vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-03-15T13:34:45+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3081Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion2018-03-15T13:34:45+01:00Thonier FlorianComment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunionUn trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau group...Un trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau groupe partagé (fait) et il faut ensuite permettre le changement de propriété de toutes les données déjà présentes (cf vidjil/vdj#402). Cependant on n'a pas de méthode pour changer en lot l'appartenance de données. Comment faire ça ?
Solution proposée:
On passe par un contrôleur ? Telle que je le vois, il faudrait avoir la liste de tous les données, pouvoir les sélectionner au cas par cas ou en select all comme pour le contrôleur stat (cf #3041).
Ensuite avoir la liste des groupes accessibles, limitée aux seuls groupes de l'utilisateur (pour limiter les erreurs), et ensuite un bouton validation ( et pourquoi pas un popup de rappel de la manip pour les admins extérieurs).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
A terme, ce contrôleur pourrait être aussi accessible par les utilisateurs eux même ? Nécessiterait peut-être un nouveau niveau de droits pour faire de retropartage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2902Création simultanée de patients et upload multiples de fichiers2022-05-20T12:21:01+02:00Mathieu GiraudCréation simultanée de patients et upload multiples de fichiersDiscuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourra...Discuté ce matin à propos de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_64313
Dans un premier temps, il est suffisant d'avoir deux étapes : création batch #2878 puis multi-upload #1362/#2891
Dans un second temps, on pourrait avoir une procédure intégrée, à voir si ce n'est pas trop lourd
- 1) soit une UI intégrée à réaliser (comme le bas de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/1362#note_63462)
- 2) soit une procédure qui fait les deux étapes, et propose successivement à l'utilisateur les vérification des deux étapes
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2853Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets2018-12-12T10:52:33+01:00Mikaël SalsonDifférencier les réarrangements incomplets et pseudo-incompletsSuggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'i...Suggéré par Dai lors du VW.
On pourrait effectivement différencier un vrai réarrangement incomplet (dans lequel on doit avoir la région amont du D) d'un pseudo-incomplet dans lequel le read est juste trop court ou il n'y a pas assez d'info pour trouver le V.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2836Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses2023-03-28T16:11:14+02:00Thonier FlorianProfils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre ...(Voir #878.)
L'idée general de cette tâche est d'enregistrer les paramètre du setting directement pour ne pas avoir a modifier cela si on doit oouvrir 20 patient d'ffiler.
De plus, cela permettrait de retrouver pour point commun entre les differents utilisateur d'un même groupe ( ~"LIL-Lille" compte inclure ces paramètre dans la descrition de leur protocole ! )
La solution la plus simple serait peut-être d'avoir un cookie qui gère les setting pour les enregistrer.Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2830Faire une médiane sur une normalisation multiple2018-12-28T10:10:31+01:00Ryan HerbertFaire une médiane sur une normalisation multipleSi j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.Si j'ai bien compris, Marlène à trois sortes de spike-ins sur lesquels elle voudrais pouvoir normaliser avec une médiane des trois.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2820Détecter les primers dimers2023-06-28T18:28:32+02:00Mathieu GiraudDétecter les primers dimersMentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.Mentionné par Aurélie ~"PAR-Debré" : les nouvelles amorces ~"ec-ngs" génèrent plus de dimers.
À controller.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2819Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?2018-04-05T10:22:40+02:00Mikaël SalsonExport : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?Évoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGTÉvoqué par @Aurelie lors du Vidjil Workshop : il serait bien d'exporter dans le rapport le % d'identité donné par IMGThttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2818Pouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitraires2022-04-07T11:38:16+02:00Ryan HerbertPouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitrairesDebré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.Debré voudraient pouvoir saisir des séquences pour les passer comme des germlines au logiciel afin d'analyser les translocations.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2725Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et nom...2022-06-21T14:37:17+02:00Ryan HerbertPre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le logAnne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir ...Anne ~"Paris-Pitié" pense qu'elle et d'autres commettent parfois des erreurs en chargeant les fichier R1-R2 pour le pré-process PEAR, mais il est difficile de le savoir si l'erreur n'est pas repérée immédiatement. Elle aimerait pouvoir voir le nom des fichiers dans l'output du pré-process.
Je sais que c'est relativement facile à faire, je me posais la question de si ou non celà pouvait ouvrir une faille de sécurité. A priori, je pense que non, car les noms des fichiers sont chiffrés et "salés", mais ne sait on jamais.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2660IgBlast : pas la même chose en direct ?2019-01-10T15:21:22+01:00Mathieu GiraudIgBlast : pas la même chose en direct ?Naïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothoniNaïs ~"TOU-Toulouse" fait des copier/coller de ses séquences vers IgBlast, car on n'a pas la même chose que par le lien.
À explorer.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2604Ajouter plusieurs clones virtuels d'un coup2017-09-08T11:29:48+02:00Mathieu GiraudAjouter plusieurs clones virtuels d'un coupAurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
Aurélie ~"LIL-Lille" : "On voudra coller plusieurs séquences d'un coup".
#1921.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2602Ajouter un clone et relance de fuse2021-11-26T13:45:56+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone et relance de fuseEn discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cel...En discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cela impliquerait de relancer ~"server-fuse" avec des séquences forcées. Pas facile... et surtout #1921 pouvait sinon se voir comme une fonctionnalité sans connexion à la ~"server-database".
