vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-03-01T16:07:28+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2672Segmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécrit2023-03-01T16:07:28+01:00Mikaël SalsonSegmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécritJ'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquenc...J'ai un doute. Pas sûr s'il s'agit d'une ~feature ou d'un ~"!!-bug". Mais on a constaté avec @RyanHerb qu'en prod (mais en dev mode), quand on fait un highlight de la fenêtre celle-ci est écrite en toutes lettres en dessous de la séquence au lieu d'avoir un souligné.
![Screenshot_20170926_172558](/uploads/5c4bffd168a76723ef5c1212e9653b22/Screenshot_20170926_172558.png)
Je ne vois pas bien l'intérêt de la réécrire. Un souligné est plus léger et plus clair.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2551Faire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAM2017-08-28T15:57:38+02:00Mathieu GiraudFaire marcher 'algo/tools' avec la réorganisation Fasta/BAMSuite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.Suite à !67, les programmes de `algo/tools` ne compilent plus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2288Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis2023-03-01T16:22:07+01:00Mathieu GiraudSegmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précisVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbVoir par exemple http://app.vidjil.org?sample_set_id=23112&config=39&plot=lengthCDR3,Size,bar
cc @mikael-s @RyanHerbRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2211Ajout de séquence externe : séquences non segmentables2017-03-07T09:48:19+01:00Mathieu GiraudAjout de séquence externe : séquences non segmentablesUn utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le c...Un utilisateur peut rentrer une séquence qui ne se segmente pas : par exemple un Sanger avec un J court, un truc vraiment bizarre… Que fait ~segmenter-app dans ce cas ? Ajoute-t-on bien le clone en ?/? ?
@mikael-s : non, même le cpp ne renvoie pas dans le json ce qu'il faut
cc @RyanHerbMathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2078VDJML2023-06-29T11:09:37+02:00Mathieu GiraudVDJMLVDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c...VDJML: a file format with tools for capturing the results of inferring immune receptor rearrangements
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1214-3
En lien avec https://vdjserver.org/
Il faudra voir si c'est pertinent pour nous ou pas.
@mikael-s @flothoni @RyanHerbThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2034Format JSON pour réponse2022-07-01T11:49:44+02:00Mathieu GiraudFormat JSON pour réponseSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbSuite à #2032, devrait-on avoir un standard lorsqu'on renvoie du JSON ? Un "status" ou un "data" quand tout est bon ?
http://stackoverflow.com/questions/12806386/standard-json-api-response-format
@mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1958Les valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browser2020-06-10T13:23:13+02:00Vidjil TeamLes valeurs seg.5/4/3 sont désormais basées sur 1 : mettre à jour le browserVoir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire...Voir "Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based", qui sort dans la release algo 2016.07.
seg.5/4/3 a changé, et, de plus, c'est "stop" pour être plus cohérent.
Mettre à jour le browser (et comment faire pour accepter les valeurs d'avant ?).
C'est un point bloquant pour le déploiement de 2016.07 sur rbx (mais pas pour la release).
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Le mieux est probablement, dans le code js du browser, de conserver des positions commençant à 0 : les strings sont indexées à partir de 0 en JS. Dans ce cas à l'init, il faut réécrire toutes les positions pour leur retirer 1 pour les fichiers >= 2016b.
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ok. Dans ce cas, à l'init, mais aussi dans .getHtmlInfo ou à l'export si besoin.
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À faire avant de déployer 2016.07 sur rbx.
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ae54031..15c4968. C'était plutôt pénible.
Testé sur anciens et nouveaux fichiers, sur Demo X5 + vérif sur CDR3, de nous + de IMGT.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
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C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
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Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
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b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1903Le log est celui d'analysis et pas celui du fuse2016-11-29T14:41:57+01:00Vidjil TeamLe log est celui d'analysis et pas celui du fuseJe ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec un...Je ne suis pas sûr d'avoir tout compris : Sur Demo L3, le log donne une vieille version de vidjil. Il semblerait que ce soit la dernière fois qu'on a fait l'analysis, et non pas le lancement de Vidjil.
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Reproduit : j'ai lancé, avec une nouvelle config, mais le log affiché n'est pas celui du nouveau run mais d'un ancien. C'est très gênant (informations non pertinente affichées).
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=3314&config=2
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Ryan, pourrais-tu regarder cela s'il te plaît ? Merci.
