vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:39:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1653Incohérence taille totale des fichiers2016-11-29T14:39:03+01:00Vidjil TeamIncohérence taille totale des fichierssur la liste des patients, en bas à droite, 282 GB.
Mais 455G dans /mnt/upload.
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Au passage, vérifié sur *un* patient, les tailles correspondent entre ce qui est affiché et ce qui est sur le disque (environ, à un facteur 1.024^x près)...sur la liste des patients, en bas à droite, 282 GB.
Mais 455G dans /mnt/upload.
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Au passage, vérifié sur *un* patient, les tailles correspondent entre ce qui est affiché et ce qui est sur le disque (environ, à un facteur 1.024^x près)
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Les fichiers non référencés dans la DB (165 GB) ont été déplacés dans /mnt/uploads/upload-trash, on les garde en talisman ?
/mnt/uploads/upload : 290 GB
liste des patients : 282 GB
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1639Export svg générique sur toute vue grid / bar2016-11-29T14:38:53+01:00Vidjil TeamExport svg générique sur toute vue grid / barEn fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
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Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
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Discuté lors du VW16. People want to expor...En fait on a déjà export csv... y aurait-il intérêt à avoir un export pour un plot donné ? Pas sûr.
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Si, il nous faut une manière d'exporter une vue autre que par une capture d'écran :-)
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Discuté lors du VW16. People want to export data.
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Marc, pourrais-tu regarder l'export svg s'il te plaît ? merci.
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Export svg : ok, merci Marc. Export csv: autre tâche
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1627should-to-tap devrait tester le code de sortie2016-11-29T14:38:44+01:00Vidjil Teamshould-to-tap devrait tester le code de sortiePar défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il...Par défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il pourrait y avoir presque une ligne de plus dans le .tap pour témoigner du résultat.
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f8f89bb, 4187277
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1617Changer germline/genes et tests2016-11-29T14:38:37+01:00Vidjil TeamChanger germline/genes et tests- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gr...- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gros bloc de code HTML vérifié tel quel n'est pas une bonne idée (dur à comprendre et dur à maintenir)
-> Faire un plus petit test (il peut par exemple s'arrêter après 1 ou 2 éléments de la liste)
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super !
Note que tu peux fermer toi-même les tâches quand c'est fait.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1606Supprimer delta_max (et delta_min ?)2016-11-29T14:38:30+01:00Vidjil TeamSupprimer delta_max (et delta_min ?)Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-...Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-value pour le Fine.
On peut déjà le supprimer pour le Kmer.
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Je serais partant de ne garder que le delta_min pour le Fine. Si on a KmerSegmenté avec de grosses insertions, c'est bizarre d'empêcher le Fine de trouver le bon alignement.
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oui, ok (mais peut-être que le Fine actuel ne va pas bien se comporter, on verra...)
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fait il y a un certain temps...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1601Changer les gènes V(D)J d'un clone2016-11-29T14:38:26+01:00Vidjil TeamChanger les gènes V(D)J d'un cloneImportant pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroula...Important pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroulante pour choisir le bon V et le bon J)
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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Fait; Voir le changement de stats induit
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super !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1595Un test ne passe pas chez Ping2016-11-29T14:38:22+01:00Vidjil TeamUn test ne passe pas chez Pingpython ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
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On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ...python ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
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On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ; cat out/data.vidjil
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C'était donc un pb de version python
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1594Fournir des versions précompilées ?2016-11-29T14:38:21+01:00Vidjil TeamFournir des versions précompilées ?Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
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Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -stat...Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
***
Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -static-libstdc++ probablement (et vérifier que ce soit suffisant pour les machines qui n'ont pas zlib installé) afin que cela marche sur différentes distrib.
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858eeb7
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L'exécutable résultant fait 4,2M contre 2,4M par défaut.
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super !
Sur rbx, -g germline -i data/Stanford_S22.fasta
./vidjil-static 5.20s 5.23s 5.24s (2.4 MB)
./vidjil 5.34s 5.33s 5.30s (473 KB)
vidjil-static 1% plus rapide... et pas sûr que cela soit toujours le cas pour les plus gros jeux.
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toujours sur rbx :
./vidjil-static-from-bioinfo-inria 5.35s 5.37s 5.38s (2.3 MB)
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Bref, il ne reste plus qu'à les diffuser sur le web ;-)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1590Accéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenter2016-11-29T14:38:18+01:00Vidjil TeamAccéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenterOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
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fait par Marc
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@flothoniOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1585Plot : avoir une légendre pour certains axes ?2016-11-29T14:38:14+01:00Vidjil TeamPlot : avoir une légendre pour certains axes ?Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie...Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie vite ce qu'on a sélectionné.
