vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1053Filtrage des clones : affichage du nombre et limite max2017-07-10T17:01:30+02:00Vidjil TeamFiltrage des clones : affichage du nombre et limite maxAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
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Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@DuezAfficher le nombre de clones ? ou la valeur du top ?
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Limite max : garder celle du top et ne pas en avoir une en dur ?
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On tranche, on va afficher pour l'instant les deux : "215 clones (top 20)"
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1360changer les systèmes sélectionnés devrait aussi mettre à jour le total des cl...2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil Teamchanger les systèmes sélectionnés devrait aussi mettre à jour le total des clonesEn multi-système, si on change l'affichage TRG / IGH / ... (boite en haut à gauche), le % de clones de la somme devrait se mettre à jour.
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C'est toujours le cas (pas poussé ?)
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merci !
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@CyanaelEn multi-système, si on change l'affichage TRG / IGH / ... (boite en haut à gauche), le % de clones de la somme devrait se mettre à jour.
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C'est toujours le cas (pas poussé ?)
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merci !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1458Axes génériques : mettre à '?' si pas de données2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamAxes génériques : mettre à '?' si pas de donnéesOn prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas affi...On prend des données sans CDR3 length, on sélectionne CDR3 length -> gros bug d'affichage, les clones dansent.
Le minimum serait que les clones se mettent sagement sur une ligne "?".
... mais, dans ce cas, le mieux serait de ne pas afficher cet axe.
Trouver un mécanisme générique, car on pourrait afficher d'autres données, qui seront présentes ou pas selon les jeux de données et le programme producteur ?
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Sur CDR3, si pas défini apparaît comme 0, et pas ?
à vérifier.
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Apparaissent maintenant comme '?' 65eefa49,5b9ff6, bdd9c9e
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ok
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1576Pas de représentative pour les séquences étiquetées2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamPas de représentative pour les séquences étiquetéesstanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la conditio...stanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la condition de mettre -r 1.
En tout cas, c'est un bug.
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f3cab65
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1671Mettre à disposition les reads segmentés2017-05-23T15:36:21+02:00Vidjil TeamMettre à disposition les reads segmentésAvec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres program...Avec certaines options, on peut avoir des fichiers intéressants à donner à l'utilisateur.
Évidemment `-u` / `-U`, mais potentiellement d'autres choses. Le log complet (euh, on l'a déjà ailleurs) par exemple.
De plus, d'autres programmes ont sûrement des fichiers de sortie aussi intéressant.
Bref, trouver un mécanisme flexible pour transmettre $n$ fichiers à l'utilisateur.
Cela permet d'avoir toute la puissance de l'algo même si certains trucs ne sont pas exploités par le browser.
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@nobodyWeb 2017.05Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1763Factoriser les doublons entre list.js et segmenter.js2017-05-23T13:59:36+02:00Vidjil TeamFactoriser les doublons entre list.js et segmenter.js`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties comm...`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties communes ?
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Durant les derniers jours, j'ai fait plusieurs fois des modifs en double à ces endroits... ce serait bien de factoriser, si possible.
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ping
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@nobodyWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2141Donner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par Vidjil2017-05-22T18:24:36+02:00Mikaël SalsonDonner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par VidjilDiscuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Discuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
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753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
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D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2005Après un compare sample, le scatterplot n'est pas initialisé2017-05-22T15:26:06+02:00Vidjil TeamAprès un compare sample, le scatterplot n'est pas initialiséExemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
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@RyanHerb @Duez @magiraud Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
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@RyanHerb @Duez @magiraud Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1616Changer germline/genes : voir changements de stats induits2017-05-22T15:25:49+02:00Vidjil TeamChanger germline/genes : voir changements de stats induits(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
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Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
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Le plus visible sont les inf...(mis sur tâche à part, autant segmenter les tâches)
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Quelles sont les stats qui varient ?
le nombres de locus, les pourcentages, la evalue ? Lesquels sont automatiques ou lesquelles faut-ils traitées ?
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Le plus visible sont les infos à haut à gauche :
total 764 757 reads
segmented 634 014 reads (82.90%)
selected locus 634 014 reads (82.90%) <--- cela peut changer
On les voit aussi quand on sélectionne des clones, en bas à droite (8 clones, 4534 reads, X.X%) et quand on fait export fasta ou bien export report. Mais normalement toutes ces choses prennent leurs infos au même endroit ?
regarde en particulier :
- model.js:update_selected_system
- clone.js:getPrintableSize et les autres fonctions appelées
(On ne change pas la evalue, c'est donné en amont par le C++)
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ok
Je trouve les infos du log auss ia changer. C'est une seul variable texte, générée directement par vidjil.
Question d'approche : Pour modifier ses valeurs, il vaut mieux parser ça dans un objet, changer la/les valeurs, recalculer la répartition/stats, et resortir le résultat sous forme de string ?
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Changement fait, mais pas encore les tests (je galère encore un peu).
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1983SampleSets : controlleurs génériques2017-05-19T14:56:23+02:00Vidjil TeamSampleSets : controlleurs génériquesCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @DuezCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1471Axes génériques : refactor scatterplot2017-04-27T08:15:50+02:00Vidjil TeamAxes génériques : refactor scatterplotJuste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être...Juste pour mémoire.
Rajouter un axe d'analyse ne devrait se faire qu'à un seul endroit, et il devrait être visible dans les axes du Grid/Bar plot, dans ceux de tri de la liste, dans ceux de coloration de la liste...
Un axe peut être (cela pourrait être spécifié à l'initialisation) :
- booléen (productif / pas productif) (faut-il distinguer de discret ?)
- discret (gènes V)
- numérique entier
- numérique float
(faut-il distinguer les cas entiers/float ? à priori oui pour ne pas faire n'importe quoi dans les échelles de la Grid/BarPlot) #2360
- numérique float entre 0% et 100% (faut-il distinguer ?)
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@DuezRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1679Avoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le...2017-04-14T17:16:50+02:00Vidjil TeamAvoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le nom sans allèles ou pas- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
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Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when ...- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
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Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when not *01
- never
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On les garde dans le exportFasta ? dans le rapport ?
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@CyanaelWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2032Modifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la pag...2017-04-12T14:07:43+02:00Vidjil TeamModifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la page d'ArmandDiscussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au...Discussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au modèle, via parseJsonData.
Il faut donc modifier le contrôleur : c'est lui qui gérait le formulaire, c'est inutile maintenant et renvoyer un JSON.
Poke @magiraud
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/907normalisation2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil Teamnormalisationproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1198Formule de normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamFormule de normalisationNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @DuezNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1293Animations superflues lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAnimations superflues lors de la normalisationIl y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent...Il y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent normalisé <> non normalisé)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1303Éléments qui bougent suite à une normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamÉléments qui bougent suite à une normalisationraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1919Multi-threader web2py2017-03-22T17:36:24+01:00Vidjil TeamMulti-threader web2pyApparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
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Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You...Apparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
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Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You can enable it with --enable-threads ***
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Après vérification, nous avons 4 processus web2py qui tournent. D'après ce post: https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/mPdn1ClxLTI c'est tout à fait ce qu'il faut avoir.
Les requêtes sont encore bloquantes.
Activer le flag enable-threads n'a rien changé sur mon environnement.
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@RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1658Histogrammes: légende axe Y2017-03-11T07:08:35+01:00Vidjil TeamHistogrammes: légende axe YLa légende de l'axe Y doit être "size", avec une légende en %
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commit f9f0e8
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@CyanaelLa légende de l'axe Y doit être "size", avec une légende en %
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commit f9f0e8
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@Cyanael