vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-11-03T18:25:14+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4893Erreur de clé étrangère sur sample_set_membership2021-11-03T18:25:14+01:00Mikaël SalsonErreur de clé étrangère sur sample_set_membershipOn a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAIN...On a eu deux erreurs serveurs consécutives avec le message :
```
<class 'gluon.contrib.pymysql.err.IntegrityError'> (1452, u'Cannot add or update a child row: a foreign key constraint fails (`vidjil`.`sample_set_membership`, CONSTRAINT `sample_set_membership_ibfk_1` FOREIGN KEY (`sample_set_id`) REFERENCES `sample_set` (`id`) ON DELETE SET NULL)')
```
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 564, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 310, in submit
link_to_sample_sets(fid, id_dict)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/file.py", line 55, in link_to_sample_sets
db.sample_set_membership.bulk_insert(arr)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/objects.py", line 874, in bulk_insert
self, [el.op_values() for el in data])
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 795, in bulk_insert
return [self.insert(table, item) for item in items]
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/packages/dal/pydal/adapters/base.py", line 487, in insert
raise e
```
Utilisatrice 344, le 3/11 à 18h15 et 18h16.
Investiguer sur quel sample set cela s'est produit et pourquoi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4869La recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur2021-10-08T11:25:21+02:00Mikaël SalsonLa recherche dans la liste de sample sets provoque une erreur```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.ht...```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/views/sample_set/all.html", line 110, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/SampleSet.py", line 57, in get_config_urls
if c[2] is not None :
IndexError: list index out of range
```Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4864Clone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"2021-10-07T14:18:52+02:00Thonier FlorianClone, getHtMLinfo impossible si passage par "open one analysis"Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples....Erreur vu hier sur le serveur de Lille et reproductible sur dev.
Si on ouvre un sample par le nouveau bouton "open result analysis", on ne peut pas avoir le getHTMLInfo.
Il manque dans la requête envoyée par le serveur la clef `samples.sample_set_id`. On tombe donc dans une impasse de getHTMLinfo, sur la partie qui ajoute le bouton `get reads`.
2 solutions:
* ajouter une condition de plus pour rentrer dans ce cas de figure
* Modifier le serveur pour que le `open analysis` renvoie les valeurs `samples.sample_set_id`.
Une préférence ? Les deux n'étant pas non plus antinomique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4817Les tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxe2021-11-18T10:14:34+01:00Mikaël SalsonLes tests serveur unitaires ne plantent pas malgré une erreur de syntaxehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1258644https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4798Impossible de faire des compare entre sets2021-06-15T10:10:13+02:00Thonier FlorianImpossible de faire des compare entre setsIl semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id`...Il semble qu'il y ai un problème dans la dernière release pour faire des compare sample entre sets.
Je viens de tester de reproduire le bug remonté et il est entièrement reproductible.
Nous avons dans ce cas la variable `sample_set_id` qui reste à `None`, contrairement au cas ou nous passons depuis l'intérieur d'un set.
Cette valeur None provoque une erreur dans l'appel à `myUrl.loadCustomUrl(db, { 'sample_set_id':None })`.
Nous avons probablement touché à ce point lors de l'ajout de la possibilité d'ouvrir un résultat seul.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4670Timeout sur upload de gros fichier2022-01-07T17:31:03+01:00Mikaël SalsonTimeout sur upload de gros fichierDans les logs UWSGI :
```
[uwsgi-body-read] Timeout reading 40104 bytes. Content-Length: 5494613738 consumed: 3456859896 left: 2037753842
[uwsgi-body-read] Timeout reading 100000 bytes. Content-Length: 5494613738 consumed: 3456859896 le...Dans les logs UWSGI :
```
[uwsgi-body-read] Timeout reading 40104 bytes. Content-Length: 5494613738 consumed: 3456859896 left: 2037753842
[uwsgi-body-read] Timeout reading 100000 bytes. Content-Length: 5494613738 consumed: 3456859896 left: 2037753842
[uwsgi-body-read] Timeout reading 100000 bytes. Content-Length: 5494613738 consumed: 3456859896 left: 2037753842
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4618Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats2020-12-19T13:36:32+01:00Thonier FlorianConfiguration apparaissant plusieurs fois dans les résultatsJe viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'a...Je viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'ai lancé les analyse avec la config, puis ensuite j'ai modifier ces samples pour les rajouter à un individu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4498Création multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est vide2020-09-29T14:32:55+02:00Mikaël SalsonCréation multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est videJe suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets...Je suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets quelque chose sur une des lignes de la dernière colonne c'est ok.
Même problème si c'est la 1è colonne.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4415URL : problème sur dev2020-07-23T18:08:38+02:00Mikaël SalsonURL : problème sur devLa branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?La branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4391Effet nul du changement de permission sur un patient2020-07-01T11:22:58+02:00Thonier FlorianEffet nul du changement de permission sur un patientJ'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lect...J'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lecture). La procédure c'est bien passé, j'ai eu le bon retour du serveur (`access 'access' granted to GROUP`). Cependant, lorsque j'ouvre en impersonate d'un autre membre de ce groupe, je ne peux pas voir ce patient.
Au passage, dans la colonne groups de la page patient, je vois bien maintenant ce groupe apparaître (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174#note_358690).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4372self.user non défini alors que l'utilisateur est loggé2020-06-23T11:03:26+02:00Mikaël Salsonself.user non défini alors que l'utilisateur est loggéOn a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](ht...On a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/131.254.15.191.2020-06-23.10-21-33.239d60b6-68f2-42f5-b398-9e0f6ed1fa15) montre que `self.user` vaut `None`, ce qui est étonnant puisqu'il est bien loggé.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 182, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/cache.py", line 645, in wrapped_f
rtn = func()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 120, in download
if auth.can_view_sample_set(sample_set_id) and not '..' in request.vars['filename']:
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 466, in can_view_sample_set
perm = self.get_permission(PermissionEnum.read.value, 'sample_set', sample_set_id, user)\
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 180, in get_permission
perm_groups = self.get_permission_groups(action, user)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 118, in get_permission_groups
user = self.user.id
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'id'
```marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4229Il n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coup2020-04-09T16:02:07+02:00Thonier FlorianIl n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coupEn voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en lo...En voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en local sur une branche de travail, j'ai aussi testé sur dev. Et le problème est le même. En revanche, sur app, pas de souci.
Je ne sais pas encore si c'est côté serveur ou client. Je penche quand même pour e second car je ne vois pas d'échange avec le serveur dans la console. Je vais faire un bisect pour retrouver l'origine.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4227Le worker n'accede pas au dossier databases en écriture2020-06-25T20:01:29+02:00Thonier FlorianLe worker n'accede pas au dossier databases en écritureJe viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vi...Je viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vijil/databases` qui avait permis de rendre accessible le dossier à `docker_workers`.
Je ne sais pas comment faire autrement. On a pourtant bien `worker` qui récupère les volumes de `uwsgi`, qui les récupère lui-même de `fuse`.
Une idée @mikael-s @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4206Des clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes données2020-04-22T18:47:42+02:00Thonier FlorianDes clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes donnéesEn lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en doubl...En lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en double.
Je viens de tester sur dev, et en effet, si on clic rapidement sur le boutons submit, on a de multiples chargement des données.
Il faudrait donc désactiver le bouton une fois qu'il a été cliqué pour éviter ce problème (solution la plus simple). Il faudrait aussi potentiellement voir du côté du serveur si il y a moyen de l’empêcher d’exécuter cette action en double, mais je ne sais pas comment faire pour qu'il le détecte.