vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:30:59+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1035sortie uniquement la courbe, avec une bonne BoundingBox (on peut couper dans ...2016-11-29T14:30:59+01:00Vidjil Teamsortie uniquement la courbe, avec une bonne BoundingBox (on peut couper dans le .pdf mais ce n'est pas très propre)
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#1032
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#1032https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1034légende dans ou à côté de la courbe ? (ou mini-courbe, à discuter ?)2016-11-29T14:30:59+01:00Vidjil Teamlégende dans ou à côté de la courbe ? (ou mini-courbe, à discuter ?)
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#1032
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#1032https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1033key des pourcentage bien centrée en y2016-11-29T14:30:59+01:00Vidjil Teamkey des pourcentage bien centrée en y
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#1032
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#1032https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1032export pdf: améliorer les courbes pour inclusion dans l'article2016-11-29T14:31:00+01:00Vidjil Teamexport pdf: améliorer les courbes pour inclusion dans l'article(But : 10 courbes dans l'article)
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Coucou Marc,
Est-ce bien pdf.mini() que tu appelles ? (Cela pourrait être mis dans le menu export ("export pdf (graph)")
Pourrais-tu regarder cela ce matin pour voir si tu peux améliorer ces point...(But : 10 courbes dans l'article)
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Coucou Marc,
Est-ce bien pdf.mini() que tu appelles ? (Cela pourrait être mis dans le menu export ("export pdf (graph)")
Pourrais-tu regarder cela ce matin pour voir si tu peux améliorer ces points ? Le point le plus important est la bonne BoundingBox.
merci,
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merci, repasse en priorité moyenne.
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(rappel du but: que ce soit lisible si on met 8-10 courbes sur la page, héhéhé)
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Cela ira pour la soumission actuelle. À terme, on verra si on utilise directement le rapport html
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#1033, #1034, #1035, #1036, #1037, #1038, #1039, #1040
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1021Rentrer des .clntab directement dans le browser2016-11-29T14:30:42+01:00Vidjil TeamRentrer des .clntab directement dans le browserLes utilisateurs doivent pouvoir visualiser des .clntab.
Politiquement important.
Avant de coder, il faut qu'on en discute ensemble.
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On avait dit : DB = patients.
Mais une visualisation "à la Nikos" peut avoir plusieurs patients / l...Les utilisateurs doivent pouvoir visualiser des .clntab.
Politiquement important.
Avant de coder, il faut qu'on en discute ensemble.
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On avait dit : DB = patients.
Mais une visualisation "à la Nikos" peut avoir plusieurs patients / labs / ... : comment gérer cela ?
- Ne pas utiliser la DB et faire directement charger le fichier ?
(éventuellement avec un coup de server qui fait fuse.py)
- Ou bien prévoir de pouvoir stocker cela dans la DB ?
À discuter ensemble.
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On le fait pas tout de suite, quand aura le serveur on pourra déjà stocker des .clntab directement
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ok avec le serveur
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/968parser .clntab: trouver mieux que -x/-y/-z2016-11-29T14:29:58+01:00Vidjil Teamparser .clntab: trouver mieux que -x/-y/-zok, on aura bientôt les coordonnées (?)
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Mis le nom compelet du clonotype, Nikos les identifie de cette manière
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@nobodyok, on aura bientôt les coordonnées (?)
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Mis le nom compelet du clonotype, Nikos les identifie de cette manière
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/952algo: Release 2014-092016-11-29T14:29:43+01:00Vidjil Teamalgo: Release 2014-09avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14...avant EuroClonality-NGS
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rêve : une première version réellement multi-systèmes ?
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Est-ce que cela sert à quelque chose de faire des releases pour l'algo ?
On est sur github, branch "stable" (mais cela dépend des composants).
