vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-22T10:55:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4650Pouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)2021-01-22T10:55:13+01:00Thonier FlorianPouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pe...Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pense lui faire la promotion de l'option `--out-reads` et scripter quelque chose pour concaténer ça au sein d'un nouveau fichier. Problème, les export de clone sont mix fasta/fastq avec un rappel du clone en amont.
Avoir une option permettant de le faire directement serait extrêmement plus pratique.
Cette option permet aussi de gagner du temps sur l'alignement qui devient dans ce cas non nécessaire.
Il y a aussi l'issue #1515 mais ça nécessite de passer par un outil différentshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4531Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)2021-01-15T10:50:50+01:00Thonier FlorianAvoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une do...Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une doc sur la meilleur manière de procédé à une release de germline
* ajout de l'espèce
* release de la nouvelle version
* ajout de nouvelle config (par défaut sur tout nouveau serveur ?)Algo 2021.022020-11-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2726Faire un "compare" sur un seul sample2020-11-20T21:18:14+01:00Ryan HerbertFaire un "compare" sur un seul sampleAnne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire l...Anne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire le graphe et naviguer entre les samples avec les flèches. Mais un changement de sample par click ou raccourci clavier accidentel pourrait passer inappercu assez facilement. Je me demandais donc s'il serait judicieux de permettre un compare sur un seul sample. Ou encore avec des configs qui ne fusent pas (mais produirait beaucoup d'entrées dans la liste des résultats...).
Actuellement, elle créé deux patients avec le même nom et utilise la recherche texte. Je lui ai donc proposé d'utiliser des tags pour accélérer légèrement la recherche, mais la solution n'avait pas l'air satisfaisante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2606My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur2020-11-18T16:50:47+01:00Thonier FlorianMy Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateurIl serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifie...Il serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifier l'avancement des analyses, ils auront peut-être envie d'éviter d'avoir a ouvrir un à un tous les patients pour en vérifier le statut.
Ce que je propose comme idée serait l'intégration d'une vue qui listerai, au choix :
* les XXX derniers jobs
* tous les jobs lancés depuis XXX jours
* (autres choses visualisées ou pas -> #2608 J'imagine que pour ce faire, il faudrait enregistrer l'information dans la db.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2878Création batch de plusieurs patients/runs/sets2020-10-21T08:26:03+02:00Mathieu GiraudCréation batch de plusieurs patients/runs/setsÀ voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.À voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4465Docker, segmenter page et nouvelles urls2020-08-28T11:52:02+02:00Mathieu GiraudDocker, segmenter page et nouvelles urls
cc @duez
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4261Upgrade issue with classification2020-06-25T19:53:21+02:00Mikaël SalsonUpgrade issue with classification@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I under...@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I understood with my so-so- French reading the comment to merge request !627 (merged).
>
>This, however, posed a problem for me. My database doesn't have this field. So, I guess I'll have to do the procedure under "Migrating data" in the documentation, re-create a Vidjil installation from scratch, and, when I load back my database, the field will be there, and the vidjil_utils.py script will take care of initializing the classification field.
>
>Is that it? I'll be glad to do it. Just confirm that this is indeed the process. And I guess I will have to do that every time the database changes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4136Avoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautés2020-05-27T09:29:48+02:00Mathieu GiraudAvoir une page publique sur les chantiers en cours et les nouveautésSuggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-git...Suggestion de Patrick ~"PAN-Necker" : nous pourrions nous améliorer en ~com de ce sur quoi nous travaillons, ce qui est prêt ou presque, ce qui est disponible, même en bêta ou sur certaines ~"server-config".
Certes, nous avons ~"dev-gitlab", mais avant de trouver l'info... Cela pourrait prendre la forme de ~"client-notifications", mais on pourrait réfléchir à un fichier `.md` dans la ~doc (et donc qui se retrouve sur le web), ou bien une issue ~"dev-gitlab" particulière, à destination des usagers, expliquant ces chantiers. Nul besoin de détailler les 1500 issues (on peut mettre des liens ~"dev-gitlab"), mais plutôt de lister 10-15 chantiers et leur état d'avancement.
#2468 #4110Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraud2020-01-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3842Exporter tous les clones au format AIRR2020-04-10T16:43:24+02:00Thonier FlorianExporter tous les clones au format AIRRJE ne connais pas toutes les implications. J'imagine qu'il y a une version simple qui serait d'adapter la fonction d'export vers le csv, voir de la remplacer.JE ne connais pas toutes les implications. J'imagine qu'il y a une version simple qui serait d'adapter la fonction d'export vers le csv, voir de la remplacer.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3870Trier automatiquement les clones de la liste2020-03-18T08:40:50+01:00Thonier FlorianTrier automatiquement les clones de la listeRennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)Rennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3938Rapport : avoir un champ de remarque/conclusion2020-01-23T17:22:53+01:00Mikaël SalsonRapport : avoir un champ de remarque/conclusionDemande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle...Demande de NG ~"LIL-Lille" : elle a envie d'avoir un champ pour rentrer des commentaires ou sa conclusion sur le patient qu'elle analyse. Pour elle c'est différent du champ plus factuel où est décrit le sample set ou l'échantillon.
Elle dit que cela n'a pas nécessairement besoin d'être enregistré (ensuite elle imprime). Cela peut faciliter les choses pour une implémentation rapide.Lille-LAL-nextMathieu GiraudMathieu Giraud2019-09-25