vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-02-16T12:10:55+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2849Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?2018-02-16T12:10:55+01:00Mathieu GiraudIncident 2017-11-22 : Upload impossible ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2321Incident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILED2017-05-22T15:25:32+02:00Mikaël SalsonIncident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILEDMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothoniMails de Jack (15:27) et Aurélie (15:22)
cc @magiraud @RyanHerb @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2086Serveur anormalement lent2017-05-22T15:25:32+02:00Thonier FlorianServeur anormalement lentDemande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à ch...Demande de Patrick : Le serveur semble être très très lent.
Je viens de regarder pour m'y connecter et faire un petit test voir si le débit de mon côté était aussi impacté.
Le résultat est que les pages sont effectivement lentes à chargées (de l'ordre de la minute pour ouvrir le page d'identification), on finit timeout majoritairement
Je ne vois pas de surplus au niveau de la charge de travail du serveur.
4 active worker, rien en attente ou en cours de run, charge moyenne en dessous des 1%.
L'espace disque est bon aussi.
Il y a bien quelques erreurs dans le log, mais rien qui ne me semble du genre a créer un tel dysfonctionnement (you do not have permission to launch process for this config, missing id, permission necessaire pour des suppression)
Il y a en revanche quelques erreurs propres à web2py (d'hier et du jour) mais je n'y ai pas accès, et les lenteurs remontent au début de semaine d'après Patrick.
Je ne sais pas si ça vient des processus vidjil ou de implémentation du serveur.
En tout cas, c'est assez urgent de régler le souci, mais je ne sais pas quoi faire de ces erreurs.
@RyanHerb @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5265MySQL connection error ?2024-03-22T12:19:43+01:00CHESNIN ClementMySQL connection error ?Le 14/03/24, nous avons constaté des erreurs 500 de façon aléatoire sur app.
Dans le dashboard, on a effectivement beaucoup d'erreurs :
![image](/uploads/034859bcb058bb89ae67b53a3f0b2fac/image.png)
On observe deux types d'erreurs :
```
...Le 14/03/24, nous avons constaté des erreurs 500 de façon aléatoire sur app.
Dans le dashboard, on a effectivement beaucoup d'erreurs :
![image](/uploads/034859bcb058bb89ae67b53a3f0b2fac/image.png)
On observe deux types d'erreurs :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 803, in _write_bytes
self._sock.sendall(data)
BrokenPipeError: [Errno 32] Broken pipe
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 322, in all
log.info("%s list %s" % (type, search), extra={'user_id': auth.user_id,
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1806, in info
self.log(INFO, msg, *args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1844, in log
self.logger.log(level, msg, *args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1512, in log
self._log(level, msg, args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1589, in _log
self.handle(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1599, in handle
self.callHandlers(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1661, in callHandlers
hdlr.handle(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 954, in handle
self.emit(record)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/common.py", line 179, in emit
db[self.table].insert(
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/objects.py", line 892, in insert
ret = self._db._adapter.insert(self, row.op_values())
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 546, in insert
raise e
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 541, in insert
self.execute(query)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/__init__.py", line 70, in wrap
return f(*args, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 468, in execute
rv = self.cursor.execute(command, *args[1:], **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 153, in execute
result = self._query(query)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 322, in _query
conn.query(q)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 557, in query
self._execute_command(COMMAND.COM_QUERY, sql)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 861, in _execute_command
self._write_bytes(packet)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 806, in _write_bytes
raise err.OperationalError(
pymysql.err.OperationalError: (2006, "MySQL server has gone away (BrokenPipeError(32, 'Broken pipe'))")
```
et
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 322, in all
log.info("%s list %s" % (type, search), extra={'user_id': auth.user_id,
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1806, in info
self.log(INFO, msg, *args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1844, in log
self.logger.log(level, msg, *args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1512, in log
self._log(level, msg, args, **kwargs)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1589, in _log
self.handle(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1599, in handle
self.callHandlers(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 1661, in callHandlers
hdlr.handle(record)
File "/usr/lib/python3.8/logging/__init__.py", line 954, in handle
self.emit(record)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/common.py", line 179, in emit
db[self.table].insert(
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/objects.py", line 892, in insert
ret = self._db._adapter.insert(self, row.op_values())
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 546, in insert
raise e
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 541, in insert
self.execute(query)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/__init__.py", line 70, in wrap
return f(*args, **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pydal/adapters/base.py", line 468, in execute
rv = self.cursor.execute(command, *args[1:], **kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 153, in execute
result = self._query(query)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/cursors.py", line 322, in _query
conn.query(q)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 557, in query
self._execute_command(COMMAND.COM_QUERY, sql)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/pymysql/connections.py", line 840, in _execute_command
raise err.InterfaceError(0, "")
pymysql.err.InterfaceError: (0, '')
```
sur différentes pages.
