vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-11-15T20:04:17+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4046Erreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[obje...2019-11-15T20:04:17+01:00Mikaël SalsonErreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[object Object]'Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)...Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 695, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 252, in get_data
).select(db.fused_file.ALL).first()
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3957Problème d'accès à Vidjil2019-08-20T19:55:04+02:00Anne de SeptenvilleProblème d'accès à VidjilBonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?Bonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3289Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être tél...2018-07-03T09:57:04+02:00Mikaël SalsonUn process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargéCela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.Cela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3199Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients2018-06-13T09:33:58+02:00Mikaël SalsonBug lors de l'ajout de samples à plusieurs patientsRapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres al...Rapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres alors que j’ai bien attribué un éch = un patient. En regardant au niveau du run, je me suis aperçue qu’il conservait l’historique des patients et donc incrémente à chaque fois la liste. J’ai mis une impression écran pour mieux me faire comprendre.
J'ai aussi essayé :
1. Création d'un run vide
2. Création de 4 patients vides
3. Upload de 4 samples dans le run en attribuant chaque sample à un seul patient
Le premier patient se retrouve avec les 4 samples, le 2è avec 3, le 3è avec 2 et le dernier avec 1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2321Incident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILED2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonIncident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILEDMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2086Serveur anormalement lent2017-05-22T15:25:32+02:00Thonier FlorianServeur anormalement lentDemande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à ch...Demande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à chargées (de l'ordre de la minute pour ouvrir le page d'identification), on finit timeout majoritairement
Je ne vois pas de surplus au niveau de la charge de travail du serveur.
4 active worker, rien en attente ou en cours de run, charge moyenne en dessous des 1%.
L'espace disque est bon aussi.
Il y a bien quelques erreurs dans le log, mais rien qui ne me semble du genre a créer un tel dysfonctionnement (you do not have permission to launch process for this config, missing id, permission necessaire pour des suppression)
Il y a en revanche quelques erreurs propres à web2py (d'hier et du jour) mais je n'y ai pas accès, et les lenteurs remontent au début de semaine d'après Patrick.
Je ne sais pas si ça vient des processus vidjil ou de implémentation du serveur.
En tout cas, c'est assez urgent de régler le souci, mais je ne sais pas quoi faire de ces erreurs.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5262Erreur 500 à l'ouverture d'un run ou d'un set2024-03-05T11:19:06+01:00Anne de SeptenvilleErreur 500 à l'ouverture d'un run ou d'un setBonjour,
J'ai uploadé des fastq via l'API ce matin. (En plusieurs fois car plusieurs projets différents + quelques debug et corrections de mon côté)
Pas de problème lors des premiers imports mais avec le dernier j'ai maintenant un...Bonjour,
J'ai uploadé des fastq via l'API ce matin. (En plusieurs fois car plusieurs projets différents + quelques debug et corrections de mon côté)
Pas de problème lors des premiers imports mais avec le dernier j'ai maintenant une erreur : An error occured (Internal Server Error, code 500) quand je veux ouvrir le run et le set dans lequel sont ces derniers fastq. L'ouverture des résultats via la page patient a l'air ok.Web 2024.04CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5249502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples pa...2024-02-21T14:10:24+01:00CHESNIN Clement502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples page on app## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidji...## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidjil` or `.analysis` on the bottom right
--> a 502 server error is displayed
NB: the same workflow works correctly on db.vidjil.org
## fix clue
Since it works on vdb, this is likely a cors issue or something similar.