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bd90e00102bb7e4
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@nobody @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1886Browser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser: faire que cela marche avec .vidjil d'avant
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1885doc/analysis-format.org2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil Teamdoc/analysis-format.org
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1884Browser2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamBrowser
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1883Fuse2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamFuse
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1882C++2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamC++
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#1881
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#1881https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1881Sortie JSON : remplacer 5end / ... par 5->end / ...2016-11-29T14:41:45+01:00Vidjil TeamSortie JSON : remplacer 5end / ... par 5->end / ...Marc: "Cela va tout casser".
Oui, on laissera juste ce qu'il faut dans le browser pour lire les anciens fichiers.
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fuse: on confirme que cela passe ?
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#1882, #1883, #1884, #1885, #1886
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sMarc: "Cela va tout casser".
Oui, on laissera juste ce qu'il faut dans le browser pour lire les anciens fichiers.
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fuse: on confirme que cela passe ?
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#1882, #1883, #1884, #1885, #1886
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1869Les valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-based2020-06-10T13:23:13+02:00Vidjil TeamLes valeurs 5end et 4end dans .vidjil devraient être basées sur 1 / 1-basedSur ce patient : http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1612&config=25 (et probableemnt d'autres) le V souligné semble s'arrêter un nucléotide plus tôt que le N déclaré dans le nom de la séquence.
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44b9fd0.
À regarder de nouveau...Sur ce patient : http://app.vidjil.org/beta/browser/?patient=1612&config=25 (et probableemnt d'autres) le V souligné semble s'arrêter un nucléotide plus tôt que le N déclaré dans le nom de la séquence.
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44b9fd0.
À regarder de nouveau plus tard.
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à vérifier avec les derniers changements, mais cela devrait être bon maintenant
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Vérifier/corriger :
- tout ce qui est interne au C++ est 0-based (donc les AlignBox aussi)
- statut du "end" de AlignBox (inclut ou pas la position ?)
Par contre, en .json ou dans toute sortie du C++ (déjà défini dans format-analysis.org + retour IMGT) :
- être 1-based
- position "end" inclut la position
(et donc idem pour les opérateurs << de C++ ?)
Ou alors, on passe aussi tout le C++ en 1-based (hum).
Bloquant pour 2015.05.
***
6406526 (et, au passage, 3e340e1, "stop" et pas "end").
Tests dans stanford-json.should-get... qui au passage sont les *seuls tests* là-dessus.
Ces commits cassent le browser, mais sont logiques vu la spec.
Normalement pas de soucis pour fuse.py, qui prend tel quel le .seg du meilleur top.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1813Mieux tester les champs critiques de la sortie .vidjil2018-04-16T16:42:11+02:00Vidjil TeamMieux tester les champs critiques de la sortie .vidjilCela peut être une bonne pénitence de faire un .should_get ou deux.
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@mikael-sCela peut être une bonne pénitence de faire un .should_get ou deux.
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1792VDDJ et sortie json2022-06-21T11:40:21+02:00Vidjil TeamVDDJ et sortie jsonLa release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ...La release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ? Idem pour les N1/N2, sont-ils vraiment nécessaires dans le json ?
***
Très bonne question.
Disons que pour l'utilisateur, l'information sur le premier D trouvé n'a que peu d'intérêt, mais d'un point de vue technique, il s'agit pourtant du plus fiable non ?
Pour une question d'interopérabilité entre différents logiciels, il serait bon de simplement les nommer 4a,b , c... (pour les cas extrêmes). On aurait ainsi plus de flexibilité.
Pour les N, la question c'est de savoir si on continue sur N1, N2, et Nxx ensuite. N1 peut passer, mais N2 devient obsolète. Est-il possible de faire Nx-y ? Ça donnerait Nv-j, Nv-a, Na-b, ... Ce n'est pas très esthétique, mais plus parlant pour quelqu'un d'extérieur.
Ensuite il reste les cas des ddj. Le premier d est toujours considéré comme un 5 ? Ça donnerait quoi dans ce cas ? il faudrait empêcher les N1 pour aller directement au "Na-b", ou autre solution retenue.
***
On parlera de cela tranquillement en mars voire avril, rien d'urgent.
Pour les N, une solution est tout simplement de .... supprimer cette sortie, comme c'est redondant avec les coordonnées.
(Les DDJ sont pour l'instant toujours mis comme 5-4-3.)
***
Fait. 4a, 4b, etc.
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Non, ce n'est pas fait. "4a" / "4" / "4b" sont codés en dur dans core/segment.cpp.
Voir par exemple la sortie de should-vdj-tests/0000-nck-TRD+-VDDJ.should-vdj.fa
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1785Export ou import VDJtools2023-06-28T16:39:34+02:00Vidjil TeamExport ou import VDJtoolshttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
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@nobodyhttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
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@nobody