vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-01-08T15:11:23+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3374Stocker en base de données tous les accès2019-01-08T15:11:23+01:00Mikaël SalsonStocker en base de données tous les accès(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10(on les a déjà dans les fichiers)
Que ce soit les accès à un sample set, mais aussi aux listes de samples ou aux listes d'utilisateurs, etc…
En lien avec vidjilnet#10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3345La redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévu2018-07-06T11:52:48+02:00Ryan HerbertLa redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévuDans [views/default/index.html](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/views/default/index.html) nous redirigeons l'utilisateur vers le client. L'utilité étant de permettre à l'utilisateur d'acce...Dans [views/default/index.html](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/server/web2py/applications/vidjil/views/default/index.html) nous redirigeons l'utilisateur vers le client. L'utilité étant de permettre à l'utilisateur d'accepter un certificat ssl `self-signed`. Or nous forçons le passage à HTTP pour cette redirection. Ceci ne pose pas de problèmes quand nous utilisons des ports implicites, mais l'utilisation de ports autres que ceux par défaut provoque une erreur `400 Bad Request`
Bug found by @eodushttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3323Ne pas accepter d'ajouter un sample avec un seul fichier quand le pre-process...2018-07-04T19:30:07+02:00Mathieu GiraudNe pas accepter d'ajouter un sample avec un seul fichier quand le pre-process en demande deuxOn peut actuellement valider un sample avec un seul fichier, même quand il en faudrait deux.
Au moins un nouvel utilisateur (set 27878 sur app) a ainsi sélectionné "Merge paired-end" mais a uploadé séparément R1 et R2.
Le javascript dev...On peut actuellement valider un sample avec un seul fichier, même quand il en faudrait deux.
Au moins un nouvel utilisateur (set 27878 sur app) a ainsi sélectionné "Merge paired-end" mais a uploadé séparément R1 et R2.
Le javascript devrait interdire cela.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3253Upload qui provoque un "missing id" : d'où vient-il ?2018-06-08T09:54:09+02:00Thonier FlorianUpload qui provoque un "missing id" : d'où vient-il ?En lien avec vdj#678 et vdj#680.
J'ai un nouvel utilisateur qui me demande à faire une première analyse. Le souci, c'est que son échantillon est en `missing id` dans les logs (2018-06-01 19:03:58). Quand je tente de lancer l'analyse, j...En lien avec vdj#678 et vdj#680.
J'ai un nouvel utilisateur qui me demande à faire une première analyse. Le souci, c'est que son échantillon est en `missing id` dans les logs (2018-06-01 19:03:58). Quand je tente de lancer l'analyse, j'ai un fail. (set 27682)
Cela montre d'ailleurs un détail: pour ce sample, je peux le voir comme si il était présent, c'est à dire le télécharger. Rien ne m'indique qu'il y a un souci, à part le `log de l'analyse` vidjil ou le missing id visible en tant qu'admin. Je pense que c'est pour ça que les gens supprime entièrement les données pour tous recharger (cf vdj#678).
Il est a noter aussi que lorsque l'on arrive sur ce set (la dernière fois c'était un run), on voit comme pour vdj#680 deux fois le sample dans la liste. En revanche, lorsque l'on passe en config (ici multi+inc+xxx), nous ne voyons plus qu'un seul sample.
cc @mikael\-s @magiraud @RyanHerb
Je tente de reproduire le bug. Je vous tiens au courant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3230Vérification de l'intégrité des données2020-07-30T19:28:55+02:00Mathieu GiraudVérification de l'intégrité des donnéesÉvoqué par @mikael\-s suite à réunion INCa / accréditation
- transferts: upload, download
- affichage
Cas d'usage :
- interruption du réseau
- un octet est modifié
cc @flothoni @RyanHerbÉvoqué par @mikael\-s suite à réunion INCa / accréditation
- transferts: upload, download
- affichage
Cas d'usage :
- interruption du réseau
- un octet est modifié
cc @flothoni @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3222vue commune pour les preprocess de merge2023-06-22T17:18:32+02:00Thonier Florianvue commune pour les preprocess de mergeUne question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même ...Une question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même simplement d'autres paramètres) ?
