vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2022-06-29T13:50:56+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5044Erreurs serveurs depuis le déploiement : MySQL server has gone away2022-06-29T13:50:56+02:00Mikaël SalsonErreurs serveurs depuis le déploiement : MySQL server has gone awayOn a une dizaine d'erreurs serveurs depuis le 18 juin.
Je n'ai pas investigué.
cc @duez @flothoniOn a une dizaine d'erreurs serveurs depuis le 18 juin.
Je n'ai pas investigué.
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4793Erreur de vidjil/segmenter2021-06-15T10:09:47+02:00Mikaël SalsonErreur de vidjil/segmenterSignalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablem...Signalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablement du déploiement.
Notons que cela casse également les jobs CI puisque la segmenter page de app est utilisée pour les tests.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3548Test serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not defined2020-10-20T14:12:29+02:00Mikaël SalsonTest serveurs unitaires cassés depuis 2 mois : 'init_db_helper' is not definedDepuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, i...Depuis environ 2 mois les tests unitaires serveurs plantent mais sans mettre le build en échec
```
Traceback (most recent call last):
File "/home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/server/web2py/gluon/shell.py", line 276, in run
execfile(startfile, _env)
File "testRunner.py", line 59, in <module>
init_db_helper()
NameError: name 'init_db_helper' is not defined
```
Exemple [d'échec ici, il y a 2 mois](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150764) et de [succès ici](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/150414), quelques heures avantMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3289Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être tél...2018-07-03T09:57:04+02:00Mikaël SalsonUn process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargéCela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.Cela reste encore une hypothèse mais qui explique bien ce qui est observé dans vdj#684.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5108Bug in download of results artifact files2023-01-17T15:31:47+01:00Thonier FlorianBug in download of results artifact filesSince commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.Since commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4888Le preset primers ne fonctionne plus.2021-10-27T16:51:39+02:00Thonier FlorianLe preset primers ne fonctionne plus.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Le preset primers ne fonctionne plus. Voir si il y a d'autre cas, et le corriger.Web 2021.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4272Vidjil-algo : double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : double free or corruptionSuite de #4263 : il reste des fichiers en échec.Suite de #4263 : il reste des fichiers en échec.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3805Le menu upload prend toute la largeur, et même plus2019-03-28T19:17:44+01:00Mikaël SalsonLe menu upload prend toute la largeur, et même plusAprès avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le men...Après avoir uploadé un fichier je me rends compte que le menu upload prend toute la largeur et cache complètement le menu du client.
![upload](/uploads/cc242ba5311415bf925d8815bfe2e858/upload.png)
Lorsqu'on visualise un résultat le menu upload ne disparaît pas (ce qui est normal) mais ce qui empêche du coup d'accéder à n'importe quel menu.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3626`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone2018-11-13T18:11:20+01:00Mikaël Salson`compute_extra` plante s'il n'y a pas de clone```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in...```
Traceback (most recent call last):
File "/home/vidjil/git/server/vidjil/server/web2py/gluon/scheduler.py", line 501, in executor
result = dumps(_function(*args, **vars))
File "applications/vidjil/models/task.py", line 331, in run_vidjil
compute_extra(id_file, id_config, 5)
File "applications/vidjil/models/task.py", line 111, in compute_extra
for clone in d["clones"]:
TypeError: 'NoneType' object is not iterable
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2942Bug lors de la génération de rapport2018-03-05T17:16:25+01:00Mikaël SalsonBug lors de la génération de rapport~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences ...~"Paris - St Louis"
>
je rencontre aujourd'hui des difficultés pour exporter les rapports de séquence depuis Vidjil. Quand j'exporte le rapport avec le mode "export report/sample", la fiche est incomplète, il manque la ou les séquences sélectionnée-s (Cf pièces-jointes). Ensuite le logiciel reste figé avec le message "generating report".
>
Je dois alors me déconnecter pour revenir à la liste des patients. J'ai tout de même réussi à réaliser quelques report sans problème, mais cette anomalie revient souvent.
Problèmes remontés par ~"LIL-Lille" aussi.
La génération des rapports est normalement testée.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2518Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples2017-09-12T14:58:39+02:00Mikaël SalsonErreur de permission dans l'utilisation du compare samplesAurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you ...Aurélie a obtenu de nombreuses erreurs lors de l'utilisation du custom. Par exemple :
```
default/get_custom_data : you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (16614)you do not have permission to consult this element (22815)you do not have permission to consult this element (22817)you do not have permission to consult this element (22827)you do not have permission to consult this element (22829)
```
Voir un exemple ici auquel Aurélie n'accède pas : http://app.vidjil.org/?custom=22626&custom=22628& alors que les deux échantillons sont bien accessibles par Aurélie : http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22628&config=25 et http://app.vidjil.org/?sample_set_id=22626&config=25
Quand on cherche `permission to consult` dans `vidjil-debug.log` on se rend compte que ce n'est pas la seule à avoir rencontré ce genre de problème.Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2497Erreurs Javascript suite à la release2019-01-18T18:23:04+01:00Mikaël SalsonErreurs Javascript suite à la releaseDans les logs vidjil-debug.log on a des erreurs Javascript, aucune idée si elles sont bloquantes ou non :
```
/client/: initGrid@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1527:9
onclick@http://rbx.vidjil.org/bro...Dans les logs vidjil-debug.log on a des erreurs Javascript, aucune idée si elles sont bloquantes ou non :
```
/client/: initGrid@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1527:9
onclick@http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=25190&custom=25191&custom=25187&custom=25189&custom=25188&:1:1
changeCloneNotation@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:285:5
update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/model.js:965:13
update@http://rbx.vidjil.org/browser/js/scatterPlot.js:1361:13
```
Il y a aussi un :
```
/client/: TypeError: Cannot read property 'useGermline' of undefined
```
À investiguer, détailler (et probablement faire d'autres issues plus précises).
