vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-02-06T09:55:42+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2851Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut2024-02-06T09:55:42+01:00Mikaël SalsonCoût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défautHistoriquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effect...Historiquement on a un coût dû aux homopolymères car à Lille, ils utilisent des séquenceurs Ion Torrent/Proton.
EM vient de faire une présentation disant qu'on loupe de `Dd3`, peut-être à cause des `GGGG`. Or nos coûts permettent effectivement de passer beaucoup plus facilement à côté de ce genre de séquences.
Il n'y a pas de raison qu'on conserve ce coût spécifique.Algo 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
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@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salson