vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-04-05T19:00:00+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3138Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets ...2018-04-05T19:00:00+02:00Mikaël SalsonLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets créésConstaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.Constaté sur les comptes 48 ou 70 qui ont utilisé la nouvelle fonctionnalité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3150Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set2019-03-25T09:44:47+01:00Mathieu GiraudRécupérer les patients à partir d'un run ou d'un setSuggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.Suggestion de Michaël ~"Paris-Pitié" : pouvoir à partir d'un run, accéder directement aux analyses par patient... Ou au moins avoir un lien vers les patients.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3157Plusieurs configs ne sont plus visibles2020-05-28T13:08:28+02:00Mikaël SalsonPlusieurs configs ne sont plus visiblesJe n'en vois plus que 10 au lieu des 36 qui existent (aussi bien dans la liste des configs que lorsqu'il faut choisir une config à lancer).Je n'en vois plus que 10 au lieu des 36 qui existent (aussi bien dans la liste des configs que lorsqu'il faut choisir une config à lancer).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3169La liste patients met beaucoup trop de temps à se charger2021-02-11T08:00:05+01:00Mikaël SalsonLa liste patients met beaucoup trop de temps à se chargerElle peut mettre 1 minute, y compris pour des utilisateurs, ce qui est énorme.
```
2018-04-13 12:23:01 DEBUG sample_set.py:202 patient list (38.680s)
2018-04-13 12:23:00 DEBUG sample_set.py:202 patient list (58.206s)
```
C...Elle peut mettre 1 minute, y compris pour des utilisateurs, ce qui est énorme.
```
2018-04-13 12:23:01 DEBUG sample_set.py:202 patient list (38.680s)
2018-04-13 12:23:00 DEBUG sample_set.py:202 patient list (58.206s)
```
Cela nous rappelle de vieux souvenirs (#1542), mais dans un ordre de grandeur.
Cela pose des problèmes : #3139, #2294, #2494.
@RyanHerb avait proposé de remanier le modèle pour accélérer cela : #2747.
Voir si, en attendant, on ne peut pas faire quelque chose pour accélérer le traitement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3178Ajout de samples : « specific set » est peu clair2018-04-17T14:58:48+02:00Mikaël SalsonAjout de samples : « specific set » est peu clairOn ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?On ne sait pas bien à quoi se rapporte le champ « specific set ».
Être plus clair : « Associated patient/run/set » ?
De même il y a le champ « Common set », à remplacer par « Common patient/run/set » ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3199Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients2018-06-13T09:33:58+02:00Mikaël SalsonBug lors de l'ajout de samples à plusieurs patientsRapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres al...Rapporté par ~"LIL-Lille" :
>Hier j’ai chargé 2 runs de 20 éch dans le cadre d’un test et en regardant ce matin, j’ai constaté tout de suite qu’il y a eu un souci : le patient qui contient le 1er échantillon a eu aussi tous les autres alors que j’ai bien attribué un éch = un patient. En regardant au niveau du run, je me suis aperçue qu’il conservait l’historique des patients et donc incrémente à chaque fois la liste. J’ai mis une impression écran pour mieux me faire comprendre.
J'ai aussi essayé :
1. Création d'un run vide
2. Création de 4 patients vides
3. Upload de 4 samples dans le run en attribuant chaque sample à un seul patient
Le premier patient se retrouve avec les 4 samples, le 2è avec 3, le 3è avec 2 et le dernier avec 1.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3200Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser...2020-06-24T17:19:19+02:00Mikaël SalsonSupprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choixÀ une époque un fichier de séquences n'était que dans un seul sample set. La suppression du sample set conduisait à la suppression du fichier de séquences sans quoi il aurait été orphelin.
Maintenant ce n'est plus vrai.
Si je supprime ...À une époque un fichier de séquences n'était que dans un seul sample set. La suppression du sample set conduisait à la suppression du fichier de séquences sans quoi il aurait été orphelin.
Maintenant ce n'est plus vrai.
Si je supprime un patient dont le fichier de séquences est aussi présent dans un run, est-ce qu'en supprimant le patient j'ai vraiment envie que le fichier de séquences soit supprimé ? On devrait donner le choix, comme on le fait lorsqu'on supprime un fichier de séquences dans un sample set : on demande s'il faut aussi supprimer les résultats ou non.
Ce choix pourrait n'être proposé que si le fichier est associé à plusieurs sample sets.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3201Tests unitaires serveur sur le multi-upload2021-10-15T09:38:08+02:00Mikaël SalsonTests unitaires serveur sur le multi-uploadIl n'y a actuellement pas de tests unitaires sur le multi-upload, notamment pour vérifier que les fichiers sont affectés au bon sample set (cf. #3199).
Cela serait nécessaire.Il n'y a actuellement pas de tests unitaires sur le multi-upload, notamment pour vérifier que les fichiers sont affectés au bon sample set (cf. #3199).
Cela serait nécessaire.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3202Plus d'enregistrement du first login/last login2018-10-02T17:50:19+02:00Thonier FlorianPlus d'enregistrement du first login/last loginJe viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, ...Je viens de créer un compte utilisateur; Celui-ci, très rapide, à déposé des données dans l'heure. Pourtant, lorsque l'on accède au tableau users, aucune trace de sa connexion, ni des quelques derniers utilisateurs.
Un point de rappel, le bug semble être apparut en même temps que la modification des noms de groupes (numérotation sur 4 chiffres).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3213Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse d...2019-09-24T11:20:32+02:00Mikaël SalsonÉditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessusQuand on édite un fichier possédant un pre-process, le `sequence_file.pre_process_flag` passe à `WAIT` ce qui affiche le pre-process comme étant « `QUEUED` » (ce qui n'est d'ailleurs pas le cas). Cet état empêche ensuite de (re)lancer to...Quand on édite un fichier possédant un pre-process, le `sequence_file.pre_process_flag` passe à `WAIT` ce qui affiche le pre-process comme étant « `QUEUED` » (ce qui n'est d'ailleurs pas le cas). Cet état empêche ensuite de (re)lancer toute analyse sur ce fichier, puisque l'analyse se met en état « STOPPED » attendant que le pre-process se finisse (ce qui n'arrivera jamais… puisqu'aucun pre-process n'a été relancé).