cc @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2412Corriger les tests fonctionnels2017-11-18T12:30:32+01:00Mikaël SalsonCorriger les tests fonctionnelsSuite aux nombreuses modifications sur le client, de nombreux tests fonctionnels échouent. En particulier le `test_loading_analysis.rb` qui semble planter à l'initialisation des composants (voir par exemple ici pour la liste complète : h...Suite aux nombreuses modifications sur le client, de nombreux tests fonctionnels échouent. En particulier le `test_loading_analysis.rb` qui semble planter à l'initialisation des composants (voir par exemple ici pour la liste complète : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/builds/5475)Web 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2290Un run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppression2017-05-22T15:26:06+02:00Mikaël SalsonUn run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppressionJe ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sa...Je ne sais pas si l'erreur est systématique pour le premier run de la liste, mais en tout cas sur app le premier run est inaccessible et provoque une erreur.
L'adresse à laquelle on essaie d'accéder est `https://vda.vidjil.org/vidjil/sample_set/index?id=None&config_id=-1&` ce qui, évidemment, pose problème.
ID du run en question : 218
cc @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2176Sauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysis2017-05-18T10:06:17+02:00Thonier FlorianSauvegarder et utiliser l'id des samples dans les fichiers .analysisBug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'a...Bug aperçu sur Rennes, et d'origine connue.
Un point est inversé avec un autre (notemment un contrôle et un échantillion patient).
Avant le chargement de l'analyse, le contenu des analyses est correctement fourni. Ensuie, lorsque l'analysis est chargé, il y a une inversion du nom entre plusieurs samples.
![bug_ordre_liste](/uploads/2e7bbe44e1babc09f9e5eacca48df698/bug_ordre_liste.png)
![bug_ordre_liste2](/uploads/a0aace27f9957e28bb589afe01f04d3c/bug_ordre_liste2.png)
L'origine du bug est reproductible, d'ailleurs observable sur un second patient.
Lors de la création du patient, 5 samples ont été chargés, 3 ech réels, et deux "témoins", avec les bonnes date d'analyses renseignées.
Suite a une inversion entre deux patients, le point sample 3 de ces deux patients a été retiré et remplacé par le nouveau fichier.
Maintenant, lorsque l'on recharge l'analyse, on a dans un premier temps le bon affichage.
Je n'ai pas encore eu le temps de localiser l'origine de l'erreur, ni de la reproduire moi-même. Je présume cela dit qu'il y a une réassignation du titre dasn l'axe sur une liste non sorted par la date d'analyse (supposition)
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
PS : le bug est assez grave car on peux ainsi intervertir les observations entre deux dates, et n'est pas forcement facilement visualisable et a déjà pu passer inaperçu.Web 2017.05Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2029"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des ...2016-11-29T14:43:25+01:00Vidjil Team"Color by tag" ne fonctionne pas après un autre "Color by" dans la liste des cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
***
Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
***
J'avais mal p...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1507&config=25
-> Color by J (ou by locus, encore mieux- -> Color by tag
On ne peut pas revenir au color by tag.
***
Pas de problème chez moi, ou je n'ai pas compris le problème.
***
J'avais mal précisé : cela fonctionne bien dans le scatterplot, mais pas dans la liste des clones.
***
Ah oui. Pour préciser : la couleur par tags est bien remise mais l'ancienne couleur (par J ou locus ou …) est conservée. On a donc un mélange de deux colorations.
***
>9a3f5e59949007
getColor() renvoyait un undefined quand aucune couleur n'était défini, étrangement on ne peut pas overwrite une valeur css avec undefined.
***
Super, merci Marc !
***
@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1970mauvaise récupération des métadonnées sur Demo L42016-11-29T14:42:44+01:00Vidjil Teammauvaise récupération des métadonnées sur Demo L4En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?pat...En faisant la release 2016.08, j'ai testé sur Demo L4 et X5 (cf vdj/doc/vidjil/release.org).
Apparament cela a bien fonctionné (vu les logs, vu les compare patients)...
Mais le lien pour L4, http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=146&config=26 indique, dans son 'info', MiXCR ! De la même manière, celui pour X5 indique un mauvais numéro de version. Est-ce juste l'analysis qui n'est pas le bon ?
***
Peut-être est-ce la même chose que "Lorsque une partie des fichiers est runné, des métadata des mauvais fichiers sont affichés" ?
***
Pour L4, je confirme que c'est juste un problème d'affichage de l'info : les résultats sont corrects et ont bien été obtenus avec Vidjil.
***
Oui, c'est une relique de l'analysis, comme on avait avec le champ log.
J'ai mis en place une hotfix, comme pour le champ log => 09e65aff7f32d79e53 + 7137057aa9030f8a9a00c
La solution est "hacky" mais si on devait faire proprement, ça prendrais beaucoup de temps... On peut en discuter si vous voulez :)
***
Est-ce toujours d'actualité ? La hotfix a été intégrée ?
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Oui elle est intégrée :)
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@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1957Compare samples ne fonctionne pas pour un run2017-03-14T11:18:28+01:00Vidjil TeamCompare samples ne fonctionne pas pour un runSur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton ...Sur la fiche d'un sample set (run ou patient) on a le bouton « compare samples for this patient » mais il ne fonctionne pas lorsqu'il s'agit d'un run (la page s'ouvre mais la liste des samples est vide).
Également il n'y a pas de bouton « compare samples » sur la page de tous les runs.
***
@RyanHerb