vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-02-17T09:53:37+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1781Indice/index de clonalité, diversité : par locus ?2022-02-17T09:53:37+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité : par locus ?Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simp...Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simple, tout laisser tel quel et faire des boucles dans windowStorage au moment de computeDiversity()
***
Évoqué lors du VW16.
***
@nobodyAlgo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1547Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)2022-06-15T11:16:31+02:00Vidjil TeamMettre plus de tags (couleurs) sur les clones (v2)Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
***
Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouv...Alice n'a pas assez de choix dans les couleurs. Un menu avec 16 couleurs rique d'être un peu long… Si on fixe les couleurs attention à toujours avoir des couleurs daltonien compliant.
***
Dégradé de couleur par système ? Pour s'y retrouver dans tous ses clones
***
En mono-système, le système actuel est le bon.
En multi...
Une solution pourrait être d'avoir toujours des labels "sémantiques" (clone 1 / clone 2 / clone 3 / standard ....) mais de multiplier cela par les couleurs de système.
Quelques part ce serait même plus logique, cela ferait un seul système de couleur pour tout, au lieu de deux (icônes locus + tags.)
On pourrait d'ailleurs ne multiplier que par 3-4 labels, et avoir des gris/noir pour les trucs autres.
Mais faire tout cela serait peut-être dommage pour le cas mono-système.
***
@nobodyWeb 2022.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3334Stéréotypie CDR3 à un subset connu2021-11-19T11:06:56+01:00Mathieu GiraudStéréotypie CDR3 à un subset connuCas particulier de #3906.Cas particulier de #3906.CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3244Coefficient de corrélation (ou autre mesure) lors d'un compare two samples2018-06-04T10:18:04+02:00Mikaël SalsonCoefficient de corrélation (ou autre mesure) lors d'un compare two samplesDemandé par ~"LIL\-Immuno" car intéressé pour comparer différentes populations cellulairesDemandé par ~"LIL\-Immuno" car intéressé pour comparer différentes populations cellulaireshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3241Une donnée non exportable est... inutile2022-02-14T18:12:59+01:00Mathieu GiraudUne donnée non exportable est... inutileÉvoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.Évoquée avec Lille.
Particulièrement vrai quand on veut tracer des choses / communiquer entre personnes / dossier patients / rapports... Pour l'instant, captures d'écran.
Cas particuliers : #2056, #2876, #3240.2018-06-30https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3240Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés2018-09-17T18:16:54+02:00Mathieu GiraudExporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changésAurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certa...Aurélie ~"LIL\-Lille" : On peut faire joujou avec les axes, c'est très bien... mais on aimerait le mettre dans le rapport. Au moins une copie d'écran (c'est ce qu'ils font).
Et aussi couleurs #1976.
"Cela fait qu'on n'utilise pas certaines analyses car... on ne peut rien faire de ces informations."
cc @flothoniCLL-2018-septembreMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3171Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille2024-02-21T14:12:12+01:00Mathieu GiraudStatistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de batailleDiscuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vid...Discuté avec @flothoni et @mikael-s suite à ~"ec-ngs" à Lille. Le point le plus revenu dans les échanges, on s'y met en mai-juin de notre côté.
**Prérequis, pipeline de base**
- contrôleur préparant des métadonnées + ensemble de `.vidjil` #3041
- qui récupère des infos des `.vidjil` #3172 (donc #2240)
- puis vue générique #2235 (app-stats: autre chose, plutôt explorer distributions V/J)
Premier but: commencer déjà par infos présentes dans `.vidjil`, typiquement *nombre de reads segmentées* et *clone principal avec son abondance*.
