vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:36:21+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1440Être prévenu dès qu'un processus est FAILED2016-11-29T14:36:21+01:00Vidjil TeamÊtre prévenu dès qu'un processus est FAILEDC'est un peu tard d'attendre le lendemain matin pour réagir :)
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98a85f1 + supervision externe sur LAST_RESULTS=F (uniquement sur rbx, pas sur dev car on peut faire des exp sur dev)
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@nobodyC'est un peu tard d'attendre le lendemain matin pour réagir :)
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98a85f1 + supervision externe sur LAST_RESULTS=F (uniquement sur rbx, pas sur dev car on peut faire des exp sur dev)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1439Tests fonctionnels pour fuse.py2016-11-29T14:36:21+01:00Vidjil TeamTests fonctionnels pour fuse.pyOn a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data....On a pour l'instant... un seul test fonctionnel pour fuse.py : /vidjil/algo/tests/stanford-fuse.should_get
Et encore, il lance vidjil puis fuse.
Il faudrait en avoir plus... et partir de fichiers .vidjil stockés directement dans ./data.
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On va se partager la tâche tous les trois : chacun fait au moins un test de fuse.
J'ai fait ma part, 82af416 :-)
Marc, c'est l'occasion d'en faire un avec ce que tu voulais corriger par 3dcc03b.
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Test ajouté 7ae27d2… mais il ne passe pas (problème avec germlines)
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Tout passe en ce moment.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1432Compare patients lève une IOError2016-11-29T14:36:15+01:00Vidjil TeamCompare patients lève une IOErrorExemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc...Exemple de compare patients qui ne fonctionne pas : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=576&custom=334&
Et qui génère un ticket comme celui-ci : https://rbx.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/80.250.3.157.2015-02-18.11-39-50.a296dc22-35dc-4c4d-b6bf-860fedb81cf4
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>3dcc03b
Mais provoque d'autres problemes
on vire le champ germlines pour le moment, de toute façon on ne s'en sert pas encore.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1426Transition sqlite > MySQL ?2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil TeamTransition sqlite > MySQL ?Si on décide de faire la transition, on y arrivera bien, il faudra juste faire attention :)
Cette tâche est pour lister les choses qui devront être faites avant ce moment
Un post 'migrating from sqlite to mysql', je ne sais pas ce que c...Si on décide de faire la transition, on y arrivera bien, il faudra juste faire attention :)
Cette tâche est pour lister les choses qui devront être faites avant ce moment
Un post 'migrating from sqlite to mysql', je ne sais pas ce que cela vaut : https://realpython.com/blog/python/web2py-migrating-from-sqlite-to-mysql/
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Remonté. On se sait pas si c'est cela qui fait "database locked", mais bon...
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merci à tous
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#1427, #1428, #1429
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1429ce serait l'occasion de tester la restauration de la DB à partir de sauvegarde2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil Teamce serait l'occasion de tester la restauration de la DB à partir de sauvegarde
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#1426
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#1426https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1428remettre en place un mécanisme de sauvegarde2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil Teamremettre en place un mécanisme de sauvegarde
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#1426
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#1426https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1427tester chez Marc, sur le serveur de dev, avant la migration de la prod2016-11-29T14:36:12+01:00Vidjil Teamtester chez Marc, sur le serveur de dev, avant la migration de la prod
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#1426
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#1426https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1425Remplacer sqlite par autre chose ?2016-11-29T14:36:08+01:00Vidjil TeamRemplacer sqlite par autre chose ?Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exe...Il y a eu encore ce matin des workers qui ne travaillaient plus. Je ne suis pas sûr que cela vient de "database is locked"... mais en tout cas, cela n'a pas l'air sain de continuer avec sqlite.
Avant de décider d'une transition (par exemple vers MySQL), il faudra bien sûr faire attention, et tester un serveur qui tournerait sur une autre bd (sur une autre branche)
Marc pourra l'essayer de son côté, puis on pourra l'essayer sur le serveur de dev...
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Les problèmes des workers étaient probablement dus à la modification des scripts dans /etc/init suite à l'introduction du fuse_server (ou des modifications postérieures qu'on a pu faire sur ces fichiers). Les workers n'étaient pas proprement relancés en cas de problème. Maintenant les workers et le fuse sont lancés dans deux scripts indépendants. On verra bien si le problème se renouvelle.
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C'est donc acté, on remplace sqlite.
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1423axis: reverse flexible, sur X mais pas sur Y2016-11-29T14:36:07+01:00Vidjil Teamaxis: reverse flexible, sur X mais pas sur YOn peut souhaiter de faire un "reverse" sur les axes, mais sur X et pas sur Y (pour que le X soit de gauche à droite). Pour Nlength et SequenceLength, j'ai tout renversé, pour que le X soit naturel, mais le Y pourrait être de bas en haut...On peut souhaiter de faire un "reverse" sur les axes, mais sur X et pas sur Y (pour que le X soit de gauche à droite). Pour Nlength et SequenceLength, j'ai tout renversé, pour que le X soit naturel, mais le Y pourrait être de bas en haut quand même.
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Même remarque pour CDR3 : pour l'instant, l'axe X est à l'envers :)
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ok, merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1420algo: Release 2015-032016-11-29T14:36:05+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2015-03Pas mal de nouveautés en deux semaines... et surtout, on n'y travaillera pas ensuite, celle d'après sera fin mars
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@magiraud @mikael-sPas mal de nouveautés en deux semaines... et surtout, on n'y travaillera pas ensuite, celle d'après sera fin mars
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1416sur Chrome, la database patient ne s'ouvre pas2016-11-29T14:36:02+01:00Vidjil Teamsur Chrome, la database patient ne s'ouvre pas(Yann, 10 février)
patients -> open patients ne fonctionne pas
Au passage, il faudrait rajouter des test fonctionnels sur le serveur rbx...
