vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-27T12:08:20+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4038Afficher les index de diversité dans le client2019-11-27T12:08:20+01:00Mathieu GiraudAfficher les index de diversité dans le clientSuggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?Suggestion de ~"Paris-Pitié". En particulier sur ~"client-graph" ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3716CloneDB : afficher les tags2019-12-03T17:48:36+01:00Mikaël SalsonCloneDB : afficher les tagsIls sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.Ils sont récupérés et envoyés au client mais pour l'instant non affichés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4169Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés2020-02-03T14:41:26+01:00Anne de SeptenvilleAjout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importésParfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !Parfois quand j'uploade tous mes samples d'un nouveau run, j'oublie de leur associer le set ou le run que je voulais.
Je dois alors modifier chaque sample un par un pour réparer mon oubli et c'est bien dommage !https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4182Points décalés dans le rapport2020-02-26T16:19:25+01:00Mathieu GiraudPoints décalés dans le rapportLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothoniLes points du rapport sont parfois décalés.
![rapport](/uploads/e3b6b9643944b0dd71bdf92e17a29b47/rapport.jpg)
cc @flothonimarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4300vidjil-algo: Improve documentation on clustering2020-05-26T12:14:23+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: Improve documentation on clusteringNow there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.Now there is only a rather cryptic sentence in `vidjil-algo.md`.
See also #1332.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4267Problème détection d'un 2e D trop court2020-06-23T11:47:49+02:00Anne de SeptenvilleProblème détection d'un 2e D trop courtPour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79Pour ce patient, détection étrange d'un 2e D de 3 nucléotides.
http://app.vidjil.org/index.html?set=37540&config=2&clone=79https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4451Représenter différement et/ou pouvoir masquer les clones peu sûrs dans le graphe2020-08-04T12:04:08+02:00Mathieu GiraudReprésenter différement et/ou pouvoir masquer les clones peu sûrs dans le grapheDiscussion avec ~"LIL-Immuno" : si un clone est peu sûr (zone grise, < 5 reads), ils peuvent néanmoins avoir une impact visuel trop fort sur ~"client-graph".
- afficher en pointillés (ou autre) la porition de courbe dès qu'un des deux ...Discussion avec ~"LIL-Immuno" : si un clone est peu sûr (zone grise, < 5 reads), ils peuvent néanmoins avoir une impact visuel trop fort sur ~"client-graph".
- afficher en pointillés (ou autre) la porition de courbe dès qu'un des deux points voisinants est peu sûr ?
- avoir une option pour ne pas afficher cette portion de courbe ?
- ou les deux en même temps
Une autre solution, plus radicale, est #4450.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1880Lier à VDJdb2020-09-10T11:03:40+02:00Vidjil TeamLier à VDJdbhttps://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
***
Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une...https://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
***
Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une belle API et intégration continue travis/github)
(Klatzmann va compléter vdjdb avec insulin xxx)
***
puis faire coucou à Shugay (en profiter pour dire que format-analysis.org est à jour + release 2016.07)
***
leur doc indique que des requêtes POST fonctionnent, mais sauf erreur de ma part, il s'agit d'une websocket qui est utilisée, et je n'ai pas réussi à faire fonctionner les exemples avec curl
***
@magiraud @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4496Avoir un preset locus/size2020-09-29T12:33:01+02:00Mikaël SalsonAvoir un preset locus/sizeUtilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.Utilisé à l'APHP : leur permet de voir s'il y a une distribution polyclonale selon les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4493Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process2020-09-30T10:58:25+02:00Mathieu GiraudNom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il...
D'une utilistrice :
> J'ai importé des séquences paired-end et vidjil les appelle par leur nom de fichier R1.
> Comment puis-je savoir si la combinaison R1 et R2 pour un même échantillon a ét éfaite correctement?
Ma réponse :
> S'il y a des résultats, c'est que tout s'est bien passé. Plus en détail, le log du process de merge est disponible en cliquant sur "M+R2..." dans la colonne "pre-process"
Cela dit...
- en général, est-ce que le nom est celui du premier fichier ? On pourrait enlever R1/R2 ou d'autres chaînes fréquentes, et mettre "merged" quelque part ?
- ce n'est pas très clair qu'il faut cliquer dessus (~doc). Peut-être un "COMPLETED" ou un checkmark aiderait et montrerait que tout s'est bien passéhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3731Add germlines genes pour tous2020-10-14T11:29:53+02:00Mathieu GiraudAdd germlines genes pour tousSuite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735Suite à #1925 et %"CLL\-2018\-septembre", pouvons-nous considérer que "add germline genes" n'est plus expérimental ?
Que manquerait-il pour qu'on en fasse une pub plus importante ? vdj#735CLL-2018-septembrehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4144segmenter broken apres le chargement d'un second fichier2020-10-14T11:29:53+02:00marc duezsegmenter broken apres le chargement d'un second fichier
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai ...
CA ~"PAN-Necker"
> Lorsque je me connecte sur un premier dossier, j'ai la main sur les séquences et la fonction align.
> Ensuite je charge un second dossier, quand je clique sur un clone, la séquence ne s'affiche pas en bas et je n'ai pas la main sur "align" qui apparaît grisé. Ceci se corrige quand j'actualise la page
la fonction reset() du segmenter ne fonctionne plus avec les derniers merges
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4461Affichage de samples en double dans un run/set2020-12-10T09:27:28+01:00Anne de SeptenvilleAffichage de samples en double dans un run/setLors de l'ajout de multiples samples dans un run, j'ai par erreur mis 2 fois le run dans les "common sets".
Résultats, mes 8 samples apparaissent tous en double dans le run (39427). Cependant je les vois comme unique si je sélectionne ...Lors de l'ajout de multiples samples dans un run, j'ai par erreur mis 2 fois le run dans les "common sets".
Résultats, mes 8 samples apparaissent tous en double dans le run (39427). Cependant je les vois comme unique si je sélectionne une analyse dans le menu déroulant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4569Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set ...2020-12-11T11:53:00+01:00Mathieu GiraudPouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existantsUtile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chem...Utile par exemple quand on crée de nombreux patients et qu'on se rend compte ensuite qu'on a oublié un set. Ou tout simplement... on décide de faire du rangement et de créer des nouveaux sets.
Pas évident de voir quel serait le bon chemin UX pour cela... avoir un bouton "add existing sample" sur la page du set ? Mais comment alors en sélectionner potentiellement beaucoup ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4508Dans la table groupe, afficher une colonne `group_id`2021-01-04T09:59:38+01:00Mathieu GiraudDans la table groupe, afficher une colonne `group_id`marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4633Connaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-process2021-01-13T15:09:06+01:00Mathieu GiraudConnaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-processDepuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"Depuis #3154 :
> @mikael-s : "ce qui sera possible avec !691"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3126Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?2021-01-26T15:19:10+01:00Mathieu GiraudRapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)On a vu au moins un rapport de ~"LIL-Lille" sans infos du patient (date de naissance...)Lille-LAL-next