vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-01-22T10:55:13+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4650Pouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)2021-01-22T10:55:13+01:00Thonier FlorianPouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pe...Un utilisateur à des fichiers de capture trop gros pour les faire passer par son réseau apparemment.
Il demande comment mettre en place un filtre pour réduire la taille du fichier en ne conservant que les reads contenant des vdj.
Je pense lui faire la promotion de l'option `--out-reads` et scripter quelque chose pour concaténer ça au sein d'un nouveau fichier. Problème, les export de clone sont mix fasta/fastq avec un rappel du clone en amont.
Avoir une option permettant de le faire directement serait extrêmement plus pratique.
Cette option permet aussi de gagner du temps sur l'alignement qui devient dans ce cas non nécessaire.
Il y a aussi l'issue #1515 mais ça nécessite de passer par un outil différentshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4629Accélérer la procédure d'upload des fastq2021-01-12T16:47:13+01:00Anne de SeptenvilleAccélérer la procédure d'upload des fastqBonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutation...Bonjour à tous et bonne année,
Je viens vous embêter pour vous demande de faire quelque chose pour accélérer la procédure d'upload des fastq.
Comme vous le savez déjà, notre activité de séquençage du BCR pour le statut mutationnel est en constante augmentation. Les runs comportent de plus en plus d'échantillons. C'est vraiment super de pouvoir créer tous nos patients par copier-coller, c'est vraiment une nette amélioration pour nous et un gros gain de temps. Maintenant il faudrait vraiment pouvoir faire le même genre de chose sur le page d'upload des fastq, au moins pour la sélection des fichiers qui est très laborieuse.
77 patients à entrer ce matin, soit 154 fichiers qu'il faut rechercher manuellement dans la fenêtre de sélection, associer au bon patient etc... cela prend facilement 1h ou 2h pour tout bien faire sans erreur (et ce n'est pas très enrichissant).
Merci encore pour tout ce que vous faites pour nous !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4541Boucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachés2021-03-03T12:18:28+01:00Thonier FlorianBoucle infinie au chargement d'un fichier avec des samples cachésUne nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où l...Une nouvelle version d'une issue que j'ai déjà traité (mais pas retrouvé).
je suis tombé sur un patient pour lequel le fichier analyse provoque une erreur (boucle infinie) lorsqu'il y a des échantillons cachés.
Je vais rechercher où la correction a été faite et si celle-ci a été correctement déployée (j'ai corrigé il me semble exactement cette erreur il y a quelques mois).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4465Docker, segmenter page et nouvelles urls2020-08-28T11:52:02+02:00Mathieu GiraudDocker, segmenter page et nouvelles urls
cc @duez
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4396Inversion des axes numeriques2020-07-28T11:58:05+02:00Thonier FlorianInversion des axes numeriques
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?
Sur le preset 9, on s'attend à voir l'axe `size_other` en reverse. Ce n'est plus le cas depuis le refactor. Dans le fichier `axis.js`, la boucle reverse est strictement identique à l'autre.
Un oubli lors du refactor ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4292Erreur productivité - séquence commençant loin avant le début du V2022-05-12T10:27:36+02:00Anne de SeptenvilleErreur productivité - séquence commençant loin avant le début du VJ'ai fait un test avec d'autres primers plus en amont que ceux utilisés habituellement. Les clones de ces patients, avec une assez grande partie avant le début du V sont notés par Vidjil "non productifs" alors que IMGT les trouve bien pr...J'ai fait un test avec d'autres primers plus en amont que ceux utilisés habituellement. Les clones de ces patients, avec une assez grande partie avant le début du V sont notés par Vidjil "non productifs" alors que IMGT les trouve bien productifs.
https://app.vidjil.org/index.html?set=37915&config=2&clone=90
https://app.vidjil.org/index.html?set=37917&config=2&clone=76https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4261Upgrade issue with classification2020-06-25T19:53:21+02:00Mikaël SalsonUpgrade issue with classification@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I under...@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I understood with my so-so- French reading the comment to merge request !627 (merged).
>
>This, however, posed a problem for me. My database doesn't have this field. So, I guess I'll have to do the procedure under "Migrating data" in the documentation, re-create a Vidjil installation from scratch, and, when I load back my database, the field will be there, and the vidjil_utils.py script will take care of initializing the classification field.
>
>Is that it? I'll be glad to do it. Just confirm that this is indeed the process. And I guess I will have to do that every time the database changes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4214Avoir l'information in frame/out of frame depuis l'algo2021-11-22T12:38:28+01:00Thonier FlorianAvoir l'information in frame/out of frame depuis l'algoUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-sUne demande de Necker qui nécessite un ajout dans l'algo.
