vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:33:47+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1249Ctrl-S (save)2016-11-29T14:33:47+01:00Vidjil TeamCtrl-S (save)Cross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@DuezCross-platform (?) : http://stackoverflow.com/questions/93695/best-cross-browser-method-to-capture-ctrls-with-jquery
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#1250, #1251
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1240Le browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.72016-11-29T14:33:38+01:00Vidjil TeamLe browser ne s'ouvre pas sur Lynx 2.8.8 et Links 2.7Plus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@DuezPlus sérieusement, si le javascript est désactivé, on arrive sur une page où tout est bloqué mais on ne le sait pas. Un petit message serait le bienvenu (et donc en haut du html pour être accessible sous Lynx :)
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c35278b
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1235germlines.data: l'utiliser dans le browser2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil Teamgermlines.data: l'utiliser dans le browserEn particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi ...En particulier générer les axes V/J qu'il faut, et prendre l'ordre du fichier pour ordonner les germlines (l'ordre alphabétique ne marche pas, TRA, TRB, TRG, TRD, hihihi)
Et supprimer icon de js/germline.js (la color, tu pourrais aussi la mettre dans germline.data...)
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from >> 56b44b5769782a80d
to >> 3c485fbb4a5c31
les germlines/custom germlines sont construit en live en utilisant germlines.data
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Génial, cela fonctionne parfaitement
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1226Pouvoir spécifier plusieurs -V ou -J sur la ligne de commande2016-11-29T14:33:27+01:00Vidjil TeamPouvoir spécifier plusieurs -V ou -J sur la ligne de commandePour le germline custom, être capable de faire -V TRDV.fa -V TRDD2.fa
(même si on pourra le faire aussi par germline.data)
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422964c
modulo le += sur Fasta :-)
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@magiraud @mikael-sPour le germline custom, être capable de faire -V TRDV.fa -V TRDD2.fa
(même si on pourra le faire aussi par germline.data)
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422964c
modulo le += sur Fasta :-)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1224fuse.py2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamfuse.py
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1223js2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamjs
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1222c++2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamc++
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#1221
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#1221https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1221récupérer les germlines custom depuis les .data, et s'en servir dans le browser2016-11-29T14:33:25+01:00Vidjil Teamrécupérer les germlines custom depuis les .data, et s'en servir dans le browserMarc a bien fait de stocker les germlines custom dans le .data. Il reste à ce servir de cette info :)
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Marc, dans le c++, tu peux trouver les noms de fichiers dans germline->f_reps_[345].
Il peut y avoir plusieurs fichiers pour le V (...Marc a bien fait de stocker les germlines custom dans le .data. Il reste à ce servir de cette info :)
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Marc, dans le c++, tu peux trouver les noms de fichiers dans germline->f_reps_[345].
Il peut y avoir plusieurs fichiers pour le V (le D, le J).
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c++ output custom germline >> 8bee7be387dafb634b
js load custom germline >> 941126bade392549f
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Super !
Cela marche effectivement sur rbx (voir UPNT 14-08)
... j'ai du cependant éditer le fichier "fused" à la main pour ne laisser qu'un bloc custom.
On va faire d'abord simple, supposer que tous les customs sont identiques (idéalement le vérifier) et garder le premier.
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#1222, #1223, #1224
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1219Droit de lancement vidjil : sur toutes les configs, par config ?2016-11-29T14:33:20+01:00Vidjil TeamDroit de lancement vidjil : sur toutes les configs, par config ?Avant de donner à des utilisateurs le droit d'éxécuter vidjil, il faudrait nettoyer les configs...
et d'ailleurs, donne-leur t-on le droit d'éxécuter toutes les configs, ou juste certaines ?
A voir, pour ne pas que cela soit trop lourd ...Avant de donner à des utilisateurs le droit d'éxécuter vidjil, il faudrait nettoyer les configs...
et d'ailleurs, donne-leur t-on le droit d'éxécuter toutes les configs, ou juste certaines ?
A voir, pour ne pas que cela soit trop lourd au point de vue permissions
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On a discuté la semaine dernière : pas de droits pour l'instant, on laisse accès à Nikos à toutes les configs. À rediscuter dans quelques temps.
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ok pour droits par config !
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Génial
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1204Parser le MultiGermlines depuis germlines.data2016-11-29T14:33:09+01:00Vidjil TeamParser le MultiGermlines depuis germlines.dataRien d'urgent, pas besoin que cela soit fait pour 2014.10
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fonction MultiGermline::MultiGermline(string f_germlines_json) à compléter...
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pour la release 2014.12
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Non, par pour décembre. Pour 2015.01 ?
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Remonté. Cela permettr...Rien d'urgent, pas besoin que cela soit fait pour 2014.10
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fonction MultiGermline::MultiGermline(string f_germlines_json) à compléter...
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pour la release 2014.12
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Non, par pour décembre. Pour 2015.01 ?
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Remonté. Cela permettrait de jouer de manière plus générique avec les incomplets
(et pourquoi pas d'avoir des mécanisme d'optimisation semi-automatiques pour les graines et autres)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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json parser ?
https://bitbucket.org/zserge/jsmn/src/6979f2e6ffa5?at=default
http://lionet.livejournal.com/118853.html (russe)
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https://github.com/nlohmann/json
-une librairie moderne (2eme en popularité sur github alors qu'elle a a peine plus d'un an)
-license MIT
-possibilité de l'inclure avec un seul fichier .h
-on a presque l'impression de faire du json en c++
exemple :
json j2 = {
{"pi", 3.141},
{"happy", true},
{"name", "Niels"},
{"nothing", nullptr},
{"answer", {
{"everything", 42}
}},
{"list", {1, 0, 2}},
{"object", {
{"currency", "USD"},
{"value", 42.99}
}}
};
oui oui c'est bien du c++
testé sur vidjil mais il faut rajouter -std=c++11
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Aha...