Éditer un fichier avec un pre-process, ne devrait pas toucher à l'état du `pre_process_flag` (à moins qu'on ait vraiment changé des choses sur le pre-process utilisé).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3289Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être tél...2018-07-03T09:57:04+02:00Mikaël SalsonUn process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargéCela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.Cela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3352Optimiser la page des groupes2018-10-05T10:36:56+02:00Ryan HerbertOptimiser la page des groupesLe controller semble être mal optimisé (beaucoup de requêtes dans une boucle pour tester les permissions, et compter le nombre de membres).
On peut faire mieux :).
See vdj#688Le controller semble être mal optimisé (beaucoup de requêtes dans une boucle pour tester les permissions, et compter le nombre de membres).
On peut faire mieux :).
See vdj#688https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3359Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement2018-07-13T12:07:39+02:00Ryan HerbertLe tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctementLe tri semble être buggé depuis la factorisation des sets (voir https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/194.94.189.58.2018-07-11.11-13-06.92e4f70f-229e-4e98-9cae-675cd152693b )Le tri semble être buggé depuis la factorisation des sets (voir https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/194.94.189.58.2018-07-11.11-13-06.92e4f70f-229e-4e98-9cae-675cd152693b )https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3436Statistiques : tester, mettre en production pour tous2018-10-02T18:33:52+02:00Mathieu GiraudStatistiques : tester, mettre en production pour tousSuite à #2235.
Voir aussi #3171.Suite à #2235.
Voir aussi #3171.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3442Environnement de review pour les feature-s2018-10-26T14:29:29+02:00Mathieu GiraudEnvironnement de review pour les feature-sVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbVu qu'on a désormais #2881, on pourrait souhaiter accéder au serveur déployé sur une MR de feature-s.
Voir par exemple !280.
Est-ce que le dock existe toujours après le test ? Serait-ce lourd d'en maintenir plusieurs ?
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3445serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue2021-02-09T17:27:33+01:00Thonier Florianserveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queueUn utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne ...Un utilisateur souhaite installer localement le serveur.
Ils font face à un souci dans l’installation puisque toutes leurs analyses restent en `queue`. A distance, il y a malheureusement beaucoup de source d'erreurs possibles, et je ne suis pas trop au point sur l'aspect serveur.
Cela me fait penser à vdj#631. Je vais leur demander si ils sont passé par la version docker ou non. Mais dans ce cas, l'erreur de vdj#631 devrait être corrigé sur la dernière version non ?
Dans le cas contraire, qu'elles sont les informatiions qui peuvent nous aider ? les logs du serveur, de l'app vidjil ?
cc: @RyanHerb @mikael\-s @magiraud
PS: voici leur mail explicatif:
>Thanks for providing this support email. We managed to install Vidjil
locally, initiated a database, created an admin user and a couple of
ordinary users. But we are facing problems:
>- when the ordinary users log in, create a patient and load a sample, the
"config" drop down list is empty; the admin's "config" list shows more
options, namely: TRG, multi+inc+xxx, multi+inc, multi, IGH,
default+extract_reads
>- even the admin user, when we select "multi+inc+xxx" in the "config"
list, cannot run the analysis. They apparently get stuck in the QUEUED
mode forever.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3453À partir d'un .vidjil, calculer ce qu'il faut pour le widget genescan2018-10-02T18:21:27+02:00Mathieu GiraudÀ partir d'un .vidjil, calculer ce qu'il faut pour le widget genescanVoir #3407.
Regrouper suivant `clone_average_read_length`, avec un argument sur le nombre de barres (100 ? moins ?)
Le diviseur est `reads.segmented`.
Déjà voir ce à quoi cela ressemble, puis on se posera des questions de normalisation...Voir #3407.
Regrouper suivant `clone_average_read_length`, avec un argument sur le nombre de barres (100 ? moins ?)
Le diviseur est `reads.segmented`.
Déjà voir ce à quoi cela ressemble, puis on se posera des questions de normalisation (couper au-dessus de 50% ? log pour tous ?)Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3470Artefacts JUnit .xml pour server_unit2018-10-12T18:51:47+02:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server_unitSuite à #3444.Suite à #3444.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3471Artefacts JUnit .xml pour server-functional2019-11-22T19:43:05+01:00Mathieu GiraudArtefacts JUnit .xml pour server-functionalSuite à #3444.Suite à #3444.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3472L'image docker pose des soucis sur l'accès des configurations2018-12-20T17:45:44+01:00Thonier FlorianL'image docker pose des soucis sur l'accès des configurationsEn testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations ...En testant l'installation par docker, je me rends compte que les utilisateurs n'ont accès ni aux configurations ni au preprocess si l'accès ne leur a pas été *spécifiquement fourni* en tant qu'user.
Cela signifie que le configurations `public` ne sont pas accessibles.
Je ne sais pas si il s'agit d'un bug car j'installe avec des erreurs ou bien si c'est la dernière image qui est buggé. A noter que l'installation par docker au Brésil présente la même anomalie.
cc @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3489L'édition d'un sample le retire du run2018-11-07T15:56:38+01:00Mikaël SalsonL'édition d'un sample le retire du runMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothoniMail de AC du 21/09 ~"LIL\-Lille".
Un sample avait été créé et mis dans un run mais des infos avaient été oubliées. Il a été édité et n'apparaissait plus dans le run.
/cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3506CloneDB : demander les infos des sample sets en une seule fois2018-11-07T14:27:32+01:00Mikaël SalsonCloneDB : demander les infos des sample sets en une seule foisLorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudra...Lorsqu'il y a de nombreuses occurrences `CloneDB` prend du temps mais c'est surtout à cause des requêtes faites au serveur pour savoir si on a les droits sur le sample set et pour récupérer des infos (nom du sample set, tags).
Il faudrait faire tout cela en un nombre constant de requêtes, plutôt que de faire un nombre constant de requête pour chaque sample set : il peut y avoir des centaines de samples sets qui correspondent.
Si cela reste trop lent on pourra aussi limiter la taille de la liste des résultats.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3523Suppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)2019-11-22T12:05:23+01:00Mikaël SalsonSuppression des images Docker échoue le build (dans certains cas ?)The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error...The following discussion from !305 should be addressed:
- [ ] @mikael-s started a [discussion](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/305#note_123377):
> Sur `dev` le pipeline dit cela :
>
> ```
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/server:test" (must force) - container cb085cbafdb5 is using its referenced image d1aa7cbe4ed6
> Error response from daemon: conflict: unable to remove repository reference "vidjil/client:test" (must force) - container 1b70d95aef53 is using its referenced image 4f48f02d2a14
> ```Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3531Le spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondes2018-11-12T13:50:39+01:00Mikaël SalsonLe spinner disparaît au bout de 2 (ou 3 ?) secondesSur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela ...Sur le serveur, le spinner d'attente disparaît assez rapidement même si la requête n'est pas finie. Pour l'observer il suffit de cliquer sur l'onglet users qui met une bonne dizaine de secondes à se charger normalement.
