vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:34:40+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1315Lorsqu'un système est caché, son sp_system doit rester au même endroit mais i...2016-11-29T14:34:40+01:00Vidjil TeamLorsqu'un système est caché, son sp_system doit rester au même endroit mais invisible, idem pour ses clonesActuellement, cliquer pour faire cacher/apparaître un système fait beaucoup bouger la zone en bas à droite (et aussi le graphe). Il suffirait de rendre invisible le sp_system (ou de le griser en "systemBoxNameMenu inactive" comme dans le...Actuellement, cliquer pour faire cacher/apparaître un système fait beaucoup bouger la zone en bas à droite (et aussi le graphe). Il suffirait de rendre invisible le sp_system (ou de le griser en "systemBoxNameMenu inactive" comme dans le menu).
et idem pour les clones : les clones arrivent d'en bas à droite et bougent tout au passage. Il devraient simplement être invisibles (ou très grisés)
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461aeaf93a1
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Bien
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... mais cas particulier : lorsqu'on arrive à 1 (ou 0) système, le panneau avec les sp_systems doit rester. Cela arrive tout le temps quand on joue avec Demo-L3.
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c379748da63
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4ebe767fc, je me suis permis d'en remettre une couche
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#1316, #1317
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1312vérifier avec séquence Ja29 donnée par Aurélie2017-11-22T10:46:23+01:00Vidjil Teamvérifier avec séquence Ja29 donnée par Aurélie
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1311compléter germline.cpp2016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil Teamcompléter germline.cpp
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1310compléter germlines.data2016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil Teamcompléter germlines.data
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#1309
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#1309https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1309LEG: Vd2Ja292016-11-29T14:34:36+01:00Vidjil TeamLEG: Vd2Ja297bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
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mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8....7bde694
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Sur la DB.
LEG a un Vd-Ja minuscule, et je ne trouve pas de Ja29 (et même en agrep -3)
ROU a un Vd-Ja plus impressionnant, mais toujours pas de Ja29.
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mail envoyé le 4 déc
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Préparer cela avant notre réunion au CBP le 8.
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Remis à plus tard. Notre Ja54 serait douteux.
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Mikaël, c'est fermable ?
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On va dire que c'est bon, Ja29.
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#1310, #1311, #1312
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1303Éléments qui bougent suite à une normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamÉléments qui bougent suite à une normalisationraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1301API: erreur si mauvais appel2016-11-29T14:34:26+01:00Vidjil TeamAPI: erreur si mauvais appelMaintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il de...Maintenant qu'il y a une belle API, il y a plein d'occasion de faire des erreurs :
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1&config=5
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=578545&config=2
http://rbx.vidjil.org/browser/?dfgdt=5785
Il devrait y avoir un joli message d'erreur dans ces cas :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1298API : accès à la visu d'un patient2018-02-23T10:04:51+01:00Vidjil TeamAPI : accès à la visu d'un patientScénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là...Scénario : on veut montrer quelque chose à des collèges sur un patient particulier, on a envie de leur donner l'URL qui permet de voir directement le suivi d'un patient donné avec une config donnée plutôt que de leur dire cliquez ici, là, puis là.
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Par exemple http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2 (avec un bouton share pour récupérer l'URL ou alors Vidjil nous met automatiquement à cette URL-là lorsqu'on visualise le suivi d'un patient).
Ou mieux : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=CasMax&config=IGH-500
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Je vote plutôt pour http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=15&config=2
parce que les noms des patients (...) et surtout des configs peuvent changer.
(et aussi par anonymat, les URLs sont stockées partout, pas génial de balancer les noms des patients)
Peut-être hasher cela pour que ce soit moins translucide ?
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=df541da5&config=2
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(et voir comment cela se passe lorsqu'ils ne sont pas loggués, peuvent-ils être redirigés comme il le faut lors du log)
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>> 167408d80c424
-redirection ok
-shortcut ("?patient=15&config=2") ok
pour changer l'url sans recharger la page
history.pushState('plop', 'plop', '/browser/index.html?patient=32&config=5');
pour le bouton share (copie dans le presse papier >> need flash)
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Excellent.