> testé sur vidjil mais il faut rajouter -std=c++11
Il y a une tâche "C++11" dans le bugtracker.
En fait, au tout début de Vidjil C++, il y a >2 ans, David avait voulu faire du C++11 et on avait dit non... car on n'arrivait tout simplement pas à compiler / installer les trucs.
Bref, discussion à passer sur la tâche C++11.
Si on accepte C++11, pas de pb pour ton choix.
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Donc ok, une fois que watir est fait :)
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(Stocker la lib dans algo/lib)
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(et donc, sur branche c++11 pour l'instant)
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pour release 2014.03 ?
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Notons que cela dépend de c++11, et qu'il faut d'abord qu'on progresse en intégration continue. Bref, on ralentit un peu cette tâche, on a d'autres choses à faire en mars...
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merci
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1195Pouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonne2016-11-29T14:33:02+01:00Vidjil TeamPouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonnePar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
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super
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@DuezPar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
***
super
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1179Formulaire admin pour modifier un utilisateur2017-01-04T16:12:11+01:00Vidjil TeamFormulaire admin pour modifier un utilisateurPour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
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menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tou...Pour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
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menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tous. Un robot pourrait très bien remplir la BDD avec plein de comptes bidons.
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merci ! Il ne manque plus que pouvoir modifier ou supprimer un user, mais ce n'est pas urgent
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Je remets au goût du jour cette tâche. Ne pas pouvoir modifier l'utilisateur peut être bloquant pour les serveurs déployés à l'extérieur. Les responsables ne vont pas forcément s'amuser à taper dans la BD à la main.
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Tout à fait. Voir aussi #1682
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@RyanHerb @magiraud @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1175Vue admin: savoir de qui vient chaque fichier2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamVue admin: savoir de qui vient chaque fichierpar exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploa...par exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploader
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1160web2py devrait se mettre dans /mnt/result pour se lancer2016-11-29T14:32:35+01:00Vidjil Teamweb2py devrait se mettre dans /mnt/result pour se lancer0764e95. On ne fait pas de os.chdir, mais les fichiers de résultats sont directement dans /mnt/result
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@magiraud @mikael-s0764e95. On ne fait pas de os.chdir, mais les fichiers de résultats sont directement dans /mnt/result
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1151'Last processing' devrait aussi afficher l'heure2016-11-29T14:32:29+01:00Vidjil Team'Last processing' devrait aussi afficher l'heureQue ce soit dans la vue des points ou dans la vue admin, on aimerait avoir l'heure, par exemple "2014-09-17 10:04". En particulier quand on est en train de lancer des choses ou de les monitorer (ou de relancer tout), l'heure est importan...Que ce soit dans la vue des points ou dans la vue admin, on aimerait avoir l'heure, par exemple "2014-09-17 10:04". En particulier quand on est en train de lancer des choses ou de les monitorer (ou de relancer tout), l'heure est importante
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1142Visualiser la sortie standard de ce qui a tourné2016-11-29T14:32:23+01:00Vidjil TeamVisualiser la sortie standard de ce qui a tournéA côté du "last processed", un petit bouton pour visualiser la sortie standard du dernier calcul de Vidjil-algo/autre logiciel.
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accesible en cliquant sur last processing date => info du run correspondant (output/status/date)
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Yeah...A côté du "last processed", un petit bouton pour visualiser la sortie standard du dernier calcul de Vidjil-algo/autre logiciel.
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accesible en cliquant sur last processing date => info du run correspondant (output/status/date)
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Yeah, cela va être super pratique, merci !
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Et puis idéalement, on aimerait aussi pouvoir la voir dans la vue admin
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'\n', ok maintenant
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1121Mathieu: compléter ce fichier avec un diff2016-11-29T14:32:05+01:00Vidjil TeamMathieu: compléter ce fichier avec un diff
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#1118
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#1118https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1120Marc: faire un fichier python qui itère sur les couples de fichiers (old, new)2016-11-29T14:32:05+01:00Vidjil TeamMarc: faire un fichier python qui itère sur les couples de fichiers (old, new)
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#1118
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#1118https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1119Marc: ne pas supprimer les anciens runs2016-11-29T14:32:05+01:00Vidjil TeamMarc: ne pas supprimer les anciens runs
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#1118
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#1118https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1118Méga-test fonctionnel, cohérence entre plusieurs "runs" à des mois d'intervalle2016-11-29T14:32:05+01:00Vidjil TeamMéga-test fonctionnel, cohérence entre plusieurs "runs" à des mois d'intervalleJuste des réflexions, on en parlera un jour ensemble.
Lors d'une évolution de vidjil/algo, serait-ce intéressant de comparer sur *tous* les fichiers de la database que les résultats sont toujours bons ?
Ou bien lorsque l'admin ferait "...Juste des réflexions, on en parlera un jour ensemble.
Lors d'une évolution de vidjil/algo, serait-ce intéressant de comparer sur *tous* les fichiers de la database que les résultats sont toujours bons ?
Ou bien lorsque l'admin ferait "relance all" ?
Autre manière de voir la chose : si un utilisateur fait "run" et qu'on a amélioré/changé le cpp, il ne trouve pas forcément la même chose. C'est voulu / documenté / warning ? Peut-il revenir en arrière s'il n'est pas content ?
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Marc, merci de regarder rapidement cela, tu nous disais mercredi dernier que c'était facile de ne pas supprimer les anciens runs... J'en ai besoin pour relancer sur rbx avec la nouvelle version
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e8b0805 compare-last-results.py
pour l'instant lancement manuel, on verra comment on améliorera cela ensuite
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#1119, #1120, #1121
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@magiraud