Est-ce que cela peut avoir un lien avec !291 ?Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3554bouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2py2021-03-05T15:51:00+01:00Thonier Florianbouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2pyUne petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué...Une petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué que ça. Cependant, ça risque de pérenniser un problème dont on ne connaît toujours pas l'origine (il me semble).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3555Erreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveur2020-02-03T12:06:27+01:00Thonier FlorianErreur si clones null dans un fichier vidjil côté serveurLorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.Lorsqu'un fichier ne retourne aucun clone, on a une valeur `null` au lieu d'une liste vide.
Cela pose problème du côté du server, et notamment dans `task.py` qui recherche la contamination.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3577Mettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveur2018-10-18T17:54:27+02:00Mathieu GiraudMettre les tags par défaut sur toute installation neuve du serveurVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbVoir `doc/tags.org`
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3595Usages de get_display_name()2018-11-13T17:09:42+01:00Ryan HerbertUsages de get_display_name()Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour ...Après les changements dans !323 on a des usages de get_display_name() là où on ne veut pas utiliser le set_token.
Notamment:
- Bouton see results dans sample_set/index
- Bouton download (get_data) dans sample_set/index
- Bouton pour charger l'analyse précédente dans le menu patienthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3605Utiliser une version fixe de web2py2019-08-22T09:57:53+02:00Mathieu GiraudUtiliser une version fixe de web2pyWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbWeb2py peut introduire des bugs par une nouvelle version... On devrait probablement se fixer à une version en dur (qu'on met à jour régulièrement, comme toute librairie).
vdj#727
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3610Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed2021-04-02T14:58:14+02:00Mikaël SalsonLes tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failedEn ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
``...En ce moment les tests fonctionnels serveurs échouent ([exemple](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/195678)).
La commande :
```
gpg --keyserver ha.pool.sks-keyservers.net --recv-keys B42F6819007F00F88E364FD4036A9C25BF357DD4
```
produit l'erreur `gpg: keyserver receive failed: Cannot assign requested address`. Cela fonctionne chez moi (dans le dock) en local. Et la commande fonctionne également, hors dock, sur le slave.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3619Tests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?2018-11-20T12:33:09+01:00Mikaël SalsonTests serveur fonctionnels : un test n'est pas reproductible ?J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à ce...J'ai eu [le cas ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/198104) :
```
1) Failure:
TestSample#test_run [functional/test_sample.rb:281]:
Expected false to be truthy.
```
J'ai relancé le test et c'est passé.
Cela correspond à cette partie-là :
```ruby
table = $b.table(:id => "table")
table.wait_until_present
lines = table.tbody.rows
lines[0].wait_until_present
assert(lines[0].td(:text => "QUEUED").present?)
```
Pourtant il y a bien un `wait_until_present`…
/cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3626`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone2018-11-13T18:11:20+01:00Mikaël Salson`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in...```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in run_vidjil
compute_extra(id_file, id_config, 5)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 111, in compute_extra
for clone in d["clones"]:
TypeError: 'NoneType' object is not iterable
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3628Tests dockers : rm: cannot remove '*/S.gpg-agent.browser': No such file or di...2021-10-15T09:37:52+02:00Mikaël SalsonTests dockers : rm: cannot remove '*/S.gpg-agent.browser': No such file or directoryUne partie des tests fonctionnels serveurs échouent à cause de cette erreur non reproductible ([il y a quelques exemples ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/203307)). À quoi est-ce dû ? Comment peut-on la prévenir ?Une partie des tests fonctionnels serveurs échouent à cause de cette erreur non reproductible ([il y a quelques exemples ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/203307)). À quoi est-ce dû ? Comment peut-on la prévenir ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3647Pre-/post- options in fuse to implement a post-process2020-12-11T12:32:00+01:00Mathieu GiraudPre-/post- options in fuse to implement a post-processInstead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` f...Instead of resolving #3538 (that is ~"!\-hard"), @flothoni proposed a solution with ~"server\-fuse" to implement a post-process and still to be admin-configurable by configs.
A post-process programm is something that takes a `.vidjil` file and give back another `.vidjil` file.
We implement two `--pre` and `--post` options to ~"server\-fuse"
- `--pre progname` will lauch `progname in.vidjil in2.vidjil` on each `in.vidjil` input file.
- `--post progname` will lauch `progname out.vidjil out2.vidjil` on the collated `out.vidjil` filehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3682test-server-unit ne passe pas sur lego2019-01-17T17:42:34+01:00Mathieu Giraudtest-server-unit ne passe pas sur legohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/241768
mais ok sur meccanohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/241768
mais ok sur meccanohttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3698Docker : Le mot de passe admin web2py n'est pas persistant2020-06-01T23:16:15+02:00Mikaël SalsonDocker : Le mot de passe admin web2py n'est pas persistantSauf erreur de ma part le mot de passe admin de web2py n'est pas persistant et doit être regénéré à chaque rechargement du dock. C'est assez contraignant.
Faudrait-il mettre le fichier `parameters_443.py` de Web2py à l'extérieur du dock ?Sauf erreur de ma part le mot de passe admin de web2py n'est pas persistant et doit être regénéré à chaque rechargement du dock. C'est assez contraignant.
Faudrait-il mettre le fichier `parameters_443.py` de Web2py à l'extérieur du dock ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3751Mettre à jour web2py2021-12-17T11:10:57+01:00Mikaël SalsonMettre à jour web2pyIci : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/270146 (branche tirée de `dev`).
Alors qu'ils passaient il y a 3 jours sur `dev`, sur le même commit : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/267019
Une modification dans web2py ?Ici : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/270146 (branche tirée de `dev`).
Alors qu'ils passaient il y a 3 jours sur `dev`, sur le même commit : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/267019
Une modification dans web2py ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3752Utiliser une version fixe de Web2py2019-02-27T23:01:10+01:00Mikaël SalsonUtiliser une version fixe de Web2pyNous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustr...Nous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustre #3751.
