vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-07-26T10:24:26+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5055Add a basket of sample to manipulate2022-07-26T10:24:26+02:00Thonier FlorianAdd a basket of sample to manipulateFor statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to h...For statsQC, it is not possible for the moment to compare samples from differents patients/runs.
A way to do this for the moment is to change all samples to add them to a same generic set, one by one.
A new way to do this could be to have a button that allow to add sample to a basket that can be accesed for batch modification (change tags, add them to the same set, ..) or to compare them with statsQC.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4537Compare samples : mettre en avant les process les plus récents ?2020-10-21T09:39:47+02:00Mathieu GiraudCompare samples : mettre en avant les process les plus récents ?
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de ...
Sur le serveur public, Demo L3, compare samples, à l'occasion de #3496.
On arrive sur une liste assez longue, difficile de trouver les résultats les plus récents.
- Trier la liste par date de process ? Mais cela va être difficile de retrouver
- Ou afficher différement ? Par exemple griser les process qui ne sont pas les plus récents ?
C'est certes un cas très particulier (on le relance souvent L3), peut-être ~"priority-1-low".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4499Exporter des rapports pour de nombreux patients2021-10-27T17:27:19+02:00Mikaël SalsonExporter des rapports pour de nombreux patients@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubset@Anne nous explique qu'exporter des rapports pour 50 patients est fastidieux.
Utilise un tableau synthétique pour les 50 patients en gardant les clones > 1% envoyés à IMGT + AssignSubsethttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4291getFusedStats : récupère-t-on les bonnes infos ?2022-07-19T15:17:57+02:00Mikaël SalsongetFusedStats : récupère-t-on les bonnes infos ?
Suite à #4290 je me demande si on récupère toujours les bonnes infos, en particulier sur le clone principal pour lequel on fait (dans `sample_set.py`) :
```python
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
```
Or rien ne garantit ...
Suite à #4290 je me demande si on récupère toujours les bonnes infos, en particulier sur le clone principal pour lequel on fait (dans `sample_set.py`) :
```python
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
```
Or rien ne garantit que ce premier clone fasse partie du fichier résultat. Pour les autres infos on va chercher dans la liste des résultats à la bonne place (à l'indice `result_index`). Mais pour le clone principal le `top` n'est pas une liste. Il faudrait voir parmi les différents `"top": 1` d'un fichier `fused` lequel a le plus de reads pour le fichier concerné (mais pour connaître tous les `"top": 1` faut-il parcourir tous les clones ou a-t-on la garantie qu'ils sont au début ?).Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4290getFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nom2020-05-27T11:31:15+02:00Mikaël SalsongetFusedStats : erreur quand un clone n'a pas de nomPour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/s...Pour #3530 j'ai lancé un essai qui a planté à cause de
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1099, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 927, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 887, in getStatData
d = getFusedStats(fuse)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 756, in getFusedStats
dest['main clone'] = data['clones'][0]['name']
KeyError: 'name'
```
En effet le clone dans ce fichier `fused` (`fused_file.fused_file.8b52253674a3c8e6.3034343635382d32383737302e6675736564.fused`) n'a pas de nom. Ça peut arriver.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3532Décorateur ligne : mieux centrer / afficher texte2018-10-08T11:00:44+02:00Mathieu GiraudDécorateur ligne : mieux centrer / afficher texteSuite à #3455.Suite à #3455.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3528StatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)2018-10-05T18:19:40+02:00Mikaël SalsonStatsQC : Le genescan est vide parfois (lorsque des valeurs sont undefined ?)Sur `dev` pour le run 26863Sur `dev` pour le run 26863https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3527Genescan et position y2018-10-05T19:24:07+02:00Mathieu GiraudGenescan et position yhttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://stackoverflow.com/questions/526035/how-can-i-position-my-div-at-the-bottom-of-its-container
cc @RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3526Stats et genescan : ne pas décaler les valeurs2018-10-05T19:08:24+02:00Mathieu GiraudStats et genescan : ne pas décaler les valeursVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniVu par @mikael\-s : les genescan sont pour l'instant décalés... On veut voir les valeurs de 0 à 500
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3525Stats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les...2018-10-05T19:09:17+02:00Mathieu GiraudStats et affichage des sample sets : mettre les liens pour réatterrir sur les pages des runs/patients/sets concernésRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3510StatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaire2022-07-26T10:04:14+02:00Thonier FlorianStatsQC; afficher plus d'informations sur le clone majoritaireL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentagesL'idée serait d'ajouter un hover dessus. En profiter pour afficher son nom complet, et aussi un minimum d'info:
* nom complet (minimum)
* locus
* nombre de reads
* pourcentageshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3500Stats : bikeshedding nom des colonnes2018-10-08T11:01:44+02:00Mathieu GiraudStats : bikeshedding nom des colonnes#3436.#3436.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3499Stats et animation2018-10-05T19:24:45+02:00Mathieu GiraudStats et animationL'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?L'animation est un peu curieuse, cela saute... quelque chose de plus régulier, ou bien l'enlever tout simplement ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3498Stats sur le genescan et hover2018-10-05T19:16:52+02:00Mathieu GiraudStats sur le genescan et hoverIdéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Idéalement, mettre quelque chose de type "24% at 340 bp" ou bien simplement "340 bp" (c'est pas évident de voir ce que les pourcentages représentent).
En attendant, on peut tout simplement commenter et ne pas avoir de hover.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3497Stats : commenter les champs booléens2018-10-05T19:16:46+02:00Mathieu GiraudStats : commenter les champs booléensIls serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ils serviront lors d'une prochaine itération, après la première mise en prod.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3496qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod2020-12-03T12:42:36+01:00Mathieu Giraudqc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
A...@flothoni, pourrais-tu uploader deux-trois samples sur `dev`, en mettre un également dans un run, et regarder si le "stats" fait par @RyanHerb (Compare Samples > Ctrl-A > stats) est pertinent ? Est-ce que le Genescan semble correct ?
Attendre pour cela quelques jours que @RyanHerb finisse les issues en cours #3454 #3455 #3456 #3493 #3497. On peut en parler par exemple vendredi à l'audio ensemble.
Après la mise en prod, on pourra aussi tester des choses type #3409 ou autre.Web 2020.122020-10-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3495Stats : pour l'instant en gris2018-10-08T11:01:25+02:00Mathieu GiraudStats : pour l'instant en grisOn réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.On réfléchira ensuite sur les couleurs, sur une repasse globale de #3407. Pour une première mise en prod, tout gris.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3493Stats et icône de relance2024-02-14T10:49:13+01:00Mathieu GiraudStats et icône de relanceÀ terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentair...À terme, il faudra
- si les stats sont déjà présents, ne pas la mettre
- et, à l'appui, avoir un retour utilisateur, idéalement `RUNNING` (peut-être sous forme d'icône #3324)
En attendant, il apparait sage de la mettre en commentaire.
Vérifier aussi qu'elle fait un ~"server\-fuse" en sortie.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3456Widget liste des locus2018-10-08T10:59:19+02:00Mathieu GiraudWidget liste des locusVoir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.Voir #3407.
La liste des locus qui apparaissent.
Pour l'instant en texte, "IGH TRD+ TRG".
On rediscutera pour le widget.
Probablement à faire en même temps que #3453.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3454Afficher le nombre de clones supérieur à 5%2022-07-26T11:54:36+02:00Mathieu GiraudAfficher le nombre de clones supérieur à 5%Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.Voir #3407.
On se demande si c'est redondant ou pas. Peut-être pas le plus important ? Bof, à faire quand même.