vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-22T15:25:32+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2260segmenter : fonction align indisponible2017-05-22T15:25:32+02:00Ghost Usersegmenter : fonction align indisponiblela fonction align du segmenter semble indisponible . elle renvoie le message d'erreur "cgi error : impossible to connect". @magiraud @mikael-sla fonction align du segmenter semble indisponible . elle renvoie le message d'erreur "cgi error : impossible to connect". @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2509Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis2023-01-25T09:41:58+01:00Mathieu GiraudAligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolisSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2847Problème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmen...2018-04-05T09:51:21+02:00Thonier FlorianProblème avec align quand on change de patient : `this.sequence` dans Segmenter n'est pas mise à jourUne remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log q...Une remarque de ~"LIL-Lille" : de temps en temps, la fonction alignement ne fonctionne pas. Je présume qu'il doit s'agir d'un problème dnas l'accès au fichier CGI, ou bien d'un timeout dependant de leur réseau. Il faudrait avoir un log qui correspond dans ce cas.
Sinon, rechercher l'origine de l'erreur, mais a priori completement aléatoire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2991'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur2018-03-06T16:15:04+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de réponse mal formée du serveur(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)(Probablement pas la source de #2847, car serait reproductible sinon)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2992'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur2018-01-18T10:51:41+01:00Mathieu Giraud'align' doit être robuste en cas de non-réponse du serveur@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...@mikael-s : "normalement c'est déjà le cas"
Vérifier que c'est vrai même avec plusieurs requêtes à la suite / entrelacées...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3019similarity.cgi n'est pas testé2020-05-26T10:45:34+02:00Mathieu Giraudsimilarity.cgi n'est pas testéVu en faisant #3012.Vu en faisant #3012.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3164N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences2021-04-08T08:28:46+02:00Mikaël SalsonN'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquencesDemande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce...Demande de FD : l'affichage serait plus clair.
C'était aussi mentionné ici https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/2356#note_26660
> Remarque de @RyanHerb : on pourrait même n'afficher que les positions ou il y a les mutations, ce serait moins encombré.
À voir comment on « matérialise » les positions identiques, pour qu'il n'y ait pas de confusion avec les gaps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3481cgi et docker2019-11-22T13:35:35+01:00Mathieu Giraudcgi et dockerMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4138Problème "align"2020-01-20T16:04:59+01:00Anne de SeptenvilleProblème "align"Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.Je n'arrive plus à aligner les séquences de mes clones sélectionnés (Les séquences passent en grisé et Vijdil mouline).
Ça fonctionnait il y a 2 jours.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4431Config nginx : disparition de la section sur les CGI2021-01-04T09:59:11+01:00Mikaël SalsonConfig nginx : disparition de la section sur les CGId10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.d10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1611tools/align.cpp pour génération de matrice de distance2017-08-28T15:56:21+02:00Vidjil Teamtools/align.cpp pour génération de matrice de distanceCoucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice ...Coucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice avec le code qui existe pour cela.
(Pour l'instant, il compare 2 séquences dans un fichier fasta, c'est plus un couteau suisse pour vérifier/tester nos procédures d'alignement.)
Les options sont gérées de manière magique par docopt.h : http://docopt.org/ https://github.com/docopt/docopt.cpp
Si tu as besoin d'explications, n'hésite pas.
(à terme, cgi/align.cpp sera aussi juste une sortie de tools/align.cpp)
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Euh… docopt ?
« Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
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Discussion docopt mise aussi dans "refactorer options vidjil.cpp".
Pff... désolé je n'avais pas vu la dépendance, je ne sais pas pour tools/align.cpp. C'est un composant serveur, est-ce gênant ? (sur rbx, cela compile avec g++-4.9).
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1805Tester align / cgi en test fonctionnel/intégration2023-01-25T09:40:24+01:00Vidjil TeamTester align / cgi en test fonctionnel/intégrationIl y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016...Il y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016... s'installe tout seul quand on installe vidjil ?
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Il y a un test sur align.cgi (algo/tests/cgi-align.should-get) ce qui n'est pas très extensif mais permer de vérifier qu'il y a un truc qui tourne. Le align.cgi est automatiquement créé avec un make. Voici la règle all du Makefile dans algo :
all: $(VIDJIL) $(ALIGN_CGI) $(SIMILARITY_CGI) $(SIMILARITY_TOOL)
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test: un peu mieux donc.
déploiement automatique : à rediscuter un de ces jours.
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@nobodyThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1871Déployer align.cgi : quand, comment ?2021-02-09T16:38:33+01:00Vidjil TeamDéployer align.cgi : quand, comment ?Maintenant, nginx prend align.cgi dans /var/www/cgi.
J'ai compilé align.cgi depuis dev et fait un
dev ± rbx ~/git/vidjil-algo/browser/cgi> sudo cp * /var/www/cgi/
À voir comment on fait pour la suite.
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@magiraud @mikael-sMaintenant, nginx prend align.cgi dans /var/www/cgi.
J'ai compilé align.cgi depuis dev et fait un
dev ± rbx ~/git/vidjil-algo/browser/cgi> sudo cp * /var/www/cgi/
À voir comment on fait pour la suite.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2297CGI d'alignement introuvable en https2017-06-07T13:53:56+02:00Thonier FlorianCGI d'alignement introuvable en httpsBug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner...Bug découvert par Aurélie Caillault-Vennet:
En fonction de l'accès en http ou https, le CGI de l'alignement est introuvable.
De plus, dans mon cas, j'ai un pop-up qui me l'indique, et dans le cas de Lille la machine se met a mouliner. J'attends confirmation pour ce second point
cc @RyanHerb @mikael-s @magiraudMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4682Les CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.2023-03-21T16:46:03+01:00Mikaël SalsonLes CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5114similarity: être en Global2023-03-09T14:32:58+01:00Mathieu Giraudsimilarity: être en Globalhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5210Test external, add a server side for CGI/proxy that are not fully tested2024-01-22T14:12:36+01:00THONIER FlorianTest external, add a server side for CGI/proxy that are not fully testedFor the moment, our external tests are launch on client, and use CGI from db.vidjil.org.
This cause an error as we don't really test server cgi service. And indeed, py4web cgi don't work.
We need to add some tests on CGI on the serve...For the moment, our external tests are launch on client, and use CGI from db.vidjil.org.
This cause an error as we don't really test server cgi service. And indeed, py4web cgi don't work.
We need to add some tests on CGI on the server side (and on feature-s branches).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5211CGI, custom_fuse, workers: unify ?2024-01-10T17:54:22+01:00THONIER FlorianCGI, custom_fuse, workers: unify ?Discuss with @clement.chesnin : We have 3 ways to make call to softwares on our server:
* CGI by nginx
* custom fuse with an ad-hoc server, transfert by py4web
* task with workers
At least CGI and custom_fuse could be unify in a same a...Discuss with @clement.chesnin : We have 3 ways to make call to softwares on our server:
* CGI by nginx
* custom fuse with an ad-hoc server, transfert by py4web
* task with workers
At least CGI and custom_fuse could be unify in a same ad-hoc server ? Other option ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5227CGI error on align2024-01-31T14:30:03+01:00CHESNIN ClementCGI error on alignNous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur su...Nous avions un premier souci avec des erreurs cgi quand on appelait align sur app, dues à des erreurs cors lors de l'appel vers vdb. Ca a été contourné en appelant les cgi côté front dans la conf. Cependant, on a maintenant une erreur sur le front vdbWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clement