vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:42:27+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1947Le format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?2016-11-29T14:42:27+01:00Vidjil TeamLe format du champs seg a évolué : comment doit-il être ?Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la q...Le fichier format-analysis.org (https://github.com/vidjil/vidjil/blob/master/doc/format-analysis.org) donne des exemples de format pour seg mais ne définit pas formellement (sauf erreur de ma part) comment il doit être.
Par exemple la question se pose pour la e-value. Elle est pour l'instant stockée dans seg['_evalue'] mais cela semble ensuite supprimé par convertSeg dans model_loader.js. Heureusement la e-value est sauvegardée dans le champ eValue du clone avant la réécriture (par la fonction computeEValue). Mais un nouvel appel à computeEValue rendrait la e-value indéfinie : le champ seg ayant été réécrit, seg['_evalue'] n'existe plus (j'ai écrit un test pour ça, cf. 2edf5eb)
Donc comment la e-value doit-elle être stockée dans le champs seg ? Et la question se pose plus généralement pour le format attendu pour seg.
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C'est une bonne question. Si on décide de spécifier, la référence doit être... format-analysis.org, et on part de cela, même si (temporairement) le browser ou le c++ ne le respecte pas. C'est d'autant plus important si on interagit avec d'autres logiciels : on doit avoir une référence claire (et changer la version, 2016a, si on fait des choses incompatibles), et non pas se référer à des détails/bugs du browser ou du c++. Le fait que le browser puisse faire des "bêtises" comme ici avec seg._evalue est un point indépendant qui ne concerne pas la définition du format.
Après, on peut avoir des choses non spécifiées (quelque part, chaque programme d'analyse peut rajouter des trucs dans le format).
Quelque chose d'intermédiaire serait de spécifier comment on encode des valeurs génériques (numériques, autres)... on le fait déjà pour les "features".
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Même si des logiciels ajoutent des éléments qui leur sont propres dans le fichier, cela doit être spécifié. Quelle est la manière d'ajouter des données spécifiques à chaque logiciel ?
Concernant le browser, il ne fait pas spécialement de bêtises. Il suit la spéc stricte du format seg. Et comme un champ comme la e-valeur n'est pas prévu pour le seg (mais seulement des champs avec des start et des stop), ce champ-là passe à la trappe. Pour corriger le problème, il faut donc savoir comment doivent-être spécifiés ces champs.
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b354da2, suite à audio du 7 juillet.
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Pris en compte dans le browser : 987b107
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
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Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1969calcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesse2016-11-29T14:42:43+01:00Vidjil Teamcalcul representative, arrêt length_longest_run, quality et vitesseLe calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a ja...Le calcul de la représentative (core/representative.cpp) s'arrête dès que :
(sequence.sequence.size() <= length_longest_run)
Dans certains cas (segment_lec.fq), cela va s'arrêter dès la première séquence. Cela date de 2013 et n'a jamais été modifié (6d46103 sur git vdj).
Cela semble toujours la bonne solution pour le calcul de la séquence, mais pour la qualité moyenne, il faut continuer. Voir 67b7a6b sur windows_quality. Vérifier si cela est bien raisonnable, en particulier sur la vitesse de l'ensemble.
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Pas d'incidence sur la vitesse de l'ensemble.
Branche window_quality mergée dans dev.
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,73s user 0,26s system 99% cpu 16,099 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,52s user 0,22s system 99% cpu 15,762 total
./vidjil -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,71s user 0,25s system 99% cpu 16,069 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,58s user 0,22s system 99% cpu 15,866 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 15,62s user 0,24s system 99% cpu 15,968 total
./vidjil-quality -x 100000 -z 0 -g germline -i ./LIL-L3-0.fastq > /dev/null 16,42s user 0,26s system 99% cpu 16,741 total
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1973Autodelete fonctionne à moitié ?2017-10-26T16:52:20+02:00Vidjil TeamAutodelete fonctionne à moitié ?Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file ...Dans un patient existant, j'ajoute un fichier que je run dans une config non utilisée pour ce patient. J'ai bien mes trois fichiers (séquence, results, fused) sur le disque et ils apparaissent bien en BD. Je fais un delete sequence file and results. Les éléments sont bien supprimés de la BD mais… sur le disque j'ai toujours le fichier results et le fichier fused. En revanche le fichier séquence a bien été supprimé. Pourtant ils ont tous le même paramétrage pour le autodelete.
Qui a une idée ?
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Je dis ça parce qu'on a 4000+ fichiers fused sur le disque qui n'apparaissent pas en BD (et 780 fichiers résultats).
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Je préfère qu'il fonctionne à 1/2 qu'à 3/2 :-)
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Marc, as-tu poussé le correctif ?
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@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1974Nouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samples2019-11-26T12:26:51+01:00Vidjil TeamNouvelle dimension 'nb samples with this clone', comparaison de samplesComment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone...Comment comparer 50 (ou déjà 10) samples, pour voir des contaminations ou d'autres choses ?