Ne devrait-on pas plutôt fixer la version de Web2py utilisée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3778Déploiement 2019.03, -c designations et options names2019-03-15T20:00:51+01:00Mathieu GiraudDéploiement 2019.03, -c designations et options namesAprès !429 et #3766
- [ ] synchroniser le déploiement du ~server et de ~"app\-analyze" recompilé (d'ailleurs, quelle est la version actuelle de ~"app\-analyze" ? #3776).
- [x] vérifier si des ~"server\-config" ne sont pas à mettre égalem...Après !429 et #3766
- [ ] synchroniser le déploiement du ~server et de ~"app\-analyze" recompilé (d'ailleurs, quelle est la version actuelle de ~"app\-analyze" ? #3776).
- [x] vérifier si des ~"server\-config" ne sont pas à mettre également à jourhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3827Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples2021-09-09T18:56:12+02:00Thonier FlorianAvoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samplesParfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Parfois, les utilisateurs posent plusieurs séquences en même temps dans un patient/run.
Il serait intéressant de pouvoir lancer en un seul click l'analyse configXXX sur tous les samples présents.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3867Seul les tableaux devrait être scrollables2020-03-30T13:41:59+02:00Thonier FlorianSeul les tableaux devrait être scrollablesJe me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour attei...Je me rend compte que l'on scrolle souvent les tableaux patients, run ou set, voir en admin les users/groupes.
On pourrait imaginer que les tableaux soient dans leur propres div et que nous n'ayons pas besoin de les scroller pour atteindre les boutons new patient/run/user/... ou même les paginations.
Le souci de la lisibilité peux être posé si on regarde une page vidjil sur un petit écran, mais je n'en suis même pas certain.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3907Vérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/...2020-03-09T11:58:41+01:00Mikaël SalsonVérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/lancerUn peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vér...Un peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vérifier que le bon nombre de fichiers requis est dispo à la soumission et avant de lancer le pre-processMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3921Avoir une image OVF/OVA2021-02-09T18:02:43+01:00Thonier FlorianAvoir une image OVF/OVAL'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.L'équipe IT de Bruxelles demande si nous avons une image vmware pour plus de simplicité.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3944Pouvoir calculer des distributions2019-09-10T09:03:26+02:00Thonier FlorianPouvoir calculer des distributionsCelles-ci doivent être compatibles avec `stats`. Le calcul se fait depuis `fuse.py`.
Ajout de 2 options:
* -d; calcul les distributions et les incluts dans le fichier vidjil sous l'entrée `distributions`
* -D; génère un fichier json ave...Celles-ci doivent être compatibles avec `stats`. Le calcul se fait depuis `fuse.py`.
Ajout de 2 options:
* -d; calcul les distributions et les incluts dans le fichier vidjil sous l'entrée `distributions`
* -D; génère un fichier json avec uniquement les distributions, compatible directement avec stats (lorsqu'il pourra ouvrir un fichier fournit par l'utilisateur)
Voici la liste actuelle, pour l'instant croisée pour faire toutes les combinaisons possibles. Il faudra, vu la taille et le temps de calcul, probablement évincer celles qui n'ont que peu d'intérêts.
```python
LIST_AXES = ["germline",
"seg5", "seg4", "seg3",
"lenSeqConsensus", "lenSeqAverage", "GCContent", "coverage",
"rearangment", "complete",
"lenSeq",
"seg5_delRight", "seg3_delLeft", "seg4_delRight", "seg3_delLeft",
"insert_53", "insert_54", "insert_43",
"lenCDR3",
"productive",
#"junction_start", "junction_stop",
# "evalue", l'arrondir ?
# "top", # "name"
#"seg5_stop", "seg3_start", "seg4_stop", "seg4_start",
# nbSamples,
# "cdr3_stop", "cdr3_start",
]
```
Testé sur un ensemble de 30 fichiers `--all` (env 30k clones en moyenne):
* génère un fichier de 2,3Go
* Dure 35 minutes
* chaque ajout dans la liste des axes multiplie par 2 le nombre de sortie calculées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3957Problème d'accès à Vidjil2019-08-20T19:55:04+02:00Anne de SeptenvilleProblème d'accès à VidjilBonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?Bonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3972Supprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur2020-06-25T16:35:23+02:00Thonier FlorianSupprimer une ligne intermédaire du multiupload provoque une erreur~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me s...~"REN-Rennes" a tenté l'autre jour un multi-upload.
Ils avaient une erreur avec les 11 premiers samples sur 22 qui étaient chargées (et présent X fois en plus), mais pas les suivant. En regardant de plus près la capture d'écran, je me suis aperçu que l'on passait de la ligne 11 à 13.
J'ai réessayé de provoquer l'erreur sur dev et il l'erreur est parfaitement reproductible.
J'ai localisé une ligne dans un fichier du serveur qui iter sur le nombre d’élément passé en POST je crois, et en déduisait des noms de lignes/div (ou une approche similaire). Comme elle était incapable de trouver la 12, il y avait une erreur.
Je recherche la ligne incriminée.
Ping @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3982Certains log de preprocess ne sont pas accessibles2023-03-02T15:12:20+01:00Thonier FlorianCertains log de preprocess ne sont pas accessiblesJE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lig...JE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lignes).
Je ne sais pas encore la raison de l'échec de l'analyse, ni celle de l'affichage du log.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4046Erreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[obje...2019-11-15T20:04:17+01:00Mikaël SalsonErreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[object Object]'Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)...Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 695, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 252, in get_data
).select(db.fused_file.ALL).first()
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4047Analyse FAILED2019-11-18T12:40:44+01:00Anne de SeptenvilleAnalyse FAILEDJ'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/s...J'ai 2 samples du dernier run pour lesquels l'analyse IGH a un problème. Le merge semble tout à fait normal.
Il s'agit des patient 34429 et 34430.
>Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 353, in run_vidjil
run_fuse(id_file, id_config, id_data, sample_set_id, clean_before = False)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 691, in run_fuse
stream = open(fuse_filepath, 'rb')
IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/mnt/result/tmp/out-066735/066735-33789.fused'https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4053Retour quand erreur à la création de compte2019-11-15T20:15:38+01:00Mathieu GiraudRetour quand erreur à la création de compteLa création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.La création de compte peut échouer, par exemple avec un mot de passe à <6 caractères.
