vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:38:44+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1627should-to-tap devrait tester le code de sortie2016-11-29T14:38:44+01:00Vidjil Teamshould-to-tap devrait tester le code de sortiePar défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il...Par défaut, on s'attend à ce que le code de sortie soit 0. Cela devrait être testé.
Dans certains cas, ultra-minoritaires, on pourrait avoir une directive !EXIT ou autre imposant un autre code de sortie ou ignorant le code de sortie.
Il pourrait y avoir presque une ligne de plus dans le .tap pour témoigner du résultat.
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f8f89bb, 4187277
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1617Changer germline/genes et tests2016-11-29T14:38:37+01:00Vidjil TeamChanger germline/genes et tests- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gr...- encore un petit truc à corriger pour le test getHTMLinfo
- et idéalement, il faudrait quelque part un test direct pour changeLocus et ...
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note pour le test getHTMLinfo : on n'a pas besoin de mettre tout le div... en général, un gros bloc de code HTML vérifié tel quel n'est pas une bonne idée (dur à comprendre et dur à maintenir)
-> Faire un plus petit test (il peut par exemple s'arrêter après 1 ou 2 éléments de la liste)
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super !
Note que tu peux fermer toi-même les tâches quand c'est fait.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1612Mettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidate2020-08-27T11:50:40+02:00Vidjil TeamMettre en place la config vidjil-dev, qui lance release-candidatePlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-sPlutôt avoir une config qui lance l'algo sur la branche dev.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1611tools/align.cpp pour génération de matrice de distance2017-08-28T15:56:21+02:00Vidjil Teamtools/align.cpp pour génération de matrice de distanceCoucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice ...Coucou Marc,
Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice avec le code qui existe pour cela.
(Pour l'instant, il compare 2 séquences dans un fichier fasta, c'est plus un couteau suisse pour vérifier/tester nos procédures d'alignement.)
Les options sont gérées de manière magique par docopt.h : http://docopt.org/ https://github.com/docopt/docopt.cpp
Si tu as besoin d'explications, n'hésite pas.
(à terme, cgi/align.cpp sera aussi juste une sortie de tools/align.cpp)
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Euh… docopt ?
« Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »
On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?
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Discussion docopt mise aussi dans "refactorer options vidjil.cpp".
Pff... désolé je n'avais pas vu la dépendance, je ne sais pas pour tools/align.cpp. C'est un composant serveur, est-ce gênant ? (sur rbx, cela compile avec g++-4.9).
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1606Supprimer delta_max (et delta_min ?)2016-11-29T14:38:30+01:00Vidjil TeamSupprimer delta_max (et delta_min ?)Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-...Ils ne sont probablement pas souhaitables pour le KmerSegmenter, mais pour le FineSegmenter ?
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Ah, oui, il y a le Fine derrière. (Cela est lié avec tâche "ne pas Finesegmenter si ce n'est pas joli", titre de mémoire, bref avoir une e-value pour le Fine.
On peut déjà le supprimer pour le Kmer.
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Je serais partant de ne garder que le delta_min pour le Fine. Si on a KmerSegmenté avec de grosses insertions, c'est bizarre d'empêcher le Fine de trouver le bon alignement.
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oui, ok (mais peut-être que le Fine actuel ne va pas bien se comporter, on verra...)
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fait il y a un certain temps...
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1605Germline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmenter2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamGermline 'xxx': on aimerait aussi avoir le FineSegmentermettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
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et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer G...mettre dans labels de kmerstore.h un lien vers un objet Germline
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et ce n'est pas si évident: certaines affectations viennent de plusieurs Germline : d (TRD+) et k (IGK+).
Il faudrait pouvoir mettre plusieurs Germline et/ou changer Germline
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2015.12 sera une belle release :-)
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17e9c09
Voir tout de même la remarque dans le commit : si une même affectation vient de plusieurs germlines, seule une germline est renvoyée/utilisée. Bref, on risque de ne pas détecter des 'xxx' avec Intron.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1601Changer les gènes V(D)J d'un clone2016-11-29T14:38:26+01:00Vidjil TeamChanger les gènes V(D)J d'un cloneImportant pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroula...Important pour faire « changer le germline d'un clone » https://www.producteev.com/workspace/t/553ffeedb2fa094517000002
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Comme pour l'autre tâche, l'idée est d'avoir un bouton pour éditer dans getInfoHtml (qui ouvre une liste déroulante pour choisir le bon V et le bon J)
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Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
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Fait; Voir le changement de stats induit
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super !
