vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-09-22T10:49:35+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2920Documenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaison2020-09-22T10:49:35+02:00Mathieu GiraudDocumenter germline/homo-sapiens.g et les méthodes de recombinaisonEn faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne so...En faisant !75/!76, je me rends compte que ni `doc/vidjil-algo.md`, ni `doc/locus.md` ne détaillent la syntaxe de `homo-sapiens.g`.
Derrière les questions de syntaxe, il y a aussi les questions de méthodes de recombinaison... qui ne sont tout simplement pas expliquées. Même si on peut renvoyer aux papiers, la ~doc doit fournir quelques éléments d'explications.
- la différence entre `53` et `543` peut sembler triviale, mais autant le dire.
- `MAX12` est évoquées cryptiquement dans `vidjil-algo.md`, c'est un peu mieux dans `locus.md`... alprs que c'est une option quasi "par défaut"
- `MAX1U` n'est pas évoqué (mais pas utilisé / à retester ?)
- et la nouvelle ONE #1724 (et d'ailleurs, trouver mieux que 31581d712d ?)
====
From duplicate #4012:
vidjil-algo is able to handle different germlines, either from IMGT/GENE-DB, or for other sources. Beyond the `-V / `-D`/`-J`options, the`.g\` file is very flexible. However (Zhang, 2019) reports that "more effort should be made to manage customization" vdj#919.
We should ensure that this is properly documented. What is the syntax of the `.g` file, and what are the recommended steps for anyone wishing to better use a custom germline ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1158Message d'erreur si chargement .data ne marche pas2020-12-11T12:57:30+01:00Vidjil TeamMessage d'erreur si chargement .data ne marche pasFilip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'er...Filip : "I've tried to import my vidjil.data file to the new version of browser but
it seems to be broken. It doesn't import any data when I click on start
button."
Peut-être qu'il n'a pas la bonne version du .data, mais un message d'erreur serait le bienvenu :-) Un catchall de toutes les exceptions qui peuvent arriver à ce niveau ?
***
Peut-être que cela marche avec le bug corrigé aujourd'hui dans 7b4029582
Vérifier que le truc est bien bétonné.
***
Il y a un cas rigolo où cela ne marche toujours pas, si on met un fichier analysis à la place de data, hihihi.
Evidemment, on peut faire des tests en plus, mais il y aura toujours le cas où un fichier malformé pourra faire bugguer une partie. Bref, un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
***
J'insiste, c'est primordial, surtout quand on est en train de changer le format .data...
-> un catch de toutes les exceptions me semble une bonne solution, au moins pour indiquer "Parse failed."
***
y compris "see result TRG"
***
descendu, on n'a plus eu de problème récemment
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1561.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes D2020-12-11T13:11:20+01:00Vidjil Team.vidjil : pouvoir stocker plusieurs gènes DLe fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des...Le fichier .vidjil ne permet de stocker qu'un gène 5', « 4' » et 3'. On pourrait en avoir plusieurs (c'est au moins vrai pour le « 4' », mais tant qu'à le gérer pour celui-là autant le faire pour les autres aussi). Ça veut dire avoir des listes pour "5", "4" et "3" ( avec les "start" et "end" à l'intérieur) ?
D'ailleurs le nombre de délétions n'est jamais stocké explicitement dans un champ à part : il apparaît dans le nom de la segmentation mais c'est tout. Une occasion pour l'ajouter ?
***
évoqué vendredi dernier. Pas facile, faire du 4b (et éventuellement 4c ?)
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3569AIRR : ajouter des champs optionnels2021-01-05T18:14:50+01:00Mathieu GiraudAIRR : ajouter des champs optionnels@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3457#note_125850 :
> (...) cdr3, cdr3_aa, {v,d,j}_support (e-value), {v,d,j}_sequence_{start,end} (...)
cc @flothoni@mikael\-s, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3457#note_125850 :
> (...) cdr3, cdr3_aa, {v,d,j}_support (e-value), {v,d,j}_sequence_{start,end} (...)
cc @flothoniAlgo 2021.02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2313Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding2021-10-01T11:59:42+02:00Mathieu GiraudAffichage de la qualité dans l'aligneur : bikesheddingMarc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Marc avait préparé quelque chose, accessible en dev.
