vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-28T11:58:05+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4465Docker, segmenter page et nouvelles urls2020-08-28T11:52:02+02:00Mathieu GiraudDocker, segmenter page et nouvelles urls
cc @duez
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/878Stockage des préférences2020-09-23T17:37:53+02:00Vidjil TeamStockage des préférences- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@Ry...- dans un cookie ? (verifier que l'on puisse retrouver le cookie sur un domain local)
- sur le serveur ? (obliger de se loguer)
- conf.js ?
le plus possible dans .analysis ?
Toujours très intéressant... mais pas urgent vu le reste
@RyanHerb @Duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2878Création batch de plusieurs patients/runs/sets2020-10-21T08:26:03+02:00Mathieu GiraudCréation batch de plusieurs patients/runs/setsÀ voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.À voir si c'est indépendant ou simultané avec #1362.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2952My Account: informations sur les groupes2020-11-18T16:50:43+01:00Mathieu GiraudMy Account: informations sur les groupesExtrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bon...Extrait de #1682.
Après #2951 :
@RyanHerb : Je pensais effectivement plus à une page fournie par un contrôleur du type "My Account", et l'idée d'afficher les permissions et donc aussi les appartenances aux groupes pourrait être une bonne idée, surtout avec les labos qui commencent à nous demander des groupes pour partager les données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2606My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur2020-11-18T16:50:47+01:00Thonier FlorianMy Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateurIl serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifie...Il serait intéressant pour les utilisateur d'avoir une liste des dernier jobs lancés et leurs statut.
Exemple : aujourd’hui un hôpital vient de lancer une vingtaine de jobs d'un coup, sur divers patients. Lorsqu'ils reviendront vérifier l'avancement des analyses, ils auront peut-être envie d'éviter d'avoir a ouvrir un à un tous les patients pour en vérifier le statut.
Ce que je propose comme idée serait l'intégration d'une vue qui listerai, au choix :
* les XXX derniers jobs
* tous les jobs lancés depuis XXX jours
* (autres choses visualisées ou pas -> #2608 J'imagine que pour ce faire, il faudrait enregistrer l'information dans la db.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2726Faire un "compare" sur un seul sample2020-11-20T21:18:14+01:00Ryan HerbertFaire un "compare" sur un seul sampleAnne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire l...Anne m'a parlé d'un cas de figure où leurs données sont analisés en NGS deux fois. Elle aimerait pouvoir ajouter les samples dans le même patient sans pour autant avoir la vue du suivi.
Une solution pourrait être de simplement réduire le graphe et naviguer entre les samples avec les flèches. Mais un changement de sample par click ou raccourci clavier accidentel pourrait passer inappercu assez facilement. Je me demandais donc s'il serait judicieux de permettre un compare sur un seul sample. Ou encore avec des configs qui ne fusent pas (mais produirait beaucoup d'entrées dans la liste des résultats...).
Actuellement, elle créé deux patients avec le même nom et utilise la recherche texte. Je lui ai donc proposé d'utiliser des tags pour accélérer légèrement la recherche, mais la solution n'avait pas l'air satisfaisante.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4531Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)2021-01-15T10:50:50+01:00Thonier FlorianAvoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une do...Un utilisateur souhaite voir les données du cochon.
J'ai rajouté l'entré dans le fichier `split-from-imgt`
Ensuite, il faudra mettre à jour le contenu de germline sur le serveur et la configuration associée.
TODO; ajouté aussi une doc sur la meilleur manière de procédé à une release de germline
* ajout de l'espèce
* release de la nouvelle version
* ajout de nouvelle config (par défaut sur tout nouveau serveur ?)Algo 2021.022020-11-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4650Pouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)2021-01-22T10:55:13+01:00Thonier FlorianPouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pe...Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pense lui faire la promotion de l'option `--out-reads` et scripter quelque chose pour concaténer ça au sein d'un nouveau fichier. Problème, les export de clone sont mix fasta/fastq avec un rappel du clone en amont.
Avoir une option permettant de le faire directement serait extrêmement plus pratique.
Cette option permet aussi de gagner du temps sur l'alignement qui devient dans ce cas non nécessaire.
Il y a aussi l'issue #1515 mais ça nécessite de passer par un outil différentshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3054Avoir plus d'informations sur PEAR2021-02-03T09:06:41+01:00Thonier FlorianAvoir plus d'informations sur PEARJ'ai eu le cas dernièrement d'un assemblage de PEAR qui retournait des reads très courts, et donc avec 60% qui n'ont pas pu être mergés. J'aurais aimé avoir plus d'informations sur l'état des fastq avant/après le merge, et quelques infor...J'ai eu le cas dernièrement d'un assemblage de PEAR qui retournait des reads très courts, et donc avec 60% qui n'ont pas pu être mergés. J'aurais aimé avoir plus d'informations sur l'état des fastq avant/après le merge, et quelques informations en plus comme par exemple en #2242.