En jouant avec app, une page peut faire une erreur 500 et au rechargement ne plus en faire.
L'hypothèse que nous avons faite avec @fthonier serait qu'au moins un thread aurait perdu la connection mysql et ne la redémarre pas. Nous avons donc testé de redémarrer uwsgi, et pour le moment nous n'avons pas reproduit l'erreur.
cf en PJ:
- les logs docker autour du premier souci identifié (issue de la commande ```docker logs -t vidjil_uwsgi --since 2024-03-14T07 --until 2024-03-14T09```)[docker-uwsgi-logs.log](/uploads/6fca1b881a1d36cd389524ffd7fca660/docker-uwsgi-logs.log)
- un extrait des logs debug vidjil autour des mêmes heure[vidjil-debug-extract.log](/uploads/6fbbc091fb5eedffeb95643dadf788c4/vidjil-debug-extract.log)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5249502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples pa...2024-02-21T14:10:24+01:00CHESNIN Clement502 server error when trying to download .vidjil or .analysis from samples page on app## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidji...## Description
When trying to download a .vidjil or a .analysis from the samples page, we get a 502 error
## Reproducibility ?
Systematic
To reproduce:
1. Open app.vidjil.org
2. Open a patient with analyses
3. Click on the link `.vidjil` or `.analysis` on the bottom right
--> a 502 server error is displayed
NB: the same workflow works correctly on db.vidjil.org
## fix clue
Since it works on vdb, this is likely a cors issue or something similar.
Actually, in nginx `error.log` on gre, we get the following error :
```
2024/02/12 09:57:20 [error] 101#101: *17104 uwsgi could not be resolved (3: Host not found), client: 131.254.16.96, server: ba9f2ecbe902, request: "GET /vidjil/default/get_data?sample_set_id=62221&config=49&filename=07-_IKZF1/ERG.vidjil HTTP/1.1", host: "app.vidjil.org", referrer: "https://app.vidjil.org/"
```
## Priority
TBDWeb hotfix 2024.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5234Exception on sample_set2024-02-01T16:15:54+01:00CHESNIN ClementException on sample_sethttps://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_k...https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/fd76fc62-405e-466d-a0a7-081fb7e5cb8b
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 549, in custom
if request.query["id"] and auth.can_view_sample_set(int(request.query["id"])):
KeyError: 'id'
```
L'erreur a été rencontrée 35 fois déjà
A investiguerWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5233Exception on sample_set sort2024-02-02T09:33:12+01:00CHESNIN ClementException on sample_set sortVu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wr...Vu sur les tickets du dashboard de app :
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/f6938e2b-8d96-488b-a943-afe87f6ae435
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'TAGGER' and 'TAGGER'
```
et
https://app.vidjil.org/_dashboard/ticket/a7239506-640b-4fcc-9e1c-ab932b8d861a
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 318, in all
result = sorted(result, key = sort_fields[request.query["sort"]]['call'], reverse=reverse)
TypeError: '<' not supported between instances of 'XML' and 'XML'
```
Pour reproduire:
1. ouvrir la liste des patients
2. cliquer sur les titres de colonnes
![Screencast_from_2024-01-31_11-34-53](/uploads/15bc83afa11574259bbb754863410daf/Screencast_from_2024-01-31_11-34-53.webm)Web hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5232Exception on server when error occurs in sample_set creation2024-02-01T16:39:24+01:00CHESNIN ClementException on server when error occurs in sample_set creationVu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-pac...Vu dans les tickets sur app :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 944, in wrapper
ret = func(*func_args, **func_kwargs)
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 929, in wrapper
raise context["exception"]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/py4web/core.py", line 908, in wrapper
context["output"] = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/modules/vidjil_utils.py", line 73, in wrapper
result = func(*args, **kwargs)