Faire un retour.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4158Il est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sample2020-01-24T09:40:11+01:00Thonier FlorianIl est possible d'avoir plusieurs fois le même run pour un sampleLorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si ...Lorsque l'on assigne des liens vers des patients/runs, il est possible d'avoir plusieurs fois la même entrée. Dans ce cas, à la validation, nous nous retrouvons avec des entrées multiples dans la liste des samples du run par exemple.
Si on est inattentif au fait qu'un lien vers un run est déjà présent dans le `common sets` l'erreur est possible.
Il faudrait que la liste des liens apparaissant tiennent compte du contenu du common set et des sets déjà ajoutés.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4171Adapter les paramètres de FLASH2020-09-23T10:04:09+02:00Mikaël SalsonAdapter les paramètres de FLASH
Un exemple de warning dans une sortie récente de FLASH.
```
[FLASH] WARNING: An unexpectedly high proportion of combined pairs (99.81%)
overlapped by more than 65 bp, the --max-overlap (-M) parameter. Consider
increasing this param...
Un exemple de warning dans une sortie récente de FLASH.
```
[FLASH] WARNING: An unexpectedly high proportion of combined pairs (99.81%)
overlapped by more than 65 bp, the --max-overlap (-M) parameter. Consider
increasing this parameter. (As-is, FLASH is penalizing overlaps longer than
65 bp when considering them for possible combining!)
```
Il y a peut-être d'autres paramètres, il faudrait regarder précisément ce qu'il y a pour adapter au mieux à notre problématique.Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4186Grep-reads non fonctionnel sur le serveur2022-05-05T16:12:17+02:00Thonier FlorianGrep-reads non fonctionnel sur le serveurSi nous lançons le grep-reads depuis l'interface, outre les délai qui peuvnet dépendre de la file, nous avons une erreur:
```
The following arguments were not expected: --grep-reads /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a2d00355976...Si nous lançons le grep-reads depuis l'interface, outre les délai qui peuvnet dépendre de la file, nous avons une erreur:
```
The following arguments were not expected: --grep-reads /mnt/upload/uploads/sequence_file.data_file.a2d00355976829aa.6f75745f2e617373656d626c65642e6661737471.fastq
```
La donnée de séquence ne semble pas être transmise, et donc nous avons un échec du job.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4205FLASH : résultats non accessibles2020-06-25T19:57:08+02:00Mikaël SalsonFLASH : résultats non accessiblesDans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Dans le run 36406 des pre-process FLASH ont été lancés mais le log de résultat est inaccessible.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4206Des clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes données2020-04-22T18:47:42+02:00Thonier FlorianDes clics répétés permettent de charger de multiple fois les mêmes donnéesEn lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en doubl...En lien avec une remarque de @Anne sur #4205 :
>j'ai cliqué par mégarde sur "Submit". Et j'ai double cliqué rapidement (je voulais ajouter plusieurs patients !). Résultat j'avais les fichiers qui étaient en train de s'uploader en double.
Je viens de tester sur dev, et en effet, si on clic rapidement sur le boutons submit, on a de multiples chargement des données.
Il faudrait donc désactiver le bouton une fois qu'il a été cliqué pour éviter ce problème (solution la plus simple). Il faudrait aussi potentiellement voir du côté du serveur si il y a moyen de l’empêcher d’exécuter cette action en double, mais je ne sais pas comment faire pour qu'il le détecte.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4219Avoir un classement par groupe des config proposées2020-04-07T09:18:08+02:00Thonier FlorianAvoir un classement par groupe des config proposéesEn lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.En lien avec #1944.
En plus du l'étape de renommage; je trouve intéressant d'avoir une organisation par groupe des configs, en plus des noms qui servent pour le moment de clefs.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4220Les tests unitaires serveur peuvent échouer avec un nom de branche trop long2021-09-09T18:56:16+02:00Mikaël SalsonLes tests unitaires serveur peuvent échouer avec un nom de branche trop longVoir le job [#576670](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/576670) (pour !618).
Le problème vient de l'utilisation de `$CI_BUILD_REF_SLUG` pour la création d'un environnement virtuel Python. À la place, mettre le numéro de commi...Voir le job [#576670](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/576670) (pour !618).
Le problème vient de l'utilisation de `$CI_BUILD_REF_SLUG` pour la création d'un environnement virtuel Python. À la place, mettre le numéro de commit (`CI_COMMIT_SHORT_SHA`) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4223Pouvoir ajouter des fichiers AIRR dans la base des patients2021-11-22T14:31:17+01:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des fichiers AIRR dans la base des patientsPouvoir ajouter dans la base de données des fichiers AIRR provenant potentiellement d'autres sources extérieurs.
Je ne sais pas si c'est très utile ou demandé.Pouvoir ajouter dans la base de données des fichiers AIRR provenant potentiellement d'autres sources extérieurs.
Je ne sais pas si c'est très utile ou demandé.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4229Il n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coup2020-04-09T16:02:07+02:00Thonier FlorianIl n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coupEn voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en lo...En voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en local sur une branche de travail, j'ai aussi testé sur dev. Et le problème est le même. En revanche, sur app, pas de souci.
Je ne sais pas encore si c'est côté serveur ou client. Je penche quand même pour e second car je ne vois pas d'échange avec le serveur dans la console. Je vais faire un bisect pour retrouver l'origine.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4239impossible de lancer une analyse si le preprocess est en attente2020-04-09T09:26:29+02:00Thonier Florianimpossible de lancer une analyse si le preprocess est en attenteUne petite erreur dans une verif de status.Une petite erreur dans une verif de status.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4261Upgrade issue with classification2020-06-25T19:53:21+02:00Mikaël SalsonUpgrade issue with classification@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I under...@meidanis points out that his upgrade failed following !627:
>Hi Guys! That's great! You created a field to allow administrators to sort the analysis configs in a custom order, instead of alphabetical order. At least that's what I understood with my so-so- French reading the comment to merge request !627 (merged).
>
>This, however, posed a problem for me. My database doesn't have this field. So, I guess I'll have to do the procedure under "Migrating data" in the documentation, re-create a Vidjil installation from scratch, and, when I load back my database, the field will be there, and the vidjil_utils.py script will take care of initializing the classification field.
