vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-05-23T15:36:21+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1671Mettre à disposition les reads segmentés2017-05-23T15:36:21+02:00Vidjil TeamMettre à disposition les reads segmentésAvec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres program...Avec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres programmes ont sûrement des fichiers de sortie aussi intéressant.
Bref, trouver un mécanisme flexible pour transmettre $n$ fichiers à l'utilisateur.
Cela permet d'avoir toute la puissance de l'algo même si certains trucs ne sont pas exploités par le browser.
***
@nobodyWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
***
753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
***
Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
***
D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
***
Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
***
Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
***
Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
***
Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
***
> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
***
Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
***
Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2141Donner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par Vidjil2017-05-22T18:24:36+02:00Mikaël SalsonDonner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par VidjilDiscuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Discuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1763Factoriser les doublons entre list.js et segmenter.js2017-05-23T13:59:36+02:00Vidjil TeamFactoriser les doublons entre list.js et segmenter.js`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties comm...`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties communes ?
***
Durant les derniers jours, j'ai fait plusieurs fois des modifs en double à ces endroits... ce serait bien de factoriser, si possible.
***
ping
***
@nobodyWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1679Avoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le...2017-04-14T17:16:50+02:00Vidjil TeamAvoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le nom sans allèles ou pas- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
***
Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when ...- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
***
Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when not *01
- never
***
On les garde dans le exportFasta ? dans le rapport ?
***
@CyanaelWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1925Segmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...2019-02-13T08:40:03+01:00Vidjil TeamSegmenter: pouvoir mettre les V et J germline dedans...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir auss...On en avait parlé il y a longtemps, y compris au début du travail de François.
-> Avoir un bouton pour mettre les V et J d'une séquence dans le segmenter.
(et même, cela pourrait mettre plusieurs séquences si ambiguités)
(voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel", qui permettrait de mettre autre chose).
***
@RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
***
Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
***
Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
***
@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2025Les smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survole2016-11-29T14:43:23+01:00Vidjil TeamLes smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survoleSuite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physique...Suite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
***
Je précise qu'ils restent bien présents physiquement dans la liste, mais sont alors en display: none
***
Merci pour ta vigilance.
6c623048
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
***
2998886
***
@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
***
2998886
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2005Après un compare sample, le scatterplot n'est pas initialisé2017-05-22T15:26:06+02:00Vidjil TeamAprès un compare sample, le scatterplot n'est pas initialiséExemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
***
@RyanHerb @Duez @magiraud Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
***
@RyanHerb @Duez @magiraud Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
***
Confirmé.
***
1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
***
Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
***
@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1973Autodelete fonctionne à moitié ?2017-10-26T16:52:20+02:00Vidjil TeamAutodelete fonctionne à moitié ?Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file ...Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file and results. Les éléments sont bien supprimés de la BD mais… sur le disque j'ai toujours le fichier results et le fichier fused. En revanche le fichier séquence a bien été supprimé. Pourtant ils ont tous le même paramétrage pour le autodelete.
Qui a une idée ?
***
Je dis ça parce qu'on a 4000+ fichiers fused sur le disque qui n'apparaissent pas en BD (et 780 fichiers résultats).
***
Je préfère qu'il fonctionne à 1/2 qu'à 3/2 :-)
***
Marc, as-tu poussé le correctif ?
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1941Index/diversité et fuse.py2018-07-24T12:29:52+02:00Vidjil TeamIndex/diversité et fuse.pyEn ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour...En ce moment, les index ne sont pas affiché quand on a >= 2 points.
Ok pour 1 point : http://rbx.vidjil.org/browser/?sample_set_id=8428&config=25
Corrigé par Marc dans 031d1a3... mais dans vidjil.cpp. Il faut une nouvelle release
pour avoir cela.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1932Liste d'upload cachée par la fenêtre du serveur2016-11-29T14:42:17+01:00Vidjil TeamListe d'upload cachée par la fenêtre du serveurProblème de z-index ?
***
1d849ec75c6e9b597
***
Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
***
@RyanHerbProblème de z-index ?
***
1d849ec75c6e9b597
***
Merci ! J'avais essayé de juste changer le z-index, mais cela ne suffisait pas... bravo pour la solution.
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1918Labels du scatterplot sont à ? pour les gènes2016-11-29T14:42:08+01:00Vidjil TeamLabels du scatterplot sont à ? pour les gènessolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
***
@RyanHerbsolution poussée dans dev => d4a4cfd1b9f0f423beb72551eea81df3cb18ea59
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1917Taille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)2016-11-29T14:42:07+01:00Vidjil TeamTaille des fichiers en BD incorrecte (pour les gros fichiers)Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ...Le problème est que le champ size_file de la table sequence_file est de type integer qui semble être limité à 2^31 - 1. Passer en bigint solutionnerait le problème. À tester à part d'abord pour voir si on ne casse pas tout en faisant ça ;-)
***
hotfix appliquée: 92e703cc18712c2786880
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1909CI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouent2016-11-29T14:42:02+01:00Vidjil TeamCI pousse sur test.vidjil.org même quand les tests échouentPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
***
@mikael-sPlugin BuildResultTrigger solutionne le problème (build lancé quand tests browser fonctionnels + serveurs unitaires passent)
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1888Warning n'apparaît pas dans le segmenter2016-11-29T14:41:47+01:00Vidjil TeamWarning n'apparaît pas dans le segmenterLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
***
0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
***
@magiraudLorsqu'un clone est en warning, le i est remplacé par un panneau warning. Mais ce remplacement ne se fait pas dans le segmenteur.
***
0cf82f4. Mais voir "duplication code list.js segmenter.js"
***
@magiraud