vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T14:30:16+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2576La vue user/info n'a pas de liens fonctionnels2019-02-28T14:30:16+01:00Ryan HerbertLa vue user/info n'a pas de liens fonctionnels@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.@flothoni : On s'attendrai à pouvoir être redirigé vers la page du groupe et de pouvoir retirer l'utilisateur du groupe en question.
Sans ces liens, la page n'a qu'une fonction indicative.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2575Doit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?2017-12-19T08:47:20+01:00Ryan HerbertDoit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...Lorsque l'on créé un groupe dans vidjil, l'utilisateur qui a créé le groupe est ajouté dans le groupe par défaut.
La plupart du temps ce n'est pas désiré, mais parfois c'est utile...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2494La liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'aff...2018-04-13T12:36:06+02:00Ryan HerbertLa liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'afficher.Lorsqu'on veut faire un compare patients/sets en tant qu'admin, il y a vraiment beaucoup de données à traiter (et actuellement prend environ 60s).
Il est donc très facile de saturer les threads du serveur car on a l'impression que rien n...Lorsqu'on veut faire un compare patients/sets en tant qu'admin, il y a vraiment beaucoup de données à traiter (et actuellement prend environ 60s).
Il est donc très facile de saturer les threads du serveur car on a l'impression que rien ne se passe alors que le thread lui n'est pas libéré au bout de 10s comme l'est le browser.
cc @flothoniRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2486Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config2018-07-12T10:10:36+02:00Mikaël SalsonSupprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette configSuite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'...Suite à !49 (et #2478 ainsi que #1631) les fichiers fused sont bien mis à jour après suppression des résultats. En revanche les liens vers les visualisations (sur la liste des samples sets ou au sein d'un sample set) restent même s'il n'y a plus de fichier résultat avec cette config.
Cela signifierait supprimer les fichiers fused correspondant, j'imagine (ce que l'on ne fait pas pour l'instant).
Ce n'est pas critique : cela ne provoque pas d'erreur et la visualisation des résultats indique bien que le fichier a été supprimé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2479Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pa...2021-11-26T11:38:50+01:00Mikaël SalsonMettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload)....Comme l'illustre #2472 : on lance beaucoup fuse.py, et inutilement.
@RyanHerb se demande si on ne pourrait pas poser un verrou pour ne pas lancer fuse tant que des fichiers sont encore en train d'être analysés (voire en cours d'upload). Cela permettrait de ne lancer qu'un seul fuse, une bonne fois pour toute plutôt que de lancer un fuse à la suite de chaque lancement (c'est aussi une réponse possible à #2011).
Inconvénient : on ne peut pas commencer à voir des résultats partiels.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2468Changelog du prochain déploiement web2020-01-17T10:22:09+01:00Mathieu GiraudChangelog du prochain déploiement webLe déploiement web %"Web 2017.05" est imminent (lundi 22, 16h30).
Selon vdj#369, ce serait bien de faire un changelog, si possible du point de vue de l'utilisateur.
J'ai mis un brouillon directement dans le résumé de la milestone %"Web...Le déploiement web %"Web 2017.05" est imminent (lundi 22, 16h30).
Selon vdj#369, ce serait bien de faire un changelog, si possible du point de vue de l'utilisateur.
J'ai mis un brouillon directement dans le résumé de la milestone %"Web 2017.05". À éditer / compléter d'ici la release. On le stockera aussi dans un fichier quelque part.
cc @RyanHerb @flothoniWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2359Limiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workers2021-11-22T13:51:54+01:00Mathieu GiraudLimiter la mémoire allouée aux jobs lancés via les workersEn complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://...En complément de #2349, on pourrait limiter la quantité de mémoire par worker ou sur tous les workers. On aimerait ainsi que, même dans des cas non prévus, le serveur réponde toujours même si un process fait n'importe quoi.
Voir http://coldattic.info/shvedsky/pro/blogs/a-foo-walks-into-a-bar/posts/40, qui discute longuement certaines possibilités.
