vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-31T13:47:58+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5230Error when opening access.log from admin page on app2024-01-31T13:47:58+01:00CHESNIN ClementError when opening access.log from admin page on appAprès la correction de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5228, on a toujours un souci pour l'ouverture de du access.log nginx sur app. Ca fonctionne bien en local.
Voici la stack trace :
```
ERROR:root:Traceback (most recen...Après la correction de https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5228, on a toujours un souci pour l'ouverture de du access.log nginx sur app. Ca fonctionne bien en local.
Voici la stack trace :
```
ERROR:root:Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/admin.py", line 96, in showlog
for row in reversed(file.readlines()) :
MemoryError
```
C'est lié à la taille du fichier de log : `-rw-r--r-- 1 root root 4050790122 Jan 30 15:50 access.log`
Idées de solutions (potentiellement cumulables):
- Faire une rotation de logs dans différents fichiers
- N'afficher qu'un certain nombre de lignes dans l'interface
Il faudrait sans doute aussi regarder dans les autres fichiers de log (notamment vidjil)Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3637sucess si pear assemble des fichiers de tailles différentes2018-11-27T16:56:56+01:00Thonier Floriansucess si pear assemble des fichiers de tailles différentesPour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles qu...Pour tester la nouvelle release, j'ai créé un patient, ajouté de nombreux fichiers, et testé d'en ajouter qui seront assemblés avec pear.
J'ai pioché dans un set de fichiers qui sont des résultats de `head -n` de différentes tailles que j'utilise souvent pour ce genre d'occasions.
Aujourd'hui, j'ai voulu tester de mixer 2 fichiers de tailles différentes.
Je m'attendais à avoir un échec. Pourtant, nous avons vu un success et le processus vidjil a continuer normalement.
L'erreur de pear:
```
Computing empirical frequencies....: 1 Problem, number of reads does not match! n1 = 1000 n2 = 0
```
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3374Stocker en base de données tous les accès2019-01-08T15:11:23+01:00Mikaël SalsonStocker en base de données tous les accès(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5133No log in database2024-01-22T15:28:47+01:00Mikaël SalsonNo log in databaseIt appears that we are not logging actions anymore in the database, since 52158ac0 (which came a few days after this attempt: 6fce80e1db).
Anyone knows why?
It should be fixed.It appears that we are not logging actions anymore in the database, since 52158ac0 (which came a few days after this attempt: 6fce80e1db).
Anyone knows why?
It should be fixed.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4894Horodatage dans le docker.log ?2021-11-04T11:23:22+01:00Mathieu GiraudHorodatage dans le docker.log ?
Discussion avec @flothoni, pourrait simplifier les déploiements.
+ indiquer dans defs.py que plusieurs changements demandent de relancer les docks.
Discussion avec @flothoni, pourrait simplifier les déploiements.
+ indiquer dans defs.py que plusieurs changements demandent de relancer les docks.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4712Log : tracer les changements de config2021-02-24T16:55:40+01:00Mathieu GiraudLog : tracer les changements de configMettre en log db l'ancienne/nouvelle config (et #4371).Mettre en log db l'ancienne/nouvelle config (et #4371).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4030preprocess; afficher le log si echec2019-10-31T19:15:10+01:00Thonier Florianpreprocess; afficher le log si echecAujourd'hui un preprocess pear à échoué à cause d'une erreur de format fastq.gz probablement tronqué ou mal généré.
En attendant, l'utilisateur ne voit qu'un message d'erreur un peu vague de notre serveur et pas le log de pear. Or celui...Aujourd'hui un preprocess pear à échoué à cause d'une erreur de format fastq.gz probablement tronqué ou mal généré.
En attendant, l'utilisateur ne voit qu'un message d'erreur un peu vague de notre serveur et pas le log de pear. Or celui-ci permet de connaître l'erreur de format (patient 34556).
```bash
[ERROR] - Cannot determine the file type of /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a1f59a109c47132d.41444e3435302d32305f53325f52325f3030312e66617374712e677a.gz. Ensure it is a BZIP2/GZIP compressed FASTQ file or plain FASTQ.
[...]
PEAR v0.9.10 [May 30, 2016]
Citation - PEAR: a fast and accurate Illumina Paired-End reAd mergeR
Zhang et al (2014) Bioinformatics 30(5): 614-620 | doi:10.1093/bioinformatics/btt593
Forward reads file.................: /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.xxx.gz
Reverse reads file.................: /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.xxx.gz
PHRED..............................: 33
[...]
Traceback (most recent call last):
File "pear.py", line 38, in <module>
raise EnvironmentError("Pear failed")
EnvironmentError: Pear failed
```
et Affiché: ![Pb_Vidjil](/uploads/0a28c921d08b255647bfc4e3f5ede25f/Pb_Vidjil.png)