File "/usr/share/vidjil/server/py4web/apps/vidjil/controllers/sample_set.py", line 480, in submit
if should_register_tags:
UnboundLocalError: local variable 'should_register_tags' referenced before assignment
```
Pour reproduire : créer un patient avec le caractère `|` dans le nomWeb hotfix 2024.01CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5220configuration, don't allow to use "," or ";" characters in config name2024-01-31T14:31:06+01:00THONIER Florianconfiguration, don't allow to use "," or ";" characters in config nameThis character are use to split results content to create config result in set page table.
On vdb, we have to change 3 congif mus musculus to fix this.
On form to create config, we should put a restriction on text area content of this ...This character are use to split results content to create config result in set page table.
On vdb, we have to change 3 congif mus musculus to fix this.
On form to create config, we should put a restriction on text area content of this field.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5170API; settable groups for creations of sets2024-01-15T16:40:49+01:00THONIER FlorianAPI; settable groups for creations of setsBy default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a...By default, set are created with a link with group 1 and this value is not settable.
With this, creation success, but new set are not associated with a group because user have no right on group 1 (admin).
We need to add a way to give a group number at the creation (easy) and to allow user to get list of his groups to use it for creation (need to modify controller).
Good news, some functions already exist in web2py and probably py4web to get this values, but are not linked to a controller to expose it.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5159Ł caracter create a failure on server2023-08-16T11:35:39+02:00THONIER FlorianŁ caracter create a failure on serverThis character (Ł)[https://fr.wikipedia.org/wiki/%C5%81] create a fail at the preprocess step.
It is include by (unicode)[https://www.unicodepedia.com/unicode/latin-extended-a/142/latin-small-letter-l-with-stroke/].
In that case, no resu...This character (Ł)[https://fr.wikipedia.org/wiki/%C5%81] create a fail at the preprocess step.
It is include by (unicode)[https://www.unicodepedia.com/unicode/latin-extended-a/142/latin-small-letter-l-with-stroke/].
In that case, no result are returned, no file created, no log neither.
If I manually launch preprocess, it seem to complete normally. But the file name replace this character by octal utf encoding ('\305\202')
```bash
python flash2.py /usr/share/pear/ /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.xxx.gz /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.YYY.gz /mnt/result/tmp/pre/out-119703//AAA_łxxx.fastq.gz -r2 -f "-M 300"
--> created file: AAA_'$'\305\202''xxx.fastq.gz
```
I presume that error are with the server.
This issue concern web2py version of server. Don't know for futur py4web version.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5108Bug in download of results artifact files2023-01-17T15:31:47+01:00Thonier FlorianBug in download of results artifact filesSince commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.Since commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5070Bug in get_reads function from client/server2023-01-18T17:52:25+01:00Thonier FlorianBug in get_reads function from client/serverSince we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.Since we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5069Error of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration nu...2022-11-10T17:59:09+01:00Thonier FlorianError of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration number not defined)Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5047Erreurs No such record2022-06-29T13:50:25+02:00Mikaël SalsonErreurs No such recordMentionné ici : #5044
@flothoni : « 6 erreur `No such record`, un artefact des erreur de R2 de la semaine dernière ? »
C'est-à-dire ? Que peut-on faire pour prévenir ces erreurs ?
