vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-22T22:18:51+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2873Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client2017-11-22T22:18:51+01:00Mathieu GiraudUtilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le clientDiscuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà fai...Discuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà faire un script wrapper encodant dans un `.vidjil` et
- éventuellement, avoir directement une sortie `.vidjil` à l'intérieur de IGoR.
vdj#513
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2790Samples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenter2017-11-17T13:30:45+01:00Mathieu GiraudSamples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenterUn sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà dis...Un sample est dans un patient et un run.
Je mets un clone en rouge dans le patient (ou je merge des clones, ou je renomme un clone). Que devient-il dans le run ? Et après un nouveau fuse éventuel du run ?
Je sais qu'on en avait déjà discuté et décidé quand @RyanHerb et Marc avaient mis en place les sample sets. Il faut peut-être juste bien expliquer ce qu'il se passe et le documenter.
cc @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2602Ajouter un clone et relance de fuse2021-11-26T13:45:56+01:00Mathieu GiraudAjouter un clone et relance de fuseEn discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cel...En discutant de #1921 avec Aurélie ~"LIL-Lille", une motivation pour ajouter un clone serait de voir s'il n'est pas plus loin que le top 100... on voit bien l'intérêt côté bio, vérifier si un séquence Sanger est bien absente ou pas.
Cela impliquerait de relancer ~"server-fuse" avec des séquences forcées. Pas facile... et surtout #1921 pouvait sinon se voir comme une fonctionnalité sans connexion à la ~"server-database".
Faire déjà #1921 sans cela ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2486Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config2018-07-12T10:10:36+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette configSuite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'...Suite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'y a plus de fichier résultat avec cette config.
Cela signifierait supprimer les fichiers fused correspondant, j'imagine (ce que l'on ne fait pas pour l'instant).
Ce n'est pas critique : cela ne provoque pas d'erreur et la visualisation des résultats indique bien que le fichier a été supprimé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2479Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pa...2021-11-26T11:38:50+01:00Mikaël SalsonMettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload)....Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload). Cela permettrait de ne lancer qu'un seul fuse, une bonne fois pour toute plutôt que de lancer un fuse à la suite de chaque lancement (c'est aussi une réponse possible à #2011).
Inconvénient : on ne peut pas commencer à voir des résultats partiels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2344Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell2019-12-13T12:23:51+01:00Mikaël SalsonStocker les informations de pairage des chaînes / de single cell#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraud#2318 parle de données avec des chaînes pairées mais nous n'avons pas de moyen de conserver le pairage dans le fichier (et ensuite dans l'affichage).
Il faut donc réfléchir à la manière d'adapter le format dans ce but.
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2036Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés2023-11-09T11:04:57+01:00Mathieu GiraudAfficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancésSuite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rap...Suite à #2035, @flothoni propose :
Ajouter une valeur dans la colonne si une analyse est en cours ou programmé (ex : "clonalité (computing)" ou "waiting" ) Cette valeur devrait etre grisée ou formattée pour la mettre en évidence par rapport aux autres, de plus, ne pas etre cliquable.
Faire coucou à Aurélie si on fait cela.
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1996Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t2020-06-11T11:26:37+02:00Vidjil TeamAfficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -tLorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre...Lorsque des séquences d'intérêt sont en dessous du -t 100 de fuse.py on veut qu'elles finissent malgré tout dans le fichier final. Quelle solution retenir ?
* Les passer explicitement en paramètre du fuse.py ? Pas très simple pour notre serveur de faire ça
* Avoir un champ dans le fichier .vidjil qui dise au fuse.py « prends-moi » ? Les champs correspondants aux clones sont assez descriptifs. Là on ajouterait un champ purement « computationnel ». Ça polluerait un peu le fuse…
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Le champ dans le `.vidjil` pourrrait être un "label", qui ne serait pas forcément oui/non mais pourrait ajouter de la sémantique (comme on faisait il y a longtemps avec l'option "-l"). C'est donc descriptif. (On a déjà "name", qu'on utilise pas comme cela.)
Dans un premier temps, fuse.py pourrait tout simplement garder les séquences avec label. Dans un deuxième, fuse pourrait avoir des paramètres pour spécifiquement garder/ignorer certains labels.
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Au fait, dans #1007, un vieux commentaire disait :
> "un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le `.vidjil` (et sort `top: 0`, ou, mieux, un nouveau flag ?)"
On peut effectivement déjà forcer avec `top: 0`. Utiliser "name" ne me semble pas une bonne idée maintenant.
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Forcer le top : bof, on perd l'info.
Je pense que la situation était différente dans l'autre tâche puisqu'il n' s'agit pas de séquences appartenant réellement au jeu de données. Ce qui n'est pas notre cas ici.
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nouvelle option `--label` (édité, ancienneemnt `-W`) + d332792 : on a le `label`
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1773clones : null si pas de clones2020-02-03T16:25:09+01:00Vidjil Teamclones : null si pas de clonesVoir "Problème avec fuse ? Nombreux fuse failed"
Le C++ ne devrait pas sortir "null" de toute façon.
Mais bon, maintenant ce n'est plus urgent.
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@magiraudVoir "Problème avec fuse ? Nombreux fuse failed"
Le C++ ne devrait pas sortir "null" de toute façon.
Mais bon, maintenant ce n'est plus urgent.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1726Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware2022-06-17T12:39:29+02:00Vidjil TeamÉvolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-awareEuh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Disc...Euh ? Demander à Bruxelles ?
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Je ne me souviens plus des détails, mais c'était venu à Zurich lors d'une discussion avec Marleen ~"BRU-Bruxelles" et Hélène ~"PAR-Debré". Les relancer avant, ou au pire en discuter lors du VW.
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Discuté au VW. Mail de Cristina ~"PAR-Debré" :
> voici l'URL correspondant au patient que nous avons regardé tout à l'heure (locus IgH oligoclonal), passé sur le Miseq en V3 avec le kit LymphoTrack FR1 : http://app.vidjil.org/browser/?patient=1292&config=25. Il s'agit d'un VH4DH3JH6 et d'un VH6DH3JH6, partageant donc le même D-J.
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Faire un calcul de similarité V/D/J-aware, capable de dire : "oh, ces séquences sont très similaires avec une certaine e-valeur car N2/J similaire"... Et le lancer par exemple via le browser comme "plot by similarity"
(Problème: sera dépendant du seuil de détection de D.)
En lien aussi avec modèle de proba d'une recombinaison (Bristol fait cela).
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- soit un calcul de similarité directement sur la représentation sortie du FineSegmenter
- soit, plus précis, on fait cela directement en programmation dynamique, aligner deux séquences en connaissant leur AligBox, et avoir un score différent pour les N.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1410Gérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone2018-11-20T12:13:10+01:00Vidjil TeamGérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
On peut avoir plusieurs gènes V, D et J pour un clone, il faut adapter le fuse à une telle situation.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1345Python 3 pour web2py / web3py2022-06-29T18:49:19+02:00Vidjil TeamPython 3 pour web2py / web3pyweb2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-des...web2py → non pour l'instant, et apparament il ne sont pas prêt de le faire
Il reste `fuse.py` et le reste → mais on en inclut aussi depuis le server, donc attention
Bref bof pour l'instant.
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web2py, toujours pas de nouvelles là-dessus : https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/UKcWKU66qnA
(pour info, Algomus passe en python3, après 2 ans de tergiversations)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1009Voir les séquences manquantes par rapport à un fichier d'intérêt2020-12-11T12:55:06+01:00Vidjil TeamVoir les séquences manquantes par rapport à un fichier d'intérêt
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#1007
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#1007https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1008Nommer des séquences d'intérêt (super utile pour pool de patients, pour stand...2021-11-19T11:06:57+01:00Vidjil TeamNommer des séquences d'intérêt (super utile pour pool de patients, pour standards, pour clones connus)
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#1007
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#1007https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1007Uploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifie...2020-12-11T12:55:06+01:00Vidjil TeamUploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifier les manquantesPlutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. ...Plutôt que d'avoir un fichier .analysis contenant des fenêtres à mettre en valeur, on pourrait avoir des séquences complètes à mettre en valeur. À l'interface de chercher si elle trouve des fenêtres connues dans les séquences d'intérêt. Ça éviterait de devoir rentrer les fenêtres dans les fichiers .analysis (qui peuvent changer avec des modifs dans l'algo) et ça permet de traîter directement les séquences d'intérêt que nous donnent nos amis bios.
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scénario : on a un fichier fasta donnant des clones connus pour des patients, pour des standards, et on veut le visualiser rapidement
voir déjà vdj/progs/utils/generate-analysis.py fait par Mikaël (ece856d)
il faudrait faire cela directement dans l'interface, et voir les séquences manquantes par rapport au fichier fourni
***
être aussi capable d'afficher complètement cette séquence dans l'aligneur
***
ces séquences doivent passer au fuse.py, malgré le top
***
À discuter ensemble.
Solution 1:
- server : transformer le .fa en fichier de labels
- c++ : prend ce fichier (-l, existe déjà), marque les séquences ("top: 0" marcherait out-of-the box, mais crade, disons "label")
- fuse.py : traite spécialement les clones "label"
Solution 2:
- server: transformer ce fichier en .analysis (certains
- pas de modif c++
- fuse.py : prend un .analysis en plus, et tient compte de ce qu'il y a dedans
La solution 1 est la plus simple, mais la 2 permettrait de renforcer le rôle central d'un fichier ".analysis" (et on pourrait presque avoir un fuse.py qui fusionnerait deux .analysis).
Dans les deux cas :
- browser : afficher les séquences manquantes
***
Il y avait une tâche doublon "Conserver les séquences d'intérêt dans le fuse" :
- Soit avoir un tag dans le fichier clntab ou data disant qu'on veut conserver la séquence
- Soit avoir un fichier FASTA contenant les séquences d'intérêt à conserver
***
Les deux solutions demandent de toute façon de lancer le c++ sur le .fa pour récupérer les fenêtres. Autant le faire comme pour les autres fichiers.
Solution mixte proposée :
- server : pouvoir rentrer un fichier .fa spécial (soit faire une boite dédiée à cela, soit rajouter un champ aux fichiers .fasta pour qu'ils soient tous soit "reads" soit "known clones")
- c++ : lancé sur le .fa spécial, avec -y all -z all + un flag faisant qu'il prend le nom des fichiers fasta comme "name" dans le .vidjil (et sort "top: 0", ou, mieux, un nouveau flag ?)
- c++ : lancé sur les n fichiers de reads, comme d'habitude
- fuse : prend tous ces .vidjil (mais différencie les "known clones" des "reads")
- browser :devra aussi indiquer les manquantes
***
remarque de Mikaël : il peut y avoir des N dans séquences données.
Bref, la prédiction de fenêtre ne sera peut-être pas la bonne méthode, plutôt une recherche a posteriori comme dans vdj/progs/utils/generate-analysis.py
À rediscuter encore.
***
évoqué aussi hier avec Rennes... Alice a des séquences identifiées comme à enlever, on ne veut pas le faire manuellement...
Déjà si cela taggait automatiquement, ce serait bon.
N'est-ce pas proche de charger un fichier .analysis ?
***
Rando 2016: Marc voit comment faire cela simplement en transformant (côté client ? serveur ?) le fichier FASTA en fichier .analysis.
***
Limite : si la séquence d'intérêt n'est pas dans le top 100 on ne la verra pas (cf. mail de Jona 21/09/2016)
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#1008, #1009
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/965fuse.py, autres prog python: PEP82019-08-20T11:31:19+02:00Vidjil Teamfuse.py, autres prog python: PEP8