vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-10T17:54:22+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5211CGI, custom_fuse, workers: unify ?2024-01-10T17:54:22+01:00THONIER FlorianCGI, custom_fuse, workers: unify ?Discuss with @clement.chesnin : We have 3 ways to make call to softwares on our server:
* CGI by nginx
* custom fuse with an ad-hoc server, transfert by py4web
* task with workers
At least CGI and custom_fuse could be unify in a same a...Discuss with @clement.chesnin : We have 3 ways to make call to softwares on our server:
* CGI by nginx
* custom fuse with an ad-hoc server, transfert by py4web
* task with workers
At least CGI and custom_fuse could be unify in a same ad-hoc server ? Other option ?Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5210Test external, add a server side for CGI/proxy that are not fully tested2024-01-22T14:12:36+01:00THONIER FlorianTest external, add a server side for CGI/proxy that are not fully testedFor the moment, our external tests are launch on client, and use CGI from db.vidjil.org.
This cause an error as we don't really test server cgi service. And indeed, py4web cgi don't work.
We need to add some tests on CGI on the serve...For the moment, our external tests are launch on client, and use CGI from db.vidjil.org.
This cause an error as we don't really test server cgi service. And indeed, py4web cgi don't work.
We need to add some tests on CGI on the server side (and on feature-s branches).Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4682Les CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.2023-03-21T16:46:03+01:00Mikaël SalsonLes CGI du Docker sont versionnées en dur : les recompiler.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.Pour l'instant on a un `align.cgi` et `similarity.cgi` qui sont versionnés dans `docker/vidjil-client/conf/align.cgi`. En l'état ces fichiers datent de juin 2018.
Il faudrait que l'image Docker recompile le CGI pour le servir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4062Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone2020-10-14T11:29:53+02:00Mikaël SalsonAdd germline gene : problème lorsqu'on change de cloneLorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align*...Lorsqu'on sélectionne un clone, qu'on fait un add germline gene puis qu'on clique sur un autre clone (ce qui devrait l'afficher en bas, à la place du premier clone sélectionné) et, enfin, qu'on clique sur *align*, cela plante. Le *align* tourne en rond et ne rend pas la main.
Aurélie ~"LIL-Lille" nous demande à ce que les séquences germinales soient retirées lorsqu'on change de clone. Pourquoi pas, mais même si on ne les retirait pas, changer de clone ne devrait pas faire planter le segmenteur.Lille-LAL-nexthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3481cgi et docker2019-11-22T13:35:35+01:00Mathieu Giraudcgi et dockerMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbMettre les cgi dans le dock server
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3019similarity.cgi n'est pas testé2020-05-26T10:45:34+02:00Mathieu Giraudsimilarity.cgi n'est pas testéVu en faisant #3012.Vu en faisant #3012.Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2601Retravailler un alignement global en détectant les parties mal alignées2019-02-13T08:57:29+01:00Mathieu GiraudRetravailler un alignement global en détectant les parties mal alignéesPour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTran...Pour aller plus loin que #2599, on souhaite détecter, dans un alignement, des parties mal alignées et mes remplacer par un bloc non aligné (typiquement le bloc grisé de #2599).
Mais plus simplement, on pourrait lancer un `SemiGlobalTrans` (ou ...) comme il le faut et compléter en collant le bloc.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2509Aligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolis2023-01-25T09:41:58+01:00Mathieu GiraudAligneur : paramétrer pour que les alignements soient jolisSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHSuite à #2501, mieux paramétrer pour que l'alignement soit joli. Pas urgent.
cc @aurelBZHhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1805Tester align / cgi en test fonctionnel/intégration2023-01-25T09:40:24+01:00Vidjil TeamTester align / cgi en test fonctionnel/intégrationIl y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016...Il y a des soucis actuellement au CHR... mais peut-être est-ce tout simplement car on n'avait pas réinstallé align.cgi depuis longtemps ? Mais est-il vraiment testé ?
Quoique, sur rbx, /var/www/browser/cgi/align.cgi est du 6 février 2016... s'installe tout seul quand on installe vidjil ?
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Il y a un test sur align.cgi (algo/tests/cgi-align.should-get) ce qui n'est pas très extensif mais permer de vérifier qu'il y a un truc qui tourne. Le align.cgi est automatiquement créé avec un make. Voici la règle all du Makefile dans algo :
all: $(VIDJIL) $(ALIGN_CGI) $(SIMILARITY_CGI) $(SIMILARITY_TOOL)
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test: un peu mieux donc.
déploiement automatique : à rediscuter un de ces jours.
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@nobodyThonier FlorianThonier Florian