En attendant une nouvelle vue, quelque chose d'intéressant serait déjà d'avoir une dimension indiquant le nombre de samples dans lequel le clone est présent, pour le scatterplot comme pour la couleur.
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3c3ee70, 11f0afa
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@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1976Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()2021-03-17T14:14:12+01:00Vidjil TeamCouleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle ser...Pas de cohérence pour l’instant entre camemberts systèmes et graphes.
Aurélie : « c'est frustrant de faire des couleurs, des merge, etc… et d’avoir à faire une impression écran pour cela au lieu de retrouver dans le rapport ».
Elle serait contente d'un color by locus, mais d'autres veulent d'autre chose.
Pb: les camemberts sont 'forcément' en 'color by locus'
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Une solution possible : garder les mêmes couleurs que le "color by", et ne pas colorer les camemberts si on n'est pas en color by locus.
→ 1 seul jeu de couleur dans le rapport
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Le camembert du color by locus en niveaux de gris va être illisible. Ça ne me choque pas que les courbes soient colorées par tag et les camemberts par locus (surtout qu'il y a la légende pour les camemberts). Cela peut valoir le coup de marquer comment ont été colorées les courbes à côté du graphe pour lever toute ambiguité.
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@DuezWeb 2021.05marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1977maintenir le « color by » en changeant de patient2016-11-29T14:42:49+01:00Vidjil Teammaintenir le « color by » en changeant de patientdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-sdemande d'Aurélie. Mikaël, c'est bon ?
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06b78fb
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1978Pouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquences2017-01-18T12:50:44+01:00Vidjil TeamPouvoir fixer la fenêtre du segmenter avec beaucoup de séquencesAurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le r...Aurélie bosse souvent à 15-20 séquences et "cela n’arrête pas de bouger" (en particulier parce que la fenêtre de tag est en haut).
Elle voudrait pouvoir fixer la fenêtre.
C'est vrai que, dès qu'on travaille avec plein de séquences, le redimensionnement automatique est vite fatiguant.
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J'avais cru que cela avait été fait dans les précédentes semaines, mais non, le comportement y est toujours, sur dev en tout cas. Marc, as-tu fait cela ou c'était juste un projet ?
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
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Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
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@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1983SampleSets : controlleurs génériques2017-05-19T14:56:23+02:00Vidjil TeamSampleSets : controlleurs génériquesCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @DuezCe serait agréable de pouvoir utiliser des SampleSet génériques (tout en gardant les vues patients et runs).
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Au programme de la visite de Ryan à Bristol ?
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1985Requêtes incessantes à scheduler_task et scheduler_worker2017-12-19T09:46:45+01:00Vidjil TeamRequêtes incessantes à scheduler_task et scheduler_workerIl s'agit initialement d'un mail envoyé à Marc, mais un autre problème avait surgi et on avait mis ça de côté :
Sur le serveur de prod, le process mysql est régulièrement au dessus de 10-20% de CPU.
J'ai loggé les requêtes et il y a pl...Il s'agit initialement d'un mail envoyé à Marc, mais un autre problème avait surgi et on avait mis ça de côté :
Sur le serveur de prod, le process mysql est régulièrement au dessus de 10-20% de CPU.
J'ai loggé les requêtes et il y a plusieurs requêtes par seconde ayant un lien avec les workers et les schedulers alors qu'aucun process n'est queued ou assigned.
Il s'agit de requête du genre :
SELECT scheduler_task.id, scheduler_task.application_name, scheduler_task.task_name, scheduler_task.group_name, scheduler_task.status, scheduler_task.function_name, scheduler_task.uuid, scheduler_task.args, scheduler_task.vars, scheduler_task.enabled, scheduler_task.start_time, scheduler_task.next_run_time, scheduler_task.stop_time, scheduler_task.repeats, scheduler_task.retry_failed, scheduler_task.period, scheduler_task.prevent_drift, scheduler_task.timeout, scheduler_task.sync_output, scheduler_task.times_run, scheduler_task.times_failed, scheduler_task.last_run_time, scheduler_task.assigned_worker_name FROM scheduler_task WHERE ((scheduler_task.assigned_worker_name = 'rbx.vidjil.org#26682') AND (scheduler_task.status = 'ASSIGNED')) ORDER BY scheduler_task.next_run_time LIMIT 1 OFFSET 0
et
SELECT scheduler_worker.id, scheduler_worker.worker_name, scheduler_worker.first_heartbeat, scheduler_worker.last_heartbeat, scheduler_worker.status, scheduler_worker.is_ticker, scheduler_worker.group_names, scheduler_worker.worker_stats FROM scheduler_worker WHERE (scheduler_worker.worker_name = 'rbx.vidjil.org#9626')
Les (anciennes) requêtes sont loggées dans /var/log/mysql/mysql_general.log. J'ai désactivé le log pour ne pas saturer le disque. Pour réactiver, il faut aller dans /etc/mysql/my.cnf, chercher general, décommenter les deux lignes en lien avec general_log et redémarrer le serveur mysql.
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Dev et test ont maintenant un Heartbeat de 10 secondes, rbx un Heartbeat de 3 secondes (inchangé), la charge de la bdd semble être réduite.