Actually, in nginx `error.log` on gre, we get the following error :
```
2024/02/12 09:57:20 [error] 101#101: *17104 uwsgi could not be resolved (3: Host not found), client: 131.254.16.96, server: ba9f2ecbe902, request: "GET /vidjil/default/get_data?sample_set_id=62221&config=49&filename=07-_IKZF1/ERG.vidjil HTTP/1.1", host: "app.vidjil.org", referrer: "https://app.vidjil.org/"
```
## Priority
TBDWeb hotfix 2024.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5234Exception on sample_set2024-02-01T16:15:54+01:00CHESNIN ClementException on sample_sethttps://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_k...https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 549, in custom
if request.query["id"] and auth.can_view_sample_set(int(request.query["id"])):
KeyError: 'id'
```
L'erreur a été rencontrée 35 fois déjà
A investiguerWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5233Exception on sample_set sort2024-02-02T09:33:12+01:00CHESNIN ClementException on sample_set sortVu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wr...Vu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'TAGGER' and 'TAGGER'
```
et
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/a7239506-640b-4fcc-9e1c-ab932b8d861a
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'XML' and 'XML'
```
Pour reproduire:
1. ouvrir la liste des patients
2. cliquer sur les titres de colonnes
![Screencast_from_2024-01-31_11-34-53](/uploads/15bc83afa11574259bbb754863410daf/Screencast_from_2024-01-31_11-34-53.webm)Web hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5232Exception on server when error occurs in sample_set creation2024-02-01T16:39:24+01:00CHESNIN ClementException on server when error occurs in sample_set creationVu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-pac...Vu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 480, in submit
if should_register_tags:
UnboundLocalError: local variable 'should_register_tags' referenced before assignment
```
Pour reproduire : créer un patient avec le caractère `|` dans le nomWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5215py4web; wrong link to open results in sets pages (all configs appear)2024-01-19T15:21:19+01:00THONIER Florianpy4web; wrong link to open results in sets pages (all configs appear)We got link to results with all availabel configs launched. (https://localhost/index.html?sample_set_id=1&config=2,3).
In this case, we cannot open a result.
Need to be fixed before release.We got link to results with all availabel configs launched. (https://localhost/index.html?sample_set_id=1&config=2,3).
In this case, we cannot open a result.
Need to be fixed before release.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5206assignsubset link don't work2024-01-11T10:22:33+01:00THONIER Florianassignsubset link don't workTest and fix before release of next version of serverTest and fix before release of next version of serverServer - py4webCHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5185py4web: some error on DB2023-12-08T14:33:50+01:00THONIER Florianpy4web: some error on DBDuring convertion of web2py to py4web; I fall on some error in controller that return a `none` value for an existing entry in database.
In some case, same call of type `db.sequence_file[id]` return fisrt a correct value, and a second ...During convertion of web2py to py4web; I fall on some error in controller that return a `none` value for an existing entry in database.
In some case, same call of type `db.sequence_file[id]` return fisrt a correct value, and a second call one line under return none value.
Hard to reproduce, not constant, ...
@clement.chesnin sugfgest to use `row.update(**values)` and `row.validate_and_update(**values)`.
Don't know if it will be enough.Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5178py4web; Bad HTML rendering after request return error2023-12-08T14:32:14+01:00THONIER Florianpy4web; Bad HTML rendering after request return errorSometimes, when request return error (or flash ?), a modal open and all html rendering become ugly and inconstant.
A simple close of this modal allow to restore aspect.
Need to investigate to find exact cause of this (unclosed div ?)Sometimes, when request return error (or flash ?), a modal open and all html rendering become ugly and inconstant.
A simple close of this modal allow to restore aspect.
Need to investigate to find exact cause of this (unclosed div ?)Server - py4webhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5170API; settable groups for creations of sets2024-01-15T16:40:49+01:00THONIER FlorianAPI; settable groups for creations of setsBy default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a...By default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a group number at the creation (easy) and to allow user to get list of his groups to use it for creation (need to modify controller).
Good news, some functions already exist in web2py and probably py4web to get this values, but are not linked to a controller to expose it.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5108Bug in download of results artifact files2023-01-17T15:31:47+01:00Thonier FlorianBug in download of results artifact filesSince commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.Since commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5070Bug in get_reads function from client/server2023-01-18T17:52:25+01:00Thonier FlorianBug in get_reads function from client/serverSince we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.Since we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.