vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2024-01-19T18:38:21+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2379Appels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humain2024-01-19T18:38:21+01:00Mathieu GiraudAppels à Blast et IgBlast avec d'autres espèces que l'humainDepuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Depuis XXXX, les appels à IMGT incluent l'espèce (fonctionne au moins pour la souris).
Il faudrait faire la même chose pour Blast et IgBlast, et/ou inactiver ces boutons.Web 2024.04https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1431Galaxy2023-03-02T08:42:20+01:00Vidjil TeamGalaxy?
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il faut juste que je les recontacte... Rotterdam, pas de nouvelle. Je baisse.
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@magiraud?
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il faut juste que je les recontacte... Rotterdam, pas de nouvelle. Je baisse.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2483Mettre à disposition les reads non-segmentés2021-11-23T16:49:46+01:00Mathieu GiraudMettre à disposition les reads non-segmentésSuite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".Suite à #1671 (fermée), souhaite-t-on avoir d'autres configs pour rendre disponibles d'autres fichiers ?
À voir si ~"user-request".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2557Intégrer ou lier Premier BioSoft2021-11-23T15:53:28+01:00Mathieu GiraudIntégrer ou lier Premier BioSoftPremier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commercia...Premier BioSoft accès gratuit à un outil : on donne amorce (sens, antisens), donne probabilités.
Aurélie ~"LIL-Lille" va nous envoyer cas d'utilisation. Voir si on peut lier ou intégrer (mais philosophie, on lie vers des trucs commerciaux ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3967Import natif de AIRR par le client2021-02-23T10:31:54+01:00Mathieu GiraudImport natif de AIRR par le clientVoir #3591. Sera donc fait après #3673.Voir #3591. Sera donc fait après #3673.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1836VidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/32020-12-04T12:07:46+01:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : positions 5/4/3pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à...pos.put("5start", 0);
pos.put("5end", 10);
pos.put("4start", 11);
...
→ récupérer les bonnes valeurs.
Peut-être un truc dans VDJCAHit.
.getPosition(ReferencePoint.JBeginTrimmed) ?
Pas facile, demande à comprendre plein d'objets.
Proposition : on demandera à M. Shugay.
Pour l’instant, *commenter ces pos.put* pour ne pas mettre de fausses infos.
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Mikaël: JBeginTrimmed ne donne pas les délétions du J, mais le début du J, comme 167.
Mais bon, on pourrait le mettre dans un
"J": { "start": 167 } (pas besoin de stop).
Voir https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
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Pour avoir directement les délétions fin V / début J :
https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/appendix.html#alignment-and-mutations-encoding
... mais bon, longueurs curieuses. Si déjà on a les JBeginTrimmed / VEndTrimmed ce sera pas mal.
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Pas sûr que j'ai bien compris la demande quant au JBeginTrimmed / VEndTrimmed.
ces valeurs sont actuellement insérées en utilisant le SequencePartitioning sous le nom 3start / 5end (pour correspondre avec la sortie de Vidjil)
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Vu avec Ryan, on s'est bien compris maintenant :)
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3964Running MiXCR through Vidjil2020-09-28T16:44:10+02:00Mathieu GiraudRunning MiXCR through VidjilReported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it ...Reported by @meidanis :
> The first thing his analysis does is to combine R1 and R2. Shall I do
this as a pre-processing step? That was my inclination, but I'm not sure
the resulting file from "mixcr align" is a fastq file. Maybe it is
written in some other format. How can I continue the analysis then?
> Even if I continue the analysis calling mixcr again for the next step,
will it produce a `.vidjil` file? Does it know how to do that?
> Finally, is mixcr (the binary, executable) already installed in the
containers?
cc @flothoni @mikael-sThonier FlorianThonier Florian2019-12-20https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1880Lier à VDJdb2020-09-10T11:03:40+02:00Vidjil TeamLier à VDJdbhttps://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
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Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une...https://github.com/antigenomics/vdjdb-standalone
Par API ? On peut déjà lancer leur serveur, mais ils vont bientôt en avoir un.
Attendre un peu.
Ou bien on prend juste les données.
