vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-02-28T12:39:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3541Filtrage sur le nom uniquement par défaut2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonFiltrage sur le nom uniquement par défautIndépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du s...Indépendamment de la question du timeout (#3535), se pose l question du filtre qui recherche dans plusieurs champs, ce qui peut être coûteux (de mémoire)
1. Est-ce bien le cas ?
2. Ne pourrait-on pas par défaut chercher dans le nom du sample pour accélérer le filtrage ? (cela semble être la recherche la plus fréquente) On pourrait conserver une option pour filtrer dans plus de champs.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3482Pouvoir couper les accès sur le serveur2021-04-30T13:34:12+02:00Mathieu GiraudPouvoir couper les accès sur le serveurMalgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper to...Malgré des annonces et des headers annonçant une coupure à 16h, un utilisateur était en train à 16h25 de créer des patients et d'uploader.
Solution utilisée : arrêter `uwgsi.emperor`.
Avoir une moyen, au niveau du ~server, de couper tous les accès/controlleurs ? Idéalement pour les utilisateurs et pas pour les admins ? Peut-être cela peut se faire au niveau d'un décorateur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3471Artefacts JUnit .xml pour server-functional2019-11-22T19:43:05+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server-functionalSuite à #3444.Suite à #3444.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3470Artefacts JUnit .xml pour server_unit2018-10-12T18:51:47+02:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server_unitSuite à #3444.Suite à #3444.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3458Point sur les problèmes rencontré avec docker2019-01-10T15:21:23+01:00Thonier FlorianPoint sur les problèmes rencontré avec dockerPour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'a...Pour faire une passe sur la doc et tester cette implémentation que nous proposons aux utilisateurs, j'ai joué dernièrement avec docker pour lancer un serveur vidjil. Voici mes remarques et problèmes rencontrés pour le moment.
- je n'arrive pas a faire marcher `vidjil-algo` out-of-the-box. Il se lance bien sur certains fichier, mais il est incapable de me trouver des clones sur ceux-ci.
- pour certaines configurations, il plante (erreur `seed 9s` inconnue pour "multi+inc" par exemple). (lié à #3460)
- les configurations ne sont pas accessibles aux gens si on ne les mets pas dans la liste. Celles-ci sont pourtant bien accessible au groupe public. JE ne sais pas d'où vient l'erreur.
- je n'ai du coup pas pris le temps de chercher comment placer pear sur un volume spécifique et de le paramétrer dans les preprocess.
- Une bizarrerie inexpliqué: au premier lancement, il affichait un seul worker dispo. Maintenant il en montre 3. l'erreur ne s'est jamais représentée.
- j'ai lorsque je rafraîchi la page une erreur "files are not available" qui apparaît. Je n'ai pas encore remonté la piste (et cela semble lié aussi un modal server error).
- dernier point: sans explication ni reproductibilité, j'ai la BD qui a dû disparaître. Lors d'un relancement du docker, elle n'était plus accessible. Il a fallu que je réinitialise celle-ci (init bd). Le load backup ne fonctionnant pas non plus;
J'essaye de dégrossir ça dans la journée, et sinon je créerait les tâches qui correspondent.
cc @RyanHerb @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3445serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue2021-02-09T17:27:33+01:00Thonier Florianserveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queueUn utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne ...Un utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne suis pas trop au point sur l'aspect serveur.
Cela me fait penser à vdj#631. Je vais leur demander si ils sont passé par la version docker ou non. Mais dans ce cas, l'erreur de vdj#631 devrait être corrigé sur la dernière version non ?
