vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-06-25T20:01:29+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4227Le worker n'accede pas au dossier databases en écriture2020-06-25T20:01:29+02:00Thonier FlorianLe worker n'accede pas au dossier databases en écritureJe viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vi...Je viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vijil/databases` qui avait permis de rendre accessible le dossier à `docker_workers`.
Je ne sais pas comment faire autrement. On a pourtant bien `worker` qui récupère les volumes de `uwsgi`, qui les récupère lui-même de `fuse`.
Une idée @mikael-s @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4189Le timeout des jobs ne semble pas correspondre au temps déclaré2020-02-18T16:06:04+01:00Thonier FlorianLe timeout des jobs ne semble pas correspondre au temps déclaréEn testant une config un peu longue, je suis tombé sur un timeout.
Pour rappel, ce temps est défini dans defs.py
```
TASK_TIMEOUT = 2 * 60 * 60
```
Dans le cas de `vdb`, on avait rallongé le temps à 5h (je viens de vérifier). Or, le la...En testant une config un peu longue, je suis tombé sur un timeout.
Pour rappel, ce temps est défini dans defs.py
```
TASK_TIMEOUT = 2 * 60 * 60
```
Dans le cas de `vdb`, on avait rallongé le temps à 5h (je viens de vérifier). Or, le lancement c'est fait à 10h46, et il n'est pas encore 15h46...
Il est utilisé dans le `task.py`, lors d'un ajout
```
task = scheduler.queue_task("pre_process", args, repeats = 1, timeout = defs.TASK_TIMEOUT)
```
Est-on certain que ce paramètre est bien pris en compte dans le docker ? je ne vois pour l'heure pas d'autres raison.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4174original_names ne peut pas être correctement renseigné avec des fichiers AIRR2020-03-03T10:46:21+01:00Mikaël Salsonoriginal_names ne peut pas être correctement renseigné avec des fichiers AIRRDans `default.py` on fait le lien entre le `original_names` d'un fichier et le sample auquel il correspond dans le sample set.
Sauf que pour les fichiers AIRR on ne peut pas avoir l'information du `original_names`. Tout ce qu'on peut re...Dans `default.py` on fait le lien entre le `original_names` d'un fichier et le sample auquel il correspond dans le sample set.
Sauf que pour les fichiers AIRR on ne peut pas avoir l'information du `original_names`. Tout ce qu'on peut renseigner, c'est au moment où on fait le `fuse.py`, on peut renseigner le nom du `results_file`. Pour cela on peut créer un autre champ (du genre `original_results_name`) qui stockerait cette information dans le fichier fused.
Ensuite dans la fonction de `get_data` de `default.py`, il faudrait un autre dictionnaire similaire à `query2` mais dont les clés soient les `results_file` de la BDD (qui sont déjà récupérés par la requête précédente).
Nécessaire pour #3591.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4164Add airr config: mixcr2023-06-28T17:09:12+02:00Thonier FlorianAdd airr config: mixcrSpecific issue for mixcrSpecific issue for mixcrhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4162Analysis valable pour tous les accès au sample2020-02-05T16:13:14+01:00Thonier FlorianAnalysis valable pour tous les accès au sampleJe pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci e...Je pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci est que ces informations ne sont pas disponible lorsque nous ouvrons les données par patient.
Les utilisateurs sont alors tentés de continuer à ouvrir le sample par l'accès au run.
Une solution naîve serait d'avoir un `.analysis` propre à chaque sample, accessible aussi bien lorsque l'on adccède au run qu'au patient. Mais nous avons alors un souci si un clone XXX du sample A est renommé xxx dans le sample B d'un run et yyy dans le sample C d'un patient. Ce n'est là qu'un exemple des nombreux effet de bords.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4160Pouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patient2020-07-07T02:31:15+02:00Thonier FlorianPouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4159maj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la page2020-01-24T09:24:37+01:00Thonier Florianmaj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la pageAprès avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès ...Après avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès à la base (mais pas si long je crois). C'est ça ? De même, est-il possible de le lancer au moment ou l'on arrive sur la page d'ajout/édition d'un sample pour ne pas avoir à attendre dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4110Afficher le changelog à la première connexion après update interface/algo2020-01-17T10:22:09+01:00Thonier FlorianAfficher le changelog à la première connexion après update interface/algoOn pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs ...On pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs via un bouton help, qui retracerait les changelogs pour remonter dans le temps et voir quand une modification est possiblement apparue, avec un indicateur algo/client (texte+code couleur ?), la date et la liste des modifs.
