vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-12-27T16:14:19+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1825annotations: affichage par défaut, en gris2016-12-27T16:14:19+01:00Vidjil Teamannotations: affichage par défaut, en grisOn en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : s...On en avait parlé il y a quelque temps : si les champs sont vides (ou composés uniquement d'espaces), ce serait bien de voir "Comment on patient" et "Comment on sample" affiché en *gris*.
Ce n'est pas vraiment une valeur par défaut : si on double-clique dessus, alors le champ est bien vide. C'est juste pour aider/inciter les utilisateurs à remplir ce champ (surtout ceux qui ont rien mis dans "info", qui arrivent sur la page et qui peuvent se demander ce que sont ces boîtes.)
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attribut placeholder : http://www.w3schools.com/tags/att_textarea_placeholder.asp
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merci Mikaël !
0a8268e. Ryan, je te laisse vérifier que je n'ai pas fait de bêtises, j'ai changé le span en textarea, tout a l'air de fonctionner.
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cela dit placeholder fonctionne aussi avec span normalement (j'ai mis le lien vers textarea car je pensais qu'il s'agissait d'un textarea).
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Mmm... j'avais essayé, cela ne marchait pas. Cela dit, moralement ce champ est bien un textarea.
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Dans l'absolut, il aurait été possible de mettre des placeholders avec du css dans les spans.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1814split-from-imgt.py et IGHD_upstream2016-11-29T14:40:57+01:00Vidjil Teamsplit-from-imgt.py et IGHD_upstream0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobody0eccf62 : j'ai mis un test en "f1".
Il y a un vrai soucis : on a maintenant des séquences dans IGHD_upstream.fa qui n'ont rien à y faire.
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4839321
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1812Des séquences sont en reverse dans le .vidjil2016-11-29T14:40:55+01:00Vidjil TeamDes séquences sont en reverse dans le .vidjilEffectivement.
Entre 2015.12 et 2016.02, les séquences en SEG_- ne sont pas retournées dans le .vidjil. ARGH.
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rbx repassé en 2015.12 (+ relancé sur fichiers Demo L4 et X5).
Il va falloir prévenir les utilisateurs, on faisait n'import...Effectivement.
Entre 2015.12 et 2016.02, les séquences en SEG_- ne sont pas retournées dans le .vidjil. ARGH.
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rbx repassé en 2015.12 (+ relancé sur fichiers Demo L4 et X5).
Il va falloir prévenir les utilisateurs, on faisait n'importe quoi depuis 10 jours.
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À traiter donc pour 2016.03.
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bisect... et le gagnant est... 90b8bb4e :-)
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gloups
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7829f8bd
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Au fait, j'avais oublié que j'avais changé les configs pour lancer vidjil avec "-d". En revenant à 2015.12, "-d" n'existe plus... mais merci getopt qui est laxiste, il met juste un warning.
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1804Serveur lille, configuration2018-04-16T16:47:07+02:00Vidjil TeamServeur lille, configurationIl faut vraiment que Mikaël et Mathieu regardent aussi comment se connecter au serveur lillois :-) Vendredi ou lundi.
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Devient moins urgent.
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@magiraud @mikael-sIl faut vraiment que Mikaël et Mathieu regardent aussi comment se connecter au serveur lillois :-) Vendredi ou lundi.
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Devient moins urgent.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1803Accepter plusieurs -g dans la ligne de commande2016-11-29T14:40:48+01:00Vidjil TeamAccepter plusieurs -g dans la ligne de commandemulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodymulti_germline::build_from_json devrait pouvoir être appelé plusieurs fois,
pour pouvoir faire des choses du type :
-g germline/germlines.data -g germline/classes.data
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4dbb40c
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1786Documentation2016-11-29T14:40:37+01:00Vidjil TeamDocumentationAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-sAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1763Factoriser les doublons entre list.js et segmenter.js2017-05-23T13:59:36+02:00Vidjil TeamFactoriser les doublons entre list.js et segmenter.js`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties comm...`.div_elem()` m'a l'air partiellement dupliqué entre `clone.js` et `segmenter.js`
Je m'en suis rendu compte en faisant... la même modif quasiment au même endroit pour `.getShortName()`
Y aurait-il moyen de factoriser les parties communes ?
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Durant les derniers jours, j'ai fait plusieurs fois des modifs en double à ces endroits... ce serait bien de factoriser, si possible.
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ping
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@nobodyWeb 2017.05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1748Export des smaller clones2016-11-29T14:40:11+01:00Vidjil TeamExport des smaller clonesDans le sample report, les smaller clones peuvent être exportés (ce qui ne fait pas vraiment sens, puisque ce sont des clones virtuels).