>
>Is that it? I'll be glad to do it. Just confirm that this is indeed the process. And I guess I will have to do that every time the database changes.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2282SampleSets: SET_TYPE_*2017-05-16T18:14:43+02:00Mathieu GiraudSampleSets: SET_TYPE_*Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1919Multi-threader web2py2017-03-22T17:36:24+01:00Vidjil TeamMulti-threader web2pyApparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You...Apparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You can enable it with --enable-threads ***
***
Après vérification, nous avons 4 processus web2py qui tournent. D'après ce post: https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/mPdn1ClxLTI c'est tout à fait ce qu'il faut avoir.
Les requêtes sont encore bloquantes.
Activer le flag enable-threads n'a rien changé sur mon environnement.
***
@RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1432Compare patients lève une IOError2016-11-29T14:36:15+01:00Vidjil TeamCompare patients lève une IOErrorExemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc...Exemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc22-35dc-4c4d-b6bf-860fedb81cf4
***
>3dcc03b
Mais provoque d'autres problemes
on vire le champ germlines pour le moment, de toute façon on ne s'en sert pas encore.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2149Upload de gros fichiers impossible sur vda2017-02-14T22:56:53+01:00Mikaël SalsonUpload de gros fichiers impossible sur vdaL'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est p...L'upload de gros fichier échoue. Il semble qu'au cours de l'upload le fichier soit enregistré quelque part sur la partition de la racine. À la fin de l'upload le fichier semble déplacé/copié dans `/tmp` or comme la partition racine est petite il n'y a pas de place suffisante et c'est probablement ça qui fait échouer l'upload.
Je ne sais pas s'il faut paramétrer nginx ou web2py (ou les deux). J'ai essayé d'ajouter la directive
```
client_body_temp_path /mnt/data/tmp;
proxy_temp_path /mnt/data/tmp;
```
dans la config Nginx, mais sans succès.2017-02-22https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1390Impossible de se connecter au serveur2016-11-29T14:35:40+01:00Vidjil TeamImpossible de se connecter au serveurLa page de login ne fonctionne pas sous Chromium comme sous Firefox : appel récursif infini qui fait sauter la pile :
Uncaught RangeError: Maximum call stack size exceeded (n.extend.n.fn.extend). Sans JS, en accédant directement au cont...La page de login ne fonctionne pas sous Chromium comme sous Firefox : appel récursif infini qui fait sauter la pile :
Uncaught RangeError: Maximum call stack size exceeded (n.extend.n.fn.extend). Sans JS, en accédant directement au contrôleur (https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/login), ça fonctionne.
***
Confirmé, pareil chez moi.
Au passage, ce genre de situation devraient être testés en test fonctionnel, que ce soit en dev ou en live sur le serveur de prod.
***
> 5fcf54e0e634c0458
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4361Pouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseau2021-04-23T13:42:35+02:00Mikaël SalsonPouvoir choisir plusieurs fichiers de reads pour un sample avec un disque réseauNotre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).Notre mode de sélection de fichier via le réseau ne permet pas de sélectionner plusieurs fichiers de reads et donc ne permet pas de lancer de pre-process.
Cela devrait être rectifié (cf. vdj#1081).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4388Supprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de données2020-09-30T19:01:54+02:00Mikaël SalsonSupprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de donnéescf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer ...cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer dès qu'il est inséré (avec succès) dans la BDDhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4389améliorer le impersonate : bouton direct + bouton fin2023-10-26T16:01:26+02:00Thonier Florianaméliorer le impersonate : bouton direct + bouton finJe pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement inté...Je pense à trois points sur le impersonate:
* 1. avoir un bouton `impersonate` à la fin des lignes de la table user
* 2. avoir une liste dropdown avec filtre intégré. J'avais regadé il y a quelques temps et il fallait généralement intégrer un plugin reposant sur du jquery pour avoir quelque chose de facilement fonctionel et esthétique (pas certain que ce soit notre choix). Mais à la rigueur ca pourait possiblement être employé sur d'autres listes ?
* 3. avoir un bouton pour enlever le impersonate automatiquement sans avoir à remonter la liste pour cliquer sur la premier ligne de la liste.
Le 1 et 3 sont très simple à mettre en place je pense. Le 2 serait un vrai plus et éviterait d’avoir à passer par la table user pour retrouver un utilisateur que l'on souhaite impersonate, mais demande plus de réflexion.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2053Des tâches restent en STOPPED, pas toutes2017-02-02T11:35:22+01:00Mikaël SalsonDes tâches restent en STOPPED, pas toutesVu avec @RyanHerb : lorsqu'un preprocess est lancé et non terminé on peut lancer des jobs, qui sont mis en STOPPED (dans la fonction `schedule_run` de [task.py](server/web2py/applications/vidjil/models.task.py)) :
```python
if db.se...Vu avec @RyanHerb : lorsqu'un preprocess est lancé et non terminé on peut lancer des jobs, qui sont mis en STOPPED (dans la fonction `schedule_run` de [task.py](server/web2py/applications/vidjil/models.task.py)) :
```python
if db.sequence_file[id_sequence].pre_process_flag == "WAIT" or db.sequence_file[id_sequence].pre_process_flag == "RUN" :
db.scheduler_task[task.id] = dict(status ="STOPPED")
```
Lorsque le pre-process est terminé, on récupère les jobs en STOPPED pour les relancer.
```python
#resume STOPPED task for this sequence file
stopped_task = db(
(db.results_file.sequence_file_id == sequence_file_id)
& (db.results_file.scheduler_task_id == db.scheduler_task.id)
& (db.scheduler_task.status == "STOPPED")
).select()
for row in stopped_task :
db.scheduler_task[row.scheduler_task.id] = dict(status = "QUEUED")
```
Sauf que ça ne semble pas fonctionner pour tous. Certains restant en STOPPED.
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4415URL : problème sur dev2020-07-23T18:08:38+02:00Mikaël SalsonURL : problème sur devLa branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?La branche `dev` est déployée sur dev (vous suivez ?).
Les URL fournies donnent une 404 quand on essaie d'y ré-accéder.
https://dev.vidjil.org/browser/26921-25?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4431Config nginx : disparition de la section sur les CGI2021-01-04T09:59:11+01:00Mikaël SalsonConfig nginx : disparition de la section sur les CGId10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.d10b65f3 a factorisé des points communs de config Nginx, mais dans la bataille on a perdu la section qui s'occupait de `cgi/`. Est-ce bien voulu ? Sinon à rétablir.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1928MiXCR : supprimer les fichiers align.vdjca2016-11-29T14:42:15+01:00Vidjil TeamMiXCR : supprimer les fichiers align.vdjcaAprès avoir lancé MiXCR il faut supprimer les fichiers align.vdjca qui prennent (beaucoup) trop de place.
