vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:32:10+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1124Visualisation (presque bon)2016-11-29T14:32:10+01:00Vidjil TeamVisualisation (presque bon)
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#1123
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#1123https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1125Algo (non, attente) (mais si, -g fonctionne...)2016-11-29T14:32:10+01:00Vidjil TeamAlgo (non, attente) (mais si, -g fonctionne...)
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#1123
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#1123https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1126Database (+ lancement ?)2016-11-29T14:32:10+01:00Vidjil TeamDatabase (+ lancement ?)
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#1123
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#1123https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1142Visualiser la sortie standard de ce qui a tourné2016-11-29T14:32:23+01:00Vidjil TeamVisualiser la sortie standard de ce qui a tournéA côté du "last processed", un petit bouton pour visualiser la sortie standard du dernier calcul de Vidjil-algo/autre logiciel.
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accesible en cliquant sur last processing date => info du run correspondant (output/status/date)
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Yeah...A côté du "last processed", un petit bouton pour visualiser la sortie standard du dernier calcul de Vidjil-algo/autre logiciel.
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accesible en cliquant sur last processing date => info du run correspondant (output/status/date)
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Yeah, cela va être super pratique, merci !
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Et puis idéalement, on aimerait aussi pouvoir la voir dans la vue admin
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'\n', ok maintenant
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1147Re-partitionner /home2016-11-29T14:32:26+01:00Vidjil TeamRe-partitionner /home600 Go : upload (fasta), vérifier que les fichiers arrivent direct dedans
100 Go : résultat + espace travail Vidjil-algo/Brno
le reste > 100 Go : home (www-data n'écrit pas, sauf peut-être pour le dev dans le git)
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/dev/sda2 réduite à...600 Go : upload (fasta), vérifier que les fichiers arrivent direct dedans
100 Go : résultat + espace travail Vidjil-algo/Brno
le reste > 100 Go : home (www-data n'écrit pas, sauf peut-être pour le dev dans le git)
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/dev/sda2 réduite à 600 GB
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/dev/sda2 600GB /mnt/upload (à maximiser, elle ne fait que 500 GB ?)
/dev/sda5 100GB /home
/dev/sda6 200GB /result
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pour le log:
e2fsck -f /dev/sda2
resize2fs /dev/sda2 600G
resize2fs /dev/sda2 500G (pour être sur d'avoir assez de place, je ne suis pas sûr de comment ils comptent les G entre resize2fs et fdisk)
fdisk > supprimer > recréer les partitions
e2fsck -f /dev/sda2
puis /etc/fstab
puis déplacement à la mimine de ce qui doit revenir dans /home
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resize2fs sur /dev/sda2 : 591 GB
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1151'Last processing' devrait aussi afficher l'heure2016-11-29T14:32:29+01:00Vidjil Team'Last processing' devrait aussi afficher l'heureQue ce soit dans la vue des points ou dans la vue admin, on aimerait avoir l'heure, par exemple "2014-09-17 10:04". En particulier quand on est en train de lancer des choses ou de les monitorer (ou de relancer tout), l'heure est importan...Que ce soit dans la vue des points ou dans la vue admin, on aimerait avoir l'heure, par exemple "2014-09-17 10:04". En particulier quand on est en train de lancer des choses ou de les monitorer (ou de relancer tout), l'heure est importante
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1157Sélection multiple sur OS X avec xxx+clic2016-11-29T14:32:33+01:00Vidjil TeamSélection multiple sur OS X avec xxx+clicActuellement, ne marche plus sur OS X ?
Avant, c'était toujours multiple, je sais qu'on a changé... à rediscuter
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je confirme, marche pas chez moi :-)
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Je confirme : sous OSX, ni Shift, ni Pomme, ni Ctrl, ni Alt ne permet de faire ...Actuellement, ne marche plus sur OS X ?
Avant, c'était toujours multiple, je sais qu'on a changé... à rediscuter
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je confirme, marche pas chez moi :-)
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Je confirme : sous OSX, ni Shift, ni Pomme, ni Ctrl, ni Alt ne permet de faire une sélection multiple. Je n'ai pas essayé les 16 combinaisons :-)
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(que ce soit sous Safari ou sous Firefox)
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Ce bug est plus que confirmé, plusieurs utilsateurs sous OS X ne peuvent pas faire des sélections multiples.