De plus, propose-t-on une vue unifiée entre les diverses sorties (cf revient à faire un json des log de preprocess ). On pourrait par exemple pour les merge indiquer des tableaux des percentiles sur la longueurs des reads assemblés par exemple; Cette étape serait supplémentaire au software.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3220tous les sample sont affichés en deleted lors d'une analyse clntab/vidjil2018-05-16T11:02:44+02:00Thonier Floriantous les sample sont affichés en deleted lors d'une analyse clntab/vidjilJe suis en train de lancer cette configuration (.vidjil/.clntab) sur de nombreuses données d'un utilisateur (6 localisées dans un patient).
Le souci, c'est que lorsque j'ouvre le [patient](https://app.vidjil.org/browser/index.html?set=2...Je suis en train de lancer cette configuration (.vidjil/.clntab) sur de nombreuses données d'un utilisateur (6 localisées dans un patient).
Le souci, c'est que lorsque j'ouvre le [patient](https://app.vidjil.org/browser/index.html?set=27389&config=25), tous les échantillons apparaissent en deleted car il ne trouve pas les fichiers associés. Cependant, ça rend la lisibilité compliquée.
Je ne connais pas la configuration associée. Faudrait-il rajouter une entré dans la table avec un `touch` pour créer un fichier qui permettrait d’éviter ça ou y aurait-il mieux a faire ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3215Controleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métad...2018-05-11T10:13:03+02:00Mathieu GiraudControleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métadonnéesPourrait étendre #3041.Pourrait étendre #3041.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3195Visualisation des fichiers de résultats : le permettre aussi dans les sous-ré...2018-04-18T10:37:44+02:00Mikaël SalsonVisualisation des fichiers de résultats : le permettre aussi dans les sous-répertoiresLorsqu'un process est terminé, on peut voir ces fichiers de résultats. Mais si dans le répertoire il y a des sous-répertoires, ceux-ci sont cliquables, mais on ne peut pas aller dedans.Lorsqu'un process est terminé, on peut voir ces fichiers de résultats. Mais si dans le répertoire il y a des sous-répertoires, ceux-ci sont cliquables, mais on ne peut pas aller dedans.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3194Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la...2018-04-18T19:30:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyseDans "Output files for process"Dans "Output files for process"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174La colonne groups n'affiche plus rien2020-07-01T11:22:59+02:00Mikaël SalsonLa colonne groups n'affiche plus rienSur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).Sur la liste des patients, cette colonne est désespérément vide alors que des utilisateurs ont uploadé des données qui appartiennent à des groupes (par exemple l'utilisateur 193).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3170Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut2018-04-13T17:34:07+02:00Mathieu GiraudPre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principaux@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principauxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3153Indiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications se...2018-04-09T19:11:53+02:00Mikaël SalsonIndiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications serveursAjouter du CSS, ne serait-ce qu'avoir des « … » ou ajouter, plus explicitement, un « more info ».Ajouter du CSS, ne serait-ce qu'avoir des « … » ou ajouter, plus explicitement, un « more info ».https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3110ajouter des exceptions aux timeout2018-03-28T14:56:46+02:00Thonier Florianajouter des exceptions aux timeoutDepuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker sp...Depuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker spécifique pour lequel le timeout serait bien plus élevé, ou bien d'assigner dynamiquement un timeout plus long quand on peux prévoir qu'un tel job est en cours ?
Tel que je le vois, il faudrait être capable de détecter avant son lancement si un job risque le timeout :
* Poids des fichiers en entrée (automatique pour tous) ?
* Déclaration de l'utilisateur dans une liste blanche ?
* une case à cocher par l'utilisateur pour signifier qu'un fichier risque d'être lourd (j'y crois pas trop). Cependant, on pourrait alors avoir une liste des jobs pour lesquels nous validons les lancements avec exceptions.
Ensuite, il ne faut pas non plus bloquer le serveur :
* n'autoriser qu'un seul jobs sans timeout, 2 max ?
Que faire d'un job long qui finalement dépasserait le timeout sans être prévu:
* si le seul en cours, le laisser et le passer en exception à la volée (laisserai 2 ou 3 workers pour les jobs plus rapide) ?