***
d730289, au doigt mouillé.
***
@RyanHerbAprès avoir lancé MiXCR il faut supprimer les fichiers align.vdjca qui prennent (beaucoup) trop de place.
***
d730289, au doigt mouillé.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4469tableau groupe; afficher plus d'informations2020-11-18T16:50:43+01:00Thonier Floriantableau groupe; afficher plus d'informationsJe suis en train de chercher qui utilise d'avantage le service au sein d'un groupe.
Lorsque l'on regarde son contenu, nous n'avons que les droits, les noms et mails. J'aimerai pouvoir y trouver les mêmes informations que sur la table us...Je suis en train de chercher qui utilise d'avantage le service au sein d'un groupe.
Lorsque l'on regarde son contenu, nous n'avons que les droits, les noms et mails. J'aimerai pouvoir y trouver les mêmes informations que sur la table users pour savoir qui en est l'utilisateur régulier, savoir si il y a des comptes qui n'ont pas été touché depuis longtemps aussi.
Une solution tierce serait de pouvoir filtrer les lignes de la table users en fonction d'un groupe directement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4500Vue QC : accéder au sample2022-07-26T09:44:22+02:00Mikaël SalsonVue QC : accéder au sampleLorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.Lorsqu'on est sur la vue QC, on aimerait ensuite passer à la vue du patient en question.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1927Sécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamSécurité : tout le monde aurait le droit de changer les configs ?En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (al...En répondant à Shugay, je voulais lui dire de faire un db.call('index/configs') juste pour voir les configs... et, en essayant de mon côté en étant impersonated sur son compte, je me suis rendu compte que je peux *éditer* les configs (alors que le droit n'est que de "read" normalement).
***
Ca va meme plus loin, en creusant un peu, je m'apperçois que lancer un db.call avec les bons parametres dans la console affiche la page meme si on n'est pas connecté.
ex: db.call('sample_set/index', {'id' :'62' , 'config_id' : 5 } )
De là, je peux même télécharger le fichier results.
***
J'ai rajouté des vérifications avec la méthode existante dans auth: can_modify_config et j'ai caché les boutons pour les personnes non-admin.
***
Rando 2016: ok pour Ryan. merci !
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1970mauvaise récupération des métadonnées sur Demo L42016-11-29T14:42:44+01:00Vidjil Teammauvaise récupération des métadonnées sur Demo L4En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?pat...En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=146&config=26 indique, dans son 'info', MiXCR ! De la même manière, celui pour X5 indique un mauvais numéro de version. Est-ce juste l'analysis qui n'est pas le bon ?
***
Peut-être est-ce la même chose que "Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichés" ?
***
Pour L4, je confirme que c'est juste un problème d'affichage de l'info : les résultats sont corrects et ont bien été obtenus avec Vidjil.
***
Oui, c'est une relique de l'analysis, comme on avait avec le champ log.
J'ai mis en place une hotfix, comme pour le champ log => 09e65aff7f32d79e53 + 7137057aa9030f8a9a00c
La solution est "hacky" mais si on devait faire proprement, ça prendrais beaucoup de temps... On peut en discuter si vous voulez :)
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Est-ce toujours d'actualité ? La hotfix a été intégrée ?
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Oui elle est intégrée :)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1305Sauvegarde impossible du fichier analysis2016-11-29T14:34:29+01:00Vidjil TeamSauvegarde impossible du fichier analysisPour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
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b3f0afa, mer...Pour le patient MAQ : impossible de sauvegarder l'analysis en étant connecté en admin ou en lille. Message : database : id patient file needed, id config needed, you do not have permission to save changes on this patient
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b3f0afa, merci Marc
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1873Mise en production server: server error pour 'save analysis'2016-11-29T14:41:35+01:00Vidjil TeamMise en production server: server error pour 'save analysis'J'ai mis prod-browser sur dev. Tout fonctionne.
Par contre, j'ai essayé de mettre prod-server sur dev, et...
1) ... le "save patient" provoque une erreur serveur :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/88.160.126.149.2016-0...J'ai mis prod-browser sur dev. Tout fonctionne.
Par contre, j'ai essayé de mettre prod-server sur dev, et...
1) ... le "save patient" provoque une erreur serveur :
https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/88.160.126.149.2016-03-13.09-03-16.9c9d50a5-71c2-4853-ada3-5f13215988c2
2) le "open patient" ne me semblait pas fonctionner.
J'ai donc remis prod-server sur prod-server (a4a1a58).
Il faut aussi voir les 5 commits faits par Ryan sur prod-server : est-ce qu'on en a encore besoin ? En tout cas ils ne s'appliquent pas sur dev.
* a4a1a58 default.py changed save_analysis request var patient_info to info in
* cd96c89 default.py fixed error in parenthesis placement that broke sample info saving
* e2aa483 file.py, views/file/edit.html removed spaces in date field and added error logging for edit
* 92598de default.py added further data checks for save_analysis
* 2ec94c1 default.py save_analysis retro-compatibility
***
ok, merci
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/873get .data/.analysis2016-11-29T14:28:37+01:00Vidjil Teamget .data/.analysis
***
@Duez
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/874enlever le cross-domain ?2021-10-21T17:18:39+02:00Vidjil Teamenlever le cross-domain ?pour simplifier un peu le developpement serveur ...
- une version du browser online pouvant acceder au serveur sans cross-domain
-une version du browser offline ne pouvant lire que des fichiers locaux
***
Mais ce n'est pas sûr : on peut ...pour simplifier un peu le developpement serveur ...
- une version du browser online pouvant acceder au serveur sans cross-domain
-une version du browser offline ne pouvant lire que des fichiers locaux
***
Mais ce n'est pas sûr : on peut être toujours en local. À discuter...
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/885communication browser/serveur2017-11-29T14:06:53+01:00Vidjil Teamcommunication browser/serveur
***
#886, #887
***
@Duez
***
#886, #887
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/887lag serveur => loading animation2017-11-29T14:07:57+01:00Vidjil Teamlag serveur => loading animation
***
#885
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#885https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/961read (voir dump db)2020-12-11T12:44:52+01:00Vidjil Teamread (voir dump db)
***
#960
***
#960https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/962read/write (restocker les .analysis ?)2020-12-11T12:44:59+01:00Vidjil Teamread/write (restocker les .analysis ?)