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14-09: pas de multi-systèmes dans l'algo, petite release de maintenance
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Mécanisme de releases maintenant automatisé via Jenkins : https://ci.inria.fr/bonsai/view/Vidjil/
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/919segmented.vdj.fa : ne pas le produire quand on en a pas besoin ?2016-11-29T14:29:14+01:00Vidjil Teamsegmented.vdj.fa : ne pas le produire quand on en a pas besoin ?5df371c1
Sur mon portable, on gagne 20 à 30% lorsque cela segmente beaucoup :
./vidjil -G germline/TRG -U ~/vdj/data/runs/13-09/Leu+7_BCD.fastq
./vidjil -G germline/TRG ~/vdj/data/runs/13-09/Leu+7_BCD.fastq
Cela fait bizarre de ...5df371c1
Sur mon portable, on gagne 20 à 30% lorsque cela segmente beaucoup :
./vidjil -G germline/TRG -U ~/vdj/data/runs/13-09/Leu+7_BCD.fastq
./vidjil -G germline/TRG ~/vdj/data/runs/13-09/Leu+7_BCD.fastq
Cela fait bizarre de supprimer l'ancienne sortie principale de Vidjil :)
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/910revoir la selection rectangulaire2016-11-29T14:29:08+01:00Vidjil Teamrevoir la selection rectangulaire- ctrl+clic pour selection multiple
- retirer le xor
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@Duez- ctrl+clic pour selection multiple
- retirer le xor
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/907normalisation2017-04-03T16:41:12+02:00Vidjil Teamnormalisationproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezproposer plusieurs standard pour la normalisation + ceux avec une expected value
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/877ajouter/completer les messages de retour2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil Teamajouter/completer les messages de retour
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#875
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#875https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/876flash message function2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil Teamflash message function
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#875
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#875https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/875Flash message... en couleur :)2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil TeamFlash message... en couleur :)Toute action de l'utilisateur doit avoir un retour... encore plus s'il y a un souci
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-les messages de retour ont été améliorés
-un log des evenements importants est disponible pour les admins
-le segmenter / cgi réagit ( loading effec...Toute action de l'utilisateur doit avoir un retour... encore plus s'il y a un souci
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-les messages de retour ont été améliorés
-un log des evenements importants est disponible pour les admins
-le segmenter / cgi réagit ( loading effect / message d'erreur)
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Couleurs: par exemple http://getbootstrap.com/examples/theme/#
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#876, #877
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/872Longueur des reads d'un clone (distribution des longueurs par fenêtre) : Stat...2016-11-29T14:28:36+01:00Vidjil TeamLongueur des reads d'un clone (distribution des longueurs par fenêtre) : Stats/BinReads- moyenne, médiane ? distribution ?
- pour les représentatives, jeux d'entrées... ?
- objet générique (à la bucket ?)
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L'objet existe : c'est core/stats.cpp.
On pourrait le compléter (ou, mieux, le sous-classer) pour faire les stats ...- moyenne, médiane ? distribution ?
- pour les représentatives, jeux d'entrées... ?
- objet générique (à la bucket ?)
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L'objet existe : c'est core/stats.cpp.
On pourrait le compléter (ou, mieux, le sous-classer) pour faire les stats voulues, déjà un histogramme.
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Tiens, une vieille tâche qui traînait :)
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On aimerait dans Stats récupérer aussi un histogramme... mais c'est une fonctionnalité de BinReadStorage.
Bref, ne faudrait-il pas virer stats.cpp et utiliser directement BinReadStorage pour faire des stats ? (en ayant une sous-classe qui ne stocke pas les reads, mais juste l'info de longueur).
(Attention, stats sert à faire des moyennes de longueur de reads, mais aussi d'autres choses, mais cela devrait être générique)
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Je suis pas sûr, mais j'essaie de me lancer dessus…
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e9a7b7c7..272347d
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/871distribution "+" /"-" par fenêtre2016-11-29T14:28:35+01:00Vidjil Teamdistribution "+" /"-" par fenêtre-récupérer l'information dans le core
-la stocker dans le json
-afficher dans le browser
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@Duez-récupérer l'information dans le core
-la stocker dans le json
-afficher dans le browser
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@Duez