Ici l'idée serait de rajouter dans le rapport un petit script/soft qui vérifie combien de reads étaient dans les fichiers de départ, la longueur moyenne, médiane, ...
cc @magiraud @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4237Documenter les distributions + export all clones2021-02-03T19:46:59+01:00Mathieu GiraudDocumenter les distributions + export all clonesOn a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we wo...On a eu #4020 pour le ~dev, mais pas encore de ~doc pour les usagers: nous devrions documenter les deux features "majeures" pour les usagers de %"Déploiement 2020.03" sur le répertoire.
S'inspirer par exemple des mails:
> Anyway, we would like to share with you some news, in particular the availability of two long requested features for repertoire analysis that we began to present you at the last meeting. Vidjil displays the top 100 most abundant clones by default, and you know that we made this choice to keep an efficient interactivity. However behind the scenes, Vidjil-algo computes all the clones. We today offer two features to better interact and work with this full list of clones:
> Show distributions of the full repertoire (see attached image). We display the fragment length distribution for all clones instead of the most abundant ones. After tests with some users to ensure it was fitting their needs, we now make it the default configuration.
> Export all clones. We now give the possibility to retrieve them all under the AIRR format for further investigations. This is available through the "Export all clones (AIRR)" configuration.Déploiement 2020.062020-06-28https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3445serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue2021-02-09T17:27:33+01:00Thonier Florianserveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queueUn utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne ...Un utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne suis pas trop au point sur l'aspect serveur.
Cela me fait penser à vdj#631. Je vais leur demander si ils sont passé par la version docker ou non. Mais dans ce cas, l'erreur de vdj#631 devrait être corrigé sur la dernière version non ?
Dans le cas contraire, qu'elles sont les informatiions qui peuvent nous aider ? les logs du serveur, de l'app vidjil ?
cc: @RyanHerb @mikael\-s @magiraud
PS: voici leur mail explicatif:
>Thanks for providing this support email. We managed to install Vidjil
locally, initiated a database, created an admin user and a couple of
ordinary users. But we are facing problems:
>- when the ordinary users log in, create a patient and load a sample, the
"config" drop down list is empty; the admin's "config" list shows more
options, namely: TRG, multi+inc+xxx, multi+inc, multi, IGH,
default+extract_reads
>- even the admin user, when we select "multi+inc+xxx" in the "config"
list, cannot run the analysis. They apparently get stuck in the QUEUED
mode forever.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4541Boucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachés2021-03-03T12:18:28+01:00Thonier FlorianBoucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachésUne nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où l...Une nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où la correction a été faite et si celle-ci a été correctement déployée (j'ai corrigé il me semble exactement cette erreur il y a quelques mois).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4720Classement des runs suite à export/import sur nouveau serveur2021-03-17T11:17:07+01:00Mathieu GiraudClassement des runs suite à export/import sur nouveau serveurVoir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.Voir vidjil/support/rennes-hemato#3.
Est-ce un artefact d'export/import, autre chose ?
Voir au passage #4573.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3164N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences2021-04-08T08:28:46+02:00Mikaël SalsonN'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquencesDemande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce...Demande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce serait moins encombré.
À voir comment on « matérialise » les positions identiques, pour qu'il n'y ait pas de confusion avec les gaps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3243Export des informations d'un clone2021-04-14T08:41:06+02:00Mikaël SalsonExport des informations d'un cloneLe tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).Le tableau d'information d'un clone peut être affiché mais ne peut pas être exporté. Or beaucoup d'informations s'y trouvent (y compris provenant d'IMGT le cas échéant) et il serait intéressant de ne pas les perdre (cf. #3241).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2444Customisation du client pour certains utilisateurs ou groupes2021-04-17T06:24:27+02:00Mathieu GiraudCustomisation du client pour certains utilisateurs ou groupesPour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'e...Pour #1684 ou d'autres, on pourrait être tenté de faire des axes d'analyse pour certains utilisateurs, non visibles des autres. Plus généralement, on aimerait aussi parfois donner "certaines" fonctionnalités à certains utilisateurs, qu'elles soient en développement ou pertinentes pour quelques utilisateurs (#2043). Le `devel-mode` et le `beta-mode` peuvent être une solution, mais ce n'est pas très flexible...
On pourrait donner accès à un autre client, statique, quelque part, avec du `.js` modifié. Ou souhaite-t-on pouvoir donner un bout de `.js` en fonction de l'utilisateur ? Le ~server serait agnostique par rapport à cela, on aurait juste un `lille.js` quelque part ? ou bien en champ un base de données ?