Bref, faudrait-il mettre des légendes ? Ce serait alors redondant avec le mini-menu plot, qui est très élégant.
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Excellent !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1574Envoyer des clones à BLAST2016-11-29T14:38:06+01:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLASTIl faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. ...Il faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. Peux-tu regarder, ou au moins dire quelles options tu utilises ?
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J'avais regardé ils ont une API mais pas pour lancer Blast il faudra passer par la simulation de formulaire aussi.
http://www.ensembl.org/Multi/Tools/Blast?db=core
J'utilise les options par défaut. Le hic (petit, mais quand même), c'est que les séquences sont cherchées sur l'humain par défaut. Pour la souris ou le rat… il faudrait changer.
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ok... il n'y a plus qu'à trouver un volontaire pour faire cela (crossDomain.js / segmenter.js) :-)
Dans un premier temps, si l'humain fonctionne, c'est déjà cela (est-ce que la souris et le rat fonctionnent sur IMGT et IgBlast ?)
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utiliser aussi les fonctions exportFasta du modèle ?
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Fait.
J'ai utiliser l'API, et mis les paramètres de bases.
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Bien. Chez moi cela fonctionne... mais pour un clone.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1550selected locus est initialisé avec le nombre de segmented reads2016-11-29T14:37:48+01:00Vidjil Teamselected locus est initialisé avec le nombre de segmented readsAlors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bu...Alors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bug : désélectionner des locus et en ré-sélectionner.
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et de plus, si on déselectionne tout et resélectionne tout, le selected est... supérieur au nombre de segmented reads
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11
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Apparemment ce n'est plus reproductible.
L'exemple précédent était très vieux.
Plus de soucis : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=25
J'ai bien l'impression que, maintenant, à l'init, la somme est directement le segmented reads. Mikaël, tu confirmes ?
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Oui ça semble bon. Marqué terminé.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1537Date de naissance et dates de samples facultatives2016-11-29T14:37:39+01:00Vidjil TeamDate de naissance et dates de samples facultativesok, merci
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#1538, #1539, #1540
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@magiraud @Duezok, merci
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#1538, #1539, #1540
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1540si = None, pas de "day after first sample"2016-11-29T14:37:39+01:00Vidjil Teamsi = None, pas de "day after first sample"
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#1537
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#1537https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1539si = None, pas d'âge2016-11-29T14:37:39+01:00Vidjil Teamsi = None, pas d'âge
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#1537
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#1537https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1538dates facultatives2016-11-29T14:37:39+01:00Vidjil Teamdates facultatives
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#1537
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#1537https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1535Sélection par colonne/ligne et clones invisibles2016-11-29T14:37:35+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clones invisiblesActuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non...Actuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non.
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commit a6f43b
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1518Patient précédent/suivant (pour tous les utilisateurs)2016-11-29T14:37:22+01:00Vidjil TeamPatient précédent/suivant (pour tous les utilisateurs)Quand on veut se ballader dans 70 patients, on n'a pas toujours envie de revenir à chaque fois sur la liste des patients.
J'ai fait un hack rapide dans 3377438.
Il y a peut-être une meilleure manière de faire, et aussi de le faire march...Quand on veut se ballader dans 70 patients, on n'a pas toujours envie de revenir à chaque fois sur la liste des patients.
J'ai fait un hack rapide dans 3377438.
Il y a peut-être une meilleure manière de faire, et aussi de le faire marcher pour tous les utilisateurs.
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ae80f06
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1512liste des patients : pb sur le droit 'anon' ?2016-11-29T14:37:18+01:00Vidjil Teamliste des patients : pb sur le droit 'anon' ?Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
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confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo...Si on se loggue comme un utilisateur normal, on ne voit pas l'identité complète de "Demo LIL L4", alors que le groupe public a bien le droit anon
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confirmé pour la liste des patients (par contre, sur la page patient, on voit bien Demo LIL-L4 )
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1498nb_sequences_in_fasta : pareil en heuristique2016-11-29T14:37:07+01:00Vidjil Teamnb_sequences_in_fasta : pareil en heuristiqueLire le premier Mb, compter les séquences, extrapoler sur la taille du fichier
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f8a4008
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@magiraud @mikael-sLire le premier Mb, compter les séquences, extrapoler sur la taille du fichier
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f8a4008
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@magiraud @mikael-s