vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:29:02+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/901renommage2016-11-29T14:29:02+01:00Vidjil Teamrenommage
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#899
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#899https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/900sélection2016-11-29T14:29:02+01:00Vidjil Teamsélection
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#899
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#899https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/899Icones, design2016-11-29T14:29:03+01:00Vidjil TeamIcones, designrefaire les icones star/info/system
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- "warning"
- "sort"
- "merge" ?
- "play", "pause"
peut-être déjà faire une liste de tout ce qu'on aurait besoin...
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- "search" / "X"
- "+/-" (merge des clones)
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http://thenounpro...refaire les icones star/info/system
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- "warning"
- "sort"
- "merge" ?
- "play", "pause"
peut-être déjà faire une liste de tout ce qu'on aurait besoin...
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- "search" / "X"
- "+/-" (merge des clones)
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http://thenounproject.com des gratos, d'autres non
https://useiconic.com 129$ !
https://icomoon.io
avant de choisir quelque chose, se mettre d'accord sur la liste de ce qu'on veut
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Font Awesome. Libre !
http://fortawesome.github.io/Font-Awesome/icons/
http://fortawesome.github.io/Font-Awesome/examples/
fa-warning
fa-search
fa-star
fa-sort
+ spinner pour upload
+ play/pause/...
Et on pourrait leur demander s'il en manque...
merge ?
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http://fontello.com/
On peut choisir les icônes de plusieurs sets (dont Font Awesome) et récupérer ce qu'il faut pile à la bonne taille
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Avant d'utiliser, faire un renommage cohérent de l'ensemble
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à remettre à l'ordre du jour, on avait déjà fait une belle sélection...
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Il faut donc faire un "make" dans browser/css/icons
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#900, #901, #902
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@nobody @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/892export / copier-coller en format .fasta, identifiants homogènes2016-11-29T14:28:54+01:00Vidjil Teamexport / copier-coller en format .fasta, identifiants homogènes- format VDJ suffisant ?
- + pourcentage pour chaque point
- + CDR3(-IMGT ?)
- nouvelle page ?
- to clipboard (sans flash) cf. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest (chercher max, par exemple)
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déjà les séquences ave...- format VDJ suffisant ?
- + pourcentage pour chaque point
- + CDR3(-IMGT ?)
- nouvelle page ?
- to clipboard (sans flash) cf. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest (chercher max, par exemple)
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déjà les séquences avec les identifiants, ce serait bien...
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Remonté. Quand on travaille avec les données, on est très souvent en train de prendre les séquences et de faire des choses avec.
Le but est déjà d'avoir un simple fichier fasta
>nom du clone (+éventuellement nom utilisateur), pourcentage (point sélectionné ?)
..... la séquence ...
Cette fonction "copier" pourrait être accessible depuis un lien, mais aussi en faisant simplement Ctrl-C (sauf quand quelque chose d'autre est sélectionné).
Si le "copy to clipboard" est trop complexe, dans un premier temps ce pourrait être un onglet ouvert avec l'export
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Confirmé par Nathalie/Aurélie :-)
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L'export de fichier FASTA est intéressant mais ce que veulent Nathalie c'est pouvoir coller leurs séquences dans leur logiciel (favori ?). Donc pour ça il faut vraiment que le copy to clipboard fonctionne (avec des technologies libres ;)).
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Oui, pour préciser, le ".fasta" ne signifie pas un fichier à part, mais juste le bon *format*. Idéalement "copy to clipboard", ou sinon une nouvel onglet (html, pas .fa) depuis lequel on peut copier/coller
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Génial.
Quitte à avoir le fichier fasta, on s'attendrait à ce que l'identifiant soit le même que celui des rapports (avec les pourcentages) (disons comme sur le sample report, car c'est difficilement lisible sur le monitor report)
Cela impliquerait peut-être que ces identifiants soient calculés quelque part dans model.js (comme on a getStrTime...) ? On peut tout à fait imaginer vouloir mettre d'autre choses dans ces chaînes (nom utilisateur, tags, ...)
