vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-05-25T10:05:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1944Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer2021-05-25T10:05:29+02:00Vidjil TeamClarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommerÉventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Éventuellement renommer certaines configs (`multi++` ? `Vidjil multi++` ?)
Penser aussi à `controller/defaults.py`.
Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3482Pouvoir couper les accès sur le serveur2021-04-30T13:34:12+02:00Mathieu GiraudPouvoir couper les accès sur le serveurMalgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper to...Malgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper tous les accès/controlleurs ? Idéalement pour les utilisateurs et pas pour les admins ? Peut-être cela peut se faire au niveau d'un décorateur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3459Avoir un fichier de conf constant pour les updates de docker2021-04-15T14:46:27+02:00Thonier FlorianAvoir un fichier de conf constant pour les updates de dockerEn parlant hier avec @RyanHerb , quelques questions se sont posées autour des updates de docker.
En faisant un git pull pour mettre à jour, on risque de provoquer des erreurs si nous avons changé quelques paramètres en dur dans les fic...En parlant hier avec @RyanHerb , quelques questions se sont posées autour des updates de docker.
En faisant un git pull pour mettre à jour, on risque de provoquer des erreurs si nous avons changé quelques paramètres en dur dans les fichiers.
Il faudrait prévoir une option pour charger un fichier de conf si dispo qui remplace certaines valeurs de la conf de base.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3576Page de connexion sur serveurs externes2021-02-09T18:14:05+01:00Mathieu GiraudPage de connexion sur serveurs externes"You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne."You can request an account on this server", et cela ouvre un mail pour support@vidjil.org.
A priori pas de soucis, mais ce serait bien d'avoir au moins le FQDN du serveur pour qu'on renvoie vers la bonne personne.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2339Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'2021-02-09T16:25:08+01:00Mathieu GiraudTable des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'En faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbEn faisant le tour des utilisateurs, j'ai eu des sueurs froides en voyant un utilisateur avec 375 samples dans 1 seul patient... c'est juste qu'il fait des runs :-)
cc @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4328Account creation: Retour dans le client si l'adresse mail est déjà utilisée2021-02-09T16:15:37+01:00Thonier FlorianAccount creation: Retour dans le client si l'adresse mail est déjà utiliséeJe viens de me faire avoir a tenter une création de compte d'un utilisateur existant déjà. Lorsque j'ai fait validé, je suis tombé sur l'affichage du dernier compte créé, et comme j'avais switché de fenêtre pour faire le mail, je ne m'e...Je viens de me faire avoir a tenter une création de compte d'un utilisateur existant déjà. Lorsque j'ai fait validé, je suis tombé sur l'affichage du dernier compte créé, et comme j'avais switché de fenêtre pour faire le mail, je ne m'en suis pas aperçu.
Il faudrait avoir le bouton de validation de création de compte grisé si l'ensemble des champs ne sont pas rempli ou si l'adresse mail est déjà utilisée. Pour cela, il faudrait avoir une requête vers le serveur pour savoir si elle est déjà présente dans la base de données.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1780Pouvoir chercher dans la liste des utilisateurs2021-02-09T16:09:48+01:00Vidjil TeamPouvoir chercher dans la liste des utilisateursCe serait utile d'avoir une boîte de recherche sur l'onglet "Users" (comme pour les patients et les logs), sur le nom, le prénom et le mail. On commence à avoir du monde, on pourrait par exemple rechercher "Marc" ou "ucl.ak".
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@RyanH...Ce serait utile d'avoir une boîte de recherche sur l'onglet "Users" (comme pour les patients et les logs), sur le nom, le prénom et le mail. On commence à avoir du monde, on pourrait par exemple rechercher "Marc" ou "ucl.ak".