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Ils ont un serveur http://vdjdb.cdr3.net
(avec une belle API et intégration continue travis/github)
(Klatzmann va compléter vdjdb avec insulin xxx)
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puis faire coucou à Shugay (en profiter pour dire que format-analysis.org est à jour + release 2016.07)
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leur doc indique que des requêtes POST fonctionnent, mais sauf erreur de ma part, il s'agit d'une websocket qui est utilisée, et je n'ai pas réussi à faire fonctionner les exemples avec curl
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@magiraud @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1841VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR1232020-05-28T13:08:28+02:00Vidjil TeamVidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123https://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://mixcr.readthedocs.org/en/latest/export.html#default-anchor-point-positions
On devrait aussi récupérer FR1, CDR1, FR2, CDR2, FR3, CDR3, FR4, à chaque fois avec start et stop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2759Configs de base, programmes externes et distribution complète2019-10-07T16:07:24+02:00Mathieu GiraudConfigs de base, programmes externes et distribution complèteNos configs par défaut devrait fonctionner sur ce qu'on distribue de base, ou au moins indiquer clairement ce qu'il reste à installer. À penser au moins pour les paquets Debian et pour ~"server-docker".
Voir d'ailleurs #2639 et #2721.Nos configs par défaut devrait fonctionner sur ce qu'on distribue de base, ou au moins indiquer clairement ce qu'il reste à installer. À penser au moins pour les paquets Debian et pour ~"server-docker".
Voir d'ailleurs #2639 et #2721.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1837MiXCR : rebaser avant un pull request2019-08-19T16:08:56+02:00Vidjil TeamMiXCR : rebaser avant un pull requestIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbIl faudra à un moment tout rebaser (en fait, plus simplement, refaire tous les commits directement, on en parlera). On fait cela après le workshop.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2193API/URL: documenter, accès sur fichier distant2019-06-12T18:29:40+02:00Mathieu GiraudAPI/URL: documenter, accès sur fichier distantNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbNe pas oublier de documenter les nouvelles fonctionnalités dans la section `Browser API` de `doc/dev.org`.
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2797Mettre à jour (et renommer) format-analysis.org2018-09-07T08:06:36+02:00Mathieu GiraudMettre à jour (et renommer) format-analysis.orgWeb 2018.01https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2971Ajouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logiciels2018-01-11T11:41:34+01:00Mathieu GiraudAjouter des axes de données fournies par Vidjil-algo ou d'autres logicielsRajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.Rajouter des axes selon ce que peut renvoyer chaque logiciel. Déjà se demander ce qui pourrait être utile.
Voir aussi #2135.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2955Farie des wrappers pour d'autres logiciels RepSeq2017-12-13T10:59:58+01:00Mathieu GiraudFarie des wrappers pour d'autres logiciels RepSeqhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2484Donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaire2017-11-29T13:54:40+01:00Mathieu GiraudDonner accès aux fichiers dans des sous-répertoires du répertoire temporaireSuite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers......Suite à #2141, j'ai l'impression qu'on ne peut pas donner accès aux fichiers dans des sous-répertoires (typiquement le répertoire `out/seq` de Vidjil). Le problème si l'on met tout cela à plat est qu'on peut avoir beaucoup de fichiers...
à voir si cela vaut le coup (notamment pour #1703), mais rien d'urgent
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2873Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client2017-11-22T22:18:51+01:00Mathieu GiraudUtilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le clientDiscuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà fai...Discuté avec Thierry.
Prendre la probabilité `--Pgen` et éventuellement les scénarios `--scenarios`, en partant des modèles qu'ils proposent (TRA, TRB, IGH).
On pourrait, soit de notre côté, soit avec eux, soit eux :
- déjà faire un script wrapper encodant dans un `.vidjil` et
- éventuellement, avoir directement une sortie `.vidjil` à l'intérieur de IGoR.
vdj#513
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2200Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq2017-02-23T07:47:29+01:00Mathieu GiraudDocumenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeqCe n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur q...Ce n'est pas possible de ne pas parler d'algo dans `doc/user.org` : plusieurs questions très importantes pour l'utilisateur sont dépendantes de l'algo utilisé. Mais la doc doit tout de même être claire pour, par exemple, un utilisateur qui se servirait de MiXCR. C'est peut-être d'ailleurs notre responsabilité d'indiquer comment se servir le mieux possible de chaque algo (même hors Vidjil-algo).
cc @mikael-s