***
#960
***
#960https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/982revoir download controller2020-12-11T12:54:29+01:00Vidjil Teamrevoir download controllerséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
***
@Duezséparer les controller pour download .data . analysis
mettre la sécurité a la déclaration du model db.py et non dans le controller
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1011Voir le résultat de -c germlines dans le browser2016-11-29T14:30:35+01:00Vidjil TeamVoir le résultat de -c germlines dans le browserUn excellent contrôle serait d'avoir à disposition le résultat de -c germlines, accessible depuis le "i" de chaque point. Il pourrait y avoir des warnings automatiques si un système est détecté ainsi mais qu'il n'a pas été lancé.
***
Mvo...Un excellent contrôle serait d'avoir à disposition le résultat de -c germlines, accessible depuis le "i" de chaque point. Il pourrait y avoir des warnings automatiques si un système est détecté ainsi mais qu'il n'a pas été lancé.
***
Mvouais, attendre d'en discuter en fonction de ce que donne le multi-système
***
Mvoui, maintenant on voit les Kmers si besoin.
***
oui, on a l'info
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1019Vue admin, monitor2016-11-29T14:30:41+01:00Vidjil TeamVue admin, monitorAvoir (dans l'interface ou en texte simple) une vue permettant de voir l'état de la BD, l'activité de nos collègues, des stats sur les runs, sur l'accès, sur la consommation de DD
***
et l'état du scheduler, les fichiers de sortie stand...Avoir (dans l'interface ou en texte simple) une vue permettant de voir l'état de la BD, l'activité de nos collègues, des stats sur les runs, sur l'accès, sur la consommation de DD
***
et l'état du scheduler, les fichiers de sortie standard...
***
merci pour le lapin :-)
***
/var/vidjil/vidjil.log et /var/vidjil/vidjil-debug.log
***
ainsi que le résultat de server/stats-logs.py
***
Bon, priorité baissée, on arrive à vivre sans (en se loggant sur le serveur, ce que je fais quasi quotidiennement)... mais ce serait tout de même bien de l'avoir un jour :)
***
Joli, les fichiers logs ! Je ne m'attendais pas à voir une table, mais c'est sympa (surtout si on peut trier, hihihi...) On pourrait tout de même avoir un bouton "raw" pour charger / afficher le fichier brut.
***
Merci, et toutes mes condoléances pour le lapin.
Si détails à changer, on fait de nouvelles tâches.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1021Rentrer des .clntab directement dans le browser2016-11-29T14:30:42+01:00Vidjil TeamRentrer des .clntab directement dans le browserLes utilisateurs doivent pouvoir visualiser des .clntab.
Politiquement important.
Avant de coder, il faut qu'on en discute ensemble.
***
On avait dit : DB = patients.
Mais une visualisation "à la Nikos" peut avoir plusieurs patients / l...Les utilisateurs doivent pouvoir visualiser des .clntab.
Politiquement important.
Avant de coder, il faut qu'on en discute ensemble.
***
On avait dit : DB = patients.
Mais une visualisation "à la Nikos" peut avoir plusieurs patients / labs / ... : comment gérer cela ?
- Ne pas utiliser la DB et faire directement charger le fichier ?
(éventuellement avec un coup de server qui fait fuse.py)
- Ou bien prévoir de pouvoir stocker cela dans la DB ?
À discuter ensemble.
***
On le fait pas tout de suite, quand aura le serveur on pourra déjà stocker des .clntab directement
***
ok avec le serveur
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1028Batch upload d'un ensemble de runs : se souvenir des derniers paramètres2016-11-29T14:30:48+01:00Vidjil TeamBatch upload d'un ensemble de runs : se souvenir des derniers paramètresLe dernier envoi de F. Davi comporte 38 fichiers (> 7Go en fastq).
Il faudra réfléchir sur comment rentrer tout cela dans l'interface :
- au minimum, si les fichiers sont entrés un par un, que le formulaire se souvienne des derniers ch...Le dernier envoi de F. Davi comporte 38 fichiers (> 7Go en fastq).
Il faudra réfléchir sur comment rentrer tout cela dans l'interface :
- au minimum, si les fichiers sont entrés un par un, que le formulaire se souvienne des derniers champs entrés (séquenceur, date, ...)
(- ou un upload en batch ? difficile, à discuter, on verra plus tard)
***
14-09-Rennes : 20 fichiers, 8 Go .fastq
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Important déjà de se souvenir des derniers paramètres (producer, sequencer, pcr, date)
Mathieu, qui vient de rentrer 16 fichiers :-)
***
(au moins au cours de la session)
***
hihihi... à chaque fois que je rentre un patient avec quelques fichiers, cette tâche monte d'un cran :-)
***
>>520673d2d8a82a9
formulaire pré-rempli avec les infos sur autres fichiers de séquence du patient
***
yeah, parfait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1071Connexion au serveur sous Firefox 31 ne fonctionne pas2016-11-29T14:31:26+01:00Vidjil TeamConnexion au serveur sous Firefox 31 ne fonctionne pasEn revanche la connexion avec l'URL http://ns364158.ip-91-121-183.eu fonctionne
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@DuezEn revanche la connexion avec l'URL http://ns364158.ip-91-121-183.eu fonctionne
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1095Message d'avertissement quand on quitte l'onglet/navigateur pendant un upload2016-11-29T14:31:45+01:00Vidjil TeamMessage d'avertissement quand on quitte l'onglet/navigateur pendant un uploadNe semble pas fonctionner sous FF32
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fix for firefox
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@DuezNe semble pas fonctionner sous FF32
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fix for firefox
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1110Afficher la taille des fichiers .fasta2016-11-29T14:31:57+01:00Vidjil TeamAfficher la taille des fichiers .fastaOn ne connait pas la taille avant d'être uploadé, mais une fois uploadé on devrait pouvoir la connaître...
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#1111, #1112
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@DuezOn ne connait pas la taille avant d'être uploadé, mais une fois uploadé on devrait pouvoir la connaître...
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#1111, #1112
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1111Dans la vue par patients2016-11-29T14:31:57+01:00Vidjil TeamDans la vue par patients
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#1110
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#1110https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1112éventuellement, dans la liste des patients, taille totale2016-11-29T14:31:57+01:00Vidjil Teaméventuellement, dans la liste des patients, taille totale
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#1110
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#1110