(On pourrait d'ailleurs avoir une solution non universelle, et par exemple protéger MiXCR par un `ulimit` si cela fonctionne.)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2358task.py: Mécanisme flexible pour lancer des traitements annexes non-bloquants2024-01-19T18:31:51+01:00Mathieu Giraudtask.py: Mécanisme flexible pour lancer des traitements annexes non-bloquants@mikael-s, à propos de #1744, pense que :
- Marc a fait un mécanisme plutôt générique pour lancer via `task.py` des traitements en utilisant les scheduler, avec retour asynchrone.
- Cela pourrait être utilisé pour #1469.
Et cela po...@mikael-s, à propos de #1744, pense que :
- Marc a fait un mécanisme plutôt générique pour lancer via `task.py` des traitements en utilisant les scheduler, avec retour asynchrone.
- Cela pourrait être utilisé pour #1469.
Et cela pourrait aussi servir à d'autres choses (Et pour "Compare patients", #1508, qu'est-ce qui avait été trouvé ?).
Bref, à partir des choses faites par Marc, pourrait-on avoir un mécanisme générique pour ce type de choses (avec un truc générique dans ~"server-task.py", et un autre dans ~client) ?
cc @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2352Le contrôleur load_backup echoue2017-10-31T14:26:09+01:00Ryan HerbertLe contrôleur load_backup echoueLa fonction de restauration à partir d'un fichier csv échoue sur une clef étrangère.
`Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/restricted.py", line 227, in restricted
exec ccode in environmen...La fonction de restauration à partir d'un fichier csv échoue sur une clef étrangère.
`Traceback (most recent call last):
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/restricted.py", line 227, in restricted
exec ccode in environment
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 736, in <module>
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/globals.py", line 412, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 182, in init_from_csv
db.import_from_csv_file(open(defs.DB_BACKUP_FILE, 'rb'))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/base.py", line 1097, in import_from_csv_file
*args, **kwargs)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 941, in import_from_csv_file
curr_id = self.insert(**dict(items))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 712, in insert
ret = self._db._adapter.insert(self, self._listify(fields))
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 739, in insert
raise e
IntegrityError: (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`scheduler_run`, CONSTRAINT `scheduler_run_ibfk_1` FOREIGN KEY (`task_id`) REFERENCES `scheduler_task` (`id`) ON DELETE CASCADE)')`https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2349Ne pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même temps2020-01-21T17:34:41+01:00Mikaël SalsonNe pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même tempsMiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb...MiXCR est gourmand en mémoire et si plusieurs instances sont lancées en même temps cela peut mettre la VM en carafe (cf. vdj#396). Peut-on laisser les jobs MiXCR QUEUED tant que d'autres jobs MiXCR sont en train de tourner ?
@RyanHerb penses-tu que cela soit possible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2340Des url mal formées génèrent des erreurs serveur2022-06-20T17:02:55+02:00Mathieu GiraudDes url mal formées génèrent des erreurs serveurhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttp://app.vidjil.org/?sample_set_id=bla&config=12 lève une `KeyError` non rattrapée
(alors que http://app.vidjil.org/?sample_set_id=1234567&config=12 est bien rattrapée)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2339Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'2021-02-09T16:25:08+01:00Mathieu GiraudTable des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'En faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2332clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences2017-12-04T11:47:21+01:00Mathieu Giraudclonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquencesÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothoniÉvoqué lors de la discussion ~"ec-ngs".
Opt-in ? opt-out ? (Cela peut être aussi par mail, lors du deuxième mail, pour ne pas braquer tout de suite les ~"com-first-time-user")
cc @aurelBZH @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2322Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production2017-11-22T12:48:32+01:00Mikaël SalsonRedémarrer les workers de manière systématique après une mise en productionDiscuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après u...Discuté pendant vdj#391.
@RyanHerb :
> Il s'agirait effectivement d'une erreur au moment de la lecture des models (tels que le db.py par exemple). Peut-être faudrait-il commencer à redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production ?