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il y avait une personne sous Mac (Ludovic ?) qui arrivait à faire de la sélection multiple (avec pomme ou shift+pomme)
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b461f5c. Yououh, après plus d'un an d'abstinence je découvre la sélection multiple. Quelle belle application :-)
(Merci de vérifier que cela passe pour vous, alt/ctrl/meta devraient être acceptés)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1160web2py devrait se mettre dans /mnt/result pour se lancer2016-11-29T14:32:35+01:00Vidjil Teamweb2py devrait se mettre dans /mnt/result pour se lancer0764e95. On ne fait pas de os.chdir, mais les fichiers de résultats sont directement dans /mnt/result
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@magiraud @mikael-s0764e95. On ne fait pas de os.chdir, mais les fichiers de résultats sont directement dans /mnt/result
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1162Surveiller les erreurs / tickets sur le serveur / tickets à envoyer par mail2016-11-29T14:32:37+01:00Vidjil TeamSurveiller les erreurs / tickets sur le serveur / tickets à envoyer par mailhttps://rbx.vidjil.org/admin/default/errors/vidjil
https://rbx.vidjil.org/admin/default/errors/admin
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Je viens de faire une passe de mon côté, en supprimant ce qui venait de mes manips.
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Marc, cela vaut le coup que tu y jettes un c...https://rbx.vidjil.org/admin/default/errors/vidjil
https://rbx.vidjil.org/admin/default/errors/admin
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Je viens de faire une passe de mon côté, en supprimant ce qui venait de mes manips.
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Marc, cela vaut le coup que tu y jettes un coup d'oeil... des erreurs ici signifient des utilisateurs qui ne savent pas quoi faire ;-)
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priorité baissée, il n'y a pas trop d'erreurs en ce moment
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Ce serait tout de même bien plus robuste d'avoir cela par mail, ou au moins dans le log.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1172IMGT API: récupérer directement en .csv, intégrer des résultats au segmenter2016-11-29T14:32:44+01:00Vidjil TeamIMGT API: récupérer directement en .csv, intégrer des résultats au segmenterRévolution à Montpellier : pourraient-ils avoir une API ? Pour V-QUEST ?
Véronique nous conseille de demander par mail à elle + MPL + Patrice Duroux
(PD : 3D, adminsys pour tout IMGT)
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Peut-être leur faire coucou par mail cette semai...Révolution à Montpellier : pourraient-ils avoir une API ? Pour V-QUEST ?
Véronique nous conseille de demander par mail à elle + MPL + Patrice Duroux
(PD : 3D, adminsys pour tout IMGT)
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Peut-être leur faire coucou par mail cette semaine, avant que Marc n'aille les voir ?
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ok, mail envoyé, à voir si on a des nouvelles mardi ou plus tard...
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il n'étaient pas prêt à faire un POST, le formulaire leur va très bien...
En rediscuter dans longtemps, disons 6 mois.
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Confirmé, Véronique fait cela en mai (mais tjs formulaire)
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IMGT relancé vendredi 12 juin
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"Ce sera pour la prochaine version d'IMGT/V-QUEST".
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C'est à nous de le faire... au minimum, répondre...
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Ce serait bien d'avoir avancé là-dessus avant EC-NGS, où on va forcément les voir...
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mail avant EC-NGS, Ryan pourrait s'y mettre en novembre ?
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Pour fin novembre (cf mail IMGT)
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-> François nov/déc
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Libby/Fred hier soir soutiennent complètement ce point.
IMGT et Vidjil sont complémentaires.
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On fera un mail à IMGT lorsque François aura un truc fonctionnel.
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Yeah.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1175Vue admin: savoir de qui vient chaque fichier2017-01-31T17:37:57+01:00Vidjil TeamVue admin: savoir de qui vient chaque fichierpar exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploa...par exemple comme ce qui se fait pour les configs: avoir une simple liste de type
Lille, ECNGS
de ceux qui ont accès en dehors de System admin
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479944e : pour l'instant une liste d'ids de groupes
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Qui a fait quoi, déjà uploader
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1179Formulaire admin pour modifier un utilisateur2017-01-04T16:12:11+01:00Vidjil TeamFormulaire admin pour modifier un utilisateurPour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
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menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tou...Pour l'instant, ajouter un utilisateur se fait toujours par le register caché :)
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db.call('default/user/register')
***
menu A (Ctrl A) : possible
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Le formulaire n'est pas un formulaire d'administration et est accessible à tous. Un robot pourrait très bien remplir la BDD avec plein de comptes bidons.
