vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-04-14T17:16:50+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1679Avoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le...2017-04-14T17:16:50+02:00Vidjil TeamAvoir un paramètre pour afficher dans la liste / dans le status des clones le nom sans allèles ou pas- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
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Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when ...- au moins quand il y en a un seul (*01) (gain de place, gain de lecture)
- quand il y en a plusieurs, option ? Que signifie alors 4//5 ? Par rapport au *01 ?
***
Trois réglages dans "settings > allele names"
- always
- when not *01
- never
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On les garde dans le exportFasta ? dans le rapport ?
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@CyanaelWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2032Modifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la pag...2017-04-12T14:07:43+02:00Vidjil TeamModifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la page d'ArmandDiscussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au...Discussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au modèle, via parseJsonData.
Il faut donc modifier le contrôleur : c'est lui qui gérait le formulaire, c'est inutile maintenant et renvoyer un JSON.
Poke @magiraud
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/907normalisation2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil Teamnormalisationproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1198Formule de normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamFormule de normalisationNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @DuezNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1293Animations superflues lors de la normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamAnimations superflues lors de la normalisationIl y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent...Il y a des éléments qui bougent de toute part (dont la barre de sélection du point, et certaines légendes). Cela se voit en particulier quand on bascule dans le menu settings/normalisation.
(OK pour une animation des clones qui évoluent normalisé <> non normalisé)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1303Éléments qui bougent suite à une normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamÉléments qui bougent suite à une normalisationraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezraison : ordre des éléments dans le graphique
solution : rajouter des éléments invisibles dans la légende
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1919Multi-threader web2py2017-03-22T17:36:24+01:00Vidjil TeamMulti-threader web2pyApparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
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Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You...Apparemment web2py par défaut devrait être multi-threadé, voir pourquoi il ne l'est pas. Cela pourrait résoudre pas mal de timeouts.
***
Tiens, on apprend des choses au redémarrage de web2py :
*** Python threads support is disabled. You can enable it with --enable-threads ***
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Après vérification, nous avons 4 processus web2py qui tournent. D'après ce post: https://groups.google.com/forum/#!topic/web2py/mPdn1ClxLTI c'est tout à fait ce qu'il faut avoir.
Les requêtes sont encore bloquantes.
Activer le flag enable-threads n'a rien changé sur mon environnement.
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@RyanHerbWeb 2017.03https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1658Histogrammes: légende axe Y2017-03-11T07:08:35+01:00Vidjil TeamHistogrammes: légende axe YLa légende de l'axe Y doit être "size", avec une légende en %
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commit f9f0e8
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@CyanaelLa légende de l'axe Y doit être "size", avec une légende en %
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commit f9f0e8
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1745Run / SampleSet / Tags ?2017-02-08T13:45:15+01:00Vidjil TeamRun / SampleSet / Tags ?Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Pati...Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Patient a un SampleSet
- juste créer des Tags associés à chaque Sample
Dans tous les cas, un Sample pourrait être affecté à zéro (!) ou un Run et zéro ou un Patient. (Voire à plusieurs, approche Tags...)
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Et le browser peut limiter utilement les délires d'informaticiens qu'on pourrait avoir (comme transformer un Run en Patient :-)
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On en discute vendredi 4, idées bienvenues.
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ping
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Table inheritance ? http://thadeusb.com/weblog/2010/1/4/table_inheritance_with_web2py_dal
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Consiste en une copie brute ? Peut-être pas super propre…
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Le sample set est déployé sur http://dev.vidjil.org et http://test.vidjil.org.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1670Mettre à disposition le fichier .vdj.fa depuis le browser2017-02-01T21:29:57+01:00Vidjil TeamMettre à disposition le fichier .vdj.fa depuis le browserAu moins un utilisateur (Benjamin) est intéressé.
Nous avons ce fichier, il est calculé par défaut.
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@nobodyAu moins un utilisateur (Benjamin) est intéressé.
Nous avons ce fichier, il est calculé par défaut.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1175Vue admin: savoir de qui vient chaque fichier2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamVue admin: savoir de qui vient chaque fichierpar exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploa...par exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploader
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1939VidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?2017-01-31T17:37:21+01:00Vidjil TeamVidjilAuth.get_permission(): le cache est-il fonctionnel ?oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
***
oui, 4f516bb
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@mikael-soui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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oui, 4f516bb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
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J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1179Formulaire admin pour modifier un utilisateur2017-01-04T16:12:11+01:00Vidjil TeamFormulaire admin pour modifier un utilisateurPour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
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menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tou...Pour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
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menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tous. Un robot pourrait très bien remplir la BDD avec plein de comptes bidons.
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merci ! Il ne manque plus que pouvoir modifier ou supprimer un user, mais ce n'est pas urgent
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Je remets au goût du jour cette tâche. Ne pas pouvoir modifier l'utilisateur peut être bloquant pour les serveurs déployés à l'extérieur. Les responsables ne vont pas forcément s'amuser à taper dans la BD à la main.
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Tout à fait. Voir aussi #1682
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@RyanHerb @magiraud @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1825annotations: affichage par défaut, en gris2016-12-27T16:14:19+01:00Vidjil Teamannotations: affichage par défaut, en grisOn en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : s...On en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : si on double-clique dessus, alors le champ est bien vide. C'est juste pour aider/inciter les utilisateurs à remplir ce champ (surtout ceux qui ont rien mis dans "info", qui arrivent sur la page et qui peuvent se demander ce que sont ces boîtes.)
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attribut placeholder : http://www.w3schools.com/tags/att_textarea_placeholder.asp
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merci Mikaël !
0a8268e. Ryan, je te laisse vérifier que je n'ai pas fait de bêtises, j'ai changé le span en textarea, tout a l'air de fonctionner.
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cela dit placeholder fonctionne aussi avec span normalement (j'ai mis le lien vers textarea car je pensais qu'il s'agissait d'un textarea).
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Mmm... j'avais essayé, cela ne marchait pas. Cela dit, moralement ce champ est bien un textarea.
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Dans l'absolut, il aurait été possible de mettre des placeholders avec du css dans les spans.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1080mettre à jour doc/browser.org2016-12-16T09:18:06+01:00Vidjil Teammettre à jour doc/browser.org
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#1077
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#1077https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2025Les smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survole2016-11-29T14:43:23+01:00Vidjil TeamLes smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survoleSuite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
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Je précise qu'ils restent bien présents physique...Suite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
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Je précise qu'ils restent bien présents physiquement dans la liste, mais sont alors en display: none
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Merci pour ta vigilance.
6c623048
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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2998886
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1969calcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesse2016-11-29T14:42:43+01:00Vidjil Teamcalcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesseLe calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a ja...Le calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a jamais été modifié (6d46103 sur git vdj).
Cela semble toujours la bonne solution pour le calcul de la séquence, mais pour la qualité moyenne, il faut continuer. Voir 67b7a6b sur windows_quality. Vérifier si cela est bien raisonnable, en particulier sur la vitesse de l'ensemble.
***
Pas d'incidence sur la vitesse de l'ensemble.
Branche window_quality mergée dans dev.
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,73s user 0,26s system 99% cpu 16,099 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,52s user 0,22s system 99% cpu 15,762 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,71s user 0,25s system 99% cpu 16,069 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,58s user 0,22s system 99% cpu 15,866 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,62s user 0,24s system 99% cpu 15,968 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 16,42s user 0,26s system 99% cpu 16,741 total
***
@magiraud @mikael-s