Ex ici (et faire un export report sample) http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1174&config=25
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...Dans le sample report, les smaller clones peuvent être exportés (ce qui ne fait pas vraiment sens, puisque ce sont des clones virtuels).
Ex ici (et faire un export report sample) http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1174&config=25
***
S'agit-il simplement de ne plus afficher les smaller clone dans les exports ou y a-t'il des cas où ces clones sont pertinents ?
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Ça ne doit pas apparaître dans le détail des clones qui est donné. En l'état il n'y a pas de raison qu'ils apparaissent (même ailleurs). Si on avait une information sur la distribution des clones, cela serait pertinent de les faire apparaître mais en l'état on ne sait même pas « smaller » par rapport à quoi.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1745Run / SampleSet / Tags ?2017-02-08T13:45:15+01:00Vidjil TeamRun / SampleSet / Tags ?Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Pati...Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Patient a un SampleSet
- juste créer des Tags associés à chaque Sample
Dans tous les cas, un Sample pourrait être affecté à zéro (!) ou un Run et zéro ou un Patient. (Voire à plusieurs, approche Tags...)
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Et le browser peut limiter utilement les délires d'informaticiens qu'on pourrait avoir (comme transformer un Run en Patient :-)
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On en discute vendredi 4, idées bienvenues.
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ping
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Table inheritance ? http://thadeusb.com/weblog/2010/1/4/table_inheritance_with_web2py_dal
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Consiste en une copie brute ? Peut-être pas super propre…
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Le sample set est déployé sur http://dev.vidjil.org et http://test.vidjil.org.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1741l'export pdf ne fonctionne plus, courbes transparentes2016-11-29T14:40:06+01:00Vidjil Teaml'export pdf ne fonctionne plus, courbes transparentesMentionné vendredi dernier par Nicolas ou Aurélie
***
?
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Il n'y a plus d'export PDF (et l'export fonctionne). Fermé.
***
@DuezMentionné vendredi dernier par Nicolas ou Aurélie
***
?
***
Il n'y a plus d'export PDF (et l'export fonctionne). Fermé.
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1738Sauvegarde incrémentale, mécanisme plus léger2017-10-25T19:09:24+02:00Vidjil TeamSauvegarde incrémentale, mécanisme plus légerChaque sauvegarde est refaite from scratch ce qui prend de + en + de temps et de + en + de place. 23 min et 2,4G par backup à l'heure actuelle.
Quelle solution plus légère pourrait-on envisager ?
Un rsync ne serait pas pleinement s...Chaque sauvegarde est refaite from scratch ce qui prend de + en + de temps et de + en + de place. 23 min et 2,4G par backup à l'heure actuelle.
Quelle solution plus légère pourrait-on envisager ?
Un rsync ne serait pas pleinement satisfaisant : on veut pouvoir remonter dans le temps (pas à l'infini non plus). Des sauvegardes full tous les mois et incrémentales tous les jours ?
***
tout à fait
- incrément à chercher .analysis / .vidjil
- la DB (6 MB) peut être sauvée chaque jour
***
Monté à high, on a peu de place, cela devient urgent (chaque sauvegarde prend 24G)
***
Devrait être redescendu à 2-3GB, on a > 100 jours devant nous.
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1736Sauvegarde : monitorer le fonctionnement2017-11-29T13:51:49+01:00Vidjil TeamSauvegarde : monitorer le fonctionnementEn plus de la vérification manuelle mensuelle (hmm...), faire un monitor surveillable par uptimerobot.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-sEn plus de la vérification manuelle mensuelle (hmm...), faire un monitor surveillable par uptimerobot.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1732Notifications : mettre en prod2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamNotifications : mettre en prod- rajouter la date de création
- alléger la vue utilisateur (uniquement date / titre / lu/pas-lu ?)
- mettre en prod sur rbx, en initialisant avec le dernier message (release octobre), déjà lu (expiré)
***
modifications apportées, il n...- rajouter la date de création
- alléger la vue utilisateur (uniquement date / titre / lu/pas-lu ?)
- mettre en prod sur rbx, en initialisant avec le dernier message (release octobre), déjà lu (expiré)
***
modifications apportées, il ne reste plus qu'à déployer sur rbx
***
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1731Distribuer (ou packager) Vidjil / Docker2019-11-22T13:44:17+01:00Vidjil TeamDistribuer (ou packager) Vidjil / DockerDe toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. To...De toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. Tout est fait sur la même machine, ce qui en terme de répartition de charge, ou d'organisation d'un cluster de calcul peut être compliqué
Package deb/rpm
- avantage : relativement facile à installer
- inconvénients : sous distrib/OS exotiques ? il faut être root
Docker
- inconvénient : Docker n'est pas installé partout. Pour une plateforme bioinfo cela peut poser problème. Cela va surtout dépendre de la popularité de Docker.