On a encore des erreurs en ce moment. Sur les 7 erre...Mentionné ici : #5044
@flothoni : « 6 erreur `No such record`, un artefact des erreur de R2 de la semaine dernière ? »
C'est-à-dire ? Que peut-on faire pour prévenir ces erreurs ?
On a encore des erreurs en ce moment. Sur les 7 erreurs actuellement sur le serveur il en a pour :
* 32358 (sample_set)
* 96766 (sequence_file)
* 102317 (sequence_file)
* 102387 (sequence_file)
* 102386 (sequence_file)
Pourquoi essaie-t-on d'accéder à ces éléments s'ils n'existent pas ?
D'où viennent ces identifiants ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4927Le lien avec imgt ne fonctionne plus2022-01-11T17:09:06+01:00Thonier FlorianLe lien avec imgt ne fonctionne plusJe viens de m'apercevoir que le lien pour envoyer une séquence à IMGT ne fonctionne plus.
Je n'ai pas encore identifié la cause.
On se retrouve à la page de leur formulaire pour rentrer les paramètres. Je penche pour une maj de leur ...Je viens de m'apercevoir que le lien pour envoyer une séquence à IMGT ne fonctionne plus.
Je n'ai pas encore identifié la cause.
On se retrouve à la page de leur formulaire pour rentrer les paramètres. Je penche pour une maj de leur API.
cc @magiraud @mikael-s @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4925Bouton run all ne foncitonne pas si un seul sample présent2022-01-21T10:43:29+01:00Thonier FlorianBouton run all ne foncitonne pas si un seul sample présentJe viens de remarquer que si il n'y a qu'un seul sample présent, la requête "run all" ne fonctionne pas.
Le bouton de lancement unitaire fonctionne bien pour sa part.
Voici ce que j'observe en onclick sur le dom
```
// unitaire
db.c...Je viens de remarquer que si il n'y a qu'un seul sample présent, la requête "run all" ne fonctionne pas.
Le bouton de lancement unitaire fonctionne bien pour sa part.
Voici ce que j'observe en onclick sur le dom
```
// unitaire
db.call('default/run_request', {
'sequence_file_id': '93864',
'sample_set_id': 49266,
'config_id': 25
})
// run all
db.call('default/run_all_request', {
'sequence_file_ids': [93864],
'sample_set_id': 49266,
'config_id': 25
})
```
Je vais voir sur la requête ce qui provoque cette erreur.Thonier FlorianThonier Florian2022-01-09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4904Preprocessing json; wrong path given for scripts2024-02-20T15:14:23+01:00Thonier FlorianPreprocessing json; wrong path given for scriptsDepuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à...Depuis que l'on a ajouté le json de preprocess, il y a une erreur dans les scripts contrib du rnaseq (@x-YLeBri). Le path est maintenant une concaténation `path_result,path_json_preprocess`. Cela perturbe le script. Je peux soit mettre à jour le script pour qu'il fasse le même travaille que le fuse qui le détecte, ou bien corriger pour que la valeur qu'il transmette en entrée du script soit déjà corrigée.
Corriger côté serveur permet de simplifier l'écriture des scripts. (@meidanis en tête)
Faire les deux est souhaitable, le hotfix du script étant probablement plus simple et rapide à déployer.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4901Erreur serveur lors de l'utilisation de QC-stats2022-05-03T15:34:53+02:00Mikaël SalsonErreur serveur lors de l'utilisation de QC-statsSur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File...Sur un sample set récent, avec des pre-process, on a eu une erreur serveur.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1194, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 1015, in multi_sample_stats
results = getStatData(custom_result)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/sample_set.py", line 984, in getStatData
r[head] = model.decorate(r[head])
KeyError: 'pre process'
```
À corriger/tester.
Peut-être en lien avec #4840 ?Web 2022.05