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3401Liste de tests fonctionnels server2021-01-26T16:51:05+01:00Ryan HerbertListe de tests fonctionnels serverIci on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
...Ici on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
- [x] Recherche
* Samples
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Upload (normal, déjà inclus dans précédent ?) (et #4628)
- [x] Upload (réseau)
- [x] Edition
- [ ] Edition: ajouter le sample à un set supplémentaire
- [ ] Reupload
- [x] Suppression avec results
- [ ] Suppression sans results (n'existent pas)
- [ ] Suppression sans results (mais results existent)
- [x] Recherche
- [ ] Ajout sets multiples
- [x] Run (et #4628)
- [ ] Runs concurrents, certains sont provisoirement en `QUEUED` #3447
- [ ] Pre-process
- [ ] Relancer pre-process échoué
* Autcompletion
- [ ] tags
- [ ] samples
* Tags
- [x] Recherche par click (patient ou sample)
- [x] Recherche patient
- [x] Recherche sample
* Permissions
- [ ] Accès groupe public
- [ ] Accès groupe personnel
- [ ] Accès groupe hierarchie
- [ ] Pas d'accès à un groupe dont on n'est pas membre
- [ ] Permissions diverses (admin, upload, create, run)
* Groupes
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Invitation utilisateur
- [ ] Exclusion utilisateur
- [ ] Modification permissions
* Configs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Tips
- [ ] Fermer
- [ ] Suivant
- [ ] Précédent
- [ ] lu
* Notifications
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Expiration
- [ ] lu
* logs
- [ ] tester tous les cas de figure ?
* Utilisateurs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Consultation d'une analyse préalablement lancée
- [ ] Affichage correct
- [ ] Vérification des informations affichées dans la fenêtre d'info globale (éviter #3416)
- [ ] Sauvegarder une analyse (éviter vdj#792)
* Pre process
- [x] Ajout
- [x] Edition
- [x] Suppression
* Compare
- [ ] Liste
- [ ] Comparehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4618Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats2020-12-19T13:36:32+01:00Thonier FlorianConfiguration apparaissant plusieurs fois dans les résultatsJe viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'a...Je viens de lancer des analyses sur des données d'un run avec la confid `multi+inc`. Je vois plusieurs fois celle-ci apparaître dans les boutons d'accès rapide au résultats.
Sur ce run, j'ai d'abord mis quelques fichiers demo, puis j'ai lancé les analyse avec la config, puis ensuite j'ai modifier ces samples pour les rajouter à un individu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4614Comparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?2020-12-18T11:28:32+01:00Mikaël SalsonComparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça ser...En fermant #1257 je me pose la question d'un mécanisme plus fin.
Quand on change de version algo, on pourrait avoir envie de lancer l'algo aléatoirement sur X fichiers récents et comparer les résultats avec la précédente version. Ça serait une utilisation pertinente de notre Vidjil-algo-next.
Ce lancement pourrait être fait côté serveur (physique) sans que cela crée de nouveaux processes dans l'interface.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1522database.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?2020-12-11T13:09:49+01:00Vidjil Teamdatabase.js: centraliser tous les appels AJAX dans une fonction commune ?Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres...Y a-t-il une raison pour laquel il y a plusieurs requêtes AJAX dans database.js ? Elles se ressemblent beaucoup. Ne pourrait-on pas factoriser cela dans une méthode db.call() (qui prendrait éventuellement des options de timeout ou autres, et une fonction de success) ?
Cela permettrait de gérer de manière rationnelle les timeouts et d'autres trucs.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1521Avoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()2020-12-11T13:08:01+01:00Vidjil TeamAvoir un moyen, depuis le serveur, de signaler un m.wait()Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bre...Le message m.wait() est le bienvenu pour load_custom_data.
On aimerait aussi l'afficher pour certaines opérations serveur (par exemple, liste des compare_patient, génération des stats, ou d'autres trucs qui pourraient être longs...)
Bref, mettre tout simplement un argument optionnel à db.call() pour lui dire d'afficher un message ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2026Fichier .analysis sur une seule partie des fichiers2020-12-04T12:07:47+01:00Vidjil TeamFichier .analysis sur une seule partie des fichiersLorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance u...Lorsqu'un fichier analysis est enregistré pour une seule partie des fichiers, cela peut avoir des conséquence fâcheuses.
Exemple : on a deux fichiers (identiques, peu importe). On leur met un commentaire et un nom différents. On lance une analyse IGH pour l'un d'eux et une analyse multi+inc+xxx sur l'autre. On ouvre le premier, on fait quelques colorations et merges, on l'enregistre. On va voir l'autre fichier et là, ô surprise, le champ commentaire et le nom du fichier sont ceux de l'autre, car ils ont été enregistrés dans le fichier anaysis.