Cela va de pair avec la qualité pour le COFRAC qui indique qu'il doit y avoir un moyen efficace de connaître les modifications de nature à modifier les résultats ou la technique d'analyse (les manipulations dans l'interface par exemple). On a déjà les notifications, mais je ne suis pas certai que ce soit aussi efficace qu'un bon modal intrusif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4051Tester la longueur du mot de passe et d'autres erreurs à la création2021-11-09T14:51:33+01:00Mikaël SalsonTester la longueur du mot de passe et d'autres erreurs à la créationLorsqu'on crée un nouvel utilisateur, la création peut échouer sans aucun message et en redirigeant vers la page du dernier utilisateur créé (vdj#939) si le mot de passe est trop court.
Ajouter un contrôle côté client ou serveur (mais p...Lorsqu'on crée un nouvel utilisateur, la création peut échouer sans aucun message et en redirigeant vers la page du dernier utilisateur créé (vdj#939) si le mot de passe est trop court.
Ajouter un contrôle côté client ou serveur (mais pas évident car géré par Web2py ?).
/cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4039Supprimer un process ne supprime pas le fichier résultat associé2019-11-06T17:06:39+01:00Mikaël SalsonSupprimer un process ne supprime pas le fichier résultat associéJe ne sais pas si c'est un bug ou une feature. Ça ne me choque pas (cf. #2163). Mais est-ce bien ce qu'on veut ?Je ne sais pas si c'est un bug ou une feature. Ça ne me choque pas (cf. #2163). Mais est-ce bien ce qu'on veut ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4005Evaluer un fastq en amont des preprocess et analyse2019-10-11T11:19:05+02:00Thonier FlorianEvaluer un fastq en amont des preprocess et analyseJe suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait im...Je suis tombé aujourd'hui sur des fichiers fastq comportant des erreurs :
```
@NB501924:75:HT525AFXY:1:11101:16318:8143 1:N:0:ATTGAGGA
+
```
Ni pear ni vidjil ne sont capable de prendre ces fichiers en l'état (#1723).
On pourrait imaginer l'appel d'un script qui se charge de vérifier que le format ou le contenu est correct et exploitable.
Dans certain cas, il pourrait aussi corriger certaines erreurs comme celle-ci (attention dans le cas d'un merge d’ailleurs à bien prendre en compte aussi l'équivalent R2/R3).
De plus, il faudrait dans ce cas rendre disponible un rapport depuis l'interface, qui indique que tout est bon pour passer à la suite de l'analyse, ou indiquer que non et l'indiquer clairement à l'utilisateur.
Je sais qu'il existe des scripts permettant de vérifier la conformité du formatage des fasta/fastq. Je ne sais pas si il existe un script tout fait permettant de vérifier ce type d'erreurs, et d'autres qui nous viendrait en tête.
A chaud:
* vérifier le format,
* vérifier des erreurs d'entrées,
* vérifier le nombre de lignes R1vsR2,
* vérifier les séquences vides,
* vérifier la présence de N ou autres caractères non souhaités
* ...
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3991Certains caractères des mots de passes bloquent la création de compte2019-10-04T16:53:05+02:00Thonier FlorianCertains caractères des mots de passes bloquent la création de compteJe viens de tester de créer un compte. J'ai rempli le formulaire, validé. Mais elle n’apparaît pas dans la liste des utilisateurs, ni des groupes.
Après réflexion, j'ai décidé de changer le mot de passe car l'initial comprenait un `/` ...Je viens de tester de créer un compte. J'ai rempli le formulaire, validé. Mais elle n’apparaît pas dans la liste des utilisateurs, ni des groupes.
Après réflexion, j'ai décidé de changer le mot de passe car l'initial comprenait un `/` (`E/p47L7c}`, non retenu). Il se trouve que cette fois là ça a fonctionné sans souci.
Je comprends qu'il y a un souci dans les mots de passe. Je ne sais pas si c'est côté serveur que c'est mal interprété, ou bien si c'est côté interface que le contenu du formulaire est tronqué par ce caractère spécial.