**Puis**
- (Jouable) Plus d'infos dans le `.vidjil`, mieux structurées, déjà depuis vidjil-algo
- les `UNSEG` triés #3049
- warnings par clone / sample #3086 #3060. Documenter, en faire de nouveaux
- (Jouable) vue spécifique #2875, spécialise #2235 pour QC, contrôles
- ~"!-hard" plus fort que #2875, profil par type de manipulation (sequenceur, données, ..) ou utilisateur #3168
- Présence des primers #3152 #1253
- ~"!-hard" (modification db) Pré-process #3154 (déjà PEAR #3054)Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2716Plusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sample2023-02-08T12:21:43+01:00Mathieu GiraudPlusieurs tubes / index / fichiers pour un seul sampleMichael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va enc...Michael ~"PRA-Prague", comme ~"KIE-Kiel", uploade plusieurs fichiers pour un seul sample venant de chaque tube.
Connait-on d'autres utilisateurs qui font de même ?
C'est une manière vraiment détournée de se servir du client. Cela va encore pour un échantillon de diagnostic (et encore), mais, dès qu'on a deux samples, et bien on ne voit plus rien du tout.
- Tagger ces "samples" d'une manière particulière ? Équivaudrait à changer la db pour avoir un truc plus fin que samples. Argh, trop complexe.
- Avoir un pre-process pour combiner `n` samples ?
- Le plus simple serait un `cat`, mais on perd l'info originale. Mais c'est peut-être pas grave ?
- Un pre-process qui ferait un `cat` en ajoutant l'info, et ensuite l'algo tiendrait compte de cela ?
- Et c'est encore plus complexe quand tout peut être R1/R2
(Dans l'autre sens, #1684)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2233Avoir un rapport plus générique2022-05-12T11:42:47+02:00Mathieu GiraudAvoir un rapport plus génériqueÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-sÉvoqué avec ~"Paris-Pitié"
En particulier pour mettre des informations de qualité
cc @flothoni @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1362Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web2018-03-21T19:04:38+01:00Vidjil TeamUpload de plusieurs fichiers via des formulaires webTâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Tâche spécialisée depuis la tâche originale déplacée dans #2891.
Web 2018.01Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5026Comment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?2022-05-20T16:31:12+02:00Thonier FlorianComment savoir qu'un sample/set est déjà analysé par un humain ?Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.Des utilisatrices du workshop me demandaient comment tagger qu'un sample était déjà fait. Idem pour un sample.
Je n'ai pas trouvé de réponse. Il faudrait un champ, une checkbox pour dire que celui-ci est fait.
Demande une réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4934Fusionner deux locus ?2022-01-28T11:14:20+01:00Mikaël SalsonFusionner deux locus ?Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on...Voir vidjil/support/lille-hemato#44
Pourrait-on choisir de fusionner deux locus ? Ou alors de changer certains clones de locus ? On peut le faire individuellement en changeant leur désignation VDJ (mais c'est un peu fastidieux), mais on pourrait fournir un moyen d'attribuer un autre locus à un ensemble de clones sélectionnés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4561Avoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service t...2022-03-30T17:54:54+02:00Thonier FlorianAvoir le numéro de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service tiersUn utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmis...Un utilisateur souhaite avoir le nom de l'échantillon lorsqu'un clone est envoyé vers un service tiers.
Pour le moment ce n'est pas le cas. Ce pourrait être simple, mais il y aurait des questions a trancher.
* les données sont transmissent en clair vers les service tiers, or le nom peut contenir des informations importantes
* un clone peut être présent dans plusieurs échantillon chez un même individus.
cc @magiraud @mikael-sWeb 2022.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3855Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #...@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #3857, ici discussion sur le nombre de clones : combien en faut-il pour étudier `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3130Informations pour la LLC dans le rapport2022-04-19T17:14:54+02:00Mikaël SalsonInformations pour la LLC dans le rapportDans le rapport on ne sort pas des informations comme la productivité (calculée par Vidjil) ou sur le % d'homologie avec le V (récupéré d'IMGT (cf. #2819) ou si on le calcule en interne (#3131)) qui sont pertinentes pour la LLC.Dans le rapport on ne sort pas des informations comme la productivité (calculée par Vidjil) ou sur le % d'homologie avec le V (récupéré d'IMGT (cf. #2819) ou si on le calcule en interne (#3131)) qui sont pertinentes pour la LLC.Web 2022.05