* si déjà d'autres jobs en exception il faudrait le tuer et le relancer automatiquement dès qu'un place en exception de timeout se libère ?
Voilà, beaucoup de questions. Je ne sais pas si c'est aisé ou non, et ça demande peut-être beaucoup mise au point.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3095Le compare samples ne fonctionne pas sur dev2018-03-21T18:59:24+01:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur devCliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server...Cliquez dessus produit une erreur serveur :
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 792, in <module>
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/globals.py", line 419, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 624, in custom
row.string = [row.names, row.sequence_file.filename, str(row.sequence_file.sampling_date), str(row.sequence_file.pcr), str(row.config.name), str(row.results_file.run_date), info]
File "/home/vidjil/git/dev/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 111, in __getattr__
raise AttributeError
AttributeError
```
À quoi est-elle due ? Est-ce grave ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3094Le filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le c...2019-02-28T12:40:32+01:00Mikaël SalsonLe filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le compare samplesSi je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense ...Si je filtre par `#demo` dans la liste des patients, j'obtiens des résultats. Si je clique ensuite sur *compare samples/patients* je n'obtiens plus rien car le tag n'est pas présent dans les samples, mais dans les samples sets.
Je pense que dans ce cas le compare samples devrait afficher tous les samples contenus dans les sample sets `#demo`
À l'inverse, si on recherche un tag présent dans un sample et non dans un sample set, la recherche sur la page patient ne donnera pas le sample set qui contient ce sample, mais le *compare samples* donnera bien le sample (essayer avec le tag #test par exemple).
Je ne sais pas si ce que je viens de décrire n'est vrai que pour les tags ou pour toute chaîne recherchée.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3081Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion2018-03-15T13:34:45+01:00Thonier FlorianComment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunionUn trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau group...Un trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau groupe partagé (fait) et il faut ensuite permettre le changement de propriété de toutes les données déjà présentes (cf vidjil/vdj#402). Cependant on n'a pas de méthode pour changer en lot l'appartenance de données. Comment faire ça ?
Solution proposée:
On passe par un contrôleur ? Telle que je le vois, il faudrait avoir la liste de tous les données, pouvoir les sélectionner au cas par cas ou en select all comme pour le contrôleur stat (cf #3041).
Ensuite avoir la liste des groupes accessibles, limitée aux seuls groupes de l'utilisateur (pour limiter les erreurs), et ensuite un bouton validation ( et pourquoi pas un popup de rappel de la manip pour les admins extérieurs).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
A terme, ce contrôleur pourrait être aussi accessible par les utilisateurs eux même ? Nécessiterait peut-être un nouveau niveau de droits pour faire de retropartage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3075Contrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.py2018-03-07T15:22:55+01:00Mikaël SalsonContrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.pyJe suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil....Je suis tombé par hasard sur le contrôleur `results_file/index`. On y a accès via le lien `.vidjil file list` dans l'interface d'administration mais évitez de cliquer cela prend du CPU et cela fait une [erreur serveur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/134.206.27.223.2018-03-06.18-08-25.6f217564-6a46-4f7a-aa98-95dd871b4ad1).
```
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'status'
```
Dans le fichier `results_file.py` j'ai également vu un contrôleur `run_all_patients`. Je ne sais pas s'il fonctionne encore mais je frémis à l'idée qu'il puisse être lancé !
Soit ces contrôleurs sont utiles et on doit les mettre à jour et les tester. Soit ils ne le sont pas et autant supprimer ce code.
@RyanHerb, @magiraud vos avis ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3070Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour2020-01-23T19:37:52+01:00Thonier FlorianMise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jourAujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont ...Aujourd'hui après avoir fait une petite formation à Rennes, je me suis aperçu qu'un run démo crée puis supprimer était toujours proposé dans l’auto-complétion (idem avec un patient).
De même, un autre run ou toutes les informations ont été changées est toujours proposé sous l'ancienne dénomination et non pas la nouvelle, par laquelle il est inaccessible.
@RyanHerb @magiraud @mikael-sRyan HerbertRyan Herbert