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1600Versions longues des gènes2020-11-13T19:27:40+01:00Vidjil TeamVersions longues des gènesRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
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@mikael-sRegarder en détail le ESG_Guidelines.pdf (Yann, 26 mars)
- pour TRD, avoir plus de 40
- et en général ?
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1595Un test ne passe pas chez Ping2016-11-29T14:38:22+01:00Vidjil TeamUn test ne passe pas chez Pingpython ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
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On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ...python ../../tools/format_json.py -1
n'est pas allée jusqu'au bout. Pb de sync ? parenthésage ?
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On dirait que la sortie standard de
!LAUNCH: ../../vidjil -z 0 -G ../../germline/IGH -w 60 -r 5 -b data ../../data/Stanford_S22.fasta ; cat out/data.vidjil
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C'était donc un pb de version python
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1594Fournir des versions précompilées ?2016-11-29T14:38:21+01:00Vidjil TeamFournir des versions précompilées ?Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
***
Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -stat...Est-ce que cela servirait à quelque chose ? Et ce ne serait pas trop compliqué de notre côté ?
Cela peut être encore plus intéressant lorsqu'on passera à C++11.
***
Non, ce n'est pas compliqué. Il faudrait compiler avec du -static -static-libstdc++ probablement (et vérifier que ce soit suffisant pour les machines qui n'ont pas zlib installé) afin que cela marche sur différentes distrib.
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858eeb7
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L'exécutable résultant fait 4,2M contre 2,4M par défaut.
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super !
Sur rbx, -g germline -i data/Stanford_S22.fasta
./vidjil-static 5.20s 5.23s 5.24s (2.4 MB)
./vidjil 5.34s 5.33s 5.30s (473 KB)
vidjil-static 1% plus rapide... et pas sûr que cela soit toujours le cas pour les plus gros jeux.
***
toujours sur rbx :
./vidjil-static-from-bioinfo-inria 5.35s 5.37s 5.38s (2.3 MB)
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Bref, il ne reste plus qu'à les diffuser sur le web ;-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1590Accéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenter2016-11-29T14:38:18+01:00Vidjil TeamAccéder à la fenêtre d'info de chaque clone depuis le segmenterOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
***
@flothoniOn aimerait, dans le segmenter, avoir le lien "i" à droite de l'étoile de la même manière que dans la liste des clones.
***
fait par Marc
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1585Plot : avoir une légendre pour certains axes ?2016-11-29T14:38:14+01:00Vidjil TeamPlot : avoir une légendre pour certains axes ?Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie...Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie vite ce qu'on a sélectionné.
Bref, faudrait-il mettre des légendes ? Ce serait alors redondant avec le mini-menu plot, qui est très élégant.
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Excellent !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1579k-mers communs entre IGHV et IGHD2021-03-17T23:19:38+01:00Vidjil Teamk-mers communs entre IGHV et IGHDMikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre ver...Mikaël, à propos d'IGH : "Une partie du problème vient du fait que deux gènes D ont des k-mers partagés avec des gènes V. Cela peut être vérifié facilement :
./vidjil -G germline/IGH -K germline/IGHD.fa
Du coup cela décale la fenêtre vers la droite et on a une moins bonne
spécificité."
La sotie en question :
>J00234|IGHD2-15*01|Homo
AGGATATTGTAGTGGTGGTAGCTGCTACTCC
_ _ _ _ _ _ _ _+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _
>X93616|IGHD3-22*01|Homo
GTATTACTATGATAGTAGTGGTTATTACTAC
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _
***
- modifier notre graine d'IGH pour que cela n'arrive pas ?
- prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus ? (Finalement, jusqu'à maintenant le rep D ne sert pas du tout pour le KmerSegmenter !)
- décaler la window pour compenser ?
***
J'avais oublié, mais ton merge de voodooj me l'a rappelé : le -t 100 solutionne cela : « Interestingly with -w 100, the number of foud windows is much larger because now the window is better centered around the junction. ». Par chance les k-mers partagés avec les gènes D ne sont pas dans les 100 derniers nucléotides des V.
***
la chance est avec nous :-)
La solution 2 "prendre en compte le répertoire D pour marquer certains k-mers de V et de J ambigus" me semble tout de même raisonnable et robuste.
