiraudInclure le .g dans le .vidjilSuite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourra...Suite à #2155 et en particulier ff70521, on pourrait se dire que plusieurs informations venant des `.g` sont à récupérer dans le `.vidjil`,
en particulier pour la tracabilité (qui est tout de même bien améliorée par #2155).
Ne pourrait-on pas être plus général et embarquer le `.g`dans le `.vidjil` (et générer ce qu’il faut quand on vient de la ligne de commande) ? Mais cela ajouterait 5 Ko à chaque fichier `.vidjil`… Ou bien tout sauf `systems` (ce qui est dommage quand même).
cc @mikael-s @flothoni