L'exemple se trouve ici : https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=2 (IGH) et là https://dev.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=4334&config=25 (multi+inc+xxx).
Solution : ne pas stocker info et names dans le analysis, mais le problème c'est (me semble-t-il) qu'ils servent de sauvegarde temporaire avant de répercuter les modifications en BD. Il faudrait donc supprimer ces infos du fichier .analysis, après les avoir intégrés dans la BD.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4586My Account : améliorer la css2020-12-03T20:39:36+01:00Mathieu GiraudMy Account : améliorer la cssNe bloque pas #4562Ne bloque pas #4562https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4596processes: un process apparaît autant de fois qu'il est dans un sample set2020-12-03T19:35:04+01:00Mikaël Salsonprocesses: un process apparaît autant de fois qu'il est dans un sample setSur la page processes.
C'est pratique parce que ça permet d'aller dans le sample set qu'on souhaite ensuite, mais cela rajoute quand même du bruit (ou alors mettre les divers sample sets sur la même ligne ?)Sur la page processes.
C'est pratique parce que ça permet d'aller dans le sample set qu'on souhaite ensuite, mais cela rajoute quand même du bruit (ou alors mettre les divers sample sets sur la même ligne ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4579Comment relancer les fuse sur un serveur2020-11-23T13:37:35+01:00Thonier FlorianComment relancer les fuse sur un serveurJ'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dan...J'ai mis à jour fuse pour qu'il remonte un nouveau warning (#4566).
Ce nouveau warning peut avoir une incidence non nul sur une interprétation. Comment est-il possible de relancer les fuse sur un certain nombre d'analyses récentes ? Dans ce cas, faut-il aussi avoir la version spécifique du fuse disponible quelque part ? Comment être certain que l'analyse que l'on regarde ait inclut cette fonction lors du fuse ?
* La technique actuellement serait possiblement de conseiller de relancer au moins une analyse puisque l'on sait que le fuse se fera automatiquement une fois celle-ci finit.
* Ne serait-il pas possible de le faire automatiquement ? Dans ce cas, on crash ou on obstrue le serveur car il y en aurait pour très longtemps (et ce n'est pas pour aller en s'améliorant.
* Ne lancer que sur les XXX analyses les plus récentes ?
* Avoir un bouton spécifique dans la page du set sans avoir a relancer une analyse ? Ce bouton ne serait disponible que si la version du fuse est différente par exemple ?
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3947Proposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample sets2020-11-20T11:46:25+01:00Mikaël SalsonProposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample setsLe mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autoc...Le mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autocomplétion, si l'utilisatrice trouve l'entrée qui l'intéresse, elle la sélectionne et est redirigée vers cette entrée. Sinon il suffit de valider la recherche et cela lance la recherche normale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4497Date de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients...2020-10-21T08:26:04+02:00Mikaël SalsonDate de naissance qui ne passe pas bien avec la création en masse de patients depuis EthercalcJ'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains...J'ai fait une démo avec Framacalc et la date de naissance est transformée en un entier ce qui n'est, du coup, pas accepté.
https://lite.framacalc.org/9j8a-q87yj1pvao
Si ce n'est qu'avec Framacalc ce n'est pas dramatique, mais je crains que ce soit lorsque le tableur reconnaît qu'il s'agit d'une date et la transforme ensuite.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4498Création multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est vide2020-09-29T14:32:55+02:00Mikaël SalsonCréation multiple de patients ne fonctionne pas si une colonne est videJe suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets...Je suis dans cette situation-là
![paste](/uploads/bfe46a19a413e553ac21ea3a1c9f0522/paste.png)
Et lorsque je colle on me dit que le format n'est pas correct. Il semble que la dernière colonne ne soit pas prise en compte. Dès que je mets quelque chose sur une des lignes de la dernière colonne c'est ok.
Même problème si c'est la 1è colonne.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1113Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe2020-09-24T15:02:03+02:00Vidjil TeamLogin ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe
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@Duez
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@Duez