Et je ne connaissais pas pushState, et cela fonctionne même sur mon navigateur propriétaire :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1296Fichiers SRA2016-11-29T14:34:22+01:00Vidjil TeamFichiers SRAhttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
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merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttp://nsaunders.wordpress.com/2011/12/22/sequencing-for-relics-from-the-sanger-era-part-1-getting-the-raw-data/
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Et donner des .fastq à Tatiana
***
merci Mikaël
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1295Gros clones au milieu2017-11-21T19:14:03+01:00Vidjil TeamGros clones au milieuMartin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur l...Martin ~"LIL-Lille" , novembre 2014:
> Bonjour,
>
> A propos de la vue V/J, je me demande s'il ne faudrait pas (si possible bien sûr) jouer au niveau du placement des clones avec leur poids (la taille du cercle). Je m'explique : sur le fichier joint, le rond rouge V3-30/J6 ne va pas au bon endroit car il y a trop d'autres clones. ne faudrait-il pas qu'il soit centré et les autres répartis autour ? Plus le clone est majoritaire, plus il doit être bien placé.
>
>
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Vive le forward de mail à task@producteev.com !
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>> 3a9a6bb913fdfcac
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Joli ! Ce change ce a quoi on est habitué, mais c'est mieux ainsi.
Et c'est aussi un peu plus rapide, ce qui est mieux quand on switche rapidement entre plusieurs systèmes.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1293Animations superflues lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAnimations superflues lors de la normalisationIl y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent...Il y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent normalisé <> non normalisé)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1289Impossible de « décacher » le menu de gauche2016-11-29T14:34:17+01:00Vidjil TeamImpossible de « décacher » le menu de gaucheSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
***
@DuezSous FF ou Chromium, une fois le menu de gauche caché (en cliquant sur la barre du milieu), impossible de le remontrer : il apparaît pour disparaître aussitôt
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>> 9afd899311eb371
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1282Le renommage de clone ne fonctionne plus2016-11-29T14:34:12+01:00Vidjil TeamLe renommage de clone ne fonctionne plusclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezclonelist → on renomme → save (ou entrée) → rien ne change
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1278Database Timeout2017-11-24T11:00:00+01:00Vidjil TeamDatabase TimeoutTimeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf7...Timeout plus gros (> 3 secondes, et peut-être même 10 secondes).
On peut avoir un état intermédiaire ou on affiche un "sablier" sans faire d'erreur.
Et si timeout, pas rouge, rouge = critique (sauf si données pas enregistrées ?)
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cf74fa8 : 5 secondes, pas rouge pour certains messages
à améliorer :)
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En ce moment le chargement de la page des patients provoque un timeout. L'accès direct à la page (https://rbx.vidjil.org/vidjil/patient/index) permet de mesurer le temps pour qu'elle arrive : environ une dizaine de secondes. Pendant ce temps sur rbx, le process uwsgi monte en flèche jusqu'à 100% pendant plusieurs secondes. Pourquoi ?
Un sudo restart uwsgi-emperor (entre deux runs de Prague…) permet de faire revenir le temps aux alentours de 3-4s. C'est peut-être juste une coïncidence, mais ça reste long pour quelque chose d'assez basique.
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Sablier mis sur une autre tâche
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>>bfa129f46
le controller ne fait plus que 2 requetes a la bdd (a la place de 3*nombre de patient)
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rhâaa... on veut voir :)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1277Avoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en cours2016-11-29T14:34:08+01:00Vidjil TeamAvoir un indicateur persistant qui tourne/bouge quand un upload est en coursBut : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un...But : sentir visuellement que quelque chose se passe, même si on ne voit plus les messages de log et si on est en train de faire "autre chose".
Par exemple tout à droite du #top-container ?
Bikeshedding : un joli sablier Windows 98 ? un truc abstrait qui tourne/bouge ? La même barre de progression que celle qu'on voit sur la page d'upload ?
***
Génialissime, le menu upload !
Reste à faire qu'il ait une apparence différent quand il est en train de tourner ("uploading...") ou quand tout est completed ("upload completed").
***
> a3afb6de87
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1276Supprimer le champ DB 'germline'2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamSupprimer le champ DB 'germline'Sert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
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bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
***
@DuezSert uniquement au lancement vidjil C++ (on pourra le mettre dans config)
Le browser est déjà indépendant de ce paramètre
***
bien, cela fonctionne toujours et c'est plus clair ainsi.