Le problème est que `vidjil-ci` n'a pas les droits pour relancer les workers (je pense). Comment pourrait-on faire ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2303Les contrôleurs de permissions cassent si un groupe user_* existe sans son ut...2021-11-08T12:13:15+01:00Ryan HerbertLes contrôleurs de permissions cassent si un groupe user_* existe sans son utilisateurCe cas a été observé lors de la migration des données de Lille, j'avais oublié de supprimer les groupes vides, et donc les contrôleurs de permissions de pre_process et config étaient inaccessibles.
Ceci est dû à la manière dont on rempl...Ce cas a été observé lors de la migration des données de Lille, j'avais oublié de supprimer les groupes vides, et donc les contrôleurs de permissions de pre_process et config étaient inaccessibles.
Ceci est dû à la manière dont on remplace les noms des groupes user_* par le nom de l'utilisateur qui porte l'id *
@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2268Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récente...2019-02-28T14:30:15+01:00Thonier FlorianCompare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par configSeconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués ...Seconde partie du mail d'Aurélie ~"LIL-Lille" du jour :
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2 . Du coup, pour avoir quand même la comparaison avec ce 17ème échantillon, nous sommes passés par le Compare sample. Et là surprise, tous les échantillons sont dupliqués voire en 3 exemplaires. Nous avons effectivement relancé les analyses ce matin car nous avons fait des modifications dans les attributions fichiers FastQ-patients mais je n’avais pas remarqué les fois précédentes que Vidjil conservait les analyses précédentes. Est-ce normal ? N’alourdissons nous pas inutilement l’espace disque ? Nous avons volontairement écrasés l’analyse précédente et je trouve du coup que cela est plutôt source de confusion.
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Pour ce point, à savoir le fait d'avoir plusieurs entrées lors d'un compare sample pour un même point, c'est exacte aussi.
Je ne sais pas si c'est un comportement souhaité ou non. En regardant dans la doc, il y a bien une mention d'un tel comportement, mais je ne sais pas si ça rentre dans cette catégorie, sachant que lorsque une nouvelle analyse est effectuée, l'ancienne reste.
> Note that even when the input sequences are deleted, the server is still able to display the results of previous analyses
Si c'est un comportement souhaité, ne peut-on pas imaginé un bouton filtre pour n'afficher que la dernière analyse pour un set de données et rendre la selection plsu aisé dans la majorité des cas ?
Dans le cas contraire, je n'ai pas encore cherché l'origine du bug.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2241Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fi...2024-01-19T18:30:10+01:00Mikaël SalsonTitre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)Lorsqu'on compare des résultats d'un même sample lancés à différentes époques (on compare donc l'évolution de Vidjil), les noms des samples dans le client ne sont pas du tout clairs… puisqu'il s'agit toujours du même.
Il faudrait donc m...Lorsqu'on compare des résultats d'un même sample lancés à différentes époques (on compare donc l'évolution de Vidjil), les noms des samples dans le client ne sont pas du tout clairs… puisqu'il s'agit toujours du même.
Il faudrait donc modifier temporairement les noms des samples pour y mettre une notion de date.
cc @magiraud @RyanHerbWeb 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2213Killer les processus en timeout2023-01-09T11:48:15+01:00Mikaël SalsonKiller les processus en timeoutÀ l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère ...À l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère le worker après le timeout (ou il se libère tout seul, je ne sais pas), mais le processus n'est pas achevé pour autant.
La méthode à adopter peut avoir un lien avec ce qui est discuté dans #2165
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2207Liens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?2017-03-02T09:39:00+01:00Mathieu GiraudLiens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?Que se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbQue se passe-t-il si le fichier pointé par le lien symbolique disparaît ?
@mikael-s : "cela ne va poser un problème que si on relance une analyse"
Ce n'est pas très grave, j'imagine que cela ne va pas arriver souvent.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2177Reset analysis2023-06-30T11:13:40+02:00Ryan HerbertReset analysisIl se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simple...Il se pourrait dans certains cas qu'un utilisateur veuille repartir au moins en partie depuis le dernier results_file.
Notamment en cas d'erreur logiciel, comme dans #2176
Voudrait-on donc proposer un bouton "reset" ou peut-être simplement exposer les changements de manière claire aux utilisateurs afin qu'ils puissent au minimum revert des changements à la main ?
cc @mikael-s @magiraud @flothoni