Faire déjà #1921 sans cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2558Remettre l'amorce par patient dans le client2021-11-23T15:55:02+01:00Mathieu GiraudRemettre l'amorce par patient dans le clientUne fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557Une fois qu'on désigne une amorce, la remettre dans le client ?
Nathalie : "Pour ne plus faire de TaqMan, montrer que amorce est dedans."
Ils vont déjà essayer de mettre l'amorce (20-25) dans le champ "search" #1693
#1253 #1681 #2557https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2526Discordance de productivité2024-02-06T16:46:02+01:00Mathieu GiraudDiscordance de productivitéAurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=3...Aurélie ~"LIL-Lille" (par mail, réévoqué ce matin en direct) :
> Le clone majoritaire (...) est dit non productif par Vidjil alors que IMGT et IgBlast disent qu’il est productif.
>
> http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23871&config=35
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHV3-7*01 1/GGAAGCCC/21 IGHJ6*01 338 nt, 607 958 reads (89.48%)
> AGGAGTCGGGGGGAGGCTTGGTCCAGGCCGGGGGGTCCCTGAGACTCTCATGCGTCGGCCACGGATTGAGTTTGAAGAAGGATTGGATGAGTTGGGTCCGCCAGGCTCCAGGGGAGGGGCTGGAGTGGGTGGCCTACATAAAGGAAGATGGAAATGGGAAACACTATGTGGACTCTGTGAAGGGCCGATTCATCATCTTCAGAGACGACGCCAAGAACTCACTATATCTGGAAATGAACAGCCTGAGAGTCGAGGACACGGCTATGTATTATTGTGTGAGA
>
> GGGAAGCC
> CTGGGCGTTTGGGGGCCAAGGGACATCGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
cc @flothoniLille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2508Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh2018-06-27T18:53:42+02:00Mathieu GiraudVh pas trouvé, uniquement Dh-JhAurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 52...Aurélie ~"LIL-Lille" :
> I have a question on the results I obtain on the following sample: http://app.vidjil.org/?sample_set_id=23852&config=25
>
> Let's look on the following clones:
> >IGHD2-2*02 2/TGA/5 IGHJ5*02 362 nt, 148 525 reads (10.64%, 53.45% of IGH/IGH+, 2042% of IGH+)
> GGAGTCGGGGGAGGCTTGGTCCAGCCTGGGGGTCCCTGAGACTCTCCTGTGCAGCCTCTGGATTCACCTTCAGTGACTACTACATGAGCTGGGTCCGCCAGGCTCCCGGGAAGGGGCTGGAGTGGGTAGGTTTCATTAGAAACAAAGCTAATGGTGGGACAACAGAATAGACCACGTCTGTGAAAGGCAGATTCACAATCTCAAGAGATGATTCCAAAAGCATCACCTATCTGCAAATGAACAGCCTGAGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATCAAGGGGCATTTATTGTAGTAGTACCAGCTGCTAT
>
> ATG
> ATGGTTCGACCCCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGTAAG
>
>
>
> Bonjour,
>
> Ce clone est mal nommé, il ne reconnaît pas le VH, bien présent puisque nous avons pu merger des clones qui étaient VDJ. Cela m’embête car ce clone étant majoritaire, le merge ne permet pas de corriger la séquence.
>
> Pourriez-vous y regarder et me dire pourquoi le VH n’a pas été reconnu ?
>
> Merci
>
> AurélieAlgo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2499Lignes des axes noires/grises2018-08-09T14:28:40+02:00Mathieu GiraudLignes des axes noires/grises> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse...> Bonjour,
>
> J’ai vu qu’hier vous avez effectué une maintenance et je ne sais pas si c’est en lien ou non mais je trouve que les lignes du graphe sont bizarres, grises ou noires. Est-ce lié ? Cela n’empêche évidemment pas l’analyse, ce n’est qu’esthétique J !
>
> Aurélie
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2491Segmenter : ordre des germlines/séquences2021-11-26T11:42:12+01:00Mathieu GiraudSegmenter : ordre des germlines/séquencesRemarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb ...Remarque de @aurelBZH : dans quel ordre ?
Actuellement clones + tous les germlines.
Peut-être les V + clones + les J ? Les V/J autour de chaque clone ? Comment fait-on pour les clones qui partagent un même V/J ?
Remarque de @RyanHerb : une possibilité serait `.insertAfter` en prenant l'id du clone.
À voir plus tard, rien d'urgent.
cc @aurelBZH @RyanHerb @hetohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2306NextSeq et 4 lanes2023-02-08T12:24:22+01:00Mathieu GiraudNextSeq et 4 lanesIl semblerait que le NextSeq produise des fichiers pour 4 lanes, soit 8 fichiers au totel (`L00[1234]_R[12]`). David ~"BEL-Belfast" a eu du mal pour les concaténer.
cc @mikael-s @flothoniIl semblerait que le NextSeq produise des fichiers pour 4 lanes, soit 8 fichiers au totel (`L00[1234]_R[12]`). David ~"BEL-Belfast" a eu du mal pour les concaténer.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-s