***
On n'était pas si chanceux que cela, même avec le -t 100 :
../../vidjil -y 0 -s '#####-#####' -K -G ../../germline/IGH -u ../../data/common-D-V.fa
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
en insérant aussi les D :
+X+X+X+X+X+X+X+X+X+X _ _ _ _ _ _ _ _ _ ?+f+f+f+f+f+f _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+x+x+x+x+x+x+x+x+x+x
ok, c'est une graine non-standard.
***
c23b5d2
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1576Pas de représentative pour les séquences étiquetées2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamPas de représentative pour les séquences étiquetéesstanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la conditio...stanford-labels.should_get passe... mais génère une exception "No representative for junction".
C'est normal vu les conditions de WindowsStorage::getRepresentativeComputer().
Cela veut dire qu'on peut utiliser -FaW... mais à la condition de mettre -r 1.
En tout cas, c'est un bug.
***
f3cab65
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1574Envoyer des clones à BLAST2016-11-29T14:38:06+01:00Vidjil TeamEnvoyer des clones à BLASTIl faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. ...Il faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.
Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. Peux-tu regarder, ou au moins dire quelles options tu utilises ?
***
J'avais regardé ils ont une API mais pas pour lancer Blast il faudra passer par la simulation de formulaire aussi.
http://www.ensembl.org/Multi/Tools/Blast?db=core
J'utilise les options par défaut. Le hic (petit, mais quand même), c'est que les séquences sont cherchées sur l'humain par défaut. Pour la souris ou le rat… il faudrait changer.
***
ok... il n'y a plus qu'à trouver un volontaire pour faire cela (crossDomain.js / segmenter.js) :-)
Dans un premier temps, si l'humain fonctionne, c'est déjà cela (est-ce que la souris et le rat fonctionnent sur IMGT et IgBlast ?)
***
utiliser aussi les fonctions exportFasta du modèle ?
***
Fait.
J'ai utiliser l'API, et mis les paramètres de bases.
***
Bien. Chez moi cela fonctionne... mais pour un clone.
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@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1566Warning pour une mauvaise e-valeur2019-09-16T16:58:45+02:00Vidjil TeamWarning pour une mauvaise e-valeurUne mauvaise e-valeur (par exemple > 1e-6) pourrait aussi déclencher un warning, de la même manière qu’une faible coverage
***
fait, non ?
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oui, 0043368
***
@magiraud @mikael-sUne mauvaise e-valeur (par exemple > 1e-6) pourrait aussi déclencher un warning, de la même manière qu’une faible coverage
***
fait, non ?
***
oui, 0043368
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1563Avoir accès à l'historique des résultats pour un fichier et une config donnée2017-07-10T17:01:51+02:00Vidjil TeamAvoir accès à l'historique des résultats pour un fichier et une config donnéeParfois on relance des calculs (typiquement ça va être le cas pour les patients de Lille pour lesquels on aura corrigé le bug « 1 clone, plusieurs représentatives), mais on a envie d'avoir accès aux anciens résultats, pour une même confi...Parfois on relance des calculs (typiquement ça va être le cas pour les patients de Lille pour lesquels on aura corrigé le bug « 1 clone, plusieurs représentatives), mais on a envie d'avoir accès aux anciens résultats, pour une même config.
Plus généralement on garde tous les résultats, mais ça n'apparait pas (on ne le voit que quand on efface le dernier résultat), c'est dommage. On pourrait avoir une liste déroulante pour choisir un autre résultat que le dernier (s'il y en a plus d'un, évidemment).
***
Oui, excellente idée !
Idéalement, on aimerait même savoir quel est le % segmenté ou d'autres choses comme cela. Actuellement, cela demanderait de parser les .vidjil (bref un stats par patient).
***
Et dans le compare patients aussi (à voir comment on fait pour ne pas se retrouver avec des milliers de lignes…) : on peut vouloir comparer deux résultats sur une même config sur un même fichier.
***
Avoir un historique facile d'accès (liste déroulante sur la liste des sequence_file) ne semble pas si facile. Je n'ai pas réussi à faire reconnaitre du JS inclu dans une balise <script> envoyé par le serveur (donc pas de bind JQuery, et pas de possibilité d'appeler une fonction liée par les attribus HTML5 (comme onchange ou onclick).
Une solution serait de forcer l'extraction et l'évaluation de balises script au moment de l'affichage (dans database.js). Qu'en pensez-vous ?