***
VM : de toute façon on doit le faire pour le CHR
Mais autant documenter le plus possible (README, voire deb/rpm)
***
Mentionné par Rayan pour Mirkwood : https://github.com/lh3/proot-wrapper
« C'est un moyen pour diffuser des environnements complets, à la virtual machine, mais sans avoir besoin d'être root ou d'avoir par ex. VMWare ou Virtualbox installé.
Trop beau pour être vrai? Pourtant Heng Li n'a pas réputation d'endosser n'importe quelle technologie (il n'a pas adopté docker par exemple).
A jeter un oeil.. cela pourrait être une solution idéale pour mirkwood si j'en crois la description. »
***
Avis de Heng Li (auteur de plusieurs logiciels de Bioinfo) : https://lh3.github.io/2015/04/25/a-few-hours-with-docker/
« I am particularly against dockerizing easy-to-compile tools such as velvet and bwa or well packaged tools such as spades. Another large fraction of tools in C/C++ can be compiled to statically linked binaries or shipped with necessary dynamic libraries (see salifish). While not ideal, these are still better solutions than docker. Docker will be needed for some tools with complex dependencies, but I predict most of such tools will be abandoned by users unless they are substantially better than other competitors, which rarely happens in practice. »
***
On en reparle en juin, pour éventuellement un travail en septembre/octobre.
***
(Live from JOBIM) J-F Gibrat (directeur de l'IFB) dit que Docker est une solution en train de s'imposer. Il y a un dépot à Genouest (Rennes), c'est ce qu'évoquait Guillaume ?
***
Guillaume O. ne doit pas connaître ce qui se fait chez Genouest, mais plutôt généralement à Inria, donc ici à Inria Rennes. Après, peut-être que Genouest utilise le Docker d'Inria Rennes...
***
Guillaume O. :
> Il faut solliciter Charly Maupetit (charly.maupetit@inria.fr).
Ryan, tu pourras le contacter quand tu auras déjà un Docker un peu avancé qui tourne.
***
GenOuest : https://docker-ui.genouest.org/app/#/
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1727Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo2020-06-19T10:28:20+02:00Vidjil TeamExport csv de la liste des clones en sortie de l'algoVoir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fon...Voir aussi "export csv bar grid"
Marleen et Hélène veulent récupérer un fichier tableur avec autant de clones que possible, et leurs V/D/J... pour s'amuser de leur côté.
Ah oui, on l'a déjà, "export csv"... mais est-ce que cela fonctionne ?
Qui l'utilise ?
***
Discuté lors du VW16.
***
Je viens de regarder ça deux minutes.
Je ne sais pas tout ce qu'il a été dit au VW, mais voici ce que j'ai vu.
Il vous faut une sortie complète pour faire des analyses bioinfo un peu comme j'ai pu en faire sur mes TCRD ?
Déjà, il faut susurrement mettre à jour avec la détection possible des 4a et 4b si ça devient courant.
De plus, tel quel, la dénomination de sortie est V, D ou J. Or, on peut avoir des D en V ou en J (recombo DJ ou DD par exemple). J'ai résolu pour ma part ce souci par une système de jonglage récursif (si DDx en 5, déplacer en 4, si déjà D en 4, déplacer en 4a, si déjà D en 4a ,...). La détection de l’appartenance aux V,D ou J se faisant uniquement sur la lecture des char en pos 3 du segment (pas idéal).
De plus, avoir une string avec le ratio inclut dedans n'est pas pratique. Soit le bioinfo derrière le recalcul, soit il faut qu'il soit inclut dans une colonne tierce. De même, le ratio n'est pas inclue à chaque fois car il y a une valeur seuil (5reads, suffisant pour les MRD, pas pour les répertoires). C'est compréhensible mais un peu embrouillant quand on a beaucoup de clones et que 90% ne passe pas le filtre.
Dernier point : pour le moment, on a "ratio_$i" en nom de colonne, mais ce n'est pas parlant, surtout si archivé. On gagne peut-être en compréhension si on avait le nom du point ? Bioinformatiquement, ce n'est peut-être pas non plus le plus pratique. Un mix "ratio_0 (prélèvement XXX)" ?
En bonus, possible d'inclure un outil de sélection des colonnes voulues, un peu comme l'obtention des refseq sur le table browser de ucsc ?