Les configs sur rbx ont été mises à jour
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1275On ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"2016-11-29T14:34:07+01:00Vidjil TeamOn ne peut plus visualiser la séquence de clones "?/?"J'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
***
@DuezJ'imagine que maintenant c'est limité à ceux du système en cours (est-ce souhaitable ? c'était rigolo d'aligner des TRG avec des IGH).
En tous cas, pour les ?/? on doit pouvoir voir la séquence.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1265Erreur d'affectation en multi-système2016-11-29T14:33:59+01:00Vidjil TeamErreur d'affectation en multi-systèmeSur certains patients (par exemple Leu en multi-système virtuel), on a un clone en IGL. Il devrait être séquencé en TRG mais la séquence est chimérique : plein de V, puis des J puis à nouveau des V. Elle est classée en tant que too few J...Sur certains patients (par exemple Leu en multi-système virtuel), on a un clone en IGL. Il devrait être séquencé en TRG mais la séquence est chimérique : plein de V, puis des J puis à nouveau des V. Elle est classée en tant que too few J. Elle devrait être notée ambigue/chimérique : ce qui signifierait que le germline est bon, mais qu'on ne peut rien faire. Il n'y a donc pas à continuer à chercher une affectation avec un autre germline.
***
a9b4ecc et a8d2c87
***
> diff /mnt/result/tmp/out-00053[48]/*.vidjil.log
- ==> segmented 1452687 reads (58%)
+ ==> segmented 1421376 reads (56.8%)
La différence vient bien de AMBIGUOUS :
- UNSEG ambiguous -> 1950 193.4
+ UNSEG ambiguous -> 327571 189.4
Mais... il reste toujours du IGL (moins) :
- IGL -> 47730 194.1
+ IGL -> 17081 191.9
(et quelques pouillèmes d'autres systèmes)
***
Youpi. 41b4f07
Le problème ne venait pas que TOO_FEW_J/V. Mais aussi STRAND, DELTA_MIN/MAX...
> diff /mnt/result/tmp/out-0005[34]4//000*.vidjil.log
- ==> segmented 1452687 reads (58%)
+ ==> segmented 1400617 reads (55.9%)
TRG -> 320591 194.8
- IGH -> 1081421 319.8
- TRA -> 45 186.7
- TRB -> 1602 197.2
- TRD -> 991 196.9
- IGK -> 307 185.9
- IGL -> 47730 194.1
+ IGH -> 1078450 319.7 *** on en a perdu un peu, ok ***
+ TRA -> 39 185.2
+ TRB -> 217 193.0
+ TRD -> 914 193.3
+ IGK -> 220 185.7
+ IGL -> 186 172.3 *** youpi ****
Plus de IGL (ou à peine, en tout cas rien dans le top 100).
Vérifié les 10 premiers clones à la main, les résultats sont conservés.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1262Sélectionner la bonne config quand il n'y a qu'une d'utilisée2016-11-29T14:33:56+01:00Vidjil TeamSélectionner la bonne config quand il n'y a qu'une d'utiliséeLa liste "config" sur chaque patient devrait s'ouvrir directement sur la config dans laquelle on a lancé des choses.
Si on a peur que l'utilisateur se mélange les pinceaux s'il a utilisé plusieurs configs, on peut ne pas le faire *dans ...La liste "config" sur chaque patient devrait s'ouvrir directement sur la config dans laquelle on a lancé des choses.
Si on a peur que l'utilisateur se mélange les pinceaux s'il a utilisé plusieurs configs, on peut ne pas le faire *dans le cas où il y a plusieurs configs d'utilisées*.
Mais dans la très grande majorité des cas, on n'utilise qu'une config pour un patient, on ne devrait pas à avoir à jouer à la devinette pour retrouver la bonne config dans la liste. Et c'est rassurant de voir les "COMPLETED" quand un utilisateur lambda ouvre la page d'un patient.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1256Bugs consécutifs à l'échec d'upload2016-11-29T14:33:51+01:00Vidjil TeamBugs consécutifs à l'échec d'uploadSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
***
@DuezSuite à un échec d'upload il ne semble pas possible de modifier les métadonnées du fichier ou de réuploader un fichier.
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@Duez