vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-28T16:44:10+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3241Une donnée non exportable est... inutile2022-02-14T18:12:59+01:00Mathieu GiraudUne donnée non exportable est... inutileÉvoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.Évoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.2018-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5237Don't take into account upstream or downstream regions for the start/end posi...2024-02-02T09:52:32+01:00Mikaël SalsonDon't take into account upstream or downstream regions for the start/end positions of the geneWe use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the ge...We use upstream of downstream sequences to improve the sensitivity for small genes, however they are added to the reference as a normal sequence. They should be differentiated in order to provide the correct start/end positions of the gene (that don't have to take into account upstream or downstream sequence).
See an example of such an issue here #5235Algo 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5164Non-recombined sequence leading to IGK false positive.2023-09-07T16:31:35+02:00Mikaël SalsonNon-recombined sequence leading to IGK false positive.See ~"NAN - Nantes" email on 2023-08-10 mentioning this issue:
He points this sequence:
```
ATGTGGACTCCCTCATGAGCAGATGCCACCAGGGCCACTGGCCCCAGCTTCCTCCTTCACAGCTGCAGTGGGGGCTGGGGCTGGGGCATCCCAGGGAGGGTTTTTGTATGAGCCTGTGTCACAGTGTGTGGTATTCGGCGGAG...See ~"NAN - Nantes" email on 2023-08-10 mentioning this issue:
He points this sequence:
```
ATGTGGACTCCCTCATGAGCAGATGCCACCAGGGCCACTGGCCCCAGCTTCCTCCTTCACAGCTGCAGTGGGGGCTGGGGCTGGGGCATCCCAGGGAGGGTTTTTGTATGAGCCTGTGTCACAGTGTGTGGTATTCGGCGGAGGGACCAAGCTGACCGTCCTAGGTGAGTCTCTTCTCCCCTCTCCTTCCCCGCTCTTGGGACAATTTCTGCTGTTTTTGTTTGTTTCTGTATCTTGTCTCA
```
where we find a `IGKV2D-29 0/78/7 J4`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5151Exports tableur des patients/runs/sets2023-06-30T11:03:14+02:00Mathieu GiraudExports tableur des patients/runs/sets
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de perf...
Demande de @Aurelie : récupérer la liste des patients (nom/prénom/date), en particulier pour de temps en temps regarder les doublons. Plus généralement, pouvoir récupérer toute requête patient/run/set
@fthonier : "Pas de soucis de performance s'il n'y pas de requêtes croisées"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5143Add D primers in the set of primers2023-05-11T17:49:33+02:00Mikaël SalsonAdd D primers in the set of primersAs requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).As requested by ~"NAN - Nantes" during 2023 Vidjil day.
Beware to the prioritization of primers (V/J primers should have the priority over D).Web 2023.10THONIER FlorianTHONIER Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5138Upload: Avertir dans le client quand les noms de fichiers ne respectent pas R...2023-05-04T15:44:06+02:00Mathieu GiraudUpload: Avertir dans le client quand les noms de fichiers ne respectent pas R1/R2
Normalement, on s'attend à exactement le même nom, avec juste R1 qui est changé en R2.
Si ce n'est pas le cas, avertir.
Soucis humains possibles qui seront diagnostiqués ainsi:
- deux fois le même fichier R1 (et ensuite flash fait des ...
Normalement, on s'attend à exactement le même nom, avec juste R1 qui est changé en R2.
Si ce n'est pas le cas, avertir.
Soucis humains possibles qui seront diagnostiqués ainsi:
- deux fois le même fichier R1 (et ensuite flash fait des choses, mais on ne détecte pas d'où vient le problème)
- ou on se plante de fichier R1/R2
- ou on inverse R1/R2https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5062Nouveau preset2022-10-03T11:59:09+02:00Mathieu GiraudNouveau preset![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)![image](/uploads/efc2b3ece3d37466851fc96a986dcd34/image.png)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5060Rapport : ne pas afficher une section vide2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapport : ne pas afficher une section videmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5059Rapport : liste de clone pour un locus2022-09-21T14:51:13+02:00Mathieu GiraudRapport : liste de clone pour un locusmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5024Afficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionné2022-05-18T08:34:29+02:00Thonier FlorianAfficher la couleur du tag sur l'étoile même lorsqu'un autre axe est séléctionnéJe ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du w...Je ne suis pas certain que ce soit une bonne idée pour la compréhension globale.