***
Rando 2016: Marc peut s'y coller, merci!
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1714Avoir un mécanisme flexible pour prévenir les utilisateurs2016-11-29T14:39:47+01:00Vidjil TeamAvoir un mécanisme flexible pour prévenir les utilisateurs(Évoqué avec Ryan mardi dernier). On aimerait prévenir les utilisateurs au changement de version, lors d'opérations de maintenance, de bugs (et peut-être même en temps réel si on intervient sur le serveur) ... Jusqu'à maintenant, on fait...(Évoqué avec Ryan mardi dernier). On aimerait prévenir les utilisateurs au changement de version, lors d'opérations de maintenance, de bugs (et peut-être même en temps réel si on intervient sur le serveur) ... Jusqu'à maintenant, on fait cela à la main en modifiant les *.html sur le serveur de production, mais ce n'est pas très robuste.
On ne va pas transformer Vidjil en serveur mail/news/..., mais on pourrait tout de même avoir un meilleur système !
Option légère :
- juste un moyen à l'admin, par un formulaire, de définir un message qui va être mis sur la page de login et/ou dans le bandeau div.menu et/ou ailleurs en fonction de l'urgence. On peut cliquer dessus, et on arrive sur une page avec éventuellement plus de détails
Option plus flexible :
- une table de plus, voire deux tables, pour avoir une liste des messages et savoir quel utilisateur a vu quel message. Pour certains messages importants, on demande explicitement que l'utilisateur clique sur le message pour qu'il soit vu comme "lu". Certains messages (opérations de maintenance) ont des dates d'expiration et se mettraient "lus" tous seuls à un certain moment.
À discuter avant toute implémentation.
***
L'option flexible a l'avantage de ne pas "polluer" l'interface de l'utilisateur avec des informations dont il a déjà pris connaissance. En revanche l'option légère permet de maintenir les informations à disposition (je pense notamment aux dates importantes : maintenances par ex.).
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1711Faire fonctionner -X et -x sur -c segment2016-11-29T14:39:45+01:00Vidjil TeamFaire fonctionner -X et -x sur -c segmentPlus précisément, déplacer la gestion de -X/-x dans fasta.cpp, pour que cela fonctionne pour toutes les commandes.
***
8170f55
***
@magiraudPlus précisément, déplacer la gestion de -X/-x dans fasta.cpp, pour que cela fonctionne pour toutes les commandes.
***
8170f55
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1698Envoyer des séquences à Arrest2016-11-29T14:39:37+01:00Vidjil TeamEnvoyer des séquences à Arresthttp://tools.bat.infspire.org/cgi-bin/arrest/compile.junctions.online.pl#
***
0124-lil-TRA+D.should-vdj.fa
→ ne trouve pas le D
0216-ren-IGH+.should-vdj.fa
→ se trompe de IGHD (celui à trouver est court)
trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
→ nos s...http://tools.bat.infspire.org/cgi-bin/arrest/compile.junctions.online.pl#
***
0124-lil-TRA+D.should-vdj.fa
→ ne trouve pas le D
0216-ren-IGH+.should-vdj.fa
→ se trompe de IGHD (celui à trouver est court)
trd-dd2-dd3.should-vdj.fa
→ nos séquences TODO ne passent pas non plus
0000-nck-TRD+.should-vdj.fa
→ ne gère pas les double DD (avec un V ou un J), ne trouve que du VJ dans ce cas.
***
f419e70
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1697Mettre les séquences de Gary en .should-vdj2016-11-29T14:39:36+01:00Vidjil TeamMettre les séquences de Gary en .should-vdjavec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
***
Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
***
Gary m'a dit bonjour au repas. Il...avec le format should-vdj
Garry (?) était prêt à nous faire du .should-vdj.
garry.wright@ nhs (?)
***
Fait.
Gary Wright <gary.wright@gosh.nhs.uk>.
Il attend qu'on le relance par email après EC-NGS.
***
Gary m'a dit bonjour au repas. Il envoie bientôt des séquences (mais m'a demandé si on veut les recombinaisons, je ne sais pas s'il a bien compris notre message).
***
Le relancer si pas de nouvelles dans quelques temps
***
Relancé 3 février.
***
@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1691Test should-vdj sur IGL2016-11-29T14:39:31+01:00Vidjil TeamTest should-vdj sur IGLOn n'en a pas, et nos labos ne le font pas.
Au minimum, prendre des séquences artificielles.
***
@CyanaelOn n'en a pas, et nos labos ne le font pas.
Au minimum, prendre des séquences artificielles.
***
@Cyanael