Dans le cas contraire, qu'elles sont les informatiions qui peuvent nous aider ? les logs du serveur, de l'app vidjil ?
cc: @RyanHerb @mikael\-s @magiraud
PS: voici leur mail explicatif:
>Thanks for providing this support email. We managed to install Vidjil
locally, initiated a database, created an admin user and a couple of
ordinary users. But we are facing problems:
>- when the ordinary users log in, create a patient and load a sample, the
"config" drop down list is empty; the admin's "config" list shows more
options, namely: TRG, multi+inc+xxx, multi+inc, multi, IGH,
default+extract_reads
>- even the admin user, when we select "multi+inc+xxx" in the "config"
list, cannot run the analysis. They apparently get stuck in the QUEUED
mode forever.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3442Environnement de review pour les feature-s2018-10-26T14:29:29+02:00Mathieu GiraudEnvironnement de review pour les feature-sVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3436Statistiques : tester, mettre en production pour tous2018-10-02T18:33:52+02:00Mathieu GiraudStatistiques : tester, mettre en production pour tousSuite à #2235.
Voir aussi #3171.Suite à #2235.
Voir aussi #3171.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3407Décoration des champs du contrôleur multi samples2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonDécoration des champs du contrôleur multi samplesPour #2235, #2875Pour #2235, #2875Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3401Liste de tests fonctionnels server2021-01-26T16:51:05+01:00Ryan HerbertListe de tests fonctionnels serverIci on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
...Ici on fait une liste des tests fonctionnels server:
* Utilisateur
- [x] Login
- [ ] Logout (mais #2571 #2477)
- [ ] Changer le mot de passe (mais #1682)
* Patients
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Edition
- [x] Suppression
- [x] Recherche
* Samples
- [x] Ajout (multiple)
- [x] Upload (normal, déjà inclus dans précédent ?) (et #4628)
- [x] Upload (réseau)
- [x] Edition
- [ ] Edition: ajouter le sample à un set supplémentaire
- [ ] Reupload
- [x] Suppression avec results
- [ ] Suppression sans results (n'existent pas)
- [ ] Suppression sans results (mais results existent)
- [x] Recherche
- [ ] Ajout sets multiples
- [x] Run (et #4628)
- [ ] Runs concurrents, certains sont provisoirement en `QUEUED` #3447
- [ ] Pre-process
- [ ] Relancer pre-process échoué
* Autcompletion
- [ ] tags
- [ ] samples
* Tags
- [x] Recherche par click (patient ou sample)
- [x] Recherche patient
- [x] Recherche sample
* Permissions
- [ ] Accès groupe public
- [ ] Accès groupe personnel
- [ ] Accès groupe hierarchie
- [ ] Pas d'accès à un groupe dont on n'est pas membre
- [ ] Permissions diverses (admin, upload, create, run)
* Groupes
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Invitation utilisateur
- [ ] Exclusion utilisateur
- [ ] Modification permissions
* Configs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Tips
- [ ] Fermer
- [ ] Suivant
- [ ] Précédent
- [ ] lu
* Notifications
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
- [ ] Expiration
- [ ] lu
* logs
- [ ] tester tous les cas de figure ?
* Utilisateurs
- [ ] Ajout
- [ ] Edition
- [ ] Suppression
* Consultation d'une analyse préalablement lancée
- [ ] Affichage correct
- [ ] Vérification des informations affichées dans la fenêtre d'info globale (éviter #3416)
- [ ] Sauvegarder une analyse (éviter vdj#792)
* Pre process
- [x] Ajout
- [x] Edition
- [x] Suppression
* Compare
- [ ] Liste
- [ ] Comparehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3375La page des logs est trop longue à charger : la paginer2019-02-28T12:39:28+01:00Mikaël SalsonLa page des logs est trop longue à charger : la paginer@RyanHerb le mécanisme utilisé pour la liste des sample sets est-il généralisable facilement ?
En lien avec #3374@RyanHerb le mécanisme utilisé pour la liste des sample sets est-il généralisable facilement ?
En lien avec #3374https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3323Ne pas accepter d'ajouter un sample avec un seul fichier quand le pre-process...2018-07-04T19:30:07+02:00Mathieu GiraudNe pas accepter d'ajouter un sample avec un seul fichier quand le pre-process en demande deuxOn peut actuellement valider un sample avec un seul fichier, même quand il en faudrait deux.