Devrait déjà dépendre de #1982.
(Et pour le cpp, c'est pas exporté en ce moment ?)Web 2021.11Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1528Positions dans les séquences commençant à 12021-10-21T19:00:56+02:00Vidjil TeamPositions dans les séquences commençant à 1À plusieurs endroits, on fait débuter la position par 0.
- bornes dans représentative
- infos de segmentation VJ
(Y-a-t-il un endroit où on fait commencer par 1 ?)
Vérifier que la pratique est 1 (que fait IMGT, que fait IgBlast...À plusieurs endroits, on fait débuter la position par 0.
- bornes dans représentative
- infos de segmentation VJ
(Y-a-t-il un endroit où on fait commencer par 1 ?)
Vérifier que la pratique est 1 (que fait IMGT, que fait IgBlast ?).
Et regarder un peu partout dans notre code... :(
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1792VDDJ et sortie json2022-06-21T11:40:21+02:00Vidjil TeamVDDJ et sortie jsonLa release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ...La release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ? Idem pour les N1/N2, sont-ils vraiment nécessaires dans le json ?
***
Très bonne question.
Disons que pour l'utilisateur, l'information sur le premier D trouvé n'a que peu d'intérêt, mais d'un point de vue technique, il s'agit pourtant du plus fiable non ?
Pour une question d'interopérabilité entre différents logiciels, il serait bon de simplement les nommer 4a,b , c... (pour les cas extrêmes). On aurait ainsi plus de flexibilité.
Pour les N, la question c'est de savoir si on continue sur N1, N2, et Nxx ensuite. N1 peut passer, mais N2 devient obsolète. Est-il possible de faire Nx-y ? Ça donnerait Nv-j, Nv-a, Na-b, ... Ce n'est pas très esthétique, mais plus parlant pour quelqu'un d'extérieur.
Ensuite il reste les cas des ddj. Le premier d est toujours considéré comme un 5 ? Ça donnerait quoi dans ce cas ? il faudrait empêcher les N1 pour aller directement au "Na-b", ou autre solution retenue.
***
On parlera de cela tranquillement en mars voire avril, rien d'urgent.
Pour les N, une solution est tout simplement de .... supprimer cette sortie, comme c'est redondant avec les coordonnées.
(Les DDJ sont pour l'instant toujours mis comme 5-4-3.)
***
Fait. 4a, 4b, etc.
***
Non, ce n'est pas fait. "4a" / "4" / "4b" sont codés en dur dans core/segment.cpp.
Voir par exemple la sortie de should-vdj-tests/0000-nck-TRD+-VDDJ.should-vdj.fa
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2672Segmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécrit2023-03-01T16:07:28+01:00Mikaël SalsonSegmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécritJ'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquenc...J'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquence au lieu d'avoir un souligné.
![Screenshot_20170926_172558](/uploads/5c4bffd168a76723ef5c1212e9653b22/Screenshot_20170926_172558.png)
Je ne vois pas bien l'intérêt de la réécrire. Un souligné est plus léger et plus clair.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1992app/analyze: exposer/documenter une API2023-03-28T16:21:00+02:00Vidjil Teamapp/analyze: exposer/documenter une APIShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
***
@nobodyShugay et d'autres seraient contents de pouvoir utiliser cela.
(Mais attention, pour l'instant bloquant pour le reste du serveur ?)
***
@nobodyWeb 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3646Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md2023-03-28T16:34:30+02:00Mathieu GiraudDocument normalize_reads in doc/vidjil-format.md#3645#3645Web 2021.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1785Export ou import VDJtools2023-06-28T16:39:34+02:00Vidjil TeamExport ou import VDJtoolshttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
***
@nobodyhttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2078VDJML2023-06-29T11:09:37+02:00Mathieu GiraudVDJMLVDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c...VDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c'est pertinent pour nous ou pas.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbThonier FlorianThonier Florian