Plusieurs point:
* Il faudrait à minima être capable de détecter sa présence dans la champs texte pour indiqué qu'il n'est pas possible de validé ce mot de passe et en spécifier la raison.
* Il existe probablement des attributs spécifiques aux champs password, côté client et serveur. Vérifié si ils sont correctement paramétrés.
Cela m'amène d'ailleurs à une autre idée que j'avais déjà évoqué: avoir un petit bouton qui génère automatiquement un password (#3744).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3947Proposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample sets2020-11-20T11:46:25+01:00Mikaël SalsonProposer le mécanisme d'autocomplétion dans la recherche des sample setsLe mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autoc...Le mécanisme d'autocomplétion utilisé lorsqu'on ajoute de nouveaux samples (pour l'attribuer à un sample set) devrait être réutilisé pour permettre la recherche rapide d'un patient/run/set.
Dans la barre de recherche, on propose l'autocomplétion, si l'utilisatrice trouve l'entrée qui l'intéresse, elle la sélectionne et est redirigée vers cette entrée. Sinon il suffit de valider la recherche et cela lance la recherche normale.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3920Supprimer les permissions associées quand on supprime une entrée2019-05-24T18:12:55+02:00Mikaël SalsonSupprimer les permissions associées quand on supprime une entréePermettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).Permettrait d'éviter le genre de problème rencontré dans vdj#587 (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/issues/587#note_68238).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3966Faire fonctionner MiXCR avec Docker2020-02-03T16:46:22+01:00Mikaël SalsonFaire fonctionner MiXCR avec DockerLorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?Lorsqu'on lance MiXCR depuis un container Docker cela nécessite d'avoir java dans le container, ce qui n'est pas le cas.
À l'heure actuelle, MiXCR ne peut être lancé sur app.
Comment corriger ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3875Deux personnes peuvent acceder au même sample/run en même temps2019-03-25T15:31:30+01:00Thonier FlorianDeux personnes peuvent acceder au même sample/run en même tempsOn devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un sock...On devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un socket ou une session pour savoir si un fichier est déjà accéder par quelque qu'un d'autre.
Il faudrait s'inspirer des autres logiciels du même genre, ou des règles de dev en vigueur. Vous avez des idées ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3865Pouvoir supprimer la première ligne d'un formulaire de création d'un sample s...2019-03-28T14:00:33+01:00Thonier FlorianPouvoir supprimer la première ligne d'un formulaire de création d'un sample set (patient/run/set)Au final, qu'importe si on clique sur ce bouton depuis patient, run ou sets, on arrive sur la même page.
Dans ce cas autant les dénommé pareil, pourquoi pas "create patient/run/set" ? Mieux ? Plus court ?
Pour la petite histoire, un ut...Au final, qu'importe si on clique sur ce bouton depuis patient, run ou sets, on arrive sur la même page.
Dans ce cas autant les dénommé pareil, pourquoi pas "create patient/run/set" ? Mieux ? Plus court ?
Pour la petite histoire, un utilisateur a sous mes yeux preferer cliquer sur runs pour en creer un alors qu'il avait le bouton create patient sous les yeux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3862Analyse FAILED avec un résultat2019-03-25T11:12:45+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILED avec un résultatCette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/brow...Cette analyse étais notée FAILED à côté du nom du sample, et pourtant il semble bien y avoir un résultat (obtenu à 16h04) j'ai relancé l'analyse à 16h27 avant de voir que ça avait quand même fonctionné (?).
https://vdb.vidjil.org/browser/index.html?set=30585&config=54https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3849Server error au multi-upload2019-03-20T12:24:37+01:00Mathieu GiraudServer error au multi-uploadLors du ~"com\-vw\-vidjil\-workshop", ~"BRU\-Bruxelles"
a eu une server error lorsqu'ils lançaient le multi-upload demandé dans le tutorial #3800. Même error si on recliquait sur "submit".Lors du ~"com\-vw\-vidjil\-workshop", ~"BRU\-Bruxelles"
a eu une server error lorsqu'ils lançaient le multi-upload demandé dans le tutorial #3800. Même error si on recliquait sur "submit".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.