Pour l'instant je me contente d'une nouvelle page, qui sera mieux adaptée pour proposer les comparaisons de fichiers, mais n'apporte pas l'ergonomie de la liste déroulante pour visualiser un fichier unique.
***
Finalement, comme vu avec Mathieu j'ai modifié la page default/custom (la page de comparaison entre patients) pour pouvoir spécifier un patient_id et donc non seulement limiter la recherche à un client unique, mais également d'avoir accès à tous les résultats plutôt qu'à la plus récente.
La page a bien entendu conservé toute sa fonctionnalité originale lorsqu'on y accède sans spécifier de patient_id.
***
C'est merge sur dev, mais je n'ai pas encore réussi à tester les comparaisons (j'ai essayé sur test et en local).
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1562should-vdj: option revcomp2019-02-14T18:11:24+01:00Vidjil Teamshould-vdj: option revcompOption magique à should-vdj qui lance aussi sur le revcomp et vérifie qu'on a les bonnes choses.
Un peu bourrin, mais cela multiplie quasiment par deux le nombre de tests :)
***
4e9cba4...f0bd00d C'est pas rigolo, c'est passé du premier ...Option magique à should-vdj qui lance aussi sur le revcomp et vérifie qu'on a les bonnes choses.
Un peu bourrin, mais cela multiplie quasiment par deux le nombre de tests :)
***
4e9cba4...f0bd00d C'est pas rigolo, c'est passé du premier coup :)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1553Changer le germline d'un clone2017-12-04T14:55:54+01:00Vidjil TeamChanger le germline d'un cloneCela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info pa...Cela permettrait de répondre à plusieurs questions :
- bouger des clones mal affectés, en récupérer (xxx > IGH+)
- et ignorer vraiment des clones dont on ne veut pas (un locus > xxx)
1) Si c'est dans le .analysis, est-ce que l'info passe bien ?
2) Quelle procédure pour changer ? (réfléchir aussi au changement de V / de J, peut-être dans le info)
***
pour 2), le germline apparait maintenant dans getInfoHtml, ce serait le bon endroit pour avoir un bouton pour éditer
***
Marc : « en soit c'est facile, mais ça change toutes les stats et il faudrait la sauvegarder ou rejouer le changement »
***
Marc : « il crée la liste des gènes en fonction des gènes réellement utilisés. C'est fait à chaque fois qu'on change de germline. Il faudrait relancer la fonction qui calcule cela quand on change le germline d'un clone. »
***
Dépend de « changer les gènes V/D/J d'un clone » : https://www.producteev.com/workspace/t/555b3f53b1fa09245f000000
***
Vu ensemble : ok, bien, n'afficher les listes déroulantes que lorsqu'on clique sur un bouton "edit" dans la barre de titre "segmentation"
***
fait.
***
voir les changments de stats induits
***
Parfait, merci !
***
e105a41: Je viens de faire en sorte que le bouton ne soit visible que lorsqu'on est en mode développement (faire Ctrl-A). J'ai en effet besoin de mettre à jour le browser sur rbx et d'utiliser master.
***
Oups... tu as commité des choses aujourd'hui dans "florian", mais sans récupérer avant ce que j'avais mis dans "master" hier... cela sent le conflit lorsque tu vas devoir merger...
***
Euh... en fait non, ton dernier commit 9b1ea5b est bien une reprise de ce qui est dans master... mais c'est bizarre, ce n'est pas un commit de merge. On en discutera demain.
***
... en tout cas c'est très joli comme cela !
***
@flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1550selected locus est initialisé avec le nombre de segmented reads2016-11-29T14:37:48+01:00Vidjil Teamselected locus est initialisé avec le nombre de segmented readsAlors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bu...Alors qu'en fait la somme des reads segmentés sur les locus montrés ne fait pas forcément le nombre total de reads segmentés (il peut y avoir des systèmes non montrés avec des clones n'apparaissant pas dans le top 100).
Pour voir le bug : désélectionner des locus et en ré-sélectionner.
***
et de plus, si on déselectionne tout et resélectionne tout, le selected est... supérieur au nombre de segmented reads
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=11
***
Apparemment ce n'est plus reproductible.
L'exemple précédent était très vieux.
Plus de soucis : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=444&config=25
J'ai bien l'impression que, maintenant, à l'init, la somme est directement le segmented reads. Mikaël, tu confirmes ?
***
Oui ça semble bon. Marqué terminé.
***
@magiraud @mikael-s