On pourrait donner la couleur du tag sur l'icône étoile du clonotype même lorsque la couleur est différente. Utile ? A voir, mais une suggestion lors du workshop.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4993Pouvoir exporter un alignement dans le rapport2023-06-14T14:50:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir exporter un alignement dans le rapportÉvoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Évoqué à ~"ec-ngs" avec des usagères. cc @duez
Pour la prochaine fois.
Et par défaut centré, #4992Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4992Aligneur: par défaut, centrer sur le CDR32022-04-12T15:46:02+02:00Mathieu GiraudAligneur: par défaut, centrer sur le CDR3évoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezévoqué la semaine dernière avec des usagères et @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4986Plus de séquence dans les (anciens) rapports2022-04-07T17:29:52+02:00Mathieu GiraudPlus de séquence dans les (anciens) rapportsDeux utilisatrices nous font remonter des soucis.
> il y manque les séquence des réarrangements sélectionnés (ex en PJ). Je sais qu'un souci de génération de rapport s'était déjà posé il y a peu de temps, et avait été résolu (on avait...Deux utilisatrices nous font remonter des soucis.
> il y manque les séquence des réarrangements sélectionnés (ex en PJ). Je sais qu'un souci de génération de rapport s'était déjà posé il y a peu de temps, et avait été résolu (on avait alors toutes les séquences en vrac au bout du report, sans possibilité apparente de les ordonner, ce qui nous a paru peu pratique mais utilisable)
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4944Analyse chaîne légère et mutation R1102022-03-04T13:00:26+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse chaîne légère et mutation R110Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à ...Il a été montré que dans la LLC, (Maity et al, PNAS 2020 ; Nadeu et al, Blood 2020), la présence d'une mutation R110 sur la chaine légère lambda VL3-21 était associée à une sévérité accrue de la maladie. Cette mutation (G>C) se trouve à la jonction entre le J et la partie constante.
Par conséquent, nous aimerions analyser des séquences de chaînes légères sur vidjil, pour détecter la présence de cette mutation. dans un premier temps, avec des fastq ne contenant que des chaînes légères (au moins lambda, ou kappa + lambda), et dans l'idéal à terme, à partir de fastq contenant les IGH + les IGL.
Après un premier test, je vois qu'il y a un problème d'analyse de la productivité sur les clones lambda que j'ai importés.
Je voudrais aussi pouvoir analyser des fastq IGH + IGL, mais il me semble qu'avec les paramètres actuels de Vidjil, les clones IGH vont représenter la très grande majorité des 100 premiers clones et que je ne pourrai pas visualiser mes clones lambda, srutotu que pour l'instant ma PCR est peu efficace. Est-ce possible de remédier à cela d'une manière ou d'une autre ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4807Mieux documenter le lien algo > client2021-06-22T19:15:28+02:00Mathieu GiraudMieux documenter le lien algo > client
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too lar...
> > is there a tutorial to upload and analyse `.vidjil` files?"
> You can have a look to http://www.vidjil.org/doc/user/#first-aid
(But the .vidjil files really depend on the way you launched vidjil-algo, sometimes these may be too large. What we have on the server is that the files are first post-processed with tools/fuse.py) You can also send us a few of these files, we will check with you whether everything worked.
> We advise you to go through the main tutorial, that covers most of the features → http://www.vidjil.org/doc/tutorial/mastering-vidjil.pdf
Voir aussi si l'on documente le dépôt de .vidjil sur le compte (la config existe-t-elle toujours ?)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4723Identifier le V dans les séquences non mergées2021-04-01T15:56:33+02:00Anne de SeptenvilleIdentifier le V dans les séquences non mergéesPour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'A...Pour certains samples particuliers, j'ai un faible % de reads mergés. J'en connais la raison : des produits PCR trop grand mais néanmoins séquencés. Généralement il s'agit bien de mon clone de LLC mais amplifié avec le J suivant dans l'ADN, probablement à cause d'une mutation empêchant une amplification correct par le J utilisé dans le réarrangement VDJ.
J'aimerais pour ces samples identifier le V dans les séquences non mergées. Est-ce que cela serait possible avec Vidjil ? Avec un autre outil ? Cela me permettrait d'être sûre que je me trouve dans le cas ci dessus : de grands produits PCR tous issus d'un même réarrangement VDJ dont j'identifie la séquence sur 15-30% des reads.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4718Export des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur création2022-02-09T14:42:05+01:00Mikaël SalsonExport des données : exporter les sample sets dans l'ordre de leur créationAprès l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.Après l'export de données de certains utilisateurs (vdj#1166), les sample sets ne sont pas dans l'ordre de leur création mais dans un ordre qui semble arbitraire.marc duezmarc duez