vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1523Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichie...2017-07-10T17:01:29+02:00Vidjil TeamQuatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusésPatient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
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>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file...Patient 394 (chercher rna-s dans le filtre) et consulter les résultats. J'ai relancé un vidjil hier pour regénérer le fuse mais le fuse ne se fait que sur deux fichiers.
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>082071
le fuse essayait d'utiliser les 4 premiers results file produit (dont 2 ont fail et n'avaient pas de resultat)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1481L'afficher dans le browser2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamL'afficher dans le browser
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#1478
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#1478https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1480Vérifier qu'elle passe au fuse2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamVérifier qu'elle passe au fuse
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#1478
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#1478https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1479Dans le c++, sortir cette info en nombre2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamDans le c++, sortir cette info en nombre
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#1478
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#1478https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1478Afficher le "% coverage" comme axe d'analyse2016-11-29T14:36:54+01:00Vidjil TeamAfficher le "% coverage" comme axe d'analyseOn aimerait pouvoir visualiser le % coverage (longueur du consensus / longueur du paquet des reads les plus longues) et éventuellement mettre des warnings s'il est trop bas.
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ca9935b
(et 323dac7 pour calculer la moyenne des coverages ...On aimerait pouvoir visualiser le % coverage (longueur du consensus / longueur du paquet des reads les plus longues) et éventuellement mettre des warnings s'il est trop bas.
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ca9935b
(et 323dac7 pour calculer la moyenne des coverages non nuls)
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#1479, #1480, #1481
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1441fuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre2022-11-30T16:53:45+01:00Vidjil Teamfuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre
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@nobody
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1439Tests fonctionnels pour fuse.py2016-11-29T14:36:21+01:00Vidjil TeamTests fonctionnels pour fuse.pyOn a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data....On a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data.
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On va se partager la tâche tous les trois : chacun fait au moins un test de fuse.
J'ai fait ma part, 82af416 :-)
Marc, c'est l'occasion d'en faire un avec ce que tu voulais corriger par 3dcc03b.
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Test ajouté 7ae27d2… mais il ne passe pas (problème avec germlines)
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Tout passe en ce moment.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1433fuse.py n'arrive plus a fusionner des fichier clntab et vidjil2017-05-18T15:54:25+02:00Vidjil Teamfuse.py n'arrive plus a fusionner des fichier clntab et vidjil
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@Duez
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1432Compare patients lève une IOError2016-11-29T14:36:15+01:00Vidjil TeamCompare patients lève une IOErrorExemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc...Exemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc22-35dc-4c4d-b6bf-860fedb81cf4
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>3dcc03b
Mais provoque d'autres problemes
on vire le champ germlines pour le moment, de toute façon on ne s'en sert pas encore.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1410Gérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone2018-11-20T12:13:10+01:00Vidjil TeamGérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1406Deux fuse servers sur une même machine2016-11-29T14:35:53+01:00Vidjil TeamDeux fuse servers sur une même machineMettons que nous ayions deux instances de Vidjil qui tournent sur une même machie (au hasard une version de prod et une version de test). Chaque instance doit avoir son propre fuse_server. Or, le code du fuse_server précise le port en du...Mettons que nous ayions deux instances de Vidjil qui tournent sur une même machie (au hasard une version de prod et une version de test). Chaque instance doit avoir son propre fuse_server. Or, le code du fuse_server précise le port en dur. Du coup impossible d'avoir deux instances parallèles (même problème si le port est occupé). Le serveur pourrait chercher un port libre, l'utiliser et stocker le port utilisé dans un fichier. Ou, plus simple, lire le port à utiliser depuis un fichier de conf.
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Est-ce que ce fichier de conf pourrait être simplement modules/defs.py ?
Facile à récupérer pour model/task.py, plus délicat pour fuse_server.py, mais pas impossible (defs.py est du python standard, pas web2py)
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Dans l'idée oui. Mais je suis toujours un peu gêné par le fait qu'un fichier de conf soit versionné (après il y a des choses qui sont poussées et qui ne devraient pas l'être ;-) ). Ça serait bien que defs.py lise les infos depuis un fichier de conf.
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Mmm... il y a bien le module configParser de python qui lit les fichiers à la .ini... mais on ne fait que repousser le problème (au prix d'une complexificaiton) : on devra donner un fichier .ini d'exemple, avec des commentaires pour qu'il soit lisible, et lui devra être versionné.
Donc n'avoir que defs.py me paraît être une bonne solution; et c'est normalement le seul fichier dans lequel on met tout ce qui doit bouger. Après, le fichier versionné peut s'appeler quelque chose comme "defs-example.py", et une copie (ou pas) est effectuée sur le serveur, et on dit dans les instructions d'install comment s'en servir.
http://stackoverflow.com/questions/6009/how-do-you-deal-with-configuration-files-in-source-control
Il y aurait aussi des solutions basées sur git, mais bof... http://stackoverflow.com/a/1396886/4475279
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63d6df4
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1612a0b : defs.py.sample
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1383export html: version de Vidjil (et command line / run date)2016-11-29T14:35:35+01:00Vidjil Teamexport html: version de Vidjil (et command line / run date)"Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps....."Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps...
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merci Marc !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1349Point non montré2016-11-29T14:35:06+01:00Vidjil TeamPoint non montréSur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/...Sur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/tmp/out-000713//000713.vidjil.log et /mnt/result/tmp/out-000713//000713.fuse.log).
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je vois deux points chez moi :)
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effectivement… :-/
Rassure-moi, t'as touché un truc Marc ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1345Python 3 pour web2py / web3py2022-06-29T18:49:19+02:00Vidjil TeamPython 3 pour web2py / web3pyweb2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-des...web2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-dessus : https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/UKcWKU66qnA
(pour info, Algomus passe en python3, après 2 ans de tergiversations)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1247Server : cela doit fonctionner depuis l'upload2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamServer : cela doit fonctionner depuis l'upload
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1246Est-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamEst-ce que fuse.py fonctionne toujours sur du clntab ?
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#1245
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#1245https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1245Config EC-clntab / fuse only2016-11-29T14:33:44+01:00Vidjil TeamConfig EC-clntab / fuse onlyL'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
...L'upload direct de .clntab (ou bien direct de .data) devrait fonctionner
Faut-il "none" comme programme ou "ec-ngs pipeline" ?
Cas de test : mettre sur la DB de rbx un patient avec deux points : un fichier .data, et un fichier .clntab
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#1246, #1247
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1224fuse.py2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamfuse.py
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1223js2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamjs
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1222c++2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamc++
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#1221
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#1221