Au moins un nouvel utilisateur (set 27878 sur app) a ainsi sélectionné "Merge paired-end" mais a uploadé séparément R1 et R2.
Le javascript dev...On peut actuellement valider un sample avec un seul fichier, même quand il en faudrait deux.
Au moins un nouvel utilisateur (set 27878 sur app) a ainsi sélectionné "Merge paired-end" mais a uploadé séparément R1 et R2.
Le javascript devrait interdire cela.
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3215Controleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métad...2018-05-11T10:13:03+02:00Mathieu GiraudControleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métadonnéesPourrait étendre #3041.Pourrait étendre #3041.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3200Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser...2020-06-24T17:19:19+02:00Mikaël SalsonSupprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choixÀ une époque un fichier de séquences n'était que dans un seul sample set. La suppression du sample set conduisait à la suppression du fichier de séquences sans quoi il aurait été orphelin.
Maintenant ce n'est plus vrai.
Si je supprime ...À une époque un fichier de séquences n'était que dans un seul sample set. La suppression du sample set conduisait à la suppression du fichier de séquences sans quoi il aurait été orphelin.
Maintenant ce n'est plus vrai.
Si je supprime un patient dont le fichier de séquences est aussi présent dans un run, est-ce qu'en supprimant le patient j'ai vraiment envie que le fichier de séquences soit supprimé ? On devrait donner le choix, comme on le fait lorsqu'on supprime un fichier de séquences dans un sample set : on demande s'il faut aussi supprimer les résultats ou non.
Ce choix pourrait n'être proposé que si le fichier est associé à plusieurs sample sets.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3194Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la...2018-04-18T19:30:47+02:00Mathieu GiraudPouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyseDans "Output files for process"Dans "Output files for process"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3170Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut2018-04-13T17:34:07+02:00Mathieu GiraudPre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principaux@mikael-s : être cohérent avec ce qu'on fait pour les process principauxhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3153Indiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications se...2018-04-09T19:11:53+02:00Mikaël SalsonIndiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications serveursAjouter du CSS, ne serait-ce qu'avoir des « … » ou ajouter, plus explicitement, un « more info ».Ajouter du CSS, ne serait-ce qu'avoir des « … » ou ajouter, plus explicitement, un « more info ».https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3150Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set2019-03-25T09:44:47+01:00Mathieu GiraudRécupérer les patients à partir d'un run ou d'un setSuggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.Suggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3096Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichie...2018-03-22T10:02:45+01:00Mikaël SalsonEmpêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignésEt si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Et si on choisit de faire un preprocess avec plusieurs fichiers, il faut que tous les champs soient renseignés.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3088Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump2023-05-23T15:50:12+02:00Thonier FlorianPear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dumpUn utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):...Un utilisateur essaye de faire un merge de fichiers relativement gros (4Go) en preprocess. Après deux tentatives, on retrouve un échec avec une erreur lors de la phase dump.
Voici le log retourné:
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 734, in run_pre_process
(stdoutdata, stderrdata) = p.communicate()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 796, in communicate
self.wait()
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1376, in wait
pid, sts = _eintr_retry_call(os.waitpid, self.pid, 0)
File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 476, in _eintr_retry_call
return func(*args)
File "/home/vidjil-ci/git/prod/prod-server/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 901, in <lambda>
signal.signal(signal.SIGTERM, lambda signum, stack_frame: sys.exit(1))
SystemExit: 1
```
Je pense qu'il s'agit d'une erreur de surcharge dans la mémoire, mais je ne peux pas accéder à vda pour voir les logs (connexion au chu), et les logs dispo depuis l'interface sont trop récents.
A vérifier lorsque je peux accéder au serveur.
En tout cas je ne suis pas certain qu'il s'agisse d'un bug à proprement parler si cela vient de la mémoire.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerb