vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-31T14:30:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5227CGI error on align2024-01-31T14:30:03+01:00CHESNIN ClementCGI error on alignNous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur su...Nous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur sur le front vdbWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5114similarity: être en Global2023-03-09T14:32:58+01:00Mathieu Giraudsimilarity: être en Globalhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3164N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences2021-04-08T08:28:46+02:00Mikaël SalsonN'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquencesDemande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce...Demande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce serait moins encombré.
À voir comment on « matérialise » les positions identiques, pour qu'il n'y ait pas de confusion avec les gaps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1871Déployer align.cgi : quand, comment ?2021-02-09T16:38:33+01:00Vidjil TeamDéployer align.cgi : quand, comment ?Maintenant, nginx prend align.cgi dans /var/www/cgi.
J'ai compilé align.cgi depuis dev et fait un
dev ± rbx ~/git/vidjil-algo/browser/cgi> sudo cp * /var/www/cgi/
À voir comment on fait pour la suite.
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@magiraud @mikael-sMaintenant, nginx prend align.cgi dans /var/www/cgi.
J'ai compilé align.cgi depuis dev et fait un
dev ± rbx ~/git/vidjil-algo/browser/cgi> sudo cp * /var/www/cgi/
À voir comment on fait pour la suite.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4431Config nginx : disparition de la section sur les CGI2021-01-04T09:59:11+01:00Mikaël SalsonConfig nginx : disparition de la section sur les CGId10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.d10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4138Problème "align"2020-01-20T16:04:59+01:00Anne de SeptenvilleProblème "align"Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2991'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur2018-03-06T16:15:04+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2992'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur2018-01-18T10:51:41+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1611tools/align.cpp pour génération de matrice de distance2017-08-28T15:56:21+02:00Vidjil Teamtools/align.cpp pour génération de matrice de distanceCoucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice ...Coucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice avec le code qui existe pour cela.
(Pour l'instant, il compare 2 séquences dans un fichier fasta, c'est plus un couteau suisse pour vérifier/tester nos procédures d'alignement.)
Les options sont gérées de manière magique par docopt.h : http://docopt.org/ https://github.com/docopt/docopt.cpp
Si tu as besoin d'explications, n'hésite pas.
(à terme, cgi/align.cpp sera aussi juste une sortie de tools/align.cpp)
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Euh… docopt ?
« Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
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Discussion docopt mise aussi dans "refactorer options vidjil.cpp".
Pff... désolé je n'avais pas vu la dépendance, je ne sais pas pour tools/align.cpp. C'est un composant serveur, est-ce gênant ? (sur rbx, cela compile avec g++-4.9).
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2297CGI d'alignement introuvable en https2017-06-07T13:53:56+02:00Thonier FlorianCGI d'alignement introuvable en httpsBug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner...Bug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner. J'attends confirmation pour ce second point
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2260segmenter : fonction align indisponible2017-05-22T15:25:32+02:00Ghost Usersegmenter : fonction align indisponiblela fonction align du segmenter semble indisponible . elle renvoie le message d'erreur "cgi error : impossible to connect". @magiraud @mikael-sla fonction align du segmenter semble indisponible . elle renvoie le message d'erreur "cgi error : impossible to connect". @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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