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On est effectivement passés à environ 3,1 requêtes par seconde, ce qui semble cohérent.
D'après les valeurs que tu donnes, en l'espace de 30 secondes on va avoir 3 heartbeats de chaque worker de dev et de test (soit au total 3 heartbeats * 3 workers * 2 serveurs = 18 heartbeats) et on va en avoir 10 pour rbx ( * 3 workers, soit 30 heartbeats). On arrive à 48 heartbeats en 30 secondes, soit environ 1,6 par seconde. Chaque heartbeat semble générer 2 requêtes, ce qui donne 3,2 requêtes par seconde. On tombe pas loin de ce que j'ai mesuré.
On pourrait diminuer encore du côté de dev et test, mais au final ça ne changerait pas grand chose puisque maintenant c'est rbx qui fait le plus de heartbeats.
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2005Après un compare sample, le scatterplot n'est pas initialisé2017-05-22T15:26:06+02:00Vidjil TeamAprès un compare sample, le scatterplot n'est pas initialiséExemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
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@RyanHerb @Duez @magiraud Exemple ici : http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=5611&custom=777&
Je n'ai que ? comme label du scatterplot. Il faut appuyer sur g pour que le scatterplot se mette en mode TRG.
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@RyanHerb @Duez @magiraud Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2007Empêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espac...2020-01-08T17:39:47+01:00Vidjil TeamEmpêcher l'upload ou de lancer des jobs lorsqu'il ne reste plus assez d'espace disqueOn sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on...On sait où les séquences et les résultats sont stockés. Si on passe en dessous d'un seuil d'espace libre pour un de ces emplacements, il faut empêcher l'upload ou le run (c-à-d. avoir un test en plus dans VidjilAuth ?). De cette façon on ne se retrouve jamais avec un disque plein et pas avec des jobs en failed parce qu'il n'y a plus d'espace disque.
Par contre, prévoir de spammer les admins dès que la limite est atteinte pour qu'ils fassent quelque chose (en générant un ticket web2py ?)
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C'est en prod. On a une limite en pourcentage qui se fixe dans defs.py. Actuellement réglé sur 1%. La limite est commune pour toutes les partitions mais la vérification est spécifique (donc il peut s'avérer que l'upload soit bloqué, mais pas les runs
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Merci Ryan.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
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753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
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Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
***
D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
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Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
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Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
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Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
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Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
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> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
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Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
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Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
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@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2018L'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première...2016-11-29T14:43:17+01:00Vidjil TeamL'alignement multiple ne se fait pas nécessairement par rapport à la première séquencecf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-scf. mail d'Aurélie 24/10 8h55
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@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2025Les smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survole2016-11-29T14:43:23+01:00Vidjil TeamLes smaller clones disparaissent de la liste dès qu'on les survoleSuite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
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Je précise qu'ils restent bien présents physique...Suite à https://producteev.com/workspace/t/58204b9a2adaeada53000016 les smaller clones sont bien affichés de la liste mais disparaissent dès qu'on essaie de les survoler dans la liste.
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Je précise qu'ils restent bien présents physiquement dans la liste, mais sont alors en display: none
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Merci pour ta vigilance.
6c623048
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2032Modifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la pag...2017-04-12T14:07:43+02:00Vidjil TeamModifier le contrôleur du segmenteur pour permettre l'interaction avec la page d'ArmandDiscussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au...Discussion avec @RyanHerb et @Tydax
La page d'accueil est statique, pas besoin de passer par un contrôleur. En revanche, l'envoi des séquences doit faire appel en AJAX au contrôleur qui nous renvoie un JSON qu'on peut donner à manger au modèle, via parseJsonData.
Il faut donc modifier le contrôleur : c'est lui qui gérait le formulaire, c'est inutile maintenant et renvoyer un JSON.
Poke @magiraud
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2041L'alignement multiple plante quand la première séquence est retirée2019-04-03T14:23:12+02:00Mikaël SalsonL'alignement multiple plante quand la première séquence est retiréeAllons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement f...Allons sur le [jeu de démo](http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=68&config=32). On sélectionne tous les clones en TRGV2–TRGJ1. On supprime le premier de la sélection et on aligne le tout. ~~L'alignement devient complètement foireux à partir du N, avec quasiment tous les nucléotides qui sont soulignés.~~
~~Il semble y avoir deux bugs (dans l'alignement CGI, puisque l'alignement devient foireux) et dans le JS, puisque la coloration est foireuse. Mais je penche pour une explication plus parcimonieuse d'un seul bug qui causerait les deux problèmes.~~
@magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2141Donner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par Vidjil2017-05-22T18:24:36+02:00Mikaël SalsonDonner accès aux fichiers produit par les logiciels RepSeq utilisés par VidjilDiscuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Discuté avec @magiraud et @RyanHerb : on veut pouvoir donner accès aux différents fichiers produits par les softs que nous lançons (c'est-à-dire pour l'instant Vidjil et MiXCR). Il n'y a a priori rien à cacher dans ces fichiers.Web 2017.05Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florian