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Remonté. On veut les pourcentages, par rapport au système, au groupe de systèmes (TRD/TRD+), à tout :)
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94ade97
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(Groupe de systèmes : autre tâche)
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/884faire plus de tests2016-11-29T14:28:47+01:00Vidjil Teamfaire plus de tests
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#879
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#879https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/883qunit tests (fonctionnel)2016-11-29T14:28:47+01:00Vidjil Teamqunit tests (fonctionnel)
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#879
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#879https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/882watir tests (serveur)2017-11-18T12:31:19+01:00Vidjil Teamwatir tests (serveur)
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#879
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#879https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/881watir tests2017-11-18T12:31:19+01:00Vidjil Teamwatir tests
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#879
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#879https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/880qunit tests (unitaire)2016-11-29T14:28:47+01:00Vidjil Teamqunit tests (unitaire)
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#879
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#879https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/879Tests browser2016-11-29T14:28:47+01:00Vidjil TeamTests browserCela devient important d'avoir des tests...
mail de Rotterdam du 28 octobre :
"I’m having trouble getting the latest version of Vidjil (from github) running locally.
(...) I try to load the resulting .vidjil file into the Vidjil brow...Cela devient important d'avoir des tests...
mail de Rotterdam du 28 octobre :
"I’m having trouble getting the latest version of Vidjil (from github) running locally.
(...) I try to load the resulting .vidjil file into the Vidjil browser, but nothing happens?"
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Pour Qunit : PhantomJS + QUnit → http://www.ianlewis.org/en/phantom-qunit-test-runner
QUnit + Tap : https://github.com/twada/qunit-tap ou alors sortie en JUnit (ce qui est bien pour Jenkins aussi) : https://github.com/jquery/qunit-reporter-junit
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843ca8b, par Marc: couverture. Génial !
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Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de tests". Ce n'est pas assez précis.
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#880, #881, #882, #883, #884
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/877ajouter/completer les messages de retour2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil Teamajouter/completer les messages de retour
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#875
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#875https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/876flash message function2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil Teamflash message function
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#875
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#875https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/875Flash message... en couleur :)2016-11-29T14:28:40+01:00Vidjil TeamFlash message... en couleur :)Toute action de l'utilisateur doit avoir un retour... encore plus s'il y a un souci
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-les messages de retour ont été améliorés
-un log des evenements importants est disponible pour les admins
-le segmenter / cgi réagit ( loading effec...Toute action de l'utilisateur doit avoir un retour... encore plus s'il y a un souci
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-les messages de retour ont été améliorés
-un log des evenements importants est disponible pour les admins
-le segmenter / cgi réagit ( loading effect / message d'erreur)
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Couleurs: par exemple http://getbootstrap.com/examples/theme/#
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#876, #877
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/872Longueur des reads d'un clone (distribution des longueurs par fenêtre) : Stat...2016-11-29T14:28:36+01:00Vidjil TeamLongueur des reads d'un clone (distribution des longueurs par fenêtre) : Stats/BinReads- moyenne, médiane ? distribution ?
- pour les représentatives, jeux d'entrées... ?
- objet générique (à la bucket ?)
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L'objet existe : c'est core/stats.cpp.
On pourrait le compléter (ou, mieux, le sous-classer) pour faire les stats ...- moyenne, médiane ? distribution ?
- pour les représentatives, jeux d'entrées... ?
- objet générique (à la bucket ?)
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L'objet existe : c'est core/stats.cpp.
On pourrait le compléter (ou, mieux, le sous-classer) pour faire les stats voulues, déjà un histogramme.
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Tiens, une vieille tâche qui traînait :)
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On aimerait dans Stats récupérer aussi un histogramme... mais c'est une fonctionnalité de BinReadStorage.
Bref, ne faudrait-il pas virer stats.cpp et utiliser directement BinReadStorage pour faire des stats ? (en ayant une sous-classe qui ne stocke pas les reads, mais juste l'info de longueur).
(Attention, stats sert à faire des moyennes de longueur de reads, mais aussi d'autres choses, mais cela devrait être générique)
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Je suis pas sûr, mais j'essaie de me lancer dessus…
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e9a7b7c7..272347d
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/871distribution "+" /"-" par fenêtre2016-11-29T14:28:35+01:00Vidjil Teamdistribution "+" /"-" par fenêtre-récupérer l'information dans le core
-la stocker dans le json
-afficher dans le browser
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@Duez-récupérer l'information dans le core
-la stocker dans le json
-afficher dans le browser
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@Duez