C'est simple selon vous ? Nous devons déjà avoir de quoi le calculer non ?
Cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4072Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas2022-03-08T11:42:14+01:00Mikaël SalsonClones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pasSe rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne s...Se rendre ici : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=averageLength,size,bar et choisir le 3è sample. Dans la distribution on a 2 jolies bosses : une due aux TRG et une aux IGH. En désactivant un des locus, la distribution ne se modifie pas : les clones de distribution sont rassemblées à partir d'une longueur partagée, mais sans égard pour leur locus.
Mais quand on filtre par locus, le nombre de reads change et, du coup, les pourcentages affichés pour les clones de distribution ne sont plus corrects (par exemple n'afficher que les TRG et tous les sélectionner), j'arrive à 167%.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4066Couleur par nombre de samples2022-05-12T10:25:04+02:00Mikaël SalsonCouleur par nombre de samplesL'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/...L'information du nombre de samples dans lesquel est présent un clone est calculée : #1974 (et commits 3c3ee70, 11f0afa05).
On peut donc en faire facilement une couleur ([voir la documentation](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/dev-client.md#how-to-add-something-to-be-plotted)).
@pduroux nous a montré une coloration discrète pour les clones présents dans tous les samples et pour les clones présents dans un seul sample.
Parmi ce que nous demandent les utilisateurs il y a le contrôle de la contamination (#1744) et même si un clone n'est pas présent dans tous les échantillons, ça les intéresse.
L'intérêt d'une coloration discrète c'est qu'on peut facilement filtrer en cliquant sur la couleur qu'on ne veut pas voir. On pourrait donc avoir une coloration discrète :
* tous les samples
* plusieurs samples (mais pas tous)
* un seul sample
Si je m'intéresse à la contamination, je clique sur la couleur qui correspond à un seul sample et je vois directement tous les clones qui sont partagés par plusieurs samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3927Mounted files / network : docker, documentation2020-03-23T13:03:53+01:00Mathieu GiraudMounted files / network : docker, documentation@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?@meidanis had a question on the "from my computer" / "from the network" choice when uploading.
- Is it normal that he sees this choice as this is not configured ?
- Did we document this feature ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3889Actualiser régulièrement la CloneDB2023-04-03T12:00:21+02:00Anne de SeptenvilleActualiser régulièrement la CloneDBJ'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une a...J'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une actualisation de Clone DB ?
C'est dommage car cela ne me permet pas de contrôler certains clones dans l'immédiat.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3870Trier automatiquement les clones de la liste2020-03-18T08:40:50+01:00Thonier FlorianTrier automatiquement les clones de la listeRennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)Rennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3868Avoir les noms des patients dans la timeline lorsque l'on ouvre un run2022-05-12T11:06:36+02:00Thonier FlorianAvoir les noms des patients dans la timeline lorsque l'on ouvre un runPar défaut, on affiche le nombre de jours ou le nom du fichier. Or, lorsque l'on ouvre un run, on serait plus intéressé par avoir les liens patients si ceux-ci sont disponibles.
Rajouter une entrée dans le setting ? Ramener l'informatio...Par défaut, on affiche le nombre de jours ou le nom du fichier. Or, lorsque l'on ouvre un run, on serait plus intéressé par avoir les liens patients si ceux-ci sont disponibles.
Rajouter une entrée dans le setting ? Ramener l'information de quel endroit dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3820Lien vers le gitlab dans le menu help2019-04-02T11:04:31+02:00Thonier FlorianLien vers le gitlab dans le menu helpSi on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).Si on fait de la pub pour le gitlab, on devrait aussi avoir un lien direct qui permette d'ouvrir le gitlab, voir de créer des issues (mais attention au spam !!!).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3816Commande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimers2023-06-28T18:04:19+02:00Thonier FlorianCommande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimersLeur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.Leur envoyer déjà une ligne de commande, et pourquoi par faire un micro script avec cette commande à envoyer en pre-preprocess.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3715CloneDB : afficher le nombre d'échantillons total2019-11-21T17:22:35+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher le nombre d'échantillons totalAvoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3...Avoir une liste c'est bien, mais quand elle est longue, on aimerait bien savoir combien d'échantillons sont concernés.
Cela pourrait être pertinent d'avoir un axe sur le nombre d'échantillons également (et posera moins de problème que #3504).