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merci ! Il ne manque plus que pouvoir modifier ou supprimer un user, mais ce n'est pas urgent
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Je remets au goût du jour cette tâche. Ne pas pouvoir modifier l'utilisateur peut être bloquant pour les serveurs déployés à l'extérieur. Les responsables ne vont pas forcément s'amuser à taper dans la BD à la main.
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Tout à fait. Voir aussi #1682
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@RyanHerb @magiraud @mikael-s https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1181vidjil.cpp: supprimer clustalw2016-11-29T14:32:52+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: supprimer clustalw
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#1182
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@magiraud
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#1182
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1182Tout ce qui touche au clustalw2016-11-29T14:32:52+01:00Vidjil TeamTout ce qui touche au clustalw
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#1181
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#1181https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1183vidjil.cpp: alléger le traitement de cluster-junctions.cpp2016-11-29T14:32:53+01:00Vidjil Teamvidjil.cpp: alléger le traitement de cluster-junctions.cppÉtat actuel : les clusters faits par cluster-jonctions sont balladés partout dans vidjil.cpp, et alourdissent le code. En particulier, 1 représentative est cherché pour le cluster.
État proposé : le module cluster_jonctions est indépend...État actuel : les clusters faits par cluster-jonctions sont balladés partout dans vidjil.cpp, et alourdissent le code. En particulier, 1 représentative est cherché pour le cluster.
État proposé : le module cluster_jonctions est indépendant, son seul boulot est d'écrire dans le vidjil.data (et sur stdout ou ailleurs) quelques merge de clones. Mais 1 représentative = 1 clone de base. Cela va alléger le code.
Pour plus tard : on pourra même déporter cluster-junctions.cpp... dans une commande / prog indépendant, avec l'évaluation des distances et le calcul de la matrice, et tout cela pourrait être fait *après* fuse.py.
Mikaël, ton avis ? Marc était déjà plutôt pour.
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600ef3d~1..859aedf
bonus : une seule option -r au lieu de -r/-R
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sur 14-04/084 en TRG, les fichiers vidjil.data sont identiques par rapport à la release 2014.09
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1195Pouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonne2016-11-29T14:33:02+01:00Vidjil TeamPouvoir trier les tableaux de la base de données par n'importe quelle colonnePar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
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super
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@DuezPar exemple un clic sur le nom de la colonne.
Cela devient difficile (en particulier pour l'admin) de s'y retrouver dans les grands tableaux :-)
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>>1ad4f563370158
***
super
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1196certains process sont en TIMEOUT (Menar Menar), mais ont fonctionné2016-11-29T14:33:03+01:00Vidjil Teamcertains process sont en TIMEOUT (Menar Menar), mais ont fonctionnéun bug résolu hier par Marc: avant, décalage du à task <> run
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@magiraud @Duezun bug résolu hier par Marc: avant, décalage du à task <> run
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@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1198Formule de normalisation2017-04-03T16:41:11+02:00Vidjil TeamFormule de normalisationNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @DuezNotons que Martin veut faire quelque chose par rapport aux clones bruit (mais il pourra peut-être le faire avec les données externes)
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avec Martin
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@magiraud @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1200Anonymisation des données2016-11-29T14:33:06+01:00Vidjil TeamAnonymisation des donnéesQui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bie...Qui voit les noms/prénoms/birth ?
- soit seul le propriétaire (ceux qui ont les droits d'admin)
- soit ceux qui ont les droits d'écriture
(mais idéalement, il faudrait que le system admin ne voie pas tout cela...)
- ou bien faire un autre droit (lourd, on risque de ne plus s'y retrouver)
$Pour tous les autres :
- pour l'instant 3 lettres prénom / 3 lettres nom
- et par la suite on fera quelque chose de mieux. Identifiant hopital ? Hash ? id vidjil ?
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Pour l'instant trop flou, en rediscuter ensemble avant d'implémenter
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1202Sur rbx, le bouton "edit" à côté de la date des points ne fonctionne pas2016-11-29T14:33:08+01:00Vidjil TeamSur rbx, le bouton "edit" à côté de la date des points ne fonctionne pasfonctionne sur rework_data
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@Duezfonctionne sur rework_data
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@Duez