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Yann, est-ce toujours le cas ? Cela marche de mon côté.
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Maintenant tout fonctionne sans ...(Yann, 10 février)
patients -> open patients ne fonctionne pas
Au passage, il faudrait rajouter des test fonctionnels sur le serveur rbx...
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Yann, est-ce toujours le cas ? Cela marche de mon côté.
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Maintenant tout fonctionne sans problème.
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ok
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Rouvert. Je viens d'avoir le problème sous Chromium (y compris en navigation privée). Problème de cross domain visiblement :
Uncaught ReferenceError: hideSelector is not defined
com.js:100 creation Model
com.js:100 plapipohttps://rbx.vidjil.org/vidjil/
(index):1 XMLHttpRequest cannot load https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/login?_next=https%3A%2F%2Frbx.vidjil.org%2Fvidjil%2Fpatient%2Findex. No 'Access-Control-Allow-Origin' header is present on the requested resource. Origin 'http://rbx.vidjil.org' is therefore not allowed access.
Voici les headers envoyés :
Access-Control-Allow-Credentials:true
Access-Control-Allow-Origin:http://rbx.vidjil.org
En revanche aller directement sur la page https://rbx.vidjil.org/vidjil/default/user/login?_next=https%3A%2F%2Frbx.vidjil.org%2Fvidjil%2Fpatient%2Findex et s'y connecter fonctionne.
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Pas un problème de Cross-domain mais un problème entre la chaise et le clavier pour ma part.
Désolé Marc…
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1391IKmerStore:remove()2016-11-29T14:35:41+01:00Vidjil TeamIKmerStore:remove()IKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné
(voir algo 1.9)
merci !
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Ce n'est donc pas la peine... fausse alerte
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@mikael-sIKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné
(voir algo 1.9)
merci !
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Ce n'est donc pas la peine... fausse alerte
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1388Compare patients : debug2016-11-29T14:35:39+01:00Vidjil TeamCompare patients : debugmettre un log.debug() / log.error() dans controllers/patient.py.custom() pour pouvoir débugguer
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71a2e88
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@Duezmettre un log.debug() / log.error() dans controllers/patient.py.custom() pour pouvoir débugguer
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71a2e88
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1383export html: version de Vidjil (et command line / run date)2016-11-29T14:35:35+01:00Vidjil Teamexport html: version de Vidjil (et command line / run date)"Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps....."Soft version" dans le rapport est vide (la version de Vidjil, pas la vidjil_json_version).
C'est une tâche pénible à faire, demande aussi du fuse et du c++, mais importante pour le suivi de l'ensemble, et on en parle depuis longtemps...
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merci Marc !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1381export html: remplir le div="header-title"2016-11-29T14:35:33+01:00Vidjil Teamexport html: remplir le div="header-title"merci Marc !
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@Duezmerci Marc !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1373scatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyse2016-11-29T14:35:27+01:00Vidjil Teamscatterplot : longueur du CDR3 (nucl et AA) comme axe d'analyseKiller feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos...Killer feature pour Frédéric (et aussi Necker).
Permet de différencier les répertoires sélectionnés des non-sélectionnés.
Visualisation pseudo-genscan à laquelle ils sont habitués 'depuis 30 ans'.
Et... chose similaire proposée par Nikos.
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(demandé aussi par Yann, 10 février)
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merci !
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1365Heuristique multi-systèmes 1.9, marquer les k-mers ambigus entre plusieurs sy...2016-11-29T14:35:19+01:00Vidjil TeamHeuristique multi-systèmes 1.9, marquer les k-mers ambigus entre plusieurs systèmes
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@magiraud
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1349Point non montré2016-11-29T14:35:06+01:00Vidjil TeamPoint non montréSur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/...Sur ce patient en IGH http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=66&config=2 on ne voit qu'un point. Or deux ont tourné. Le fichier .data contient les deux points. Vidjil et le fuse semblent avoir tourné sans encombre (/mnt/result/tmp/out-000713//000713.vidjil.log et /mnt/result/tmp/out-000713//000713.fuse.log).
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je vois deux points chez moi :)
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effectivement… :-/
Rassure-moi, t'as touché un truc Marc ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1347L'onglet "users" ne fonctionne plus sur rbx2016-11-29T14:35:04+01:00Vidjil TeamL'onglet "users" ne fonctionne plus sur rbx→ donner à Nikos tous les droits (y compris run Vidjil)
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C'est toujours le cas, j'imagine que c'est juste que ce n'est pas encore pushé...
Proposition :
- pour fermer une tâche qui mentionne rbx, on va dire qu'il faut que cela f...→ donner à Nikos tous les droits (y compris run Vidjil)
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C'est toujours le cas, j'imagine que c'est juste que ce n'est pas encore pushé...
Proposition :
- pour fermer une tâche qui mentionne rbx, on va dire qu'il faut que cela fonctionne... sur rbx :-)
- en contrepartie, on ne mentionne rbx que si c'est vraiment bloquant en production (comme ici)
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merci, parfait
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1342Anonymisation : quand un patient est créé, l'uploader doit avoir le droit "anon"2016-11-29T14:35:01+01:00Vidjil TeamAnonymisation : quand un patient est créé, l'uploader doit avoir le droit "anon"e84cc19
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@magiraude84cc19
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@magiraud